DreINT0046631 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011845 | chn2
Description
chimerin 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-091020-5]
Coordinates
chr16:20513143-20519115:-
Coord C1 exon
chr16:20518978-20519115
Coord A exon
chr16:20513249-20518977
Coord C2 exon
chr16:20513143-20513248
Length
5729 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGAGTAAGA
5' ss Score
6.87
3' ss Seq
CTAAACCTTCTCTTGATCAGAAA
3' ss Score
5
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGTGAGAAGGCAGACATCAGTGCCAACATCTACCCAGACATTAATATAATTGCTGGTGCTCTGAAGCTGTATTTGCGAGATCTGCCCATTCCAGTTATCACATACGACGTCTACTCCAGATTCATCCAAGCAGCGA
Seq A exon
GTAAGAAATTTCACATTTGATTGTATTGTAACTGGGTCTTGTAATCTGTGTTTTAATGATCCTTAATAATGTCTATTTGGGCTGCACATGTAACATAGATGTAATATTAGTCTCGGGGGTCTTCAGAATGTCATTATTATGCTAGCTTTGGGGCACATTTTTAAGCATAATCAAAATAGATAGCTTGTGCTTAAATTTCTTTAAATGCAAATTAGCTCCTGCTCCCCACCTCCTTTTTCAGAAGAAGGTGGAGTCTTTACTGCCCTTACTTTGAATACAGCTGTTTTGAATACAGCTTTGAAGCATATGCTTTAGTTTTATCATATCTTTTACCCTCACATGAATGAAATTGCCTTTTGAATTTGCTTTGACTTCTTATGTGCAGTCTTCTGAGATCACACATACACACACAGAGAGAAAGAGAGAGAGAAAGAGAGACAAAAAGCTGTGTGAAACAATAAATAATAACTTGACTTCTAGTTGATCATGTGGTATCAGAAGTTGCTTATTTGAAAGGCAAAGGCCTCTAGATTATGCTTATTTTACCAAATTAAATCATGATCTTGTCACTTAGCAGAAATGATGTACAGTAGGGAATATAAAGTCATGGTGCAGTGAAAAAAAGAATTAATACTGTGTATGACTTCCATGAGCTCGGACGACTGCATCCATACATCTCTACAATGACTCAAATAACTTAATTATAGAGTCATCTGGAATGGCAAAGAAAGCTTATCAAGACCCTTTAGATTCATCTTCAATGCCTCCTACGTTATCTTACCCAAGACATGCTTAATAATGTTCATATCTGGTCACTGGGCTGGCCAATCTTGGACACCTTGACCTTCTTTCCTTTCAGGAACTTTGATATGGAGGCTGCATTATGAGAAGGAGCTGAGAAATTTGCCCTCTCCTGTGGTTCGCAATGTAATTGGCAGCACAAATGTCTCACGCTGTTGATGTTGCCATCCACTCTACAGATCTCTCGTACACCCCATACTGAATGTGACCCAAAACTATGATTTTTCCTTCACCAAACTTGACTGATTTCTGTGAGAATCTTGGGTTAATGCAGCTTTCAGTATCATTTTCTGCGTTTTTTTGATGATTAAGATGTAGTTCAATAGATGATTTATCTAAAAAATCTACCTTCTGCCACTTTTCCAAATGATCAACTAGAAGTCAAGTTATTATTTGTTGCTCTTACAACTGGGATCGACGACAAGACTTTTGTCAGGTAGTGTATAGACAGATATACGTAGATATATGCTAATATTAAATTTTAGAAAAACACTATTTTCCACTAAAATAATTGTGCAATGAAGAGTATACATGTGAATGAAGCTATTGGCTGCATATCATGTGTAGGCCAGTAGGGTTGAACTGGAATCTTTAGAATGTTAAAGTTAATTATAGTATTTAAAATAATTGTGTACTGTGTGCACATAAATCAAGGAAAAGCTCATATTTATTAAGTCAGCAACCTTCTTAAAACCTTCTTAACATTCTAAAAAAATCATTTATATAGTAGTGGTTACCTTATTATTGCACCATAAATGTATTTGTTACAAGGTTCCTAAAGCAGAATAGTGTAGGCTAATGTCTAGCGAATTTCAAACCATAAATCTAACTTCACCAAACTTAACTTTAAAATGTCCCCTGAAGTGCTTTGAAATGTTCGCAGGACACAGAGTAACCCCTGCCCTTTAAGAAATGGCCAATAGCATTCAGTTTATATCAAAACTCTGCAAGTCAGTGCTAATGAGCTAAAGAGCACCAGATTCAAGACAGCCACAGTATATTTCGCTATAAACCCAAAAAGTTAAGGTAACTCAAACCATTTGAGAAAACAGATTGCAACAAACATTTTAAGTTAAAAAACTAATCCTAATGAGTACTGTGAACTTACTCGATTCAAGTTGAAGTAATGATGTATTTAATTAACTCATTACCTTCTCATTACCTTACCCAAAACTTTTTTCAAATGAGAATTACCTTTTAGTCAATTTTGAGTTAACTACACTCATTTCACTTGATGAAGTTGACTGTTGGGTTTTACAGTGTAATAATACAGTGTTCTGTGTAATTCATATGGGTTTGATTTTTGTTTTTTTTGTGGTTCATGCCATCTCTCGCATATGATCCACACTGTGCTGCCATCTCTCCAGGCTGTGGTTGTTCCTGTGACATTAGCACGAGATCAGACTTCAGTCACACACACACACACAAATCATATTCACACTGTTTGAATCCCCTTTAATGCTATTCATCAAATTGAAAAAAGGAAACTGTGTGTAATTGATTTCATTTTGAATCTTCTAATTCCATGTACACTGCAAAAATGCCCTTTGTCTTATTTTAGTCCAAATGTTCTTAAATTATAATGCATTTTCTAGACCAGCAAAAAACTTTGTCTTGTTTGTAGACATAATATGTCAAAATTAAGTGTGTTTTTGCTTAAAACAAACTAATTAATCTTGATATGAGATTACCCCGGTGGCAGATTACTTTGCTTGTTTACAGGAAAACCTTGCTTAATTTTGGTTTATTATTTCTGTAAACAAGACAATATTTTTCACTTTCTAGACTCTGTTTCTTGATTTAGAAATATTTAAATATTTGGATTTGAAACAAGACAAAAACAAGTAGGAAAAGCATTTTTTGCAGTATATAATGACAGTGTGCTTGCAGTAGAGAGGTGTCGCAAACAGCACATATCAAAACGACCAATATAAGGGGCCCTATTTTAACACTCTAGGCGGAAAGTGCATGATGTAAATGTATTAAAGGTATGTCCGAACCACTTTTGCTTTTTTAAGGAAGGCGCATTGCACAACAAGGTAGTGTTTTGAGAATAACGTGCATTAAACCAATCAGAGTCTCATTTCCCATTCTCTTTAAGAGTCAGTTGCCTTGCACCTTGGCGCATTTGCTATTTACATGGCAAACTTTGTAAGTGGAAAAACTAAATGCTTCACTAGCGAAAAAATAGTTAAGCAGAGCATATGTGCGAGAATGAAGAACATGAGAATAAGGAACATGCCTACTCCATTCAGCTCCATAACTTTACTTTTACTCTTTACTCCTTTATTTTCGTGGATAAGGAAACGGTGTTGTACACTCCACTGAAGACATCCATTAGCCTACATATTTAATTTGGTTTGTTAAGCACAAAGATTTGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCGTTTCTAATGAATAAATGAACATTATTAAACAAGTGGGGTCAAAAACTGAGTTATATCCAAACACATCCTATTCTAATGCCCCAAATATGGTGATGCAGACGTCTCTCAAACGGGACAGGTGAACAAATCTAAACTTGTTTTTATTGAAAGAAATATAAATATTCATATAATAAATAATACTGCTAATAATCATAACATTATACAAATGCAAATTGTGATGAATAAACTGAAAGAAAGCAAAAAAACTCTGAAATAAAGAAGGCATAGAGGCAGTGGTCTTTATATTTATGTAGAACATAACCTTTTAATCCTTTATTTATTTTCATATGTAAAGATATTTGTAGGGCAGCATAGTGGCGCAGTGGGTAGCATAATCACCTCAGCTGGGTCAGTTAGTGTTTCTGCATGTTCTCCAAATGTTAACGTAGGTTTTCTCCGGGTGCTCCAGTTTCCCCCACAAGTCCAAAGATGTGCTTTAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCCGTAGTGAATGTGTGTATGAATGTTTCTGCTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGTGATATTTGTGTATTGCTGTACATCCTGTGTGTATTAAGCAATGTCTAAGTGTTTAAACCTGCATATGCGCATAAGTAACATACTTTGCACTGGACTTGGTCAATGGCGTGGTCTATTTTAGTTCCTTAAAGTAGCAACAAGCCAACAATGTGCCTTAACACACCTCCTTTTTGGACCATGAAACACCCATAAGTCCACTAAGTGGCACAAAAGGATTTGCTATTTAAACAACGTGGTGCAAAACATTAAAATAACTGTTGCACTGCTCTAAAAATAGCAACAAATCACGCCAAACACGTCTTGTGCTTTGTTGTGCTGGGTGTATAGTAGGGGCCAAGGAGTCCAAATCAATACAGTTTTGCCCACCGTTTATTATTTTCAGAAATATATAAAGATTTTAGCGTTAGCGGACCCTTTTCACAAGACATTTATGACACCATGGGAGTCGCTAGGCCTATTTTAGGGGGGATATAGCTATTACAATTATTATAATGTCTGCGTATTTGCAGTTCTTTGATATAGCTGACCTTGTATCACTTGTATCCCAATGTCACAGAGGAGTTGTCAGGTTTTCTCGGCATTCACCTCATCAGTACAGCTGTTTCCTTCAGCGAATAATGTAACTCTTACCGAACATTTGCTATTTTTATTTCAAAATGAACTACCAATATTAAACACTTTACAGTTTGTGTGGCATTAACTAAACCATACAGCATTGCTCAGAAAGGATTAAACACAGTGACAGAACCACTTAGAGAATGTACCTATTTTAACTGTCACCAAGTCACTGACAGAGATAGAAACATCAAGTGTTGTCTAGTTTTAACACTTCTTATATATCATTATCATTCAGATCATGGAATATGTGAATAAGCCTGCAAGTTAAAAAAACAAAACAAAAAAACATACATATATATATATATATAAATAGAAAAGTGGTAGTTTATTTATGTAATACATGGAAACAAAAAATGCACTTAAGGAGCTGAGCCCCCCTAAAATGAATATCCTTAAACCGTACCTGTATGACACTTTAATCATATAATCAGTATCTTAAATCTTTGAAAGTTTTTAATATTTATATATATTTTTAAGTATATATGTATTATGTATTATATTACCTTTGCATTATATTACAAAAATTACCGCTTATTTGAGCCATTTGAAATGCCATGTGTAAGCCCAGGACAGTCAATTAAATGTTGTTCTCTCTTCTGGCTGTCATACACAATTG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Seq C2 exon
AAATAACAGACCCTGATTCCAGACTGGAGGCAGTTCACGACGGTCTCCTCCAGCTTCCTCCAGCCCACTATGAGACCCTGCGGTACTTGATGACACACCTGAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011845:ENSDART00000139776:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0062022=RhoGAP=FE(29.9=100)
A:
NA
C2:
PF0062022=RhoGAP=FE(22.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]