DreINT0027912 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079388 | agrn
Description
agrin [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-1033]
Coordinates
chr23:23948796-23950325:+
Coord C1 exon
chr23:23948796-23948886
Coord A exon
chr23:23948887-23950160
Coord C2 exon
chr23:23950161-23950325
Length
1274 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAA
5' ss Score
7.46
3' ss Seq
ACTCTCTTTTTTCCCCATAGGCA
3' ss Score
12.91
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTCAGACAAGGGAGGCGCTTTCATTCCTTACTTCACTGGAGATTCTTTTCTGGAGCTCAAAGGCCTCCATACGTATAACCAGGATCTCAG
Seq A exon
GTATAACAATACATATGGATGTTTTACATTTATAATGATGATGATCATGACAGAATTATTTATAGATTGATTTATTGTTGTTATATTAATATTAATATTAATAAAATGATAATAATAATATAGTATTGTTATTGTTTGTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATAGTTAAATTTTATATTATTATTTAACTAAAAACTGCACGTGCATGATTATTTATTGACTATTTATTATTATTTTATTATTATTATTATTTTAATGTATTATTATTATTTTTAATGTATAATAATTATATAGTATTGTTAGTTTTTACTAGTAATATTAATATTTAACTAAAACTGCATGTGCATGATTATTTATTGACTATTTATTTAACTAGTTATTTATTTAGTTATTATTACTATTTATTATTACTAATATTTATCTATTTATTAGTTTATTATTATTATGTATTTATTATTATTATTAATTATTATTAATAATAATAATAATAATGATAATAATAGTTATATAGTATTGTTATTGTTTTTACTATTAATATTAATATTTAACTAAAAAACTGCATGTGCATGATTATTTATTGACTACATATTTATTTTGTTTATTATTATTATTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTACTATTATTAATGTATGTATTGATGTATTATTATTATTATTATTACTATTCTTATTATTATTATTATTATTAATGATGATAATAATATAGTATTGTTATTGTATTATTATTATTATTATTAATATTACTATTATTATTATCATTATTATTATTACGACTACTCTTAATATTACTATTAATATGAATATTTGACTAAAAAACTGCATGTGCATGATTATTTATTGACTTCTTTTTGTTATTTATTTTTTATTGTTATTATTATTATTTTTAATGTTTTTATCTTATTATGTAATAATTTCATTCATAATTACTATTATTTCCATCTGATGACCATTAATTAAAAAAACAACAACTGGTAAACAAATCTGGTTTTATTATGCTTGGTCTCAATTTTATTTTGTGTCCAGCAATTTCGAGTTAATTTGCATTTGGACATAACTCAGAAATGATGTTCATTTGGTCGAGCTATTAACTCTATAATTAGTTCATTCATTTCTGACAATTTTGACCTATTCATGTAGACTCACAGACTGAATGCGAACATTTCTCACATCATGTTTGTGCCTCTATCAGGAAAGAAAAAAAAACTGTTCTTCATCTAATTAAACTCTCTTTTTTCCCCATAG
Seq C2 exon
GCAAAAATTCAGCATGACTATCGTTCTACTGGCCAATGACTCCAAAGGCATGATCTTCTACAATGGTCAGAAGACAGACGGCAAAGGGGATTTCATCTCGCTCTCTCTTAATGACGGCATCCTGGAGTTTAGATATGACCTGGGCAAAGGGCCAGCTGTCATTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079388:ENSDART00000162838:27
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0005418=Laminin_G_1=PU(34.8=82.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GTCAGACAAGGGAGGCGCTTT
R:
TAATGACAGCTGGCCCTTTGC
Band lengths:
254-1528
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]