DreINT0024352 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000016818 | abcg2d
Description
ATP-binding cassette, sub-family G (WHITE), member 2d [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050517-38]
Coordinates
chr1:49927095-49932562:-
Coord C1 exon
chr1:49932462-49932562
Coord A exon
chr1:49927220-49932461
Coord C2 exon
chr1:49927095-49927219
Length
5242 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTAGTGGAA
5' ss Score
-19.18
3' ss Seq
GCTTTTGTGTTGTTTTGCAGTCA
3' ss Score
9.46
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGGCAGTCACGACTCTGATGGCGGCCATTGTTGGTGCCATCTTCTACGGGGTCAAGGATGACCAGAGTGGCATACAAAACAGGCGAGTTGATCACTTTTA
Seq A exon
GTGGAATGGCAGAGCTTGATTTACATTTCACACATTTGCGTATAATGAAGCGTAGCATTTTTGCTTAAAGGTGAACAAATTGAATCACTATTTAATTTTAAATACTGTTGATTTTGAACTGCTGCTAATCTGCTGTCATGCATCATGAATTAAAAAAATTCATGATTAAATAAATGCATGCATATATGAATGTATAAATGAGCAATATCACACGAGTGGCTGTGCGATGTGGCTGTATATGAGCACTGGTGGGAGGCGTGCACTGGCTCGAGGCCACAGGCTGAGTTTCTTAGTGTCCCACCCGTGACTATATACAGCCATATCGCACTGCTATGAGTTTGATATTGCGTTTATACAACAGTTCAACAGCATAATCGTGTATATTAAAATGAAAATCAAACTCAGAAAGTCTCAAAAATCCTTTTGTACGAGGGACTACTTTCTTCCGCCATTTATTCACATCTGCAGCTGACGCCAGAACACCAGAAACCGTTGCTGCTAACTCACAAATGTCACTTTAGGTTGCGAGATAATAAGGGGGGGGGGGGGGGTATGACATTTTCAAAAATGTCATAAATTTAATTAAACTATTATTTATTCGTGACCCCTGGTGTTATCATGCTAGATTAACATCACAGCAATAGCGTTAGTTGCAGCAGATTCATTTTGCTATACAATATCGGTCACACTTTACAATAAGGTTCATTAGTTAATGTTAATCAATGCTTTTACTAACATGACTAAACAATGAACAATACATCTACTACTGTATTTGTTAATGTTGGTTAATGAAAATACAGTAGTTCATTGTTAGTTGATGTTAACTCATGGTGCATTAACTAATGTTAACAAGCATGGACTTGGATGTTAATAATGCATTAGTAAATGTTCAATTATGATTAATAAATGCTGTACAAGTGTTGTTCATGATTAGTTCATGTTGGTAAATGCATTAACTAATGAACCTTATTGTAAAGTGTTACCACAATATTAAACACCTTAATGTTTACATATATTAAAAATAAAGCCACTACTGAACAAGGAGGATGATCTCCAAGTGCTTCCAAGTCTCCAAATTTATACCATGAATAGTCTCGTGCTGTAAACATTGTGCTCGCCATTCTCATTAAGTGAGATTAATTTTAAACAACTGAATAATGATTATAAAAAATATATGGTAAGACCAGTGGGGGAAAGAGTACTGAAAAATCATACTCAAGTAAAAGTACCATTACTTGCCTAAAAATGTAGAGTAAAAGTATCTGTTGTAAATTTTACTCAAAGTAGGAATAAAAAGTAGCCCTTTCAAAAGTACTCAAGAGTAGTGAGTAGTATTACGCTGTAAAAAGCTAATGCGTTAACATGTAATTTGTGGATGTGTGTAAACGTAACATTCTGTAGTGCAATTAGTTATTGTCCAGCATGCAAACAACATCATAAGACATTAATATTAGGTTCAATTTAGGTTGTGATATCAGGTGACCACAATTCAATGTCTAGCCAGCGTCTAAGAATAACGTTATTTTGATGTCCAATAACAACATCAAATGATGTTGATATTCAGGTGACTTTAGATTATATTGGAAAGTAACCAAAATCCAACGTCGAGCCAACATCTTAAACCAACGTCATATTGATGTCAAATACTGAAATTTATTCATCAGGTATGGCAACCAAAACCCAACGTCTAATAGACGTCATACTGTTAATGTCCTCACAACGTCAAGCTGTATCATTAGTTGTTGATATTTGGTTGGTTTATGTTGGACGTTGGCCCGACCTTGAGTTCTGACGTCGACATGATTTTCATTTCCAAACAAAATGCAGCGTCTCAGCGACACTGGGGTACAACATCATGTTGACGTCTTGCATCTTCTGGGTGTTTAAGGTAATTTCTGTCATCATACAGTAAACATCCGTCATCTTCTCATCAGTGACATGCATCTAAACAGTCTCTGGGTCAGTGCGTGTGACGATTTTGGACGTGTTCTTGGACACTTTTAATGCTTCCAAACAGTTTTCTGCGATTATAAAGCGCCCATGTCTTGAGGTAGCTCATTATGTGGCGATTTACCTTCTGTGTGTGATTTGATTGGACAGAAATCACGGGACTGATTTTTCTAATCCCAATCCGCTTGTTAAGTGGTGACGTGTTTGTGACGTATGTAATACTGTTTCCGGGTCCGCCATTCATTTGAGTGGAGAAATCATTCGTTTATGATCACGTTTTATTCCTATCACACATTAAAGTTAATTTTATATAAAATCATAGTGTACACAACAATCTGCATAACAAATACCAAAAATGTTACAATTTATAAAAAAAAAAAAAAAAGATCACTTTCTGGCCATCGGATATTAGGCATGGACATACTATATATACTGCGATCGTGAGTTTCGAAAGCATTAAATCGCTTTGTAAACGTTTATTATTACCATTTCATGAGTCTCCCCATTCAGTTGAATAGAGCGCTTGGACCCGGAAGCCGCTTCGCGTGACGTCACACTTAACAAGCGGATAGACAAGAAAAATAAAGTAGTGACTGCAGGTTTAAGGAAAGGCGTGGAGTAAAAGTACCAATTACTGCACTAAAAATGTACTCAAGGAAGAGTAAAAGTACACATTTATAAAACTATTTAGTAAATTACAATTCCTGAGGAAAACTACTCAATTACAGTCATTTGAGTATTTGTAATTAGTTACTTTTCACCACTGGGTAAGACCGCTGCACTTTTTAGTGTTGCCGATGTGCTTATGTTTATATAGTTCCTATTGATGTGTGTGCACCACTGTGTGCAATATTTGTATGCTTATAACCACCTCCGAGCATAGTGGGGCTCGCAAGTCACTGGAGTTGTTATTTTATGGATCGATGGCTGAAAGGTTTGAGAATTCCTGCTTTAGAGCTAGCATTTGAATGATTCTCTAGCGTAATGTCTAAAGTGAAGTCAAAACAGGTTTTTTTTGCTCACATTTTAAAATTATAAGGCTGACCGGCATGAAATGGCATCAGTCTGCAGAGATTTCCCAGTGCTTCTCTGGAGATCACAATAATTAACTCTGAAAAAGCCAGAGCTAGCAAACACTAGCAGATTACTATGGTATAAATAAAGCACTACAACATACAAAAGAGAGAGATCGACTTAGAATGTCACTTAACTGTTCTGTATTGATTAGTTCAGCTATAGTTTAAAGCGTACGCTGAAACAAATTCTGTTTTTTTTCCTAAGGACTTATTATGCGATCTCTGTCGTCATGTTGTGGCGGAGCGTGAACTGTCTTTGCTCTGCTCAGTATGGCAGGCTGGTCACCAACATGCTAAATCTCCAAAAATATAAATATTTTAAAATGGGCACTGTCCTTATAAATAAACTTCATAGTTGCAATTTAAACAACTACATTCTTAATTAAATAAAGCCTGAAACATACATCATGGTGTCCAACAGCTGCAATATTTGTCAAACTGTAGTCCTCTGCTTGCCACTCGTGTGGGCGGAGTAATACACAAGGGTGAAGAGGCTGTACTGATGTTACTTTAATATCTCATCAGCCAATCAGATCCAAAAACCAGACAGAACTGTTGTATAAGCCAAAATAAAAAATACTAAATATTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTAGTCTCTTTATTAATCAAGGGTTGCCACAGCGGAATGAACCGCCAAAATACTAAATACTAAAATAAAATAAGACTTTAAGAAGATCTGTAACTTGAATATAAATTTGCATATATTTTGTGAAATTAATATTTGAGTAAAAAAAAAAAACGTAAGATTTTTCTTTTAAAATCGTTTCAGATTATTCTTTAAAGTGATATTAAACCAACACAAAATTCACACATATAAATAAAAAATAACTTGTTAGTTAAATGTAGATTGCATCCTGCTTCTGTCTGCAGAGTAAGATGCATGTTTGTGCTTGTTTTTGTTAATCGCATGCAAACGTCACATTTATTATTATGTTTATTTTTTCCAGGTTTGGTGTTTTGTTCTTCATCACGACGAATCAGTGTTTCAGCACACTCTCAGCCGCCGAGCTCTTCATCACAGAACGCAAGCTGTTTATGTGCGTACTCCAATTCAACATCCATTTGTCTTTTTACAGAGATATCCATTCATTTTCCTTCAGCTTAGTCCCTTATTTATCAGGGGTCACCACAGCGGAATGAACCGCCAACTATTCCAGCAAATGTTTTACACAGCTGATGCCCTTCCAACCGCAACTCAGTGCTGGAAAACACTCATACACTCACATTCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATTACTGGGAAACATCCATACACATGCTCATTCACACACACACTGTCCGACTTAGTCACTTAATCAGTCAAGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCAATAACTATTCCAGCATATGTTTTCAACAGTAGATGCCTTTCCAGCCGCAACCCAGTACTGGGAAACATCCATAGTATGCACATGCTCATTCACACACACTGTTAGACTTAGTCACTTAATCAATCAGGGGTCCCCACAGTGGAATGAACCACCAACTATTTCAGCATATGTTTTAAGCAGTGGATGCCCTTCCAGCTGCAACTCAGTACTGGAAAACACCCATACACTCACAGTCACACACACACACATACTCACACACACATTTATTAATTAATTTTCTTTTCGACTTAGTCACTTAATCAATCAAGGGTCGCCACAGCAGAATGAACCATCAACTATTCCAGCATATGTTTTAAGCAGCGGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCAGTACTGGGAAACATCCATACACATGCTCATTCACACACACTGTTCGACTTAGTCACGTAATCAATCAGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCACCAACTATTTCAGCATATGTTTTACGCAGCGGATGCCCTTCCAGCGGAAACCCAGTACTAGAAAACACCCATACACATTCATATTCATACACACACTCATACACTATGGCCAATTTAGTTCCTCCAATTCCCTTCTAGCACATGTGTTTGAAATGAGGGGGAAACCGGACCACCCGGAGGAAACCCACACCAACACGAAACATGCAAACTCCACATAGAAATGCCAACTGACCCAGTCGGGACTCGAACCAGCGACCTTCTTAAGCACGTATATACTAACTGATAACAAATATACATATATGATATGAATATTACATTCTGCTTTTGTGTTGTTTTGCAG
Seq C2 exon
TCATGAATACACAAGTGGATACTACAGGGTGTCTGTCTTCTTCCTGTCTAAAATCCTGTCTGACATCATCACCCAGCGCACAATCCCTAGTGTTCTCTTCAGCTGCGTGGTGTATTTCATGATAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000016818:ENSDART00000022733:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0106119=ABC2_membrane=PD(53.7=85.3),PF0106119=ABC2_membrane=PU(6.2=26.5)
A:
NA
C2:
PF0106119=ABC2_membrane=FE(29.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]