DreINT0021838 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104035 | TTC16
Description
tetratricopeptide repeat domain 16 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:26536]
Coordinates
chr5:65287761-65289492:-
Coord C1 exon
chr5:65289349-65289492
Coord A exon
chr5:65287862-65289348
Coord C2 exon
chr5:65287761-65287861
Length
1487 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAC
5' ss Score
7.29
3' ss Seq
TATTATTTTCTTTCCTAAAGGGC
3' ss Score
8.37
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTCAGTTTTATGTCCAGCGGGCAGAAGCATATCTTCAACTGTGTGACTTTCAGTCTGCAGCACTGGACTACAAACATGCCAGAAGACTAGAACCACAAACTGAGGCCTACCATCAACGACTCGCCTTCATACACTACCTACAG
Seq A exon
GTACACAAACTCATTTATTAACAGATGTGAGAAAACATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATGATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTTTATTATGTTATGTTATATTATATTAATTTATTTTATTTTATTTTATTTTGTATTATATTATATTATGTTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATAATATTTTGTATTATGTTATGTTATATTTTATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTTTGTATTATGTTATGTTATATTTTATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATCATATAATATAATATTATATTATATAATATTATATGATATAATATTATATTATATTATATCATGTCATATTACATTATTTTGTATTATGTTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTTTGTATTATGTTATGTTATATTTTATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTGTATTATATTATATTATATTATGTTATGTTATATTATATTATATTATATTGTATTATATTATATTATATTATATTATACTATTTTGTATTATGGTATGTTATATTTTATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTTTGTATTATGTTATGTTATATTTTATAATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTTTGTATTATGTTATGTTATATTTTATAATATTATATTATATTATATAATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTGTACAAACTCATTTTATATAATTTTATTCTTTGTTATAAAGATTTAGATTCACATATGGATAAAGGTGCATCAAAGACAATGTTATTATTTATACTGTGTCTTCATGCTATGTTTTGTACTCATTGTGCATTTTGTTTTCTTGTTAGATGTAAGATAATCATGTGAATTTAGAAGATTAATTATAATTATAGTGGAAAACCTTGTGATCCATATGGCGTTCAGTCAAGATATTGTAATATTTAAGAGACGTTTAAATGGGTATGTTTTCGGAAATATGACACTGATGAAAACATGCTCTAATTTGAGCTTTTTTTGCTCTTTATTTATAATATTTATTCTTCTTGGTTTTGATCTCATTTACAAATGTATCTATTCATTAGTGCATTTTTGAATGATTGTGTATGCAGCCGTTACAAAAATAAAATTAAAATTAATGTTTAATTTCCCATTTATTATTTTCTTTCCTAAAG
Seq C2 exon
GGCCAGTGTCTTTTTGATCTAGGCAACTTTCTGGAGGCTTTAGAGTCCTTCACAAAAGCTGCAGAACTCAAACCCGACTTTCAACCTTATCGTATGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104035:ENSDART00000170677:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134141=TPR_11=PD(47.1=65.3),PF0771912=TPR_2=PU(17.6=12.2)
A:
NA
C2:
PF0771912=TPR_2=PD(79.4=79.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TCAGTTTTATGTCCAGCGGGC
R:
CATACGATAAGGTTGAAAGTCGGGT
Band lengths:
238-1725
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]