DreINT0025693 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000007219 | actn1
Description
actinin, alpha 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081113-4]
Coordinates
chr13:36213885-36221166:-
Coord C1 exon
chr13:36221081-36221166
Coord A exon
chr13:36213978-36221080
Coord C2 exon
chr13:36213885-36213977
Length
7103 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATCG
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
GTGTGCTTTACTCCCTTCAGGCC
3' ss Score
9.45
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATTGTTGGTACGGCCCGTCCCGATGAGAAGGCCATCATGACCTACGTTTCTAGCTTCTACCATGCCTTCTCCGGGGCGCAGAAG
Seq A exon
GTATCGCAGGGCACCCCGTCCCAATATCATATCAACGTCTACACTCTACCTTATACGTCCCTCCCTTCACTTGGTTTCTGCCCGCTGGTTTTTGGGTAGCTGTGTTTACTGGTTGTTCGTGGATTACCCATTTACTACTTTCCTAACAGTCCTCCTCTCTTTGACTCTTTGCAGTGCTAAGCTCCGCCCCTCAGGGCTCATGCTCCTCCCACAGTTGCATGAGTCTTTTCACCTGTTGCATGAAGGGAAATTAAGTCTTACAATGAAGGCATGAGTGTGTCTCCAATTCAGTCTTCTAATCGAATTATGCCAACAGCGGCTATGTTTCCATCCCAAGTCATAATTAAAATCTTGCATAAAATATTTTAAAATTGAAATTAAACATAATTTCCCTCCCGTGTTCAAGAGAATAAAAATAGGAAAATAGCGAAAATTATTTATAAGAGGAAAATCAAAAAGTGGCAAGTAATTGGTAAATGCCAAGTTATGAATTTATTTTATGTGAAGAATTAAAATAATGCATAAAATCCTTGCAAAATCAACCGCTGTTTCCTTTTCATGTGTTTACAAGAATAAAAATAGAGAAATTGCAGAAAATAGTGAAAATATCTATAAGAGGACAATCTAAAAATAACGATAAGAGGAAAATTAAAAAATATCGATTAGAGAAAAGTCGGAAAATAGAAAAATATCGTTAAGGAGGGAAATCATAAAATATTGATTAGAGGAAAATCATAAAGAATAGATAAGAGGAAAATTGTAAAATATCGTTAAGAGAAAAATCTGAAAATATTGATGAGAATAAAATCGAAAAATATCTTTTCAAGGAAAATCGGAAAATATCAATTAGAGGAAAATCGGAAAATAATGATGAGGAAAATAATGATTGGAGAAAAATCATAAAAAATATTGATAAGAGTAAAATCATAAAATAACGATGAGAGTAAAACTGGAAAATATTAAAAAGAGTAAAATTGGAAAACATTAATGAGACGAAAATTGGAAAATATCAATAAGAGAAAAATCTGAAAATATTGACAAGAGAAAAATCTAAAAAATATCAACAAGAGGAAAATCAGAAATTAGGGATAAGAGGAAAATTATAAAATAACGAGTAATCAGTAAGTCCCGAGTTGTGAATTTATTTTATGTGCAGAATTAAAATATTGTATAAAATTTTGGCAAAATTTAACACTGTTTCCTTCCCATGTGCTCAAGAGAAAACAAATCAGAAAAATAAGAGAAAATAGCCAGAATTAAAATCAGAAAATCGGAAAATAGTGGAAAAATGCAAAAAATACTGATAAGAGACGAAAATTTGAAAATATTGAGTAATCAGTTAATGCCAAGTTGTGAATTTATTTTATGTGCAGAATTCAAATATTGCATGAAATATTTGCAAAATTAAAAACCTTTTTTTCCCCATGTTTAAGAGAATAGGAAAATAGTGAGAGTAAAAATCTGAAAATCTGAAAGTATCAGAAAATAGCGAAAATATCGATAAGAGGAAAATATCGATAAGAGGAAAATAACGATAAGAGGAAAATCGGAAAATAACGATAAGCGATAACTATACAAAATCCGATTATTATTAAAACAACTATAAAGAATGATTGAAACAACATTTAAGCGGTGTTTGAGGTTTTCCTCGCCAACCTATTGAGGCAAAATTGCTCAACTTATTTTTAGTTGATAAATATATTTTCACAGTAGTTTATATCTTTTGGATTAAACATTTATCCAACTCAACTGTGCACATTTGTTTATTATACATATTTTTACAATGAACGTGCATCTTTTTGTTTCCATTCAACGTTTAATTAAATTTTTTTTTGCTTGACATTCTAAAATCCATAAAATAGATGTATGGAAACATGGCTAATGAGGCTTGCTGGAGACCTCTTCATGCATTCATTTCTGTAGAGCTGTGCCCTCGTTTGCCTTTGTGTCTATGCAGTCTTTTACTCTGTGCTTTTTTTCTCCTCCTCCTTTTCTCTCCCTGTTCCTGCTCCCTCTTTCCCTGGGCAGATATCGTTAGTACGTTGCGTCCCGATGAAAAGGCCGTCATGACGTATGTGTCATGTTACTACCACGCCTTCTCAGGCAAACAGAAGGTGAGCGCAGACCCACATCAGCCAGTCAGGACACACATCATCACAAACCCAGACAGATCTAGAAAGTCAATCAGAGCTTTGCTTTTATTTGATAAATTGGAACTAGAATAGGTTATATGGAAATAATAAGAGCAAACTGAAGGTTTCTAAACACTTAAAGACACAGTTTGAAACCAGAAAGAAAAATAAAATCACCATTTATTCGCCAAGGTCCGAACTTTTTTTTCTGTTGAACACAAAAGAAGATATTTTGAGGAATGGCAGAAACTAATGGCATATACAGTAGAAAAATAAATAATATGGAAGTCAATGGCTACCTACCGCCTTCCAACATACTTCAAAATACCTTCTTTTGTGTTCAACACGAGACAGAAACGTATAAAAGGTTTAAAACAAGTGCATTTTTGGGGTGAGTTATCCCTTTAATGTAATATTATCTACAAGTAAAGTTTTAAAAGTCATTTTTAAAGATTTGATAAATACAGTTAAGCATATAAAAGGTTTATTAGGGTCAAATCAGTTTCTGATCAATTCACTTACGGGTCAAAAGCCTGTCTGCTCTTTTGAAGATGTCACTGACCGGTCAAAACCTACTCTTTGACTTCATTGTAAATTCTCACTCATTTTTTGTTTGGCTGGGATTTTTCTTTCTTTGGAAACAGTCAGCTCTGGCTGTTTCCAAGACAACCCTGCTGTAGTATTATATAACACACCTTGCTCTGTTTCAGCACATCTGCACACACACAAACACACACACACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCACAGAGCTCTTGAACTTCTTTACATTTTAAAATGCCTAAAATTCTGCAGCAGACATCCCTGGAACAGTGAATCATTCTATTGCTAATAAAAGAATATGTTCATGTGTCATATTTACACTACCTACAAAAGTCTTGTCGCCTATCCAAGTTTTTGGAACAATGCAATGACACTAATAACATATTAATAAAGCTGTCTGGAACGACAAAGAAAGCATTCTTGCAGGACTCCCAGAGTTCATCGAGATTCTTTGGATTCATCTTCAATGCCTCCTCCATCTTACCCCGGACATGCTCAACAATATTCATGTCTAGTGACTGGGCTGGCCAATCCTGGAGCACCTTGACCTTCTTTGATTTTTGGTCTTCCAGGAGGCTGAAGTATGAGAAGGAGCGCTATCTTGCTTTAGAATTTGCCCTCTCCTGTGGTTTATAATGTAACGGGCAGCACAAATGTCTTGATACCTCAGGCTGTTGATGTTGCCATTCACTCTGCAGATCTCTTGCACGTCCCCATACTGAATGTAGCCCCAAACCATGATTTTTCCTTCACCAAACTTGATTGATTTCTGTTAGAATTTTGGGCCCAGGCGGGTTCCAAAAGGTCTTCTGCAGTATTTGTGCTGATTGGGATGCAGTTCAACAGATGATTCATCAGAAAAATCTACCTTCTGCCACTTTTCCAAATGATCAACTTGAATCAAGTTATCATTTGTTGCTCTTACGACTGGGATCAACAACAAGACTTTTGTCAGGTAGTGGAGTTTGCCCAGTGTGCTACTTTAGAGTCAGTAGTCATTTCTTTTTAGATTGAATAAAATTATATAGAATTATGAATCTTTAAGAAACACATGAACCTCTAAAAACCTTGAGCCAGAAGCCACATCTTAAAGAGGCATATACAACAAAAGCATACACAGGCTTTTTAATGTGGCTTAAATGTATATGTATTCACAATGTTCTTGCATAATCTTCCTTACCTGGCAAAAATATATCAAATATTTTAATTATGTCTTGGAAATGAAAGCAATTAATTTACATGTTGCCACACTAAGCAAAACATTTTTAGTGTTCAGTACATTCTTATCACTAAAATCAGATTAATAATAGACAGACTTTGTATTTTCCCCATTTCCTCAGATTTATCGAGTACCTCACAATTTGAGTCGTTCATGTAGACTAGGCATTCAGAATCTAACTTGTTGTATCTGCTTCTGTTTAAGCTGACTGATTCAGTAATAATTCATTCAGAGGCAGCAAGTTTCTTTTCTGATGGGGTGAAAGTTACTACATGGTTGTGCTGATTCATCACATCCAGCTGGGTTTCCTCAACTGTGTGTGAGCATTTCTGAGCTGATGACTAACATCCCTCAGTAAATACATGCTGGGTGTGTGTTCTCGGCTCAACCAGATCCTGTCTGCTCTTATAAGGCACGAGTCAGACTGTAAACCCAACAAAGTGTTCTGCTTTCAGAAACACTTCCTCTGACACACCCACATCCACACCCACTGTTGCTGTGTGCAACATCAGGATGTTATGAATAACTCAACGTGGTACAACAACTGTATCAGTGGACAGCTGGTTTTGGAGTTGAACACAGGTTTAAGAATGAATATGATGACCTGTTTAGTCTACTTGGACAAAACAAAACCACTTATTTTTACATGATTTGAAGGACAAAATGTTTTTTTTTTTCATTCAAATGTTAAAATATTTATAGAACCATTATGTGTGTTTTTTAAAATATTTTTTATATTTTAAAAACTATATTTCATAAAATAGAGATAAGGCATAAGCAATTTATGCCTTAGTTTGTTGTAAATACCGGCCCACTGAAAAAAAAAAAAAACTTTAAACCAACTTTTAAAAAATCACTGTAATTTGAACAGCTAAAATGTTTAGTTTTGTAGTTTTAGTTTTTATTTCAGCTCAAACATTACATTTGATTTATTTATGTATTAATATTATTTTTTAAATGTAATAACTAAATTTATTACAGTAATTTATAAATGTCTTTAATCATTTATACATTGATTTTATCATT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Seq C2 exon
GCCGAAACGGCAGCCAATCGGATCTGCAAAGTGCTGGCTGTCAATCAGGAGAACGAGCAGCTGATGGAGGACTATGAGAAACTAGCCAGTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000007219:ENSDART00000140243:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0030726=CH=PD(23.1=82.8)
A:
NA
C2:
PF0043516=Spectrin=PU(9.9=35.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]