DreINT0040163 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001881 | cacnb3a
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060221-2]
Coordinates
chr23:14385854-14389857:+
Coord C1 exon
chr23:14385854-14385973
Coord A exon
chr23:14385974-14389734
Coord C2 exon
chr23:14389735-14389857
Length
3761 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTACT
5' ss Score
1.25
3' ss Seq
TGTGGAGTTTTGTCTGGCAGTCC
3' ss Score
5.04
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTTCAGCCGATTCGTACACGAGCAGACCTTCGGATTCCGACCTGTCAGCGGAGGAGGACCGCGAGGCGTATCGGCGTGAAGCCGAACGCCAGGCCCAGCTGCAGCTCGAGAGAGCCAAG
Seq A exon
GTTACTGCAGCTCTCCTTTCATGTGCTTTTTCTGTTTTGCATGGTGGAAATAAACAAAGTATCATTGCGAGAGTAACTTCAGAATTTTAAGTGGTTAATGTCCTGACTCCAGTATTTTGTATGATGTATGAAGGTGCTAATGTTAATTTACACCTTGGCTTACTCACCAATTCACACTAAAGGCCCTGGTATACTTCAAATTCAATTCTTTTTCGTTTGAGGGCAAAAAGAAGTTTAAAAAGGCTGAATGAGGGTATACAGTAGGGGTTCTCAGTCTCGCTCCTTAAGTTCTGGTGTCCTGCAGATTTTAGTTCCAACCCCAATCAGACACACCTGGTCTAGATAATCAAGCTCTTACTAGGCTCTTACAGGCCTCCAGGATTGACTTTGAGAACCCATTGTATATAGTGTTCAAATCTTCCAACACCCCTGCGCTGCAGTAGGTGGGGTTGTAAAGGTGTCGCTCTGATTGCATATACACCTAAACACAACGATGATGATGGCTTTGAGAGAAGAACAGTTTCTTGATCATGTGTTAGCTTCATCTAGCCTGTCGCACAAGAAGTGCCACCACGTTGCACCACATTTTTTTAATTAATCGCTCTTTTTTTGTAATTAATCATGATTAATGGTGAAAAGCCATATTTATACAGAAATAAAAACATAGGCATTTAAGTGCCATTGGAATTTCAAAACAATCAATCAATGCTATTAACAAACAGAAATGATTTCCATGTTGGATTCAAAGTAATCTACAAAAATAAAAACTAATAAAAACAGGCATTGCAAATATGGAAAATGGAAAGGTAAATAATAATAAAGTATTAAATGCAAACAATTGTAGTTATTGTAAACTTGTATTGAGAGTTGAGAACATTAATAATAAAGTAGAAGCAATTTTGCTTAGTACTCTCTAACATTTCGCCAGTTGCTAAAACAGTCCAGTCTATGGACATTATCGGGGGACAATGTGGCCAAGGGGTACATCAAACGCACATACCAATGACTATAGACTTCTTACAGGGACTTTGGTCACACCATCTCTAAACATTTAATTCTAAACAGCTTTGAGAGATACGAATATAGCAAAGACTATAGAATACATATAGAATGCTTTAAAGAGACTTTGGACACCTTCAGCGATGTCAGGCGTTTGCTCTTGTTGCTAGGAAACACACACACACACACACAATGCGCACAGTTTAGATTCATCAACACGCACAATCGCGTTCATCAAATTTGCTTAAACTAATCGTTCTAAAGTCTGGCTGTATTTTACAAGCAAGGATTCTTACACAGCAGTGTAAAGCAGACGCTTTACAAAAGTTGTATGTACGGGTAAACACGTCAAACTTAATGAAACATTTGAGAGCGCGTGTAATCAACTTAAAGGCAGAGGAATGGGCTGTCTCTGACAGCTTGCGACATCATCTAACACTTTCAATGAGTACATTTACATGGAAACCAATACTCTGGTTTTATGAAGATAATACTAAGAGTCAACCATGTAAGCAGATAACCTTTAAGGACAACCTGAGTCACGAAATGCTGAGGTTTTTCTTTCCGTTTGTCAAGCGGTATTAAATTCCATTAAAACAACACCCTTCCAGCAGACCTTACTTCATATTTTCATCCAATTATTTTCATGGGGCATGAACAATATGTTGCTGAATGAAAGTGAACTGCTGAACTGTAGTTAAATTCTAAACATAAAAAATGAAACATCCAAAATTGCATGAAACTCTGGAGCTGGACTGCCTGGTGATGCTGGTGAAACTTTCCTTCTGAAAAGAACTTCCTTGGTCTTATCCATATTTCTTTGCACGTTGAACACACACCGGCCACAACAGGAAATAAAAAACTGCAACCGCATTAATTGCTTGAATTATTTTAACGCGTTAAATATTTCAAATTAATCTCATGCATTAACGCGCTAATTTTGACAGCTCTAATATATATATATAACAATTGAAGTCAGAATTATTACCCCCCCCCCCCAAATTATTGGCCCCCCTATTTATTTTTCCCCAATTTCTGTTTAATGGGGAGAAGATTGTTTTCAGCACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTCATTTGTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACCACTTAAAGTGACTTTTAAAGGCTTAACTAGGGTAATTAGGTTAACTGGGCAGGTTAGGGTAATTAGGCAAGTTATTGTAACAATGGTTTGTTCTGTGGACTACATCGAAAAAAATTACAGCTTAAAGGGGCTAATAATATTGTCCTTTAAATGGGTTTTAAAAAAATGTAAAAATTAATTTATTCTAGCCGAAATAAAACAAATAAGATTTTCACCAGAAGAAAAAATATTATCAGAAATACCGTGAAAATTTCCTTGCTCTGTTAAACATAGTTTGGGAAATATTTCAAAAAGAAATTCAAAGGGGGGCTAGTCATTCTGACTTCAACTGTATATATAGTCACTATTTTAACACAGCTATAGTTATGCCAATGTGTGTATTTTTAAAACATCTATAATAGATGCTATCGGGTAAATGCCGGCAAAGTAGAACACGGAAGCAGCTCGAAGCGGAAAGCCAGAGTATGTTTGCAGTCTGGAGGTTTTATTAAGTGGATGACGACAACATTTCCATAACCATGGGATATGTAAACTTGGGATTGACTGCCGGGTATTTTAAGTTAAGGTGCTGTTTGCTTTTATTTTAGATTTTTCATTATATTACCTGTTGCAGTACAGTCCAAAAGTGAATATTTTATGTTATTTATTACTTGACTGTTTAAAATACCTTCCAGAAGTGCTCTGTTTGTTAACAAAGTTATTGAATGTTAAAATAAGCTGAATTAAATAAAAAATAAGGACATCCTGGTTCTGTTTCTTTACTCTTTTTTTATTCTTTTTTTATACATTATAGAAGTATCAGATCAGGTTTTTCTTTCGGCAGATACTCAAAATCAAATGACTTGGACTCCAGGGCAAAAAAAAACCTGATTAGGACATCACTAATAATAATTGCCCCCTTAAGACATTTTAAGACTAATAAAGGTCTTTCTTTTTTTACTCTGGGATTTAACACTTTCTCTGCTACTTGACCCTTCTGATTGTTCATGTTGCTAACTTGATGTTGTTATTTTGGATGCTGACTCGTTCCCTTGTCTGACCTCTGTGGAATGAGAAACGATTCAATCGCACAGCAAAGAAGACGGAGTTCCAGAGAACACATACTGTATGTGTGCTCGTCATGGACCAATGCTAGCTCAATGGTGTTCAAGAGCCAAAGCAAAATTTTGGGGAAGCTGTTTTGAACTCCTGAAACAAACCTAAAGTCAGCTTTCTTTTGGTTGAATTTTGTTCGATTTCAGTTAGTTCTTCAGTTTAGCTTGAAGTATACCTGGGCCTTTAAGTTGCCCTTCCTCCAAGGTGTAAAATAACTCTAAAGCAAATATACTGTAAACAACACACATTTGGTTGTCTCAACTTGCAGCTTCTGCAGAGCTGTTTTAATTGTGATGACATCACAAATGTTGATTGGCTGAGACAGATTTTAACCAAGGTACATCATACAAATGGCTTTGGTCATGTGTTGGGACAGGGGACTATCTTTTTTGTGGAGCAAATTTGTAAGGTTAAAGATTGAGTGATTATATTACAGTTTAAAAAAAAATGTGTGAATCACTGAAGTTGTGGAGTTTTGTCTGGCAG
Seq C2 exon
TCCAAACCTGTAGCATTCGCAGTGAAGACGAATGTGAATTATTGCGGGGCTCTAGATGAGGAATGTCCTGTTCAGGGTGCTGCCATAAACTTTGAAGCCAAAGACTTTCTGCACATTAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001881:ENSDART00000087280:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.925 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120523=VGCC_beta4Aa_N=PU(92.9=97.5)
A:
NA
C2:
PF120523=VGCC_beta4Aa_N=PD(2.4=2.4),PF0001823=SH3_1=PU(43.9=43.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]