DreINT0025719 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001431 | actn3b
Description
actinin alpha 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-2040]
Coordinates
chr7:6875150-6878392:+
Coord C1 exon
chr7:6875150-6875258
Coord A exon
chr7:6875259-6878251
Coord C2 exon
chr7:6878252-6878392
Length
2993 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGCAC
5' ss Score
2.13
3' ss Seq
GTCCTTATGCCCACCCCCAGCGT
3' ss Score
5.89
Exon sequences
Seq C1 exon
TGAATTAGACTATCATGATGCTGCTACAGTGAACGCTCGCTGTCAGGGCATCTGTGACCAGTGGGACAATCTGGGGACCCTGACCCAGAAGAGGAGAGATTCTCTGGAG
Seq A exon
GTGCACAAACTCATTATACTTACCCTATATTAGACTCATTCCAGAATTATGGGTACATTTTCTATGAATTTACCTTGAACTGAAATAGTATACATTAAATGTATAATTTACAATAAACTGAATCCATTAATAAAAAGAATAATTCTTGATGTACAATATAGCCAAATGCTTGAATATGTTTGTGACAATAACGACAGTAAAAATAAGGTTAAAATAACGAAGTTTATAGTAACAGAGCTGACAATAACAGAGTTGACTATCAAAATTGACTGTAACAGAGTTTACGGTAATGGAGTTGAAAATACAGTAACAGAGTTTACGGTAATGGAGTTGACAGTACAGTAACAGAGTTTACGGTAATAAAGTTGACAGTAATGGAGTTGACAGTAAAGTAATGGAGTTGTGGTGACAGTAACAGAGTTGATGGTAATGAATTGACAGTAATGGAATTGACAGTAACATAATTGACAGTAAAGTAAGGGAGTTTAGAGTAACAGAGTTGAACGTAACAGAGTTGATGGTAACTGAGTTAACAGTAAATGTATGGAGTTGGGAGTAACAGAGTTGGCGGTAACGGAGTTGAGGGTAATGAAGCTGATGGTAATGGAGTTGACAGTAACGAAGTTGGCAGTAACAGTTGACGGTAGCATAGTTGACAGTAACGGAGTTGACATTAAAGTAACTGTAATAGAGTTGAATTTAATAGAGTTGACGTAATGGAGTTGATGATAATTGATTTGACGCTAACGGAATAGATGTTAATGGAGTTGACGGTAATGGAGTTGACGGTAACAAAATTGATAGTAACAAAGTTGACAGTAACATAGTTGACAGAAATGGTAACGGAGTTGACATTAAAGTAACGGTAATAGAGTTGACATAATGGAGTTGATCGTAATTGATTTGACAGAAAACGGAATTGATGTTAACGGAGTTGATGGTTACGGAGTTGACTAACAAAGTTGACAGTAACAAAGTTGACAGAAATGGTAACGGAGTTGACATTAAAATAACAGTAATAGAGTTGACGTAATGGAGTTGATCGTAATTGATTTGACAGAAAACAGAATTGATATTAACGGAGTTGATGGTTACGGAGTTGACAGTAACAAATTTGACAGTAACAAAGTTGACGGTAACAAAGTTGACAGTAATGGTAACGGAGTTGACATTAAAGTAATGGTAATGTAGTTGATTGTAATAGAGTTGACGTAATGGAGTTGATGGTAATTGATTTGACGGTAACAGAATTTATGTTAATGGAGTTGACGGTAACGGAGTTGACGGTAACGGAGTTGACGGTAACGGAGTTGACAGTAACATAGTTGACAGTAACACAGTTGACAGTAATGGTAACGAAGTTGACATTAAAGTAACGGTAATAGAGTTGACTGTAATAAAGTTGACTGTAATAGAGTTGACCTAATGGAGTTGATCATAATTGATTTGACAGTAACGGAATTGATGTTAACGGAGTTGATGGTTACGGAGTTGACAGTAACAAAGTTGACAGTAATGGTAACGGAGTTGACTTTAAAGTAACGGTAATGGAGTTGATTGTAATGGAGTTGATGGTAATTGATTTGATGGTAAAGAAATTGATATTAATGGAGTTGACGGTAACGAAGTTGACAGTAACAGAGTTGAGAGTAATGGTAACAGAGTTAACGGTGACGGAACTGATGGTAACAGAGTTGACAGTAACGGAGCTGACAGAGTTGACCAAAAGCAAGTTGATGGTAATGGTGGAGTTAACTGTAATGGAGTTGACCATAACTGAGTTGATGATAATGGTGGAGTTAACTGTAACGGACTTGACCATACTTGAATTGATGGTAATGGTGGAGTGAACTGTAACGGAATTGACGGTAACGTAGTTGACCATAACCCAGTTGATGGTAATAGTGGAGATGACTGTAATGGAGTTATTGGTTCCCAAGTTGATGGTAATGGTGGAGTTGACTGTAAGTTGGAGTTGGAGTTGGCAGTAACTGAGTTGACAACCATAACCGAGTTGATGGTAACGGCGGAGTTGATGGTAACCGAGTTGACTATAACAGAGATGACCATAACCGGGTTGGTGGTAATGGTGGAGTTGACTGTAACAGAGTTGACAGTAACAGAATTGACAACAACAGAGTTGACCATAACGGAGTTGACCATAACCGGGTTGGTGGTAATGGGGGAGTTGACTGTAACAGAGTTTACGGTAACAGAATTGACAACAAAAGAGTTAACCATAACGGAGTTGACCATAACCGAGTTGATGGTAGCGGTGGAGTTGACAGTAACGGAGTTGACAATAACAGTTTTTTGTGTCATAGCTCAAGATGCTAACCTCAAACTCAAATACATTTTATCTTATTTTCATCATATTATAGTTTTTAAAGAGTGAATTAGAAATTCAATGAAATATCAGAGTTGACACATAATAAAACTACTATTAGTATACTGAACATTTTGGACTAATGAATGAGAAAAGAATAAACGACGCCTCAATGCCTTCCAGAGTTTCCCACCAGCGAAGATTGTCATGCCTTTTTATAAGCAATGTAACAAAGTTGACAACATAGCGACAGACAACATTTTCTTTTTTAATACTGAAATGATGAATAATAGAGCAAGAAACGTGTCATGCAATTTAGTAGATTAAACAAAGAAAATGAAGATGAAAGTTAAACTTAATTATTAAATAATTGAAGCTGAATGTATGATGGCAGGCAGACACCATGAAAGGGGAAATTTTGGAGTCTTTGAGGTAATATTTCTAGACAAAATATCCCTAAATACACAAACAAACATGATTTTAAGAGATAACTTGATATAATTGGTGTTATTATACAAACCTGTAAAAATGTACCGGCAATTCCAGCATCACCCAAATGTATATCTAGGATTCCAGTCATCCTCAATGCAGAAACTTTACAAGGAAAGCTTTTAAAAATGTTTTTGTGTATGGCTAAAGCTGATTCTGTCCTTATGCCCACCCCCAG
Seq C2 exon
CGTGTAGAAAAGCTTTGGGAGACGATTGATCAGCTGTACCTGGAGTTCGCCAAGAGAGCAGCTCCCTTCAACAACTGGATGGACGGAGCCATTGAGGATCTGCAGGACATGTTCATCGTGCACAGCATCGAGGAAATCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001431:ENSDART00000001649:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043516=Spectrin=FE(34.0=100)
A:
NA
C2:
PF0043516=Spectrin=PD(0.1=0.0),PF0043516=Spectrin=PU(32.1=76.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]