DreINT0025727 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001431 | actn3b
Description
actinin alpha 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-2040]
Coordinates
chr7:6891236-6898486:+
Coord C1 exon
chr7:6891236-6891394
Coord A exon
chr7:6891395-6896412
Coord C2 exon
chr7:6896413-6898486
Length
5018 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGA
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
AATTGTCTCTCGTCTTTCAGCCC
3' ss Score
9.52
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGAGGTGGAGTTCGCCCGCATTATGACCCTGGTGGACCCCAACAACACCGGCGTGGTGACCTTCCAGGCCTTCATCGACTTCATGACCCGCGAGACTGCCGAAACCGACACTGCTGAACAAGTCATGGCCTCCTTCAAGATCCTGGCCTCCGACAAG
Seq A exon
GTGAGACCAAGACATTTGCGCATGTTTTAGTGACGGTTTCAGTACCTAATAGCAGGCAAAAACAATGCGCCTCATTCATGAAACACAAGCAGAACGAAGTGTTCGTGTAAATTGGTTATAAAGCTGTTCTGAGGTAAATTTTGATTGATGAAAGAAAGTGTTGTTGGTACAAAAAAATACACTTAGTAAGCAAAAATTATTTATTTGGGGGCAAAATTACTAGACGTAATACTGATTCACTAACACAATAATTTTAAGAGTTCACACTTAGCTGATGATTTATAAAAGCTTGTTTGGCATGCTGTCCCGGGAGTAAGCCCCGAGCTCAAGGGCTCCTCGAGCCCGGGGCTTCCTCCCGTTGGCAGAGCGAGAGGGGAGCCTGAGCTCGGTGGATCTCAGAACTCCCCTGCTGCGGTAGCTAAGGGAACACAAGGGGTTAGAAGCTTGATTGTTATGTATGTTGAATGTCTTTGGATGGTGGGAGGAAACCGGAGAACCCGGGGAAAACCCACGCGGACACGGGGAGAACATACAAACTCCTCACAGAAACACCCACCAGTCCTGTGGAACCAGGGCCGGCAGTGTTCTTGCTGTGGGGCTCACAGTGCTAACCACTGTGCCACCGTGCCGCCCAATCAGAGGTAAAGGAGGAGAATAGGGGAGGAGGGGGGTTTCTTCCAAACAAAGATAAAGTGAACTGGAAACTGTGTTTATTTATAGTAGCTTAGGGCTCATATGATTGGAAGATGGTGATTAGCAAATGCGAGACCGGCCGTGATAAATCATAAGCACGTGATCCTCTCGAAATTAGTTTATGAATAAACTTCACATATTACAAGCTAATTTCATCTTGTCTTTTTGTTTTTGTAACCAAGAGTTTGCACCTTTCAATTTTGGTTAAAACATGTCACTTGTTACTATGACCCAGTCGTCCAATCAGTAGAGAGGGGTGAGACAAATACACAGACCAACCATCCTACAGTAGCCTAGTTGTCTTTTAACAACAACTGAACAACAATGGAGAGGTTAATATTATTGATTACTGCATTTTTTTATATTCAGTAATATTCTTCAAAATGAGATACTCATAATGTCTCACTGCTAGAGACGCACCAAAATGAAAATTCTGGGCTGAAACCAAAACCGAAAATCCTGGATGCGCTTGGCCGAAGACGAAAACTATTTTGTAATATTTAATTATTCTTTTATAATAACCTCAAATAACTTAAATTTCACTCAAAATCCTATATCTGGGGACTGATATTACTGTTCAATGGTTATTTATTAATTTGTGACAGGGATACTCAGAGCATTATTTTGCTACAGCAATCCACATTTTAGAGATGTTTTTAGAGGCTAAATTCAAAACAAATACCACCAAACTGCCCATACAACTTTGGAAGTTGATGTCTACTTTATAAATATTGTCAAAAGTATGAAACAATATCTTGCATGTTCATCAAAACTATACATAGAAAAACAGGCCCTTATATGGTCACCAGTGGAAATTGGAGCTCCTCTAGGGATGATGTTTGATACTGCACCCAAACAAAATACTACTAAAAGCTAATTTTTTGATATCAGCTTCAAATGTAGAATCATGCATCAACTTAAAAGCATATAACTTTTTGTGATATTTACTCTTTGAACTTTTTTCCTTTCAGCTACAATCTGACAATTCCTCAAAATGAGACCAAGCTTAAATCTATGCTGTGTTGAAGATTGCCAATCATTTAAGCTGAACATGTCATTTTAACAGCAATGTTCAAAAAGAGGGGGTCACTATCAAATCACATCTGTTGTGTGTAGTAAATAGGAAAATTTAGAGTAATACCAAATTTAGAATAAAAGTCTTGAAAGGGTTAATGTGAAAAATGGGAGATGGAAAAGCATTTGCTAAATAAAATTTGACATATTGAATATTACGCGCATGTAAAGCCACGGCCATACTTGAGTTTGAGCAAGCGAAACTCATCATATGATGCTGCGATTAGATGATTAGAAATTAAAAAAGTAAGTGATTGCTCCATATTTTATATTTCTGTACAGAGAGCTCATGTTTTGATCTTCTATTGGTCTTATGCAATCATGTGGTGCGATTTCGCTAGTCAGAGTTTAACAAGCTTGAACTTTGCAACACAGCGACATACAAAACTTGTTGCACAAGTTTGCGTTTCCGATACACCATATTCAGAAGTCTGTGAGGCGAAAAGTGCGGTCAAAGTTTAAAATACACAAGACATGTTGCTCATATAGTTTTGAATGGGGAAAAGTGTACCGGTCAATGTAGCGAATGAAGCTCCGCCTTCTAGTACAGGAGCCAATAATCAATTGCTATAAACTGACGATTCCCTGGGGGAGTGGCTCGAACCAGACATCAGTTTGTGTAGATTTTTTGTGTGATTCGAACGTTTAAAAATGAAACTAAAGAGACAGTCTTTGTTTAATTTAATTGGTGATTCTCAGAGTTGGGTGTAACGTGTTACTGTATTCTAATTACATTATTAGTGAACGCAGTTATTTAATGAATGTAATGAATAGCATTTTAAATTTGTGTAATTTGATTACAGTTATCAAAGTTAGTGTAGTTGCACTAACCCCGCCGGTCCTACACCACCCAACTCGTTCCGAGCTGGTATCGAACCGGCGACATTCCGCATGGGAGTCGGTTGATCTACCAAGGAGGCTAAAGACCATGGCCTCTAACGTCTGTCACAAGCGCACCTTTAGAGGTCAGAGGAGTGAGGTTTACCTGCACAGCACCTACTGGCTAGCCTCCGTTACACTCACCCCCCTATACCTCACTCTCATCCGGGTCACGGCACCAACGGTAACCCCGCCAATCCTACGCCATCCAACCCGCTTCGAGCTGGTATCGAACCGGCATCCTTCCATATAGGAGTCGGTTGCTCTAACTAGGAGGCTAAAGATCATGGCCTCTAGCATCTGTCGCTAGAGCACCTTTAGAGGTCAGAGGAGTGAGGTTTACCTGCACAGCACATTGTACACTCGCATATTGGGCCTTTCCCAGGCGAGTCATGCTAGTCACGTGACAAGAACCGACTGATCAGCTTCATCCTTTGGAATAATCACATTAAGATAGACCAGGGGTCACCAACCTTTTGCAAACCGAGAGCTACTTCTTGGGTAACGATTAGTGTGAAGGGCTACCAGTTATTAACTTACACATTTTTCTTAATTTATGTTTAATTATATGTAATTATTAACAATTAATAATATTCATCTATGTGAAGACATTGATCATGTTAATGATTTATCACAGTAGTTGTCAACAATGATTTAACCAGTTAGATAAATATCAATATTCAACACTTCATTTGTCTGAAATTGTTTTTAAAGTTTTTTTTTTTATACAGTATATAACTATAAGTAAAGTATAAGCAGGGTTCAACGCTAAGGACTTTTTCTACTTGTCCGATCGGGCAAGTGGTTTAGATTTTTACTTGCCCTGCCAAAATTTTCACTGGCCCCACCAAAAAAAAAGGGAGGTTAATAGCTATTTTTAGCCACATATTTTAAATAATGTGTCAAAAATAAAGTCTGTAAATCTAGAAATTCAATACTTAAAAAACAATTGTAAATATAAGTGTTATGCAAACAAAAAGAACAGTATGGAGAATGTGGAGGTACTTTATTGCAGTTTGAAATTATTTAACAATACTTGTCAAACTGACGGCAAACTATGCATAACATCACTTCATTTTTATTTTGTCGTGTTGTTGCCACGTAAATGTCTACTTCCAAGACGTTAGAGACAGACATTTTCGTTTAGCCTTATAATTTGATGTTGCCGCCGTGTTGCTGTTTCTACGCTGTACTGGTTGTTACCAGGTTACAAAAAAAAAAAATAGCATGGTTAAATCAATCATATGAGACGAATCGCAATATGTTGTTTACGACATTACAGAGAAGGTAGCATTTAAAGACTTAACACAAGCTTAAAATGCACAAATAGTCACAGACAAATTAAATGTTAGTGACTGACAAGGCAGCACTGTCCCAATCGGGCCAGTAATGATCCGGTCTACTGTCCCAAGTGTCTCTCACACTGGCCCTGGGCCACCGGGCAGTCCTTATTGTTGAGCCCTGATAAGTAAAGTAACTTAAAAAGAATACCTATAAAAATATTAGATGCAGCTTACTCATATGTGGTGCTATGGTGAGCTATTTTTAGAACAGGCCCGCAGGCAACCCATGTGAACCTGGCGGGCTACCTGGTGCCCACGGGCACCATGTTGGTTACCCCTGAGATAGACAAACACAGAACACCCAAACACTGCCTTTTCATACAATGGATGTGAATTGTTACAGGTATCCAGTTTTCTTCTAAATGTCTTCTTGGAACACTTCATCATTCACTTGGTCCAACAGAATTGGAACAAGTAAATGATGAGAGAATTTTAAGTTTTGGATGAACTCTTTAAGTCTTTTGAGTGTGTCAAGCTGCTGTGATCAACCCATTGTAATGTTTCTCAGTGAATATTAAATTACTGAAAGAGCTGCAGTTTATTCTGTTTTTATAGGTATATTTTATATGTTTGAAAAATAACTTTAAAGTAAAGTAATTAGTCATTTGATTACTTTTTACATGAAGTAGTTAGCAATGGAATCAGATTACAATTTTCCAGTAGTAATCAGTAATTTGTAATCTGTAAGTTTTAAAGTAACATTCCCAACACTGTTGATTCCTAATATAAAATTTAATTTAAGCTTGGCGAGCGTTTTTAGAGAACTTGATGTTTCCCCGATCAAACAGAATGCCCGAGAGGCATTTTAAAGATGGCCACCAAGTGACTTGCTTTAAAGGGACTTTGCCAAGGATTAACATCAATAATGCTTACGTTGTTTACTGTAGATTGCTAGGTTAACAACACTACAGTCAAGCATTTGTGAATCTGGTTGGGATTTTTTGGAATGAAAAGTTGTCCAAAGGATTTACTTTTATTATAAATAGTTCTTCAAGGGGTGTCGTTATAAAATTGTCTCTCGTCTTTCAG
Seq C2 exon
CCCTACATCACCGTGGAGGAGCTCCGCCGCGAACTGCCCCCAGAGCAGGCCGAGTACTGCATCAGCCGCATGACCAAGTACGTCGGCCCCGAAGGAGCCCTTGGAGCCCTGGATTACATCTCCTTCTCCAGCGCCCTCTACGGAGAGAGCGACTTATAAATGCTCTCAATGTCCTGCTTTTTCTCTTTCTTTTCTCTCATCCCTCTCTCTTCTTGTTTTCTTCAAGCACCCCCAAATGTAGCTTTCAGTCTGTGAAGGGAGTCAATAGTAATATCTCTCGTTTTCCCACTCATGAATATTCTCTGTCTTTCTGTCTAAAGCCCACACTGCTAGCTTTAACTGCATTTGTATCTTACATCCACTCTGTAATAGGATGGAATTGCAATAATGGGGTTTTTAATCTTGTTGTCCAGTCAAAAAAGTCTCATTTGAATGTCTGACGCGTTTTTCCCCTCCAATAAGCATCACATCGTCTGAAGTCAGCATGGAATTGGATCAACCCTATTTATTCGTGTTCCTGTTCTTATTATGGATAATTATTCAATGCATTTTGTGCCTAAAAATATCTGAAGCCCTTTTTTAAAAGATATCATCTAGGCTAGAAAAAATATTTGGGCATAATTTTAGGCCAGTTTTCTTAGCGTGGGGTTATGCTGTCTTGCTAAAATCTTATAGTAGTTAATGCACACTAACACATTAGCAAACTTTCCATCATTTTGAATAATAAAACAAGTCTTACCCTACATTTCTATTGTTAAATCAGGTCGCACTCACTTTATAAAAGTTAAACTGGTCGTTTCATGTTGACTTCAGTATGCTTAGGCCAACTTTCTTATCTCTGTGCCTTAAAAAACCTTCCAACATGATAAAAGATGCATTATAATGTGTGTTTGTTAATTAATGAGTGCTTGTAAAGATGCATGTTGTGTTTATTCTGCAGACATTAATATGTGAGAAGGGCCTGTTGCCTCATTTGGTCTGTACTGTTTAAAAACCCCAAAAAGCACTACTGCTGTCCAGTGTCTTCTTAATTTGAAACTGTGAGAACAACTCAATAGTCTCTACACAGAACGTTTAGTGTCTGTATGTTGTGTTGTCATCATGTTTCATCTTTTATCATTGTGTATTGTGAATGTGGTGTTCAGAGGCAAATTCACTATTATTAATTTGCCTTTTAATTGGGAAGTATTGTGCCAAATTATCAAACCAAAGCCAGTAAATGAACTTGATGAAATGGCAAAGACTATGGCAAAGTGTATGTGTTGCACTGACCTGAATGGCTTCTGAAAGCTTAACAAGAACCAGGTTTGCTTTCAAACCGACAGTGAAATCCAGTGACACACACGACAGATTCGTTAAATTAAACCCTGGATGTCACTGCAGTGAAACACCCTCTATCTCTTTGTATTTAGATATACTCACGTCGATCATTTTAAGGAATAATTCACTATTAAGAATCATTTACTCACCCTCATGTTGTTCCAATGTGTTAAGAAGGTGGTCTGTCAGAAAGTTTACATGACTCCATATCCTAGGTGTTGAAGAAATTATGTCTGTTTACATAATAAAACATAACAATATATGGACGATAACTAAATCGCAGCCGTTGCTTCTTCTAATTCAAATATTCGCGCCCTTTGACGCTGGTGTGATTCTGATTGGCTGTCAACGTTTTACCGTTTATCAGCGGAGGAAAAAAGGTAAATTAATTACGCATGTTTGTCAATTTTAGAGTTATCCACCCCCTTAAATAAAAGATAGAGGGTGTCTGGTTCTTTAAAAGAGATGTTTGGGAAAGTTATGAAAGTTTTGAAAGGAGGAAGAACGTCTTTGTCCTCAGGCAGGCCTTGTTTATCAAGGATGTAGTTTCTATTGGCGATATTCGGATGTTATTTGTCATTCAATATCAATCATGATGTTAAATCTGGGTAAATGTATTTCACTGACCCTTCAGATCGCCTCATTGTGATCATCTCTGTCTCCTATATGGCCTCCAGGTATCTTCATTTGCATTTTAAACGCAGACGATTAAAAAATAAACCGAAACGCCCAGAATAAAACAGCTCAAACTCTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001431:ENSDART00000001649:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.038
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134991=EF-hand_7=PD(35.9=52.8),PF087265=EFhand_Ca_insen=PU(26.9=34.0)
A:
NA
C2:
PF087265=EFhand_Ca_insen=PD(70.1=88.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]