DreINT0035448 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000020847 | atp6v0a1a
Description
ATPase, H+ transporting, lysosomal V0 subunit a1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3027]
Coordinates
chr3:16818751-16821079:+
Coord C1 exon
chr3:16818751-16818868
Coord A exon
chr3:16818869-16820907
Coord C2 exon
chr3:16820908-16821079
Length
2039 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCCGTAAGT
5' ss Score
9.09
3' ss Seq
GTATTTGTGTTCTCTCACAGAGC
3' ss Score
10.76
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTAATTTTGCAGATGAAGCAGTGCATCAAGCCATTCACACTATAGAATACTGCTTGGGCTGCATCTCAAACACTGCGTCTTATCTACGGCTCTGGGCGCTGAGTCTGGCTCATGCCC
Seq A exon
GTAAGTAAAGCACACACACTTGTAAACATTTGTGCAGTCCTTTTATTTTGGTCCACAACATTGCATAGAGTACAGTAGCTGTGTCTCTATTCAGAGGTTGCATTCTTTGAAGGATGTAGACTTTAAAGGTGAGCCCTCAAAGTTTACACATGCTGAGATGAGTGTTATGATGTGAGACAGTCGAGGCTACTAATTTGGTATGGAGCCAGATCAGTCTCAAAAATAATACATTTACAAAATAAACATTCATACATGCGCAGAACAATTCACACTTACAAAATCCAGTTCGGAAATTTGTAAACATACAAGTAAATATGATTAGTGTTTTGAATTTACAGATTCGATTTGCATATTTTTGAATCGGGTTTTGAATTTGCGGATTGGATTTGTTTATTTTTGAATTGTGTTTTGAATTTACAGATTGGATTTGTGTATTTTTGAATCGTGTTTTGAATTTATGGATTGGACTTGTTTATTTTTTAATCGTGTTTTGAATTTACAAATTGGATGTGCGTATTTTTGCTTTGTGTTTTGAATTTACCGATTTCATTTGTGTATTTTTTAATCGTGTTTTGAATTTACAAAATGGATTTGTGTATTTTTGAATCGTGTTCTGAATTTACAGATTGGATTTGTGTCATTTTGAATCATATTTTGAATTTAAGAATTGTATTTGCATATTTTTAAATCGTGTTTTATATTTACAAATTGGATTTGTGTCATTTTGAATCGTGTTTTAAATTTAAGAATTGGATTTGTGTATTTTTGAATTGTGTTTTGAGTTTACAGATTGGATTTGTGTATTTTTGAATCGTGTTTTGAATTTAAGAATTGAATCGGTGACATTTTTAATCGTGTTTTAAATTTAAGAATTGTATTTGTGTATTTTTGAATCGTGTTTTGAATTTAAGAATTGGATTTGTGTATTTTTGAATTGTGTTTTGAGTTTACAGATTGGATTTGTGTATTTTTGAATCGTGTTTTGAATTTAAGAATTGAATCGGTGACATTTTTAATCGTGTTTTAAATTTAGGAATTGGATTTGCACATTTTTTAATTGTTTTGAATTAACCAATTGAATTAGCATATTTTTGAATCATGCTTTGAATTTACAAATTGGATTTGTGTCAATTTGAATTGTGTTTTGAATTTACAGATTTGATTTGCATATTTTTGAATTGTGTTTTGAATTTATGAATTGAATTTTGTAAATGTCAATTGTGTTTTGGATGTATGAGTTCTATTTTGTGAATGTATTATTTTTGTGACTGATCTGGCTTCATAATTTGGTCACTGTTAATGAGTGTTTTTCTTAAGATGCATCCTTGGAATTGAGAGAGTTACAATCAACAGTCACAAATCAATCACAGTCTTAAAGGGTTGGTTCACCCAAAAATGTTAATTTATTAATTACTCACCCTCATGTTGCTCCAATCCCTTGAGACCTTTGTTCATCTTCTAAAGACAAATTTAAATTTTAGATGAAATCCAAAAGCATCGACAAACTGCATAGACAGCAATGGTTAAAAGAAGTTCAAAGTCCAGAAAAGAAACCAAAAACATTGTCAAAACAATCCATGTGACTTTAGTGGTTCAACTGTGATCATACAAAGCTCCAAGAACACTTGTGTTGCCAAAAAACTGTAAAACAACTTTGTTAGCCAATGTTTTTCATTTGATTAGAGTGCGCGTTTTCTACAGGGACAAATTATGTCAAACATGTAATATAAACAAATAAAACACATAATAAGACAAAGGCAAAAGAGAGAGGGGAAATAAAAAAATAATTTAAATGAAGTAGCTGGAGGACACAGATGACTATTGTAACAGTGTATAGCTTATTATTGTTAAATATAATATTAGCAGGGCTCTTCCTCTTTTAGAAATAGTTGTTTGACATGCATTTGTAATTTTGTATACTCTTTTTGAATCTTGGTGTTGCATGTATAACTACAGTTCCTGCATGTGAAGCATGTAATAGCTGCTGCAAGTAGAAGTTTTAATAAATTAATATAATAAGTATTTGTGTTCTCTCACAG
Seq C2 exon
AGCTCTCTGAGGTGCTGTGGTCAATGGTGATGCACATGGGTCTCTCTTCCAGGAGTTTTGGAGGATTCATTTTCCTGTCCATTATCTTTTGCTTTTTTGCTGTACTGACAGTGTTTATTCTGTTGGTCATGGAAGGTCTCTCTGCCTTTCTTCATGCTCTTAAATTGCACTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000020847:ENSDART00000017646:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0149614=V_ATPase_I=FE(4.9=100)
A:
NA
C2:
PF0149614=V_ATPase_I=FE(7.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]