DreINT0046723 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000087071 | chrna4a
Description
cholinergic receptor, nicotinic, alpha 4a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-130530-903]
Coordinates
chr6:58522211-58527543:+
Coord C1 exon
chr6:58522211-58523393
Coord A exon
chr6:58523394-58527417
Coord C2 exon
chr6:58527418-58527543
Length
4024 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTACGT
5' ss Score
4.47
3' ss Seq
TTTTTATTCTTTCATTGCAGGTA
3' ss Score
11.97
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCAGATGGTGATTTCACAGTGACGCACCTGACTAAAGCTCACCTTTTACATGACGGAAGAGTAACCTGGATCCCTCCGGCCATCTATAAAAGCTCCTGCAGCATCGATGTCACCTTCCTCCCCTTCGACCAGCAGAACTGCACCATAAAGTTCGGCTCCTGGACGTACGACCGCAGCAAAATCGATCTGATCCGCATTGCAGACAGTGTAGACCAGCTGGACTACTGGGAGAGCGGAGAATGGCTCATAACCAGCGCTGTCGCCACATATAATGTGAAGAAATACGAATGCTGCTCTGAGGAATATGCAGACATCACTTATTCCTTCATTATCAGACGACTGCCGCTCTTCTACACCATCAATCTCATCATCCCATGTCTACTTATTTTATGTCTAACTGTATTGGTTTTCTACCTCCCGTCTGATTGCGGAGAAGAAGTCACCATGTGCATATCTGTGCTGCTTTCACTCACAGTCTTCCTCTTGCTGATCACAGAAATCATCCCGCCGACCTCATTGGTGATTCCTCTGATTGCAGAATACCTGCTTTTCATCATGATTTTCATCATACTTTTCATAATAATCACTGTTTTTGTGCTGAATGTCCATCATAGGTCTCCAGACACTCACTCAATGCCCCAATGGGTCCGTAGGTTCTTCCTGGACGTAATGCCGAGGTTTATTTTCATCCAAAGACCTCAAATTTGGCAGAAAGATGCTAAAGGGGTGTGTGATGATGCTCAGAAGAGCAATAAGAGATGCGTTGATTCTAATTGGAAAAACAGAGAAATAAAGGAAGAGTCCATTCGCATGAAGGTCTATTCCTCATGCTTAAATGCAGACATGCATTCAATTAAATCACCATCTCAAGCGTACAATAACTCTACATGTCCAAAAATGAAGCTTCATAAGGGTCGATCACAGAGTGTTCAGGTAAATTGTGGGGAGCGAGATGTAAATCTGTGTAACAGCAGCACACGTTTTCGCTCTCGCAGCATGCAGTACTGTAGTCTGCATGAACATGAGCAGCAGACATCTGCTGTGTTTAATGCTGATAAGTTCTCAAACATCTGTAAAGTAATGACCAGCACTGGGGAAAACCCTTCTCACGCTACGCGTCTGGCTATTGAGGGAGTGCAGTACATCGCTGAATATCTGCGTGCTCAACATGCTGATTTATCT
Seq A exon
GTACGTATTTTTTGAGAGATTTGTAGGTTTGTTTGAGAGAAAGAAGTTTAAATGGTTAATTTACTCTAAATATCCCCCACCAAGGCATCCTTGTCCTGATAATAATATTTAAAATGCTAAAATGTATTTTAAATGTTTAAAAATACGTAATTGAGATTTTTAAAAAAAAATATTTTTATTGAAAATATTTTACAAAGATTTTTTTCTTCTGGAGAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAATTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTTGGCAATAAAAAAAAATGTTAAAATTCTAGATAAAAAAAATGTTAAAATTACTTCAATATTATTATTAGCTACTTTATTAAATGTAGTTTTTCAATGGGCTATTTGCACAGCTAGTGTTTTTCAGCCAATGATGAACTTCCGGTGAAAGCTTTATGTGACTATTTTCAATATCATAAGTCATCTTTTAACAGCAACATGTTGTAATGTAATTAAAATACATTCATTTAAATAGACATCAGCATCCATTTAGTTGCAGGGTTCAACGCTAAGGATTTTTTCTCCAGGGCCGATCGGGCCAGAGGTTGAGATTTTCACTTGCCCTGCCAAAATTTTCTCTGTCCCCACCAAAAAAAAAAGTTAATAGCTATTTCTTAGCAACATATTTTAAATAATGTGGCAAAATTATGTCGGTGAATCTAGAATTTAGGCGAGGCAGTGGCGCATTAGGTAGTACTACTGTCACTTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGATCGAGCCTCAGCGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTGTCTCTGCGTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTATGATTTCCCCCACTGTCCAAAGAAATGTGGTACGGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCATAGTGTATGAGTGTGTGTGTATGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGCATAAAAAACGTGCTGGATAAGTTGCCAGTTTTTTCCGCTATGGCGACCCCCAGACAAGAAAATGAATGAACTAATCTAGAATTTTAACATTTTAAAAAGGTTAATAAATGTATAATGAGCAAAATTCAAGATGTTATGCAATTGAAAGAGCAGTACAGAAAATGACATTGACAGCTTTTTATTTTTATTTCTCTAGTTTCTTAATTTTTTACACATGTAATTGTCTGCTTCTAGTACTTTAGAAACAGAAATTTTCTTTTAGCCTCATAGTTTGATGTTGCTGCCATGTTTCCATCTTTTCGCTGTACTTGTTGTGACCAGGGGCCTCATGTATCAACGCTGCGTACGCACAAAAACTTTGCGTACGCCAGGTTTCACGCTCAGAATCGCTCACATTTGGATTTACTAACAATGAACTGAACGTGGGAATGTGCGCAGCTTCACGGCAGCTTTCTGGCTGGCGTACGCACATTTTTTGTGCGTGTCTGTTTTATTTCCATTGGCGACTCCTAGAGGCAGTTGTGTTAAATTCCTCTCTACAAAGTGTCTGAGCCTTGCAATGGCAGCTGTATGAGACGGGTTCATATAGTAGGTATGTAAGGTTTCCATACCATACAGTTGACCATCTACACATTAAAGCGCAATTTGCAGCGGTCGCCTGTTTTCCCAATGTAATCTGAGCGATCTATCGCACGCACATCTGAAGATGAATTTGCATGCGTGAATCAGAAACATTTCCATTCAATAAATGTGCAAATAAAATATGATGCACAAACTTATTAATGATTCCTACTTGCCTTTCTCGTGATAAATAGTGGGCAAAATCTGATATGTAGCGGGGAAAAAAGAAAGAGTTCATCAGACGCTGGATTCGAGCCGAGTTTATGCTCGAATGTGTCAATACATGATCGCGTGCGTCTTACGAGGTGCGCCACTGAGACTGCAAAGGGTACTGCAACAGTTTACAGATATAAACCACACTATATCTTTTTTTAATGCACTCAGTGCGATGTTCAGACCCAACTGTGTTAACCGCATCAGCTAAACTCTCCCACTATATTTTTTTTCTTTTGTTGTTAATTCCGGAAAACAAACTTGCAAATAACACCGCTTTTCTCCGGTCTACCTCCGAAAGCAGCACCTCCAATTCACATTCTGTTCAAAGTTTCTCTTTTTGCTTGCTTTTGCTGTTGCTTTTTCGTTGGGTTTTTCCATTAGCATAGTCATTAGCATATTCATACGGGGGAGGAGGCGGGGAGGGGTTTTGTGCTCGTGCATGTTGTGCTCAGTTTCACGTTCATTCGGATGTACAAAAGAATATGCGTGAGATTCGGCAGTGTTTCATACATCTGAATTTTTTTCTGCGTACGCACAAAGCTGTAAATGTAAAAAATGTTTTAGTAAGATTTCGTACATGAGGCCCCAGGTTATGGAAAAAAATAACATGCTCATTGTTATTGGCCAATAGGGGCCAGTAACAATCCTGTCTACTGTCCCGAGCATCTTTCACGCTGGCCCCGGGCCACCGGGCAGTCCGTATTGTTGAGCCCTGGGTTGTTAAAGCGTAAAAAAGACTAAATTCCATTGAAAATATTAAAATAATTTCCCTATTTATTTGTTTTTTTATTATTTTACCAGGAATGTCCCATTGAGATGTAATATCTCTTCTACCAGGGATCTCTTCTAGCTATGGTCAAGATAGGCAGCACAGAACAAAAAAATAAAAAATACAAAACAAAACAAAAAATACATGTCAAAACACACAGACACACCAAAATAGTGCAAACATGTTAAAGCATGTGCACTCTTCTAAATTGACAGTTTTTAAAATATATTTTTAAATATAGCAATAGATGGTACGGATTTCATATGTAGTGAAATCTGATCTCATGAGGAAACGTAAGTAGTTTAGGTTTTGCCAGTTTAGTGGCTAATTTGACGTACGAGTTCAGTCGTATAAAAATGTACGAATTTAAAAAGAAGGTGTGGCACTTAACCACCTCTAACCCCAACCGTCATTGGATGATGAGCAAATCGTACTAAATTGTACGAATTAGATCAAACGAATTCATACGAATTAGCCACTAAATCAAAAAGTTACGAATTGCCGTGGGATTGCGTTGTTAGTATATGTTGAAGCTCATTCCATACATTTGGAGCATACTTAGATAGTGCAGATCTTAAGTAAAAGTATATCTGCAGATCTGGTAAGTATTGTAAGTATTTGAACAGTACTCCAACATATTAGATATATCCTGTGGTAATTTACCAACTAAAGCTTTAAAAATTAAAACTAAAATATGTTGTTTTCTCCTTAACTGTATTGAGGACCATTCTGTTAGTTTATATAAATTACAGTGATGTGTGCGTGCACTTGAACCAGTGACAAATCTTGAGGCACTATGATTAACAATATCCAATTTTTTAAAAAACATTCAGAGGTGTGTGATAAAAAGTATATCACCGTAATCCAGTACTGATAGAAATGTACTCTCACCTAAACGTTTTCGAGCTGCAAAGGGGAAACATTTTTTAAAACAAAAATAAAAACCTGATCTGTGTGCCATTTATTCATTCATTTTCTTTTCGGCTTATTCCCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCGCCATGTGCGCCATTTAAAGTTTTAATATTAAAAATGTGCATTGAAAATCTGGATTTTAAAGACATGGCGCAGATAATTTATTGCAGTGCTTCTTGTTTGGTCTGATACCCACTTGTATCTCAGCCAGGTAGTGAATATCTTTTCTTTTTTTTTTTTTAATGAAATTAGATCTTAAACGTGGCGATTTTGTATGGGATGACAATTGACCGGAAACCCCGAGGCTGGCTGACTGAAAATGAAAGTCTGTGTGCACATTACAGAACCACTGTTGTGTAAAAACTTGCCTAATTAACCTAATTTATCAAATAACAATAATATATTTTAATAATATATCAATAATAATTAATTTTAATTAACATTTTTAAACATCCAACATTTTTTTTTTTTTAATTATTTAATTTTTATTCTTTCATTGCAG
Seq C2 exon
GTAAAAGAGGAGTGGAAGTATGTGGCTATGGTCATCGATCGCCTCTTCTTGTGGATGTTTGTATTAGTGTGCATTCTGGGTATTGTAGGCCTCTTCATCCCTCCATGGTGGGCTGGAATGATTTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000087071:ENSDART00000153740:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.015 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PD(55.6=29.1),PF0293211=Neur_chan_memb=PU(89.2=68.9)
A:
NA
C2:
PF0293211=Neur_chan_memb=PD(10.2=73.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]