DreINT0045195 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000058000 | cep350
Description
centrosomal protein 350 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-6975]
Coordinates
chr8:14533209-14538179:-
Coord C1 exon
chr8:14538022-14538179
Coord A exon
chr8:14533442-14538021
Coord C2 exon
chr8:14533209-14533441
Length
4580 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAAAT
5' ss Score
3.59
3' ss Seq
CTCTTTCGCTCGCCTTGTAGATT
3' ss Score
10.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTCACCTGTGTCAGGTGTGGCAGAGTCGTCGGCTCCGCCCAGTGTAATTGTGACAGATGCAGACACCCGAAGCCCCTCCCCCATGTCTGTGTCAGGCAGTGAAACCAGCAGCATCATGCAGAAACTGAAGAAGATGCGCTCTCACATGGATGAGAA
Seq A exon
GTAAATAACGCTCACACACGTTACTCTATTCTTCAATCTTATCTCTCCTTTGTCCAATAAAGTGGTGCATTAGTTTAAGTTGTAATCAGAACTTTGCACATTTGATTATATTAACCAAAACTAAATGCAAACCTCTTCCAGCTGATCAAACACTGTTTGGTGTGCTTAAGGGGCGATACATGATTTACGACCTGCTAATATTACTAATAATACTTCGACCAGCTTGCTGACCATGTGACTTTAAGTGTTTGTTTTGTTTTTGTGTACCCGGTGTTTGGTTTGAACATAAGCGTGCTCTGTGTTGGAAAACATCCCTCCCCCTTAATGAAAGGAGGAATCTTTCACATTTTAAAAATAGAGTCGTATGCTTATGCCACTAGTAAACAGGAAGTACATTCTGGCATCCAGATTTCAGTCTCTAATACGTTTCATAACCTCCACATGTTCTCTAAATGCTTTGTCCATTGTATGTGATTTCGTTCTCCCATTTTTCAACCACTCAAGCTTTGACAACAGGTTCTTGTTTATCATCGTATCCTGGCAGGGTCGTCCCATTGTTCCAAAGTTTTTCCTAGCACTGACACACAAATATTTTTGTCCTGCGAGTAAAATTGGTACACAGAGGGAAGGGGATTTCACGCTTGTCTGATTCAACTAATCACATGCTGTGTTGAGTTTTGAGCACCGTTCACACGCTTCTGCTCATTTTTTCCCCTCGCTTTTACTAATAGCATGATGATCTCTTTTGTACAAATTCCAGCTGTAATTACTTTGTGCTCTTTATCCTGTCTTTCATTCAATGTCGTTTGTAATCCGGTTTAGGCAGCTTTTTGTAAAAGCTAGAGATAATTGTGTTCTTTGAGAAAGATCGTCTTCCCTTTATTCAGCTTATTTAATAAATTAGTGTATTTTACATTTCTTTTATCACAGCTGAATTAGCACAGTTAGTCACTCAAACATGACTTGGTGTGTTGGGAAATTTCAAATGCACAGGTTCATCAAGAAATGTCTGGATTATTTATCTAGCACAAAGATTGGGTATGTATCACAAAATATAGGCATTTTTAAAATAATTCATACTACTATTGTGTATATTAAAGGGGTAGTTTACAAAAAACTGAAAATTCTACCAAAAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAAGATATTTAGAAAAATGTTGGAAATCTCTAACCATTGATGTTCATATTATTTGTTTTTCCTACTATGGAAGTCAATGGTTACAGGTTTTCAGCTTTTTCAAAATATCCTCTTTTTTTGTTCAACAGAAGAAAGAATCTCATAAAGGTTTGGAACCCTTTGAGGGTGTGTAAATAGTGAGTTATTTTTTTTATTTCATTTTTGGGTGAACTATCCCTTTAACAATCCCCAAAAAATTCTATGTGAAGAGTTCAGATGCAAAAACCTCTAAATGTCATCTGAAATGTTATTTTTAAATGAGCATTTTTATCAGGCGCCTGTGTGTAGGATCAGTAATTTTACTTTTATGACAAAAAAATAAGTTATTTTCATGCTCTTTAAAGTAAAATAAATCAACATAACCAAAGGAGGCTGAGAAAAATGTTCATTTTCGATTGAAATTTCAAACGGCACTTAGAGGTTTTTGCATGTGAACTCTTCATGTGTTTCTACACATTTTCTTTATATAAAGCAGCATAAATACTTGTAAACATACACTTTTTGTACTACTTTACATTTTTGCAGATTTTAAATCATAAAAGGATTAAAATGAAAACAAATCCCCTGATAAATTTTTCCTAATTGAAAACATTTGAACGGTAGCAAATGTATGTGAGATTCTCCTGTTGTTTAGATCAGTTTAAATGTTTCCAGGCTGGTTTTACAGGAAACCTTGTAATTACTGAGACCTTTCATCTTATTCATAATGCATGGTGTCTTTGATCAATTTTCAAAGTTGTTTTTATGTATAACGGTCACAGCAGTGCCTTGTTAAAGATTTGCAGCATGTAGTGAACCGCTAACACTCACTAACAGGTTGATGTGCTTATTGCACAGTAGCTAAAGGGAAAAAAGGATACACATGTTTACACTCAATCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTGTCTCCATATCTGTGTGCTTCTTATGTCTCTCTTTTCTCTGTTCTTGTTTCATTCTGTCCAACTCTTGGTATTTGACTGTCCTCTCCTCTCTTTCTTCTAGACACTGCTCTCCTGTCCATTATTTCTTCTCTGTCTTTACGGCTCATCACTGGGCCTCTCTCTCTGTCTGTCTCCCAAATCTCCATCCCAAATTCCAGCTCTTTATCTACAGCCAGTTGGTCAGGTACAGTTACCCATAATCCTCCTCCTCCCTCTCTCTTTTCCCGTCCCCCTCTCAGCACCTATTTCCCATGGAGCATGCTTTTGTTCATCCACTGCCACAGCTGGGTGGGTTGGGGGGGGAACGTTTGGTGGGGATAAAAGCAGAAAAACAAATGGATGGATGAAAACGAACCAGCTACACCATGCTAAAATAAGCTGATTCTTTGGCTAAAGCTAGTTTAATCATTGTTATTTGAGATGATTTTTATTTCCGATGATTCAATGTATTTATCGAAATCCTCCATGATTGGTTTTTCGAGACTTTATTTGTTGATCAGATCCGGGTAAATGTTTTTGAAATGATTAATGTCAATCCCAAAGCCAAAGATCAAACTTGTTTAAATCATGGTTGGTTATTTGAGTGATTTCTGGGTCTTTTGTCTCTGTGGTGTGATCCTGTCAGATCAAGTCTGCTTTGTTGCTAGTCTGTCTTGTATTGATATATGTGAATGTAATTTATGTGTGGTGAATCTTATAAAATTGTCCACATCTCCAGTTCATAATGAAATAAAATATAGATCAATATTTTGCATGCATGATGCCTGTTTTATGAGCATTCATGTAATTTGCAGTATTTTCATGACACTTAAGAACATTTTCCCCCTAAAAGATTGTATTAGATCTTTTAAATGGATAACAAATATATAAACAATGGATTTTTGTAAATGCTTATAGATTTGAGGCAGATACTAACACAATGTGCAAGTATCATTTAAATCAATGGTCTCAAACTCGATTCCTGGAGGGCCACAGCTCTGCATAGTTTATCTCCATCCACATCCAACTCAAACCTGCTTAATAGTCCATAGTAGTCTTGAACACCTTGATTATTTAGATCAGCTGTGTTTGATAAGGGTTGGAGCAAAACTGTGCAGAGCTGCGACCCTCTAGGAATCCAGTTTGAGACCTATGATTTACATTACTGCATTACATAAATAAGGTGTGAATGAATTAAGTAGCTTAACTGTCATGAAAACAACATTGCAAATAATCTTGATGATCCTAAAATTAGGCTTCGTTAATTATAATTAGTTTTCTTATTTTTTGCAGTAAACACAAAGCCTCTCTGTTAAATCAGTTCTTGAGTCTTAGTATCGTGCTGATTGGAGACCAGTAGGAATATGTCTTTTCAGACAGGCCAGTCAGACTGATATATCGTATGCTTCTGAATAATGCTAGTTTAGGACTTCTTCATCTGCCCAATGGCCACAGTAAATCTTAACTCCAGCCCCTGATTAAATAAGTGTAGCCCGTGATGAGCTAATGAGTATATATGACTGAGGCAACATAATAGAATTTATGGTTAAATGAAGATGGCCGCTGTATTCACGAGGCAGGACGATTGCTTTTAGATAAAGCCATCTGTTTTTCTCTAACATGTTTTTAATTATCTTAAACCTCAATGAAAAAGCGGGTTTGATTCCATGAAATGAAAAGGCAGGTTGGATCTCCCTGACCAAAGTCATGATGCATAGAGGGCAGTTCTTTTTTTCTAAAATGAAAAGAATGATGTGCCTTCAGTGAAACACAACCTGGTGCATCTTGATAGAAAATTATTAATATGATGTAAGATTCAAAAGAGCATGTGAAATGATTATTTCACTTTTAATGTTGATTTGTTTTGTTAGTGTGTCAGGTAAATATTTTTATATTGCATTTAAATGTTATCTGTGTGGAAAAGATAATGGACATATGCACAATTATAACATTAAATGGCATATGTTCTAAAAAATGATACTGCTCAGCAGGATTGCAGTTACAGAGACAAAAGCGTAACACTGTTTGTCAAACCCTGGGTGGAACCTGTGTGTTTCAGTGTGTCAGGTTGTTGTTTTTGTGTGTTTTACCCATAAACTGCATCGGATGCATGAGTTTTCCCCTGATCAGGATATGTTAAATGCACAATTGCCATTTCCCTATTTTAATAAATGCAAGTCTCCAAGTCTATTTTGGCAAGCATGTTTTGGAGTGTGAATGTGTTTGTTTGAAGGTTTTATGGGTATAAATGCTTTGAAAAGCAGACTAATGTGGTGTGCGAAGATGGTTGGTGAGTGGCATTCTTTGAGCGTCTGCTTTGCCTGCTTTTGTGGTGGTTTCTCCAAATCGTGTCACTTTGCTTTACACAATCTCGTTTTTCCTTCTTCTGCCTCTCCTGTCTGTCTTTTTGTCTCTTTCGCTCGCCTTGTAG
Seq C2 exon
ATTTCTCACTAAAAGGGAGCAGCAGTTGATGCAGAGGCGCAGACATGCTGAAGAACTTCTGGAGTGGAGGCAGAGGCTGGATGTGGAGGAGGCTGAAGTACGGCGGATGGAGAAACAAGCTCTGGCGGCCTGGGAGAAGCAGCAGCAGCCACGCAGCAGAACCCAAACGCAGCAGCACAGCCGGGAAAATGAACACAGTCACACTAGCGGAGGACAAAGCCCCATAGGACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000058000:ENSDART00000146175:28
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.972 A=NA C2=0.797
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]