DreINT0018624 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000098801 | SBNO2 (2 of 2)
Description
strawberry notch homolog 2 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29158]
Coordinates
chr2:57096456-57101405:-
Coord C1 exon
chr2:57101297-57101405
Coord A exon
chr2:57096617-57101296
Coord C2 exon
chr2:57096456-57096616
Length
4680 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAAT
5' ss Score
2.37
3' ss Seq
CCCTGTTCACATGTGCACAGCCA
3' ss Score
5.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGCTGCTGCTCCTGCTCCACCACCCGAGGAAGAGGAGGAGGCAGATGATGAAGAGACGGAGGAGTTGGGGCACGCCGACACTTACGCCGAATACAAGCCATCCAAAT
Seq A exon
GTAAATCAGCATACCATCCCATTTCAATCCATGGCATACAGGCAGCATGAGTGGAATCAGTATATAAAATGTTGGCTTAATAATCATAATAGTTTTATAAAATTGGATATAGTGTCTCTCTGCAAGCTCTAGGTTGTTTACAATTTCAGAAGAGATAGCAGGCAAAAAAAACAAAGCTCAGATATACTTGACATTCCTCACTTGGATCAGATTGTGCTGTCATAGATCAGAGAAACAGTAAAGGAAAAAAATATGTTTGTTTAAGGTTTAAGTTGGTTTGGAGTCTTAAAATGTGTTTCTATATGTGTTTATTTGCGTAGCACATTTATTGTATATAATATTCAAGCATTTTGATTGCATAAGACATTTAATGCACTATAATAATTCAAAGAGCTTTGCATAAAATTCATAATGGAAATCTCTAGAAGTGGTGCTTCCTTAGCAGATAAATGCTCTAATAACATTAATGAATATAGTATTTCAATTGTTTGCACGTTTAATGCATACAATATTTGAGTTTATTTATATGGCAAATTTAATGCACATATTATTTAAATTGTTTATGTATATTGTACATTTTATTTATCTAGTACTTGATCTTATTTATATGACTCATGTAAATGTATATAGTATTTCAATTACTTATTTATAGAGCATATTTAATGCATATAATATTTATAGTTTATGTACAGTGAACATTTAGTGCATATCATATTTCAATTGTTGATTTATATCACACATTTAATGCATATTGTATTAACATCATTTACATAGCACATTTAATTCATATGGTATTTGTAGTTTATTTACATGGCACATTTATGGCCCGTTTCCACTGAGTGGTACGTTACGCCTTTATGGCCGTTTCCACTGTATAAAGGCTGATTTATACTTCTGCGTCAAACGCCGGCGTATGCTACGGCGCTGACGCATAGCCCTTCGCCGTGGCCATCGCCGTCGCTGATGTGCACCTCTCAAAAAATGTAACTACACGTCGCAACGACTTGTAGCGTAAGCTCTGTGATTGGTCGGCTTGGTAGCGTTGACGTGTGTGGAGTCCCGTGAAGGAGCTCCGGATGGAAAGTTTTGTTTTGTGTTTACCTCATAGTTAAAGTTGTTGCACGTCCGCCAGTTCCTGCCTCAAAATGAGCGAGTTTGAGCCACGTGTACATCCCGGAAGTGTTCAGGAAAAGCAAAAAAGCAGAGAAGAAACTCGACACAGAGGAACATTCACACCTCACTGCCAACTAGCGTTTCGGAAGTGTTAATGCAGACCGACAGAGACAGCACGCAGAAGTATAAATGCACAGCCACGCGCGTTGCATGCGCCGTGGGTTACGCCGGTCACCTGACGCAGAAGTATAAATCAGGCATAAGGCAATGTTTCTCAAAGTGGGGGTCGGGGGTCTCAAAGTTGCTCTCGTGGACAATGAAGGGGGGTCGCCTGGTGGTTTCCAAAAATCTATTTATTTTTATTAAACCATAAGAATGACCATATTTTATCCATAACCTTCTGAAGAGAAAAAACCAGTCGTTTATACCATATATAGTTACTTTAGTAGCTTATAGTTACTACTTCTATTGGATTGCAACCCCTGGGGTAATTGCATTGTATTAAAGACACAGCAATAGCGTCAGATGCAGCAGATTTCATAACACCTGATTAAACTTTGTGGCCCATTTACAGCTCTCATACATAAAAAAAATAAAAAGAAGAATAGACTTGGATCCATTGGTGTGTGTGTGCCATTGCATGCAAGGTTTCTGTATTTATAACCACCTCAGAGGATATTGGGGGTCACGAGTCACTGGCATTGTCATTTTGGGGGTCACGGCCTGAAAAGTTTGGTAGCCCCTGCACTAGAAATAACAAACTTGCAAGCGGAAAAGATGTGATATGGGAACGGCCGCTGCTATAGTTAATCTGGTGTATTAGCCTCTGTGTACGTACTTGGAACTTTAAACTAGCGCACAGTTGCCAACTTTGCATGACTTGGTTTAGTTGCAGCAGTTTAGTTTTGTTCCGTGCAACAGAAACGCGGCTTAGAGAAGCCTTTACGATTAACTTAACTGTGACGAATTGAAGTACAGTTAATAGTGAAATTGGCTAATCGCTGCAACCCTGATGATATCAGTGCATAGTACAAAAGGCCTTTTCTACAAACATATCCAAATGTTTTCAGCTGCCAGCGCTATTTGCTTATGGTGACAGCCTTTAACTGCAGCTCGTGCTGTATTGAACAGCCGCACGTCACTTGATAGCTATTGCGGCCGTTTTTCGACTGAATACAATTTATTTTTGATATCTTGGTCACTCTATTTGGAGGGCCGGAACAAATTGCCTCAGGGGGGCGGGTTCGGCCTGGGATGTCAATTGAATAGCCCTGCAGTGGGCTCTTTCGCATCATTGATCTGCAGTTATAATCAAATCATGTTCATAGAAAAGTTAGTAATAAACATGTATACACAAGTATTTATGTGTGAAAAGCATCTGCTTTGTGAAAAGAGCTTCTTATATGGTATGTGAACGACTCGTACAGCTTTACTTTAGACATTTCTTCAAGTAAAAATGTTGTACACCACGCCCACCAAAAAGGTGCCATATTGGCAGTGGAAATGCAAGCTTGATAAAGGTGACTCGTACCGACCCGTACCGTACTGTACCTCTCAGTGGAAATGGGCCATTAGTGCGTATGGCATTTAAATTATCTATATTACACATTTAAAGTATATTGTATTCATAATTCCATTCAATTCAGCTTTATTTGTATAGCGCTTTTACAATGTAGATTGTGTCAAAGCAGCTTCACATAAATGGTCATAGTAACTGGAACAGTGTAGTTCAGTTTTAGTGTTTAAGTTCAGTTCAGTTTAGCTCAGTTCAGTGTGATTTAATCATTACTGAGAGTTCAAACACTGAAGAGCAAATTCAGATTGTTTAATTACATTGTACATTAAATATATATGGCATTTATAGTTTAATTACATTGCACATTTAATGCATATAGTATTTAAATTCCTTATTTATAGAGCACATTTAATACAGTATTAAAATTATTTATATATTTTACACATTTTAATGCATTTTGTATTAATATAGTTTATAGAGCTGTGAACCTACACTAGTCTCACGGTTCGGTTACGATTATCATGCCATCGATTCTGTTTAATTCGATATTTCGGTGCATCACGGTGCATTGACGGTGCTTTTATATTTTCTTCACAGCAGCAGCTCTTGTATTAAAATGTATGAATATATTTATATTTATATTTATATAGGCTATTATTTGTAATACAATTGTGTCATTTAATACAAACAGTCAGATATATAAACTGTAACTTTAAAAAAAAAACAAGCATTTAGCAAAAAATATAAACAAATATAAATATCCAGCTCAATTTCTGATCCTTGTCTAGTTCTATTACACCTCTTTGATTGGTTACACCCTCAACAAAAACGGTTGCGATTGGCTCTTGCGCGCTGCGCTCTTCAGATGAATGATAAGCGGCAGGCGGCAGCGGCGATCTCACAGGTGATGTATGATAGACACGGTGGAGAAAACTCTGCAGACACGCGCTCGTTTCTGTATCCAAAAGTAACGCTGTAAAACAGCCGAGAGGAGAAGAAAAGCCACGCCAGCAGGTCAAATGGGCCACTGTGTGTGTGTGAGAAAGAGAGAGAGACAGAGCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGGTAGGTTACTTTCATTCTCAAACACACACAGTGAAATTGTGCACAGTTCATGAGTATTAAGTAGTTAGAGCGTTGTAAATACTCGCGATCGTCTCCCTCGCGACAGAGCGCATATGAGGTAAATGACGTCAGTAATAACCGGTTATGATTATTACTGAACCGATACCGAATTGTCCTAGTCTGCATCGCGGTGCATCGAAGAAACGATCAATTTTGACACCCCTAATAGTTTATTTATATAGCACATTTAGTGCATATGGTATTTAAATTATTTATATTATATATTATATTATATATTATTTAATGTGTATTAATATTGGGTGGCGCAGTAGGTAGTGCTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCAAGCCCCGGCTGGGTCAGCTGGCATTTCTGTGTGGAGTTTGCCTGTTCTCCCTGCATTCGCGTAGGTTTCCTCTGGGTGCTCCGGTTTCCCCCCACAGTCCAAAGACATGCGGTACAGGTGAATTGGGAAGTCTAAATTGTCTGTAGTGTATGAGTGTGTGTGAATGTTTCCCAGAGATCGGTTGCGCTGCATAAAAACGTGCTAGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTCGCGACTAAAGGGACATGAATGAATTAATGTATTAATATGGTTTATTTACGTTGTACATTAAATACATGACAATGCCTATAGAATTAAATTGCTTATTTATAATGCACATTTAGTTGCATTGCACATTTACACATGTAGTATTTATAAAGTGTGATTACATTACGCATTTAAAGCATTTATTTATTTATTTTTTGAGTTCGTTTACATAGCATGTTTAATGCACAGGGGGGATTTAAAGAGCTTTGCTTAAACATTGATGCTGTAAAGTGGTGTTTTCCCCATAGCGAATAAATGCCCTGTTCACATGTGCACAG
Seq C2 exon
CCACTATAGGAATCTCTCATCCTGATATCGTGGTGGAGACCAACACACTGTCCAGCGTTCCTCCTCCTGACATCACATACACACTGTCCATTCCAGACAGCACCGTAAGCACAGGCCTGCTGTCCGCCCTGCAGCTCGAGGCCATCATCTACGCCTGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000098801:ENSDART00000159719:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.865 A=NA C2=0.093
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF138721=AAA_34=PU(16.8=92.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]