DreINT0046741 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000055559 | chrna6
Description
cholinergic receptor, nicotinic, alpha 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-91]
Coordinates
chr1:21793826-21800476:-
Coord C1 exon
chr1:21799417-21800476
Coord A exon
chr1:21794192-21799416
Coord C2 exon
chr1:21793826-21794191
Length
5225 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAAG
5' ss Score
8.27
3' ss Seq
TTGTGTGCCCTTTCTCTTAGGTG
3' ss Score
10.53
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCTGTTGGGGACTTCCTGGTGGAGGACAAAACCAAAGCCCTTTTGAAATTTGATGGAACCATCACTTGGGTCCCACCTGCAATTTTCAAATCTTCCTGCCCTATGGACATCACTTACTTTCCTTTTGACTATCAGAACTGCTCTATGAAGTTTGGTTCCTGGACGTATGATAAGGCCAAAATTGACCTGGTTCTTATCGGCTCTAAGGTCAACCTTAAAGACTTCTGGGAAAGTGGAGAGTGGGAGATCATTGATGCACCGGGTTATAAGCATGACATCAAGTACAACTGCTGTGAAGAGATCTACCCAGATATAACCTACAGTTTTTATATACGCCGACTACCCCTCTTCTACACTATCAACCTTATAATCCCCTGCCTCCTCATCTCTTTTCTGACAGTACTGGTTTTCTACCTTCCGTCAGACTGTGGCGAGAAGGTGACCTTGTGCATCTCTGTACTTCTATCTCTCACTGTGTTCCTTCTTGTCATTACGGAAACCATCCCATCTACTTCACTTGTGATCCCTCTGATTGGCGAGTACCTTCTCTTCACCATGATCTTCGTAACCCTCTCTATTGTTATCACTGTCTTTGTACTGAATGTGCACTATCGCACCCCTATGACCCACACTATGCCCAGCTGGGTCCGCACTGTCTTTCTTCGAGCTTTACCCCGCATCATGCTCATGCGCAGGCCTCTTGATCTATCAGAGTCCTCTGGAAAAGGAGGACTAGAAACTGGGGGCTCGTCCGGGACAGGAGCAGGGCGCGGAGGAGAGGGGAAGAAGAGAAAGAATAGTGGATCCCAACAGGGTGCAATGAACTCTCTGGAATTTGGAGAGGGGAAAGCAGCATTGGAAGGAAAGAAAGGAGGATGCCCATGTCATCCACTGAAAGAAGCAACTGAGGGAGATTGTGGGAAAGTCAGCCGTCAATTAAGTCCACAGGCTATTAATACAGTTGTGGCTTTCTCTGTCGTGTCACCGGAGATCAAACAGGCTATTGAAAGTGTGAAGTACATTGCTGAGAACATGAGGAGCCGCAACAAAGCTAAAGAG
Seq A exon
GTAAAGAGTTTTCCATTTAATTGTTCCACCCTGTACAATACATTGACTATTAGCAATTTTCTCTTTGGATTATGAGGCTGATAAAATTTGATCCCCCTGCCAAAAAATTACACTGCCATGAAACTTGACAGAGCTCAAAGTCAAGCTTTTCTGTCGCAACAGAATGTAGATGTCTTTCACATTTTATTCAGATTGGAAGCGATCTGACCTTAGTATAGGGGCAGCCATGGACTAATAGTTAGAGAGTTAGACTTGTGATCTAAGGGTGTTTTTACACCTGCCTTATTTATTTCGGTTGAATCGCTCTAGAGTTCGTGTTCCCTCTTGGTGCTGTTCGTTTGGACAGGTGTGAATGAAGCAATCGCACTCAAGTGCGCACCAAAAAAAGGTCTTGATACACTTTCAAACAAACCCTGTTTGTGATGAGAACATGATCCAAACTAGAACAGACCTGATTACCTGATGGATTGTTTGTAATATTTCCAGAAGATGAACATGTCGCAGTTTAGCAAAATAAATTCACACCTCCTCCTGAAGTGACTTGCAATGCTCCTTCGCCATTTGTGATGTGTTAAAACATTGTTTTTCTTCATGTTCGAAATGCATAGTCTTTAGTGACAACAAACTATATAGAATACTATGACCAGGGATACAATCAGCCAGTGCAGTCATCCCTCCATAATAACATTTTTGTGTCTGGTTTGTTTACTTGCGGGAGTTCCTTTGGCATTTTCCCACATGTTAAATCTGACCAATCGAAAATAGTATAACAATAACATCAACAGTAACACCTGGCCAATGAGTGATGTGAATTTTGTCACATGACTGCATATTGGTTCTTTTCAACTGATTTGGACCAAAGCAATCAGTGTGGCGTGAAAAGGACCCCAAAATGGCAGAAAAATGCTATAATGTATTATTTGTTGCCCTTGGTCTGGACCAAATGAACCGAACCCCAGATGTGAAAGCACCCTAAGGAACGCATGTCCGAGTCCTGGCACCAGCAAGGATTGTAGTTGGGGGGAGTGAAAAAACAGCACTTCTTTTCCACTGTCAATTAAGAAAAGTTCCTAAGGCACAGAACCCCCAACTGTTCCCAGGGCATCTCACTGCTTGAGGTGAGAGAGAGTTGCTTTGGATAAAAGCATCTTATTAAATGCTAAAATGTCAAATGTTATTTACCTGCTTGAGTTGATGGCTCCAACAGTGTTAGTAGAAGTCAAGTAAGGTTCTTGTTGGTTTTAGCTTTTCATTGATTTGTTTCATCTAGCTTTACATATACTACTCACAGGAGAGTGGGAAAGACATCTTTAGGCCCGTGGAGAGAGCACATTTTGTTGCCATTCAGTCTGTCTTGCCAAAGTGTGATAAAAGATAGGGGATGATGTACCTTGTAAGGTCATACTGTGACTGTTTGCACAAGCTACATTCTATAGGCCCAACCCCAGTTCTACCCCTTAGCCTTTCCCCTCGTTTTGTGCATTCGCGTGATGGGTGGATTTAGGTGGTATGTGCCAATTCTCTTGAAGGCATAGGGTTAAGGTGAAGAGCTAGATAGCCCTCGCAACTGAGATTTTTCAGGACCACACTCAAAACCAAGGGGTAGGAAAATCTCCCAGAATACACTCTTTACAACAGCAGTATGGCTGCACACATAACTAAGGAGATGCACAAATTTGTATTTTTGTAATTAATATGAATTTTTACAACAAACAAGCATAAATTTCAATACATTAATAACGGCGTTCATGTTTTACTCGGTAAAAAAAAAAAGCTAAAATAAAAACTAAATTTTGCTATCTAAAATCCCTAATAATAACTCCTGTATAGCAGTCCCACAACATCTGTCTCTCTATGACACTCGAAGGCCCTGTCAGAAAAGTCTAGTGGCTGGGAATGAACTTTTTACAGTGTCTGCTATAATGTTAATGTTGTTTTTGTGTGTTTACTTAGATTAATATGGCCACGGAGTAAATGCACAGTACAGTACGATCTTATTGCCACATTATATCATTATGATAACATTATAGTGATTTCCTGAAGATAAATACCAAAAAATAGCTCAACTGAAACAACTACAGCAGTCGCTGTCGTAAATCTCATATGACGCAAGAGCTCACAATGACATATGATGACGGGTGCAGGTGTTGTAGTGCAGTCCCGTTTGTTAGGGTCAAATTTTGAAGCCCTTCCCCTTCACACTTTTTTTCAGAGGCCAAGGGCTAGGGGTGGGGGTTTAAAAATAGTATTGGGATTGGGCCTTAAAATTACAGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTCATAAAATTGTTGTCAATGGAGTGAAAATACATTCAGCATGTTCTGATCATAACAGACAACAAAACTGCTGTGTCTTACATGAGGCAAAGGGTGGACCTTCTTTACAGAGGAGGACCCTGTCTCAGGGAAGGACATCTTCAAGGGTGAACATAGATCTCCCTTGACAATGCGGGTCTCTTTGAATTGGGTGGAAATACAATGTGTGCTTTGTTTTATATATAACAGTTTAATGGTTTCCCAGAAAAGACAAATACATGCATGACTAGCCCAAGGTTATTTGTTTATAAATTTCCTGTTGTGCCTGCAAAAAGATGGTATTCTTACATCACTGACCTTCTTGCAGGACAACCTTTGTTTTTCCTAGTTGTTTTAGATCTGCTCACCCAACCAAAGGAGAAAGTGCTGTGTTCTTGGTCGGAGCTATGGGCTATAAGGTCTGTTTTAGGGCTTAGTATTGTATCTAAAGTTTAGCGTGATAGATTTCTTTTAAAAAAGTTTATTTATTTATTAATTGTTCCTGGTTATTATGAAAGTCAAACTAGAACAAATTTATCAGCTTGTCACAAGGAAATCAGCTGGGCTACCCTTGAGGCATGAGGCCTTTTTGATTGATTGAGTAAATATTTGGCTCTTTTACCGTTCCAGCCCATTGTACGGCACAGACTAAGCAACATCATTTACTGAATCTCTTGGCATGTAACAGCCTGAGGGAGTACACAGTCATTCAACTCGTGGGAAGACTGCTTCAGAGCTGTCGTATTAATTCCTGTTCTATATTTGCTGGAATCATTGGGCGTGAGTATTGGTCTCACTGTCAATGTGATCCACATAGTAAAGCAAATAAATATAACTATGAATACATAAGGACTATTCCAGAAATAGGGAGGCACTTGAATCATCACAGCCTTATTCTATAGAAGCTACAGTAAAGAGGCTTCTTGAACCATAGGTATGATGTATCATGTCACTGATTAGGGGATTCTCAGCCAAACAATTCAAATGTGATTTCCAATAGCCAATGTGTTGTACCTTGATTCTGTTTCTTTCTGTAAATGATAATTAAAGGTCTAACAGTACCTTTACTCACAAGTCAACTGAATCAATCAATCAGTCTTTTTTGTCCTATCCACTTTCCATTCATATGCTATAATGTCTTCATTATAAAGAACCTCATCGCCCACTGGAACAAGTTGCCCACTCAGTGTCTGACTCAAATTCCAACATCATTTTATGCTTTGGTTGTAATGTCCTCAGAAAGACAGGTTGTATATCACAGTCATCAAGCTTACAGAAAAGACTCAGCTACTCTCAGTGGAAATGTTTACTGAGTGCTTCACTGACAATAAGTGCTTTAGATTCCTCAGTGGAGACATCACACTTTGATATGGAAAGTCTCAGCACTTCATCCTTCATCTTCATTTTTGGCTCAGAGCCTAAGTACTGAATCACATTAGCATTGTAAAGCAGCCAGTGCCTAAATACGTGGAGGAAAACGGTTTCACATATTTCTGCTTATTGTAACACAGTCAAATTTAGCTTATCCCCATGTAGCATGAGAAAAACATTCTGAACTGGTGATAAGCCTGCATTTCACAACATAGACTCTTGAAAACTTAGCCACATATAAGTTTCTGGAGATCGCAAATTATGTAGCCAGAAGTACATATAGCTGCATTTTGTTTTTAAAATGAACGATACGGGGTGGTATGATGCCGTTTCTTTCACGCTTACCAGCTGACCGCTTACGTCCATATGGACAGCTTTCCTGCTGTTACTAGTTTGTCCAGTTAGCTTGTCATGTACAGTACATTGGTGGACTTGAGATGCAGAGAGGAGTTGACCATGATGACAGGGTTTGAGTCAGGTGAAGAACAATTTCAGTAAGCAGGGGGCTGTTTCATAAAAGTTGTTTAGAAAAGCGGGGATTAAAGTCAAAATCCAGACTTCAGTAAGCCGAACTAAATGTCCATGCTTAAATTAGTTCAGTAAATTAAAGATCATTTGATTTACTATTAAGTAACTATAAAGTTTTAATCATTATTAAGAGATAAGTTAAACGAATTAAAATGGCATCAAACTACGAAAGTTAAATGTTAATAATACCTTGATTAAGCTTGAACAACCTTGATTAAGCCTGAGAATTAACCTGTCCTGAGCCAGGCTAGTTTTCCAGCATAAGTTTGAACTATCGTAAATTTGATTTATGAAACCGAGTCCCCCATTAATAAACCTGACTCACCAAAATAAGCCTGTTTTTTTCTGTGAGCTTGGTTTATGGAATAGGTCCCTGGTAAGACAAAAACGGAATCCTAAAAAAAAAAATAACAATAATAAACAAGTAAATAACAGGGTGAGAATGTGGTAAAATCTGAAAACAAGGTAAAAATCAGATGAGGGCTTTTCTTTTTTTAAATTGCTTTTTAAAATTGTTGGTTGGGTTTAGGGAAGAGCATGTCAATCTGTGCCTTTGAAAATTCAATTGTTTGGGTTTGGGGGTTTGGGGAAGAAGGAGGGTGAATCAGTCGATCAGTCAGTCAAACAGTCAGTCGACAGCGGCCTCTGGTGGGTTTTTGTAAGAACAGCAGGCTTGAATGACTTCGCGAGATAAATTTGGATTCTCAAAAAGTATACAAAGCAGCCTCTGGTGATTCGCGAAAACAAAAACTGCAAAAAATGTAGTAGCTCCTGGGTCATATTTGGCGCTCTCCAGAAAAGCATATAAAGTTATGTTTTCAGAATGAGTCTTTGTTGGCATTTCATTCATTCTCATCCTCTATTTGCCATTTTCTCCACCATTTACCTTGCTTTGACATGCTCTCATTTTCTTTCTTTCTCTCATTTTCTTTTCTTGCTACCTCTAACCTCTCCTTTCTTTCATTTATTAACCTTCTTTTTTCCCCCTCTGCCTATTGTGTGCCCTTTCTCTTAG
Seq C2 exon
GTGGAGGATGATTGGAAGTATGTTGCCATGGTGATTGACCGCATCTTCCTCTGGGTCTTTGTGCTGGTGTGTGTGTTAGGAACTTTGGGCCTCTTCCTGCAACCTTTGATTGGCTTCCTCTCGTAATTAACTATGAAACACTAACCAACAATTTTCTGAGTCACTGACATGCTCCGTATTTATTAATGTCACATGTTCCGTCACTACATCAAGACTCTGATAATATAAACTATACACAGGTGCCCTTGTACAGCAAATATCCAATCAGTTTTCCTCTGCCACTAATCACTTGGATGGTTAAAGGCTGATTTTGGCCTTTTAACAATCATTGACTTTGAAACTTGACTATAAGTGAACCTTCCAATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000055559:ENSDART00000031546:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.110 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PD(55.6=32.5),PF0293211=Neur_chan_memb=PU(87.5=65.3)
A:
NA
C2:
PF0293211=Neur_chan_memb=PD(11.7=73.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]