DreINT0018929 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000086539 | SH2D3A
Description
SH2 domain containing 3A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16885]
Coordinates
chr1:58260480-58263208:-
Coord C1 exon
chr1:58263103-58263208
Coord A exon
chr1:58260655-58263102
Coord C2 exon
chr1:58260480-58260654
Length
2448 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGT
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
ATGTGTCTGTCCGTCCTCAGAGA
3' ss Score
11.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCTCCAATCTGTGACTGAAGAGGATCTCAGATTAATGGGGGTTGAAGATCCAGATCACAGAGTGAAGATTCTCGCAGAGCTGCAGAAACAGCAGTGTGATACAG
Seq A exon
GTGTGTGTGTGATACAGGAGTGTATGATACAGAAGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATACAGATGTGTGTGTTACAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGTGATACAGGTTTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGTGATGCAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGTTTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGTTTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGTTTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGTGATACAGGTTTGTGTGATGCAGGTGTGAGTGATGCAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGTGAGATACGTGTGTGTGTGATGCGTGTGTGTGTGTGATGCGTGAGTGTGTGAGATACATGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCGTGTGTGTGTGATACATGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGAGACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGTGATACATGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATGCAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACATGTGTGTGTGTGTGACACACGGTTTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATGCAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGTTTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATGCAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGTGATACAGGTTTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATGCAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGTTTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGATTGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGTGATACAGGTTTGTGTGATGCAGGTGTGAATGATGCAGGATTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGATACAGGTGTGTGTGATACAGGTTTGTGTGATGCAGGTGTGTGTGTGATACAGGTGAACACAAATCAGTACAGCTCTCTTCACTGCAAAAGCTCATTATAAATTGCAATAAAATACATTCAATACATACAGATCTTGTTTAAAGTTGAAATGATTTGGCTCATTTTAAGACAGAATATTATGTATAATGACAATTCACAAATTCTCCTGTTTAGTAACTCGCCAGTTATAATAGATTTAGTCTATATACTCTGCTTGGAATAAGTGTGATTATATTTAATGTAGTTTTGTATTTACTAAAGCCTCGGTCCACTTTCTTGTTTTAAGTATAATTATCAGACTGCACCAGCAGATCACTTGACTATTTTCCTACTCTTCTTAAATCATTCAAGACTCGAAGTTTATTTCTCAGTGTGTATGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACCTGTTCTAGGTGTTGTCTGATATATGTGTCTGTCCGTCCTCAG
Seq C2 exon
AGAATAACTGTACCACCGGCACGATGAGCAGCAGACACTCGCTGGACCTCAAGCGCACTGACCTCTTCCGTCACAGCATCATCCCGAGGCTGCGTCGCCGTGATAAAAGAGTCTCCGCCTCCTGCATCCAGCTCCGCCCTGAAGACCACGCCCCCTGCAGCAAACACAAACCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000086539:ENSDART00000130415:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.222 A=NA C2=0.390
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0053625=SAM_1=PD(49.2=83.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]