DreINT0023499 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074749 | abca12
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 12 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9790]
Coordinates
chr9:40943721-40949430:-
Coord C1 exon
chr9:40949101-40949430
Coord A exon
chr9:40943791-40949100
Coord C2 exon
chr9:40943721-40943790
Length
5310 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTGTGT
5' ss Score
4.96
3' ss Seq
TATTTGTTTCTGCTCCACAGAGT
3' ss Score
8.95
Exon sequences
Seq C1 exon
TACATGAAAATGATGGGGGTCAATCCCATCAGCCACTTCTTTGCCTGGTTAATTGAGAGCGGTGCGTTCCTGTTGGTGACCGTCATCATCCTCACCATCATTCTGAAGGCTGGCGGGATCCTTCCTCGCAGCGATGGATTTGTGCTCTTCCTCTACCTCTGCGACTACGGCTTCAGCGTCCTCGCGGTCAGCTTCCTGGTCAGCTCCTTCTTCGATAAGACCAACATCGCCGGGCTGAGTGGCAGCCTTATCTATGTCATCTCTTTCTTCCCCTTCATTGTGCTGATCCACTTGGAGGACAACCTCTCCTTCTCTGTGAAGAGCGCTCTG
Seq A exon
GTGTGTATCATGTTTTAATTGGTTTTTGCAGTTTAACATTGTTGTACAGTCACATTTTGAAGATTTGCATAAACACTTGAGATTCATTAATGATAATTATTCTATCAGGCAGTTGAATGCTTAATTCTGATTGGCTGGTGAACATTATAAGGTGTGCAGTTATTTTCAGAGGAATGCTTGAAAAAGGTATATCAAAGCAGCTTTTGAGCACCTTATAGTTCCATATCCCCGTGGAACTTAAAAAGTTTTAAATTTATCTTACATTTCAAAAACACATTTTTAGGCCTGAAAATGTTAAGAGTTTTGAAACCCCCATCTTTCAGTTCAAGTCTACCTCAGAATTTGTTCAAAAAATGCTACATGATGGGCATGGAGCGCTTCAAGCAGAAGGTAGGAGTGCGCGTGGCCGGCAGAGCAGGGGAAAAGGGGGGGGCGAACAACTGTCAGTTGGCTCACCAGCTCAAGACAAAAAAAATAATAAAAATCTGACACAAAACGTAAGGAAATGCATGATTTTATAGTTTACAAAATTAAAATGCAAAGAAATAAACAGTAATTAATTTAATGCCCTGCTACATGTATCATAGACTATTTGTAGTTTTATATAATATATAACCACAATTAGTTATATCATTGTAAAGATAATCATGTTTATATAAACACTATAAATAAGGAGGAGTTCTCTCCTGCTGAATCCCCGGGTTTAGAGGATTTAAAACATGTGTGTGTCAGGATTGGTGAGAGGAAAAAGAAGTGAGGACCCAATTGCAGAGTGAATGAATATTTATTCTTAATAAAATAAAATAAATGGCAAAATAAACAACCCAGAGGGGGAAAAACACCAATAAAACAAATAAACAATCAAACCAAACTAGGATGGCTGGCGGAGATCAGGACTGGAACAATGTAACAGACAACAAGACAAGGTTACATACGGTGACGAACTGGCACAGAACAGCAGACATGAGGGGATTATAAAATGTAATAAATTAACACACAAACAGATGAACATAATTAACTAATAATGGGTTAACAAGGAGGGTGGGACTAGACAATAGACGGGAGAGCACATGACACAGAGAGACAACACAAGCCATGCGCTCACATTAGGCAAGACTAGAACACGCAGCTAATGAGAGAACTCACTAACTACGCATTCACAATAAAACAGGACAAGAACATGCAGCCAATGAGAGAACTCATTAACCGCATGTTCATGACAACACAAGAACAACACTGAAGCACACAACAAAAGCACGTGACCACAATGTAAACACAGAGCCACGTGCTTTGACAACAGACACAAGACACGAGCACGCGATAGATACACCTTACCGTGTGCTCACACATATGCAACGCGCATGCTTCATTTCAGCGTCGACCAAAACCGAAAGCAACTAGACGAAGACGCTGAGAATGAAGCAGCGCGTTGCCGACAAAACAAAAACACAAACACGAGTACAAGAGCACGCGCGTCGGAGGCACGCAGAGCCCGCACGGTCGCATCAAGCGGGAGCGCGCACGCTCTGTGCACGCCTACGAAGGCGCGCCCACACAGAGACACACACAATGATAGAAACAAGTGCTTGACCCAAGAAAACTCGAGCCGAGCACGACAGGACTAGACAGGACTAGTGTCTGGACTCTACCAAAACAAGAATTTACATGACCAGAGTGGCAGAACCCTGACAGTGTGAACACAGCAGCATGGTGATTTGTCTAAATAGTAATGAAATCAACTGATAAAAGTCTGCCATTCTCTAATACCCGTACAGCTCTCCTAACAAAAATGCTTTCTGCATGCAAACAGCTTGACTGTATCGCAGGGAAAGACATAGAACAAACCCTGTGGATCATGAAATCACGTACAAGTCTTCACAACCACCTAAATATGCAGTCATGAATAATTAAGAAGCAGGATCTTCTCATAGGATAAGACAACTCAGTCTGTGAGTAATAATGAGAAACCGATGCGTCATCTCTGGACAGGCAGATAGCGTTCTGTCACCGATTTTGATCCCTCCCCAATAATGATTTTAAACCCGGAGGATGAAATTAGCTGACTAAAGCTCACAATTATCCAATTTTTCCCACAATTAAAGTTGACAGGTGCTAACGTTGTCTTAAATTATGATCAACACATATTAATCTGCTAATATCTGAAAAAAAATACTCCAAAAAATTTTGTATCCTAAATTATTTTAAACAGGTTTAAATTTTCCTATTTCCACACTTTTGGTTGCCAGTAATACGGTCAAATTTACAAGCATACTGTAAATTAACAATTACAATTGTGCTGTAAAACTACAGCACAATTGTAATTGTTAATTTACAGCACACGTAAATTTACAGCATTATTACACTCAAATTCCCTAATCAGGGAAAGAAACTAAAATCAATTACACAATTCTTCATGATAATAACAGAGCAATATATCCCTTATCTTCAATTTATACAAAAACTATGTACAGAATAGTGGATATAATATTTATAAATAGGCATGAAACTAAAGGTTTTTTAACATAAAGACATTGGGTTGAAGTTTTATACACAATCGGTTTGGACCAAAAGTCAACAAATATTTCTTTTTGATTATTCACGCAGAGTGTACTTTTCTCCTAAACTTGTCAGTTAAAAAAAAGAAGTAATGCTATATTGAAAAAGGTGTATGTATACAACTAGCCCAATACATTGGCCCAACCAGACCATTAAAAAAAAGTCTAAAATTTAATTTATAATGGTCTTAAATAGTCTAAAATTTGACTTGATGAAACCTGCAGAAAGCCTATCACTACACTGATATCATTTAGTGTATATTTACAACAGTCAAAAATTAAGTCAATTTAAAACAAACTAAACGCTTTCATTGAGCTGTGTGTGTATTATACACAGAGGAAATGTTTGAGGACAAAAACTGACAAAACTCTTGAAATGCAGCATCTGAACAACTCAACAAAGCGTTGTGACCACACATCCACCTCAGGTTTGCATTATTTACTTATAATACAACAGCCAAATGATAATTATTTCTTATGTAATGAAGCTTTTTCTTAAAATATCATTTAGATTTCCATTAAAATGTCTTATTTTGTTCCATTCTGTCCTGTTGAATCCACTCCTCATTTTAGGTATTGAGATATTATTTTGTAAGTTAATTAGGTAATATGCACTACTAATAGAATTACAATAATGTTGTGTCAGTTAATGCATTTATTAACATGAACAAACAAGGAACAATACATTTATTACAGTATTGATCATGTTAGTTAACATTAGATAATAGAAATAATGTTGTTAATTATTGGCTCATGTTAACAGGCATGGAATTGGATGTTATTAATGCCTTAGTAAATGTTGAACTATGATAAATAAACGCTGTACAAGTATTGTTCATAATTTGTTAATGTTAGTAAATACATTAACCAATGAAACCTTATTGTAAAGTTTGACCTAGATGCTTCTCTGTTAGAGTTGCACATTTAACAGTAGTTTAACTGAGAGTAACCGGTATGTGGAGTTTGGATCCAAACGTAAATTTGTTTCATTTGTAAAAACAGACATTTTGCCTTTTAAATATATAGAGATATATTCTTAAGTACGTTTATTAGCCTGCTTTCCTAAGTGTTTGTAATTTCAGGTTTTACTGTTATTGTTCTAAATATTATTTTACACACCACATGTTCTCTCCCGCACACAAATATCCCAAAGAAAGTATTTCTCAGTAAATGGAGGAAGAAATGCTTTATGGATAATTTATTTATAAATCAAAGGCGAATGGGACATTTAACAAAAGACATTTGCGTTCTTTGTGCAGCGAAATTTAATTAGCATTGCAGCTCCAGAAGTGAAATATCGCCCACAAATGTGAAACCGCAGCATTCACACAAATGTTAATGTGAGCACCAGCTGAGGACTAATGCACAGGCTGTGGCGGCGACAAAAATGTCTTTGCATGTAGTATTATATTCATGAAGAATAGGGTTATTAAGTTATTTTGTTAAATTATTAAGGCTTGCATTTCTGTGTTTGTAATTTCTACAGTAGATGTATTGATCTGTTCTTGTGTTAGTTAGGTGAGTTAAAAGTGCACGCAGTTGTTTACCTTACTTCAGTATAGTGTCTATAATAATTTGGTCATATATCCCACACCAAAACAATGGCTTTTGCTGCTTGTTCAAACTACTTATTTAAAATAAGTTAAAACAACACAATTCTTACGTTTTTTTTTCGTTTTTTTTTTGCGTTGTTTTATCCACTTCAATTTGTAAAAACTATGAAGTTAACTTTATCGATTTGTGTTGAAACAACATGAAAAAGAAGCTTTTTTTACAATGATTGTAGCTTAATCCACACAAACGACTTTATTATATTGAGTGCATTTTCATATTAAATGAGAGATTACTTACAATAAAAAGATTATTTTTTGACTTTTTTTCTACGAAGCGGAAGTGTGCTCTTTATTGCGATTGTTTTAGAACTTCCAAATCTTCTGGAAATGCAAATTCATTTCAAGATTCTGGAACTTTGTTGCATATGAAATTAGCACAATTTTTAAGATCAATTTAAAAAAGATCCCGGTCTTTTTCTTTTGGGACTACCTTCTAAACCACAAGCAACATCATTGACCCTTGACACATAAAGGTTATAAATTGTCAAATAAACTGCTACTTGTGGCAAGGAAATGCATCTTTATTAGATGATTTTGCCCCATGAGATGCTTGCAGCTGTGCTTAATGACAACATACAGAGTTTTCAAAATAAATGGTCTCCTTAGATCACCTGCCCTCTCATGTGAGAGAAATTTGTGTGTCAGTTTTTTGTAAAGGAGGGTTGTCGGAGGCTCAGGGAATGATCTTTTGTGTGTTTGTTTGTTACTTTTGTTGTTGTTTTTTATTTTATTTTATTCTGTTCTAATGTTCTTTTTTTCAAATTTCTCTTACCTCCATCTATTTGTTGGCTTATTTTTAAGGATTACTATAATTTCTACAACCCATTACATA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Seq C2 exon
AGTCTCTTTTCTCCGACATGCTTCAGTTATGCCAGCCAGTACATCGCCCGCTATGAAAAGCAGGAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074749:ENSDART00000138634:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126982=ABC2_membrane_3=FE(26.2=100)
A:
NA
C2:
PF126982=ABC2_membrane_3=FE(5.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]