GgaINT0057641 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009474 | ACTN1_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr5:30564569-30572406:+
Coord C1 exon
chr5:30564569-30564654
Coord A exon
chr5:30564655-30572313
Coord C2 exon
chr5:30572314-30572406
Length
7659 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATCG
5' ss Score
8.7
3' ss Seq
GTTTTTCTTTTCTTTGGCAGGCG
3' ss Score
9.28
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATTGTTGGAACTGCCCGTCCTGACGAGAAAGCCATCATGACCTATGTTTCTAGCTTCTACCACGCCTTCTCAGGAGCCCAGAAG
Seq A exon
GTATCGCAGGATCCCAAGCTCCCTCCACAGAGCACACCTGGTGCCGTTGCTAATGTCCAAACCTTTTTTTCTTTCTCTCTTTCCTCTCTAGCTACGGGCATCTTTATTATGTTTTTGGTAGAGTTGGCTGTTGGTTCAAAGTGGTGCCCCAGACACAAGACATGGTGCATGGCAACCAGGAGTCCCACTTTCCTATAGTCAGTGTTCCTGTTCCAGTGGCACTTACATATGCCAGTGCCTTGGCGGCACATAAAGAATCCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTTGGCGTGCACATAAAGCCCAATAAAGCAGGGAGTTCTACCTTCTCCATTTGCCTTCCAAACTACTGCCCTGATGGCTGAGGACCTGCAGCCCCTGTTCCTGGGAAATCTGAGCTAGGATGTTTGGTTTTACAAATGGGGACCGCAGATTGCTCTGCTGAGCAGGACACTGCAGGCTGACCCCAGTGGCAATAATGCTGGTATCTATTCACTTTTTTTTTCCTGTTGTTTTCTTTTTTGAATATGGGGACACAAAACTGACTTAGTGTTTTTATGTAGGGTTTAATGAATATCCAAAACTCTGTCTTTTACACTACGTGCACTGCAGGTTCCCACGCCCTAGCTTCAAGGTCCGAACCTGCTGCTGTCTCGAGTTGTACCACAAATTGAGTCCCAGTTCACCTGGGTCTTACAGAACGTGTCTAACGAGTACTTCTGTGGTGATTGGCGAAGAGAGCACTGTTTATCATGACTGAGATGCCTGGTTTTGTTCATTTAGTTCCTTTTAATCTTTCCTCACCCATCATGCTGGAAACAGGGCAGTTGAGTCCTTGCTGGTTTTGGCTTAGCCGTTTTCCTGTTGGTAACTAGTCACTTAAGGAAAAAATTTTGCAGGTGAGACCTTGTAAACATCTCTCACCAAAACCAAGCAGCTGTCCTTACTTCAGTGCTGTAGGAGCACACAGTGCATGTTGAAGCAGAGCAGACGCTGTGTAGGAAGTGCACGGCATAGGAAGGCTCTGATCTCTACAGCTCCCCACTGTGCAGAAAGGCCTCGGGCATGGATGCTGAAACCTTCCAGCAGCCTTTTTATATCCTCGGACCACAAATGTGAAGGTGCAGAGCCTGGATCCTCATTCAGGATTTCACGGGGACTCAGGGGGAGGGAGCAGGGTGCCGCTTCGAGCCACAAGCCAACGAATCCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTAAATAGTTGAAAACCCTTAACACCAGGCTACACGTTCCATCCAGCTGATACTTGCCTCTGACAATTGTATCCCCTTAACTCACGCTGCGGTGGTAAGGCCTGCTGTTTGTCAGGTGCCCCTTAGGGACTCCTCCGTGCTTAACCGGAAGAACTCCAGATTAAGGAAAGAGCAAGCCACAAATGCAAGGAGGGTAGTGGCCTCCTGCAAAAGTGGCCATGTCCCTCTTCAATCTCCTTGTCTTCTGTCTGTGCCCATTCTACCCTTTGGAAACCTGCTCAGCAGGTCCCATGTTCTCTTCAGCATTTTAGATGGATGCTAGGTCTGCTGGGATAACTGAAAACAATCTTCTGCTGCCTCAGGACCTGACCTGTGTAGACAGGGCAAAAACTAGTGATGGAACTTCTTAAAACCCATGCAGTGTAACTTGTTTATACAGAAAATTATAGATTTAATCATTAATTAAATTTTTAGTAGGCCTGATGGTTCAGCACCTTAGCAGTGACCTGGCAGGAGGGGCACATCTCCTTTTTGGAGCTCTCCAGCCATACATTAGCCAGCTGCTGAGTGACAGATTCAAATCCCAGGGCAAATGCAGAGTGATGACTGAGTGCAAGCCCCAGTCCAAAGTGTCTTGTAACGTGTTGCTGCCTTGTGCACGGTTAGGTGACTGACTGTGATATCACTCCATTTTTCATTCAGATTTTTCATTACTGCCACCAGTCCTGAAGGGGAAGTCCCATGAGCCGCTTTCTGCTTCTTTCACTCTCTTGTACTGAGCCTTTGAAGGTACAGGGTCCCCAGCCTGATGTGTGTGTAGATGGCTGCTTTTTCTTTATGCCATTTTGTTATATATTTATATATTTGTAGGTATACTTGCTTTGGTTGGTTTGCTTGTTTTCTAACTGCTTCTGACTTTCACACTAAATGCATGATTGTTTACTATTGGTCAGCTTAATATTTTGTAAACCTGATTTCTGGGGGTGAAAATTTCTAACTAATGTTTTACCATTTTCTTAAAAGATTGTGTTTGGCATACAGTATTCTGGGATGGTTCTGTGAGGCCAGAGGGCCGCAGGCAGGCATCCTTCCTAGGTAATGTTCTGTGGGATTGCCTTCGTTTATCATCCTTCTGTAAGAAGAGACCTGGAACCAAGAGCTAGAGACACAATTCCACGTCCACCCTAAGCAGTCCAGGTCAGGGTTACAGTAAAGACAAAAAGCAGAGAAATTACTGCTCCTTCTGCTATTCTTTGGCTATTCATATTTCTGTTTGAGCCTACCCAACGGAACATGCATATCTCACAGCAGTGCAGTGTCAAGCAGAATGCCTTAGGCTTGCCCTCCAAATGATGTTTGACAGAAAGTAATATAATGCGTCAGTGCCATGCTCTACCAAAGCTAATCAGATCACACAAGTCCTCAGTGAATACAGTTATGCAGACTTCAGACCCCAGGATGGTGCATCTTGACAG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Seq C2 exon
GCGGAGACAGCAGCAAATCGTATTTGCAAGGTTCTGGCAGTCAACCAAGAGAATGAACAGCTCATGGAAGACTATGAAAAACTGGCCAGTGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009474:ENSGALT00000015425:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.086 A=NA C2=0.177
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0030726=CH=PD(23.1=82.8)
A:
NA
C2:
PF0043516=Spectrin=PU(9.9=35.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]