DreINT0045450 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000013704 | cers2a
Description
ceramide synthase 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-020808-2]
Coordinates
chr19:8858803-8863939:-
Coord C1 exon
chr19:8863811-8863939
Coord A exon
chr19:8858910-8863810
Coord C2 exon
chr19:8858803-8858909
Length
4901 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATA
5' ss Score
7.96
3' ss Seq
CTCCCTCTGTCCGATAACAGTCT
3' ss Score
6.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTTTAAAGAGCAGATAGTGCACCATGTTGCCACCATCTTGCTGATCAGTTTCTCGTGGTGTGTGAACTACATCAGAGCAGGAACCCTCATTATGCTGGTGCACGACGCCTCCGACTACCTGCTGGAG
Seq A exon
GTAATAAAACATCAGAACAACATGAGGCTCTGGAGCTCAGAACAATATTTACATTTACATTTAGTCATTTAGCAGACGCTTTTATCCAAAGCGACTTACAAATGAGGACAAGGAAGCAATTTACACAACTAAGAGCAACAATGAATAAGTGCTATAGGCAAGTTTCAGGTCTGTAAAGTCTAAGAAGGGAAGTATTAGTAGTATTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTACAGTTAGTGTGATATTCAGAGAGGCAGTTGCAGATTAGGAAGTGTAGTGGAGACTAAATAGTTGAGTTTTTAGTCGTTTCTTTAAAGTAGCGAGTAACTCTGCTGTTCTGATGCAGTTAGGGAGTTCATTCCACCAACTGGGCAGATTGAGCATGAGCGTTCGCAAAAGTGATTTCTTCCCTCTTTGGGATGGAACCACGAGGCGACGTTCATTCACAGAACGCAAGTTTCTGGAGGGCACATAGATCTGCAGAAGTGAGCGCAGATAAGAAGGAGCAAGGCCAGAAGTCACTTTGTAGGCAAACATCAGAGCTTTGAATTTGATGCGAGCAGCAACTGGCAGCCAGTGCAAACGGACTAGCAGCGGAGTGACATGTGCTCGTTTAGGTTCATTGAAGACCACTCGTGCTGCTGCGTTCTGGAGCAGCTGAAGAGGCTTGATAGAGTTAGCTGGAAGCCCAGCTAGTAGAGAGTTGCAGTAATCCAGTTTGGAGAGAACAAGAGCTTGAACAAGGAGTTGAGCTGCATGTTCAGATAAGAAGGGTCGGATCTTTCTGATGTTATAGAGTGCGAATCTGCACGATCGAGCAGTTCTAGAAATGTGGTCAGAGAAGTTTAGTTGGTCATCAATCGTTACTCCATGGCTTTTCACCATTTTGGATGCAGTAATGGTTGCCCCATCCATCTGGATTGAAAAGTTATGGTGTAGGGTCGAGTTGGCAGAAACTACAAGCATTTCAGTTTTTGCGAGGTTCAGCTGAAGATGATGATCTTTCATTCAGTGTGACAATATGGGGAAAACATAGATTAAGCGAAAGCCACAAGTGTGTTGTGGTGTGAGGAACATGAACTATATTTAAACTCGGTTAGTTTTCTTAAAAAGGTTAGTTAAATTCTGTATATTTACACTATTTTCATTAAAAATCAGACGCTTGACATCAAGAAATATGACATCTGTATGTTTGTTAGCCTGAAAACACAATCTGCCATTTGCGGCTCTTTTATGCAATATTTATCTTGAATATTATATTATCTTTTAATTTCTAAATATGGTTGGTGACTACAGTATTAATTTAATAAATATATCTGTTTAATAACTCTGTTTTGTAAAAAAAAAACACCAAAATACATAGCCTATATTCACTGAGAAATGGATAAAAAAATATTAATTTTTGAAATGGGGTGTACTCAATCATGGATACACTAGATGTCGCATACAGACCCTGAACATGCATCAGTAGCACCGCCACATTTGTACAGTGCTCCCAGCACAAATTTCATTCAACCGTACTAGTCAAGACAGTGTGCCATCGTGAAGATGCTGGACTTTAGAGCTGTAGTAACGAGCAAACAAAGCATAAGGTAAAGAATTATGACAACAAGATGCTGCGGTGCTAGAAACTTGTATTATTGTTGGCTAAGTAAACGAGTCGTTCATAACAGAGATTCATTCACAAACGAATCACTCCCTCTGTTAGTATGAGAAATGAGAGCAGGAGAGGAGGTGTGTTTCAGGACATGAATTAGATCAAATTTAAACAGAGAGGGAGGATAATAGATTGCCATATACTCAAACACATGCTGTTTGTCAGGATGCCCGTGCAGTCACTTCAATCTAGAAAGTGGATGTAAAATTATAATTTTTGTAATAATAATAATAAAAAAATTGCATACTGACCACCAGGAAAACTCTTGATCATAGATGTATGCATATATGAGTATACCTCTGGCTCTGGATGGCCAGTCCTCCACTTCAGCTTGGTCCCGCATTCATTCCTAAGAAACGCTACCCTGTACTAAAACGGCGGCTCAATTGATACATTCCTTCCAATAGACAACAACAGGGTTGGCGACATCTAATGTAAATATCTGTGGTACTCAATTATGCTGAGCTCTTGTAGAATTATATAGTGTGTATTTTAGTACATCATTCTGTTTTGCAGGATTGATCGTGTTTTGAACTTTTTCCTGTGTTGGTCGAGCAAATTGAGAGGAATATAAACTTCACAGATTTCAAATCAGTGTTATTTATACCTAGTTGGATACTTGGATTTTATTAATAGCTTGAAGTATCTACTAGTTAGACACAAATTTGTTTTTTTTAGTAGTTCGAATTTTGAAATTTATTTATTTTTTCTATTTTTTCAAAGTCTATGCCATCCCACAAATAACATTGCAATCAAGACAAATAACTAGCAGAAAATATATACAGTTGAAGTCAGAATTAATAGCCCCCCTGTATTATTAGCCCCTCTGTTTATTTTTTTCCCCAATTTCTGTTTACCAGAAATATTTTTTCAGCACATTTCTAAACATAATAGTTTTAATAACTGATTTCTAATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTTACTGAACATTTTTTTAAGATACTTCTATACAGCTTAAAGTGACAGCGTTTGCAGATGAGAACAGCTCTCAGGTAAACAATAATCCTCCTTAGACACGTAAGTTATTGTTGTCGAGCGTCGCGTACACTGTTAATCCACACGTGAGTCTGAGCTCTCACAGAGAGAAAAAGAAAACGAAACTTAACGGCAGCAAACTATAAAAGCAACACTTCACGCTTGTTTTGCCAACACAACGTGGCGTCTATGTCGTGTAAACACAGTAATGAATATTAATGAAGTTGCACAATAGAGCGCGCTGATTGGTTTGAACCAAGCCTTACTCATGCATTAATGCATCACACTGTAAGACGTAATAAGACTCACTCTGGCACAGACGCCCAGTCTGCACGCTGGAATACAGGCTATTATGTCATGACCGTGACGCAGCTTCAAAAATTCGTTTCAAACCGGAAGTATGAATTTGCTTGAAATAACGCAAAAACAACCAATTTACACTTTTTAGTGAAATATAGGTGTCCTAATAGTGTTTTTAGCAGTGTGGGACACATATACGACTGTCAACAGCTCAAAAAATGTGTTTTGGTGTTTAGTGACCCTTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGGCAGGTTAGAGTGATTAGGCAAGTTATTGTATAATGATGGTTTGTTCTGTAGACAATTAAAAAAAATATAGCTTATAGGGGCTAATAATTTTGACCTTAAAATGGTGTTTAAAAAATTAAAACTGCTTATATTCCAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTCGCCAGAAGAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATGTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTAGGTAATATTTAAAAAAGGAAAAAAAAAATCAAAGGTGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTACATATAAACATGAAATCCACATATCTTTAAACACAAACATAATTCAGGGTATATAGTCTTAAGCGTTTAAAAATGTTTTGTAATTTAATTTTATTGAAAGTTTTCATAGTTTTAATGTTAGCTTATTTTTATCAGTCTGTATAGTTTAATTTTAATAGCTGAGACTACAGCTCTGCACAAGACGTTTGGCCAGCGGAGAAAATTAAAATGGTGGTGTCCAACTGAGCCTGTTTTCTCTCAAGATTTTTTTTCTTCACTTTCGCCAATTTGTGAATTTTTTTTCCCCTCTCCGCTGTCACAACTAGCTTGCATGGTTTGGGATCGGTAGAGCTACGCATCGATGGATTTGCTCTTCAGTGTTTAGACCCTCAGTAGTGATTATTAAACCACACTGAACTGAACTTAAACACTAAAAAACTAAACTACACTGATCCAATTTAATATGATCTTTTATGTGAAGCTGCTTTGACACAATCTACATTGTAAAAGCGCTATACAAATAAAGGTGAATTGAATTTTAATAATTAAAGTTTAGTTTAAAATAACTGGTTACAGTTTACAAGGCAAACTAAATGAAAACATTTCTTGGCAGTAGTCTTGAATACAATAATGCTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTAGCGCTTTAAAATAAGGCTCAATTTGTTCCTGTTTGTTAACCCTACTACATTAACAGCGAAAAACCTGTTCACTGCCTTCATTTAAGGTCAGTCTGAACATTTATTTGGCATTGAATTCTATTTATTAAGTTCAAGGTATTGCTTTTATCTTGTCCTGTGAGCAAATAAATCAGAATAGGCATTAAAATAATGTTAGTTCAATCATTTTCCTTTGATTTAGTCCCTTTATTAATCAGAGGCTGCCAAAGCGGAATAAACCGCAAACTATTCCAGCATATTTTTTACGCAGTGTAAGCCCCTCCAGCTGTAACCCAGTACTGGAAAACACCCACACAAACACACACTCTCGCATTCACACTCATACACTACAGCCAATTTAGTTTAGTTCAATTCCCCTATATCTCATGTATTTAGACTGTGGGGGAAACCGGATGAAACTCACACAAACATGCACACAGAATCTATCATTTCACTGAAATCCTATATTAATAACACACCAATTATCCATTGCTCCTTTATCTTGAGTCTTGTATGCCTGTAAAATGATGTTGCGCCTGTAAATCTTGCAGTCTTTTGACCTGGTTATTACTGCAGATGTGTAGCGCTGACCTCTAGTGGTGTTTTTGTGCAAGAGTCAAAGGCCTGTCCATTCTCTCCCTCTGTCCGATAACAG
Seq C2 exon
TCTGCCAAGATGTTCAACTACGCCGGCTGGAGGAAAACCTGCAACTACATATTCATCATCTTCGCTGCCATCTTCATCATCACCAGACTCGTCATCTTCCCTTTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000013704:ENSDART00000025385:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=FE(21.6=100)
A:
NA
C2:
PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=FE(18.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]