GgaINT0038297 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000003955 | CEP350
Description
NA
Coordinates
chr8:6322038-6328422:-
Coord C1 exon
chr8:6328265-6328422
Coord A exon
chr8:6322238-6328264
Coord C2 exon
chr8:6322038-6322237
Length
6027 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTAACT
5' ss Score
4.11
3' ss Seq
TCTTCTGCTGTGTCTGTCAGGTT
3' ss Score
10.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTTCACAGTGAGGATGACATCAAGCAGAGCAATGGTTCTAGCCCGCTTCCAACTGATGCAGAAACACGCAGCCCTTCCCCAATATCAATCTCCAGCAGTGAGACTAGTAGCATCATGCAGAAACTTAAAAAGATGCGCAGCAGAATGGATGAGAA
Seq A exon
GTAACTAAGTTTTGTTTTCTATTACAAAGCTTTACTATTTTAATGAAAACAAATCGTTTCAGTCAGTATCTGCACTAAAAATGGTTATCAGAAAGACTACAGCGGTATTGATATCATACACAGTGATGTCTTTTCAGAATCAGCCTGAAAAAGAACTGATTATGAGCATTGATAGGGCTATATTAATCTTTGAAGAGAGTATTTTATAGGATATGTTTTTTTTTTCTTGAGTACAGGAATTCGAGTCAGTAAAAGGATATTGGTTTAAGAGATTATGGTATCTGTACTTGGTAGGAAAATGGATTGACTTGAGCTTAACAACGTGACTTGTCAGGCTTCTTACAATGAAATACCTTAAGGCAAATGATCAAAGTGGTGCCTATATCTTGTATTTCTCCCTTTCACTTTTATATATGTGGTTCATGGAAGGTCAGGGAGCTTGTGTGTGACTGAGAAGATAGTAAGACCTTTTATTTTTCTTACATGGTCCACAGGTTGGGAAAAAAAAGCTGACAACAGCTGTTAGTCTTCAGAGGAAATAATCAAGTTATGTGAAGTCGCTGGGTCTGGACACTAAGACTGAATCTGTTGATTTCACCTGTTAAATTGTTCTGAATCAAATAAGTTGTTTCTGTACCTCTTCAGTGCAGGAATTACTTTGTTTGCTTTAAGCATTTCAAATGTGTTAGCAGTGTGTTCTCATTAGTTTGAGGTACTCAGTTCTTATTTGAGAATAACCCATTTGAAATCTGACCTGTGCCAGTTAACCCCACATAAGAGTCTCTGCTTAAACATTTTTTCTTAACTTAGAACCAAGGTAGGTCACTACATTTTAGTTTGTGTGGTGATCTTTGTAATGTCCTTTCTCTTGCACCTCGTAGCAGTTAGAGCAAACATCAAAAAAGCAAGCACTGCCAATTGTAAAGACAAGCTATCTGTGGCTGCTTAGCACCCTGGTTGCTTGTAATCATTTGGGAAGGACGTTTCCTATACCTGCATATGTTTCTGTATGCTGGAGAACATCAAAACAGTGAGAGAGGATTGGTGTAAATAGTGGGGGGGAAGGAAGAACAAATCCACATTCTATTTAAATAGTCTCCCTGTTCAAGCCTGAATTGGATGTTTTGTTATTCAGACTCTTCTGACAGGAACTAGTGGACTGAAAAGACAAAATCACAAATGATATTTCAAGTTTCTGAAAGACCATATTTCTAAAACTCAACTCCTAGCATTCCAAGTTGTGTGGAAAGCCTCACTTTCATAACAACAGACTTTCCCTAAGTATGTGTTGAGGTTGGTAAATTGCTTAAGAGGGGAGTCAGAAATAGGCTCAGAAGAAAGATCTTGGAAACCTGCACGGAGATGGCCTGCAAGCAGAGCAAGTTCTTTGTCTTCATTTTCCCTCAGTTTCAACATACAACATTTTGAATGGTAATACCGTGTTACAAAACTAAATCACAGCTTATGAATTTTGATATCATATTTATGCTAATACTGTAAAAGATTACAAATATATTTGTGTTTATGTCTTCCTTTGCCACTTTTTTTCAGGTAGCCTTTTTTAGTCAGTATTGTTTCTGAAGTCGTTGCTTTATTCCTAAGCAACACTTGTAATTCCAGTAAGAATTACATGTTGGTAAATGAATCTCTGTAGTACTACAGAGGATAGTAATAGATAAAAAGTATGTTTTATCCTTAAGAATAATTGCAAGTCCAAAATGTTTGTCATCTGGGGTATATGTTTCAAAAGGGAAGGCATCAGGATTTCAGCTGAAGTAATTACCGTGAGGAGCATCAAGTGGAAGTTGTACTTGTTTTTGATGCAGCATATGTGGACATGCACTTTTGATTTTATAGTTTTGTGTGATTGCTCTACATGTTCAAAGTATTTTGTGTAAGCATAAGTAATTCCCTAGAACTTCAGTCTTCTTGATTGTATAGCTTTTGCACACATCTTGCAGGTTTTCTTGATAGTGGCAGCTGTGCTTGTCGATTAAAAAACAGTGCCAACTTAGTACCTAATTTTTATGTCCTTGCTTATAAAATACCTAAGAATAACATAATATTTACTTAGAGTGTATTTAGGGAACTGTATGTTTGAAAAACAAGTTGCGTGATCCTGCAGATGGAAAGAAGCTGAATGAGTAAAATACAAGAGAACTAGAGAAACGCTTTCTTATCTGTGAGACAGCTTTAATATCTCTTCTGTTAAAAGGACAACGAAAGAGTTGTTCTGTTTTAATTATAACTCATGAATCTGCATAGCCTGCATGTGAACAGGAGCATGCTCTGTCAAAGAGAATTAACCCTTCTGCCCATGCTTGCTTTGCATATGCAGCTTTAATGATAATTTGTACAGCAGAAGATCCGATTAAATGCTCATTTGCTTTTGCTTTCTTTAGTATGCTTCTTACCCTGCTTTGTAGTTGCTACAGAGCTGTGCAGAGCATGATATTTTGCTATGAATATGATAATATGCTAGGAATTGGCTTAAAACAGTCTTCCATTAGAAAGTAACATTTTAATCACAGTGTTAAGTTTATGTAGTTTAAAAAAATATATATAGGCATTATCTTTCTGCAGAAATGAGAGTGAGTATTCTGAGACCAAGTCTGTGCTTTACTGCAAAATCAAAGAGTAACTGGCAGTTGAATACAGATATATTTCAGACTTTTTTTTGTTTGTTTGCCTGAGTTTCTTTAAATAAATTCATCCTTTTTTAAGTTTCAGACTGGCAAAGTTTGTATATATTACAAAAGCAGCACTCTGCTTAATGCTAATAATATTCTCTACTGAGGATTAGAATAGCAGAAGTTGCAAAAGGCTGAGGTAGAGATGTTAACAGGTGCATGTGGAAGTTTGGATCAGGGTAATAAAACTTCAAAAAATTAAAGAAAAATAGAGCAATGTGAAAGTAGCATGCCTTTAACTAACAGAAAATGAAGTGTTATAACTTATGCACAAGTGTATGTGTTCTTATTACCTTCTGCATAACAATGTACAATTTTTCTACCCAAGGTGTGAGGTTAAATGCAATTAATTTTAAAGTTCTTTGCTAGATGCTGTCCTTTTCTCATTCTTTCTGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTAGTTTTAAACTCTTCCTCCTTATTTTGTAGACACTGCTCTCCTGTTCACTACTTCTTCTCTGTCTTTACGTCTCACCACTGGGCCTCTCTCAGTGTCTGTTTTCCCAACCTCCACCCCAAATTCCAGCTGTATATCTACAACCAATTGGTCAGGTAACTGTACCTTTCTCAAGTGATAGACTCTTTGATAGAGCATGCTCTGTTCAGTCCTAAAAAGTGAAGAGGTTCTTCATCACTGAACAGCTTTGACGCTTTTTCCACACTGGTTCCAGATTAATCTCTTGTTCCTACTGTGTTCTGAGTAGCAGACAGACAGTTCACTTTGCTTCTGCTGTCCAGTTGCTACTTCAGAACAGCTGTTGAAACTGCCTAGTTTGGTTTTAAAATCTGTGTGTATTAGATATAAATGCAGTTCAAGTATAGGGTAGCACTTCCAGGTTGTTATTTTTGGAATAGGCAGACCAAATATGTGACCTTAGCACCAGATAAATAGCTAGACTTTGGAAATTACGATGATGTAATCTGAGTGCTTCTGCTTCCCCTTTGCTCCTGTAGATTTCCTGCCTTGAAGATACCAGATGTGGTCATGCTTTTCTATTTTTTTTCTCCCTGTGAAGGTGCCCCTGCTGTTGAGGATGAATGGGTACCCTTGGTGTTGCAACTGGAACCCTCTAGACTGTAGTAAATGCTAAGGCAGTATGCACGCTACCTTGTGGTGGTTCTGACCTTTTAAACCCCTGGGTTATAAAAGGGTCCGCATCTTTAGCTATGCTCATTTAATCCTCTTCTTTCTAAAGCACGAGTGTTTGAGCCTTCTTTCTCTCTCTTTAGTGCTCTTTTTGACCAGCTTGTAGTTTTCTTATTAGTTGGTCTTTGTATGGTCATTAGTTTTATGATCATTTAGTTAATTCTGCTCTCCTGCTTGTGGCCTCCTGGGTTAATTCATTTGACATCTTCTGTTGAAGAGTCTTGCACCGTCGTATCCATTTATTTCAGCCTTTCTCTTGAACTTTACTCCAACTGGACTTGTGTCCCTCAAGATCCTGTCAAACATGAAGATCCAGGCATTCTGAGATGAATGAAATGAGATGAAACAACTAGTGAAGGAAGCAAGAAAAAGTTTGCATTGAGATCATTATAGTAGTAATGACCTACATAACAAGTTCCAAATATATGACCTACTAGATTAATTGGAACTGATGCATATCTGAAAGTGAGAGCTGATAAGTCTGGTAGTGCTAGTGAAAGACAACGTAGATAAACATGGCTGTCTGTTGTGTATGTAGTGCAATTACCACTGGTAATCTAGCTTCTTAATGTTATTAGTCTGTCAGTTTTCTGTAAGAATAGATAATGTTTGATGCTTATCTATAGGAAGTGATTGACAAAATGCAGAAAATCCTAGCATCTGCTAGCTGAAAGGTGGTGGGTATTCCAGACTGATAGAGGTGCTGCTTTTCATCTGCCCTTGCTCTAACTGTAGTAAAGAGGTGTGTGTGCATGTCTTATTGGCTTCTGAAACTTTAATCTTCGCATCATCACTTTTCCACCTGATCTGAATCTGTCTTAAAGAAGGAATCATCAGAATCTTAATCTTTCTGATGAACTGCCAGCTCACTTTACCTGGGAACAGAGTGAGCAACACTGAGTGAGGAGACAACCAATGTCCTTCAGCAGGCAAGACCTGCAGCTTACCCAGTTGGCCATTGCAGTCTCTGTATATATATAAAGGTTGTTTGAAACATGGGAGATCAAAAAAGCACAAATGGAATTATTAACTGCTTTGTAGCTTAAGAACATCAATGCTAAGTATTTGGATTGTTTAAAAAATTACAAATTATAAAGGCACTTTCAAAGAAAATTCTCACAGGACTTTGAAGACTGCATTTTTAGGCAGCCATTCTGTACCCGTTTGAGCCCTCTCTCTAGCTGGCAAAAACCATCTTGTTTTCAAAGAGCAATTCTGTGACATTCAGAATGTCACTGCAAGGGATGAATGGATTGATGTACACTCTTCTCTAGAGTTGACATGTTAGAAGTGTGCGCAGTTGATACTGACCTTCCAGTTATCATCTTAAAGACTGAATGCTATCTTCTTGATAACTTCAGTATCTAGATGTAAACTAGAGGTGGTTCTGTTCAGTGGCTGGCAAAGAAAACTAGTATATGTGCACAAACTTATTCATGCTTGTGACATTTTGCATTGATTTCCTCATTTCTGAGGTCTCGTGCATAATTTGAGAAATCTTTGTCACAAGTCAAAAAGATGTGCAGATTTGCAGCATGAGCTTTCTTTCTTTTCTTAGTTTAAACGAGTAGCCAGGTCTGTTGGTAGGTAGGAGAGCAGTCCTCCATCCTTACTCTCTTTATGTTGTCAGCTGATGATTAACATTCCAAGTGTGGCAATCCAGAGATGATAGTCAAAGGAAGAAGGATAAAAGCTCCAGTAATTCCAGTAAACCTTCCAGGTGGATTACTACTACAGGAACACCTCTTCTAATTAGTTATTTAGAAAGAACTGTGGGGCATCTGGGGCCACGATATTTCTCTGTCATTGGAATTAGCAGAAAGATAGGTTCATTTTTCAGTCACTGCTTTCTTGAGGGTTCCAGTTTCATGCCACAAGTACTTCTCATGCTCTAAAATTAGGAGCTGACCCCGTTCCTTTTACTGAATATATTATTAGCACTTTTAAAGATGTTGAAAATTCCTTGAATGTTAGCAGCAGTTTTACAATATCTTGTAGACTTTCTTTACTGCAAAAAAAAAGTGTTCTCTATGTGTCAGAAATGTGGGAGACAGTACTTAGTGTGGCAATTTCCCTAGAAAACAATTGGAATAGCTCAAATTCTGGAAATTGTGGCAATAGAGCATCTGGTTTGGGGGGTCTTTGACTGTCTTCTGCTGTGTCTGTCAG
Seq C2 exon
GTTCCTAACTAAACGAGAACAGAAGCTGATGCAGCGTCGACAGCATGCTGAAGAATTGCTGGAGTGGAAACGCCGCCTGGATGCAGAGGAAGCAGAAATACGGCAGATAGAAAAGCAGGCTTTGGCTGCCTGGGACAAAGAGCTGCTTAAAACCAAAGTAGCCAAGAAAGAACTGGGGGATCTGAGAACTGAGCCAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000003955:ENSGALT00000006306:26
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.962 A=NA C2=0.522
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]