DreINT0021387 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078362 | TNC (2 of 2)
Description
tenascin C [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:5318]
Coordinates
chr5:5229575-5234541:-
Coord C1 exon
chr5:5234411-5234541
Coord A exon
chr5:5229708-5234410
Coord C2 exon
chr5:5229575-5229707
Length
4703 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTCAGG
5' ss Score
2.6
3' ss Seq
CCTGATGTGTGTTGTTTCAGGAG
3' ss Score
8.9
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTGGATGCTCCTCGTGATCTGGTGGCCAGTAACATTCAGACGGACAGTGCTGTGCTCAGCTGGACGCCTCCGCGGGCCGCCATCACTGGATATACACTGACCTTTCAAAACTCTGATGCGGATGTCAGG
Seq A exon
GTCAGGCATTTCTCATTTACTACTAACTAAGCATGCTCTCACTCTTGCACACTACAAACAGGTTGGGAGTTTTTTGGACTGTCTATTTTGGTTTATTTGTGACTGGACAACAAATCCAGTCAATTCAATTCAATTCATCTTTATTTTTTATAGCGCTTCTACAATGTAGATTGTGTCAAAGCAGCTCAACATAGAAGTTCTAGTAAATTGAAACTGTGCCAGTCCAGTTTTCAGAGTTTAGATCAGTTTAGTGCAGTTCGGTGTGGTTTAATATTCACTTCTGAAATTCCAAACACTGAAGAGCAAATCGATGCGCAGCTCCACAAGTCCCAAACCAAGGGTCAGGGGGGTGTTGGGGTTGAGTTTTATAGACATTCAGAGAGCTAAATAAATATGCTTTCCATTTGTTAGGATAGGCCAATATTTGGCTGAGCTACGACTTTTTGAAAATCTGAGGCTTCAAAAAAATCGAAATATCGAGAAAATGGACTTTAAAAATGTTCAAAATTAAGTTCTTAGCAATGCTTTTTTAATCAAATTTGAAGTTTTGATATGAAAGGAAATGCACAAAATGTGTTTATTGAAAACATTTACTTAATTTTCTAATTGTTTTTTGGCATGAAAGCAGGCCCGGATTGGCTAATCGGGAGGACCGGGAGAATTCCCGGTGGGCCGGTCTGTTTTTTGGCCGCGAGGGCCGGTGTCCCTAGCTCCAGAATCTGCTGCTTACAGCAGTCACACTTTTTAAATATATTTATCTATTTACTTGATCACAGCCTTTTTATTCATTATTTTACCGCAGCTTATGATATAACTTGATCATCACTCTCTGAACAGCTGTAATGGTTCAGTGGCTAACACGTTAGTTTTTGACCCCGCAGACCCGGGTTCGATCCTCGTCTAAGTAATTCTTTTTTTTTTCATTTTTATTGTTAAGACATATAATACTGTTAGGGTTGTTGAACATTTGAAGTTCTAAAGCAGTTGTTTTCTCAAAAAAGACGTGATAGTGTCATTAGAAACTGAATTGGAAATGACCTTATTTCAATATAGTCAGTGGTGAACTGAGGTGGGCCGGTCTGAGGCTTGAAACTCCAGGGCTGAAAAGGAGTCCCACTCCGGCCCTGCATGAAAGAAAACTGATAATGTATTGTTGGCTTTTCTTACAAATACACCAATGCTACTATGATTCACAAAATGCAAATCGAGCTCTGTAGATTGTATAAAACCATGGTCATTGACGACCAGGGGCCCGTTTCAGAAAGGAGGAAACTCAGAGTTTGTTAACCCTGAAATGAGAGAAACTCTGGGTTTTCCATTCCAAAATGGCAGGTTTGTTAAACTGGAGAAAGCAGGGTAAGTCAAGCCTGTTTCTGAAAGAGAGGTCACTTTAACTCAGAGACAGTTACTGTGGTCACTTACTCTGTGTACCTAACCTGGCCAGGAGCAGGTTTTATTCTCTAAACTCTGAGTTTCTGTCAGTCTCCTTCCCCTTTTTTAAAGACAAAGCAGTATTTCCCGCCTTAGCTTTACGTTTCCATCCACCTATTTTAATGCTCATTTCGGATATGCGCATAAAAACCATTGATGGAAACGTCATGATGCACATAACTTTTAAAAAATATGCATAAAAAACATGCGCATAACTGAGTAGGATATATTTTTATTAGATGAAAAAAGATGCGCCTAAACTACGATGGAAACTCTTTCACTGAACAAATTCCAGTATATGCATAAAAAAAATGTTTGTTATAAGAGATGATGATGAAAATATGTGTGAATAGACAAACCAGCAGGCTGAACACACTGTAGCACATCTTCAATGTTGTTTTTGTCATTCCAAAACGCCTTAACCGTTTCCGTATTAATGTTATTTTATTATTAATGACCTCCAGAGCGTCTGAAGCATGTTAAGAGCGTCTTTCTTCTTGTCTCATGGCTTCAAACGCCCCCACTCGTTCATTGTGTGTCAGCATTGTCATCTGAGGTGCAAGTACATTTATTAAACAATGAAAAGACTGACGCAGCTTCTTCTACCGCAGTAAATTCTGTTTTTGCTGTTGATATATGGTGCCCGTTCAGGAAGTGACGATTTTGTTCTCTTTGACTCGTTGGATGGAAACGCTGCTTTATTCGCACATCTTTTATGCGTTATTCCAGTTTTACACATAAATTTAACTATTATGTATGGATGGAAACATAGCTATTGCCTACATTTCAGTCAGACAAAGAACAAAGTCACGTACGAGAGTGGATTGTCCTTTTTTAATAAATAATTAGCTTAAATTCACTGTCCTTCGACATGTTCTGTAACTAGATTAATGGAGTTATTATTATTTCTAATATTGTTTAGTTCTGCTTAAAGTCTAAATGTCATATCAACCTCTATCACTTGATCAATAATAGTGGCACACAAGTGCACTTTTAAATCTATTAAAACTGATCAGCATGTATAAAAGTGGAAACGTGTGTAAAAATGTTATAAACGTCACACATAACAATACTTATATTTTAATAATTGTAATACTTATTATTAGGGATGTAACGGTATCAGAATTTCACGGTACGGTAATACCTCGGTATGAATGTCACGGTACGGTATTTATTGAATCATTTACAGGAAAAAACAAAACTTATGAAAATACTCCAAAAAAGTGCCAAAAGTGTCAATGACATACAAATTAGCCATCTATCTGTAAGCTTTGAAACAGGAACTTCAATTTTAATAACAAAAAAATATTAAACCATGTAAAAAAAATAAAGTTTCAATTTAGTATTGTTGAAAACTCATCACATTCAACATTTAATCACTCACTCACTTAGATAGAGATGGGTTTAAAGGAAAATTATCATATAAATATAATCTGGTAAAAGCTGGTATCTCTGGGCATTTACAATGTCCCCTGCCACAGAAAAAACCCTCTCATTTGGGACTGAGGTTTCTGGGACAAGAGAGATATGACTTGGCCCAGGTTGACAGCAGTGGGTAACGTTGTGCATTGTCTTTCCCCCACTTGAGAGGACAAACCATGAGTAAGATAGAGGTCTCATGTCTGCATCAATCTGAACAGTGTGCTGACAACACCGCTATTCAGTACGCGCGCGACAACACAGCTGATAAGAACTCGCGCGACAACACCGCTATTCAGTACGCGCGCGCAGCGACAACACCCGCTTTAGAGTTTTCCAGCTCTTTTTCATCCACGCTTCTAGCAGCACACTCCATTTCCGCATTACTGGATCTGTAGCGACAACAGACCGCAAGGGATGATGGTCAAGCCTGGTCTGATGGGAATTGTAGTTTTCGCTACCTCCCGTTCGCTTCATTCGCCTGAGCAAATTTTCTCAGAAGACCTATAGTTTTACCGAGTCATGCGACTTCGGTAATATCGAAAAAAATTAATATTGCGGTATGACGGTATTTACAATACCGTTACATCCCTACTTATTATGCATAAATATTTAAATACTTTAAATGAAAAATTACACATTAACTTGAGCTGTTTTCCCACGCTAACTGTCTCTGTTTCACTGATGCAGTGGTGTTACTTTTTTAAATATTTGCTATAACTCTGCATGAGCACATCAAGTTCAGCAGGAGAAAGAAATGCTGATCTTTTATATAAGATGTTACCATAGTCACTCGTAATATCTGCGCTCTATTGATAATGCCTTTTTATAGTCGCAGTGTGCGCGCTTATCTCTGAGTTGGTCTACTCAAAGTTGATTGACCCAACTCAGATCAGTTCTGAAACCGAGTTTTTAATCTCTCGGAAAATCAACTCAGAGATCAAGTTTACACTCCGAGTTGGTTGATCCTCCTTACTGAAATAGGCCCCAGATCTTTGAGAGTAAAAATTATACACACACACACATAGTAGAACAGTAGCTACAAACTTAAAGGAGACCTATTATGCAAAAAAGTCACTTTTATAATGGGTTTAAACAGTTTTTTTTTTTTTGGCAACACTATGTAAATATAGCCAGCTTCTAATAGCAAAAGTTAACTAATTAAATTCTTTATAATCACACTTGAAAAAAACAGTCTGCAGAAACACTATGACAATCTCCCTTTGTACTTGTCAACGCCCTGCCCATTAGTGACAGTCTCACCCTCATTACCATAGGACGTTAGTCCTGTTTTGAATCTGCCGCTATGCTGACACACAGGCATATGTAGCTCCGCCTTCTTTTGAAAAGAGCACACCCTAATTTAAATTTAAAGCAACAGTCACCAAAAATGCCACAATTAGGATCAAAGCCTAAAAGGGGCAGATTCAAAGAGTTTTAAAACATTAATTGTGGGGTATTTTGAACTGAAACTCCAGCCTGATCTCACAAGAAAACGTAAGTATTTTACCTTTTGGCAATTTAGTGGCTAATTCGTACGAATTCGAACGAGTTCAGTCGTAAGAAAATGTACGATTTTAAAAAGGAGGCGTGGCACCTAACCCCACCCCTAAACCCAACCGTCATTGGGGGATACGCAAATCGTACTAAAATGTACGAATTAGATCGTACGAATTTGTACGAATTAGCCACTAAATGAAAAAGTTACGAATTGCCGTGAGATTGTGTTGGAAACTCCACTCAAGTGACTTGTTGTACATCTTCATTAAGACTTTAAATGAACCCCTCTAATATAAAGTGCCCACGCCTTTTTAAACAGATGTTCAGAGTGTACCTGATGTGTGTTGTTTCAG
Seq C2 exon
GAGGTGATTGTGGACCCGTCTGTGGCATCTCATACTCTGTCTAATCTGAGAAGCACCACAAAATATACAGTCATTCTGCAGGCCGTGTCTGAAGACAAGAGGAGCAGGAGCATCAGCACTGAATTCACTACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078362:ENSDART00000112856:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=PU(51.9=93.2)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PD(45.6=80.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]