DreINT0041230 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069748 | capn5b
Description
calpain 5b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091116-29]
Coordinates
chr21:22169892-22172739:+
Coord C1 exon
chr21:22169892-22169969
Coord A exon
chr21:22169970-22172543
Coord C2 exon
chr21:22172544-22172739
Length
2574 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGAGG
5' ss Score
6.9
3' ss Seq
GCTATGAACTGCACCACCAGGAT
3' ss Score
2.86
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCAGAAGAGTGGAAGAAAGTGAGCAAGAGTGAGAGAGAGAAGCTGGGCGTCACTGTTCAGGATGATGGAGAGTTTTG
Seq A exon
GTGAGGTTTGCTCATTTATATTTATGCGTTTAACAGCATTTTGCTTTCATCTATGACTTGCTAAAAAAGAGCAGAAGCAACACATATGGGTGAAACACTGACATATCTTTAACTTTCACTGGTAAAAATTATTATCTTTTGCTAATTATCTAATGCTTTTGCATTTCTTATGTTAATAAATTTAAAGCATTTGGCTGATATTAGAGTTCATTGTATATTATATTATATTATATTATATAATATTATATTATATTATATTATATTATATTATTTTATATTATATTATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATGTTATGTTATGTTATGTTATGTTATATTATATTATATTATGTTATGTTATGTTATGTTATGTTATATTATATTATATTATATTATATTATTTTATATTATATTATATTATACTGACACAATAAATGAAACTCATTTACTTTACAATGGGGTTCCATTTTTTAATGTTAGTTAATGTATTTCATTAATTTACTAACACTCACAAACAATACAAATATATTTATTTCAGTATTTATTAATCCTTTGTAGCATTAGTTAATGGACATTAAGTTGTTAATTGTTAGGTCACATTAACTCACTAATTTTAACACATTACAAGTAACATGAGTTATTGTGTGTAATAATATTACTTTGCTAGGTAATGAGTAAAATAACGCATTACTTTAAAAATTAAGTAATAATGTTTGAGTTACTCTTTTAAAAAAATGTAACACAAGTTAATTTTTTTTTCAATTAATTAACTTTTAAAAAGTAAATTAGTGAAATAGAATTGAGATGAAAAAATGCGTTCATCATTTTGAACTCTAAGACAAAAAGCACAAAAGCATCAAACGCATTGCTTTAAACTATTATTAGTCTCTATATATAGAGCTCTTGGGACAGGAGTTCTCAGAAGATAACATTAGTAGTTTTAGATTTTTTTAAGGCAAATAAAGATGTACACTGAAAATATGTAAAGTTGATTCCTTGGATTTACTAATTTGTTATGTTAAGTGGTTGTAAACAATTTATTTGGGCTAAATTTAACTAAACAAATTAGGTTGAATATTATCAAATTTAATGTGCTTGTTTAAATTCAACACAAATAAATTGCTTTCAGTGTAGGTTATACAGTGTGTTGTAAATTGCTGAGCTACTCTATTTAAAAAAGAAAAAACACCTTCAAGTTCTGAAAGAGACCAAACCTCAGCCAGGTAAGAAAAAACACCTCATGCAAAAGTAACTCAAAAGTAACATAATGCATTGCTTACCATAAAAGTAACTGAGTAATGTTACTTTTTAGAAGAGTAATTCAATATTGTAATGTATTACATTTTTTGAAGTTATTTTCCTTAACTATGGATTTTAATAATGCATTAGTACATGTTGGACTATGATTAATAAATGGTGTACAGGATTGTTCATACTGTACCTAACATTAACTAATGAAACCATATTGTAAAGCATGACCAATATCACATATTCTTACAATCATCCATTTTTTTTACAACATTAAACATTTTTTACAGTTGTCAGTCAAGAAATATACCATTGTGAATGTTAATGCATTAATGTTAATTTGAAACACCCTGTAATGACAACTATTTTATCTGTACTGTATATGCAGAAATTAACATGAATCTATTTTAATAAAGTAAATGTGTATAGGATATTAAAGAGCTCTTATTATGGGTTTTTGAAAATTACCATCTATGCAGTGTGTAACACAGCTCTAAGTGAATGGAAACATCCAGCTGAGGTTTAAATCTGAAAATCTGAACTGTTTAAAACTAGTGAATTTTCTGAGTCGACTCAGAATCAGATTAATTATTCGTCCTTTATTCGTTTCCCTAAACGGGTCGACGTCGATAAAGGACATTGGAAAATTAAAAATTTAATTTGGAAAATTATAGTTTGCAAAATATGTATTTAATTGTGTTGTAACTTGTAATCGCTTTGCATGGCTTGAAACACTTATCTAATATAGATCAGTGCTTGTAATGTATCTCTCAGGTTAAATCTGTATGGGGCTATTCACATATTACGTTCAAAACCTTGCTAAAAATGTGTTTCTCTCCATGTCTCGCTAAACTCAGTCGACCAATCACAACAGACTGGGTCATTGGGCCAATCAATACAGATAAGCTTCGGGATTAGCTTCAGGTTTGGGAACAAATAAATCGCTAAACAAACCATATGGAACTCATTGGGATAATTAGGTAAAAATAAATGCATATTATAAGACAATGAAAGTGTTTTTTGAACTTGCATGCATATCAGCAGGTTGTTGGAGACCTGCAAAACCAAAATATGACCTTTTATAATGCAATTGAGGGGCTCCTAAAATTGTTCAGAAAGTGTTTAAATTAGGAAAATAACTTAAGAGTGTCTTGAATCCATTTGATATATTACCCTTTTGTTCCTTACAAACCTTTCAAAATCAGGTTTTATTAGAATTTTTTAAGGAACCATGTGTAGGTTTTATAGACTGCATCTAATGAACAACTAAATTCACCTATTACCAAACATCTGGCTATGAACTGCACCACCAG
Seq C2 exon
GATGAACTTTGAGGATTTCTGTCACTACTTCACGGACCTGATCCTGTGTCGACTCATCAACACGTCCTACTTAAGCATACATAAGACCTGGGAAGAGGAGGTGATGAGGGGCTTGTGGCTTCACCGAGATGAACCGCTCCGCAACCGTGCCGGAGGCTGCATTAACCACAAAACCACATTTCTGCAAAACCCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069748:ENSDART00000101732:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.037 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(8.2=100)
A:
NA
C2:
PF0064816=Peptidase_C2=PD(6.0=28.8),PF0106717=Calpain_III=PU(25.0=54.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]