DreINT0045447 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013704 | cers2a
Description
ceramide synthase 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-020808-2]
Coordinates
chr19:8868689-8870527:-
Coord C1 exon
chr19:8870470-8870527
Coord A exon
chr19:8868740-8870469
Coord C2 exon
chr19:8868689-8868739
Length
1730 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTGAGT
5' ss Score
7.77
3' ss Seq
ATGTTGTTTGTATTCCTCAGAAA
3' ss Score
8.6
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGGAGATTTACCTTTTACCTTGTTGCTTTCATTGCTGGCCTTGCTGCACTTATTGAT
Seq A exon
GTGAGTATCTCAAATGCACCGTCACGACTTTAAAGTTTATCTGTAGGGGTTAAAGAGAATCAGGATATCTTCTGTTTTCAAACAAAAAAAAGGAAAACTAAGAAAATGGCTGTTTTTTGTTTTTTCTTTTGCTCACAAAAAACTAAAAACAAGATTTTTGGCTCTTTTTTTTAAATTAATTAATTTATTATTATTATTTATTTATTTAAGGTAGGAAAACTGATAAACGACTTAAATTAATTATACACATGTAGGCGATGCTGAAACACCCATTTTCCTCTGATTGGTCAACCAAATCTGAGCTTGTGGCTTCACCCTCAAAATAAAAGTCCTCTGTGTTCAGCACCCAGACTTTTAATTATTATTTAGTTATGTATATGAACTAAGTTTACATATTCTTCATTTGATCAGTTTGCAGGCTTACATTCATTGCGTATGCATAAATTAAATAAAAACGTAAATTAGCAGTTTTATTACACATTTGTCGTTTAAAATAAGGTCACAGTTCACTGCTAAACGTCTTACCGCTGTGCACCTGATGCTGATGGATGATCGCTTCTTAACAAGGCCTATATAATAATAATAACAATAACAATTATTATAACATTATTAATGTTATTATTAATATTATTATCATTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATAATAATTATTATTATAATTATTATAATAATAATAATAATTATTATTATTATTATTATTATTTATTTAAGGTAGGAAAACAGATAAACAACTTATCAATATAACATTATTAATATTGTTATTGTTTTTAGTATTATTATGATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTACTATGTTTGGATTAAAAATTTTAACAATTTTACTAAATTTAAAATTTTATCTGTCCCATTTATTTTTTTCTAATATTTTGGCCACAAAGGTTAAACAGCTGATATCTGTTCATTATTTAACTATTTACTACTTTATGTAATTTTTAATAGTTTCCTATGAATTAATGCAAGTTTTTATTTTGACATTTATTTAGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGCAAAAATGAAATCTTGGATTTCATTTTTTTTGGAAATGGAATTGTCCCCTTAACAATTCTTCAGTACATATTGATGAAAAAATGGTCTAAACTTGAACTTACCTCAGCAAACTCTATACAAAATGCATATATAATATTTCATTTCCAAGTGTGAATTCAAGTATTAGAGTGACCATTAAGGGGTTAATTTCAAAAGTTTGCATAAACCATATTTGAACTCTACAAAGTCTTTTAAAGTTAAAACCTTAATTTCCTTTATTGTTATTATTTTGTTGCTGCATTTTAGAAAAGTTTAAGAGTTGCAAGCTAAAATTCATTCATTTATTTTCCTTTGGCTCAGTCCCTTTATTCATCAGGGGTCGCCACAGCGAAATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTTCACAGCGGATACCCATCCAGCTGCAACCCAGTACTGGGAAACATCCATACACACCAAGCTATAATTCAACACAAAAAATGTTAGAAAATTCTGAAATTGAACCTGCATTTTGCCTTTGGCTGTTAAAGAATTCCCATGCTTGTTGACCACCACTTTTTAACTGGTGTAATCTTATACTTGTGACCTGCATAGGTTTTATTGAGATGAAATGGCAGAGCACCTTTATCTAGTCTCAAATTCTCTTCATGTTGTTTGTATTCCTCAG
Seq C2 exon
AAACCTTGGTTCTACGATACGAAGGAGATGTGGGCAGGGTTTCCAGTGCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013704:ENSDART00000025385:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=FE(16.4=100)
A:
NA
C2:
PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=FE(13.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]