DreINT0023504 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000074635 | abca1a
Description
ATP-binding cassette, sub-family A (ABC1), member 1A [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-031006-12]
Coordinates
chr1:51960240-51963900:+
Coord C1 exon
chr1:51960240-51960434
Coord A exon
chr1:51960435-51963694
Coord C2 exon
chr1:51963695-51963900
Length
3260 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACAC
5' ss Score
5.99
3' ss Seq
TGTAATCTGCTCTTTTGCAGTGT
3' ss Score
8.8
Exon sequences
Seq C1 exon
ACGCTGCTCCAGAATAACGCCAGCGCTCGTTTCTTCAATGCTAAGCTGAGCGGGACAGAATGGCGCGTGGAGGATGTGTCCCGCTTCTTGTCCAAGTCTTCAGAGGACACTCGTCCACATGGGACAGCGTACACATGGAGAGAAGTGTTCAACGAGACTGACCAGGCCATACAGACCATCTCCCGCTTCATGGAG
Seq A exon
GTACACAGTTTTATCTTCCTTAACGTCCTATTATCATTATCATCATATGCATGGTGCGAGACATTAATTGGAGATGCAGTTTTATCGTCTTTAGCTTTCTCATTGTGATCAACTTCAAGTAGATAATGTAAGACACTTCTGGTAAATAAGGTTAAAAAAAAACAATTTTTTTTTACTATGCATTGATATTTTTTGGATTACAAGTTTCTGAAATGCTAAGAATAAATATGCAAACGAGGCGATGCTTATTTAAATATGTGCTATTTGCATATATCTCTTTTAAATTTTGGAGTTTCTGAAATTGTGTTTTAAATATCTAAATGAGACATTGTTTATTTAAATATGTGCTAATTTGCATATATTTGCATATATCTGATAAAAAAGATTGGATATATTTTGTAGTATTACTATTTCTGAAATATGCAAATGAGCCAATGTTTATTTACATATTTGCTAATTTACATACATTTGCATATATCTAAAATTTTATAGTTAAATATGCAAATGAGGGCATTGTTTATTTAAATATATGCTATTTTGCAATCAAAAATTTACATTTTTTGTAATACAAGTTTCTGGAATGTTATTTTAAACATGCAAATGGGGCAATATTCATTTAAATATGTACTAATTTACAAATATTTGCATAAAAGTCGTTAAAAATGTGAATTTTTTGTATTACAAGTTTCTGAAACTAAATCTTTAAACGTGCAATAGGCAAATAAGGTAAATAGGGTGAAATAACAGAAGCAACATTTATAATCATGCTTCCCTGGTAATTGATTGCATTTAAAAATGTATAATATCTTTAAATGTACATATATTTGCATATATATATTACAAAGAATCTTCTATATTTTTGTAATAAAAGTTTCTAAAATTGTATCTTTTAATATGCAAACGAGCCATTGTTTATTTATCATTTAGCACCATGCTTTCCCAGTTAATTGATTGCATTTAAAATCTGCAATTTACATATATTTGCATAAATCAAAAAAAAAAGTTTCAGAAATTTTATCAGTATATATGCTAAAAGGCAAATACGTTTAAAAATCTGCATATATCATAAAAAATTACTATAGTTTTTGTATTAAAAGATTCAGAAAATGTATCTTTAAGTATGCAAACAAGGCATTGGTTCTTTAAATATGTGCTAATTTGCATATATCTCTAGCAAAAAAATCTAGCTAGTCCAGAAATCTGACCATAGGATATATATTTTTTGACATATTAACGATTTTATGGAAGTTGTTTTTAGCAGTTCACAATTACGAAAATAAAGTGTAAAGCCAGTAAAATAAATACATTTTCTATATTTGTTTAGATTTAAACATTGTTTATAAACAGACAAATTATGTATGGACATTATCTATCTGTCTAAATACAGACATGAGTAAAACTGTGCAGTCTGAATAGCTAGAGTGAAGATTTATAGCATTAAGTTTTTACATTTTCACTTTTAAAAATATACATTATAATTTATATAAACAGATACAAAATTATAACATGCAAAATAAAATGCTTAAATTATTTACTGGACACTGAATAAACACAAATTTCCAAATTCTCAACATTGAGCTGTTTATTTCTCAAAAACAGCTCCAGAAGCTTTATGTAGGCATTGTGTGGGTGTCTTATGATGCTTGCTAATCAATTTAATGCCTGTAAGAAAGCTGAATCCATGTTTTCATTACTCGTCTTATTTTTCTGGGTCAGTGTGCCATCAGTTCACTAAAATACAGGAGCAAATCAATTAGCAAACCACCAAAGCAGGTCATATCAGTTCACCGGAGACAGTGAGATCGGCTGATTATTTTACTGCTCCTGATTATTTGATTACTGGAGTCATTTGGTCAACATGACCCAGACTTGTTTATTCACTGTACTGATTTTTTACATCCTGATTAACTAATTTAATCAACTTCAACTTGACCCAGATTCCTTTCAAATACTTTTTCTAATAAAAGAAATTGATAGCCCTAGAAATAAATTAATATATAAATAAATAAGCAAATAAGTAAAATAAATAAAATAAGATTTAAATGTTAACACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGCATTTACTAACATGAACTAATCATGAACAACACTTGTACAGCATTTATTAATCATAATTGAACATTTACTAATGCATTATCAACATTCAAGTCCATGCTTGTTAACATTAGTTAATGCACCATGAGTTAACATGAACTAACAATGAACAACTGTATTTTCAATAACTAACGTTTATTAACATGAATAAATACTGTAGTGAATGTATTGTTCAATGTTTGTTCATGTTTGTAAATGCATTACTTAACATTAACTAATGAACCTTATTGTAAAGTGTGACCATTTAAATAAATATATAATAATCCTATAAATAAATAAATAAATAGAAAAAAGACTGAAATAAAAAATAGACCTACAAATAAATACATTAAATAAAAATTAAGATTAAAATAAATAAATAGTCCTATAAATAAATAAATAACAATAAGATTAAAATAATTAAGTAAAAGTACTATAAATAAATAAATTAAAATAAGATTAAAATAAATAAATAATAGTCCTATAAATAAATATAAGAATAAAATTAATAAATAATAGTCCAATAAATAAATAAAAATACGATTAAAATAAATAAATAATAGTCCTATAAATTATTAAATTGATAAATAAATTAATTAATTAATTTATAAGAATGAAATAATGAATCATAGTCTTATAATTTTTTTTTATAAAAATAAGAATAAAATAAATAAATAATAGTCCCTTTAAATTAATAAATAAATAAATAAAATGATTAAAATAAATGAATTATATTCTTATGTATAAATATTTAGTAGATAGAAGTAAATAAAGTAAAAAAAATATTAAAATCAAACAAATCAATACAAAATAAAAACAAATAAAATGAATTATACCAGCCATAAATAGTTTGGTCATCTTGACCTCGACATTGATAAACTGTTCATTGTCCTCATCAAAAATATATTTGAATTATTTATTCATGCACAAATGCATAGTATAGTACTGGATATAAATATTTATAAATAAGCTTAAAATGAGTAAAAAACATAAAAATAGATGTTTTTTTTAATGAATACAAATCATACACAAATAAATAGTACCAGAAATAAATCAATTACAATGATAAAAAAGAAATAATTTGGTCACACGGACTCTATTTATAAATACATCTGTACGATATCTTTTATATTTTTTTCAAAATGCTGTAATCTGCTCTTTTGCAG
Seq C2 exon
TGTGTGAACTTGGATAAGTTGGAGCCGGTGGCGAACGAGGAGCGTCTGGTCAATAAATCCATGCGTCTGCTGGATGACCGCAAGTTTTGGGCAGGAATCGTGTTTCCCGACATGCAATCCAACACGTCTGATCTGCCACTCAACGTTAACTATAAGATCCGCATGGACATCGATAACGTGGAGCGAACCAATAAGATCAAGGACGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000074635:ENSDART00000142465:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.046 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126982=ABC2_membrane_3=PU(4.5=24.6)
A:
NA
C2:
PF126982=ABC2_membrane_3=FE(19.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]