DreINT0022369 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001909 | VILL
Description
villin-like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30906]
Coordinates
chr24:20300321-20305326:-
Coord C1 exon
chr24:20305245-20305326
Coord A exon
chr24:20300426-20305244
Coord C2 exon
chr24:20300321-20300425
Length
4819 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
AAGGTGTGTCTCACCTGTAGGGC
3' ss Score
8.62
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTACTTCTGGAGGTTGCATGGAAATATATATTGGAATCAGTGCTAAATTATTGTGTCTGTTGACCTTGGCTGCTGAAAAAG
Seq A exon
GTAAGATTTTTTGCTTTATTTCACTAAGGTATCTCAGTTTAGACTGTTAAAGGATCAACTATTTTGCCTTGACTTATAGAATTATGCTTTTTGATGTAACCTAACTGATTTAGTCAAATTATTTCTGTGATGTACTTAATTTATCAGATGTGACCCTGGAAAACCAGTCTTAAGTGAACATTTTTGGAAATTTGTGGAGATTTATGCATGATTTGAAAGCTGAATAAATAAAAGTGTTCCATGTATGGTTTGTTAGAACATTTTGGCTGAGAAAATCACTAATTTCTGGGTTCAAAAAGCTACAACTACTGAATATTCAGAAAATCACCTTTACATTTCTTTGAATGAAACTCTTAGCAATGCAAATTGCTAATCATAAATTCAGTTTTTATGTACTTACAGAATTAAATTTAGTAAAAATCTTCATGGAACATAATCTCTACTTAACATTGTGATGATTTTTGGCATAAAATAAAAGTCTGGTATTTTGACCCATTGCCAAAAATGTACCCGTATCACATAAGACTGGTTTTGTGGTCCAGGGTCACAAATGAAACATTTATTTAGGTCACAAAAGATTGCACACGGTCAGTATTTCCTGGTCTGATGATAAACTTCTGAATAACCTAATATGGTATTTATAAGCCTTTCTGAATCACATGACCTTGAGCGTAATTGGTTGTGTGTTTTGCCTCATAGAGATGAAAACTGCACGTATGAAAGTACATTTTGAATTTGGCTGCTGTTTGCCTAAGGTGTCTCTGGGACGGTGGATGAAAGGAACAGCTGAATATGAGCTCTGTTATGTTGGGTTGATCCTCTGGAAATGAGTCACATCTGTTTGCTTTACTATTGTCATGAGTGTTTGTCGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTATTTTACTATAGTGTTAGTGAGAAAAGTACTCCGAAATCTAGAAGGTTTCTTGTTGCGCAGTTAAATGATTAAGTATATGAATGTTTAAAAGGATAGTTCATTCAAAAATGAAAATGACCTCATCATTTATTCTCGTTCATGTGGTTTCAAATTGTTATGAGAAGATTTTTTTATGTGGTTGCTGACACCCATCAACTTCCATAGTAGGGAAAAATGCTATGTAAGTCAATAGGTGCCAGTTACCAGCATTCTTTAAACAAATTCAAATAAGGTTTTGAACAAGTGAAGAGTGAGTAAATGATGAACTTTCATTTCTGTTTTGACACCAGCATGCAAAGGACAAGCATGATTTGTACATACACATACTTTAACATCTACACAATTAACCAGCTGGTAAACCTTGACACCAGACAGACATTTTAGACAGACCCTGTTGATCTGTTGCCTTCAAGAGTATTCTTGTTAAATACACTCAGATGCCTTCTGTTGTTAGAATTTGAATGTCCTGATAGCAGATTGAAGATACAGAAGAGGGGATGTATTAATGGATGGAAGGGATATATAGGCACATGGATAGATGGGTGGATGGGAAGATTGATTGGTGTATTGATTGATATACAGTTAAAGTCAGATTATTAGCCCCCTTTTGATTTTTTTTCTTTTTTTATATATTTCACAAATGATGTTTAACAGAGCAAGGACATTCTCGCAGTAAGTCTGATATATATTTTTTCTTCTGGAAAAAGTCTTATTTGTTTTATTTTATCTAGAATAAAAGCAGTTGTAATTTTTATGAACAATTTTTAATGGTCAAAGTTATTAGCCTCTTTAAGCTATTTTTTTAGACTGTCTACAGAACAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTAAACCGCTAAACAGAAATTGACGGGAAAAAATAAACAGGTGGGCTGATAATTCTGACATCAACTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTTTTTAATCCGGGGTCGCCACAGCCGAATGAACTGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTATGCAGCGGATGCTCTTCCAGCCACAACCCATCTCTGGGAAACATTCACACAAACATTCACACACACACTCATACACTACGGACAATTTAGCCTATCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCAGAGCACCCGGAGGAATCCCACGCGAAGGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACGGCAACTGAGCCGAGGTTCGAACCAGCGACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCCACTGCGCCTACCTTCCTTGCCCTATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATCAATCTATCCATTTATTCATCCACCCAACCATATGCATATATATATCCACCTATCCATGTGCCTATATATATCCATCCATGCATTCTATATATCAATCCATCCATTTGTCCTCTCAACTATGTGTCTACATACATACATACACACACACGCACATACATATTACACATTATATTTGTGGTCTGACAGAAGTGTCGTCCTTCTCTCTCCTCTATCAGAATGCCTTCGATTCTGCTCTGCAATTAAGCTGAATCCTCTGAGCATTAATGAAGCAGCATTTTCTCTTTTCTTATCTGTGTTTGTTAGCGGCTGATGGGTGGTTTGCCTCTGATATCAGCCCAGGGGTCTCTCGCAGGGAATTCTCTCGCTCAGTCTCTCCATCTGCTGGAGTGGAACAGATTAATCAGTGTCTCCTCTCTCCGGCTCTCCAGAGTGTCTGTGTGTCCCAAATGAAGCTTTCCTTCTGATCTAACAGTGAAAGAGCCGATGCGAGAGGAATCCAGACACACTCCAGACTCGCTGACCTCCAGTAATCTTACACACACTTGATTTACTGACAGAATGCATGACAAACAAGCAGATTCTTAATTAGGAATAAGGATTAGTTCAGCCAAAATGACACATGTAGTTATTATGCATTGCACTCACCCTCATGTTGGTCCAGACAGCTCTGGACTTCAGCCAAAATAATGAAAATATGAATTTAATGGTCTCCATCGTAATGCATAAACAAATAATGTAGAATTATACATTAAAGAGTCAAAAATGATGCAAATATTTTTCAACATAGTCTCACCAGCTCACCTTCAGTATAGAATTGAAATTGCTTTTAGTGAGCTGAATCTAGAGATCTATTTAAATATCTCACTTAAACCATTACATCCAGGAAATATGTTACAAAAGGCCTGTTTGTTATTCTGTACAGTGCCGTATAATAAGTATTATTGCCTGAATTCTTCCTTTTAAGTTACTATAAAATACCATAAAATAATTAAGTAAAATGAATTCCTCAATCTCTATGAGGCCTCAGGATGGGCATCCCCAGGTGGAAATGGAGAACAAAAAACGAATTAGCGTAGCTGCTGTTCATAATGTATTTGAACAAGAGATATTAAATGTCAATGCGAAAATGAAGTGCTATAAATAACAAATGAGTTATAAAACCAATCATAAAAAGAAATATATAAAACATAGCAGTATTTCTAACAAGTGCCTGGTGTAATAAAAAGAGTATGTCCTACAGGTGGTTTGTCAAGCCCACTTACCTGAATGAAGCACACTCATGCATCCTATGTCTGATGCATTGTGTATATGCTTTAATAAAAAGGTAGGTCTTTAATCTAGTTTTGTTCTGTGAGAGTGTGTCTGAGCCTCGGAGAAAGTCAGGACGGCTTTTCCAGAGTTTCAGAGCCATATATGAGAGGATTAGACCTCTTTTGTGGACTTTTTTTCGTACTGAGTACTAAGTAATGAAGCATGAGTGTGCTTTGTGTCTTGACTCATTGCAGCAGTGTGTGTGTGTTCACTCAGTGGAACTGTGGTGCGTGTGTGTTTTGGGTGTATTTTCACTCAACTCACTGGAGCAACAATTAAAGTCTTACAATTAAAGTCTTACAGTTTTATAAATATGTGTACAGTCTCAGCATATATAAGTACACCCCTTACAAATTTGTCTTTTAAATTTATCTTTTTAATAGGAAGCTATATAACATTATACAGTATTTGTGCATATACATTAGATTAGTCAGTATTGAAGCCACAATTGGAGCTTATCTAACTAAAATAACTTACGATAACAGTCCAAAAACTAGTGCAGCCAAATTTATGTCACAGAAAATTATTAATTCCAAGTGATGGGTTGCTGCTGGAAGTGGAAGTAAAACATATGTTGGATAAGTTGGCGGGTCATTCCACTGTGGTTAGCCCAGGTTAATAAAGGGACTAAACCGAAAAGAAAATTAATGAAAGAATGATTGAATGAAATATTAAATACAAATTTGAAAAATCGAAAGAAGCAAAAAAAAAATTTGAAAAACTTAGTTGAAATTTTGTAGGTTGTAATTTATTTAATTTTTTTTTTTTTTGCAACATTTAGCTTGAATTTAAAAATGTTTAGTGACTAAAATTATATTTTAATAAATTTATCTGTTTAATAAATCTGTTTTGTTTAAATGCATCAAAATACATTGCCTACAGTATATTTACTAAGAAATGGATCAAAATATTCATTTTGAAAATGGGGTGTACTCAATTATGCTGAGCACTGTATCTGTTCAATATGAAAATACAGAACAGACAAACTTATACTTTAGTCATTAATGATTGTCTTTTGTGTTTGATTGCTTCTAAAGGTTTTATTTTCAAATGGAGTTTTCATTTGTAAAGGTGTATTAATGTAGGCTTGCGAGTGAGGTCAAGAGCAGCTGCAGTTTTTCTCCATATACAGTGCTGTGTGAGTTTGAAGGTGTGTCTCACCTGTAG
Seq C2 exon
GGCTGGACAGTAAAAGCCTTTCCCTGATCAGCACAAAGAGGAAAACACAATTCATTCATACAGTACAACACCAACCTCAACAACACCTCTGTCTGACACACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001909:ENSDART00000048940:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]