DreINT0046750 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000054680 | chrna9
Description
cholinergic receptor, nicotinic, alpha 9 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-63]
Coordinates
chr1:22717883-22721666:+
Coord C1 exon
chr1:22717883-22718019
Coord A exon
chr1:22718020-22721511
Coord C2 exon
chr1:22721512-22721666
Length
3492 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAGT
5' ss Score
11.01
3' ss Seq
TGTGCTTGACTCTGTGCTAGGAT
3' ss Score
6.61
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGCTCAGGGTCGATTTGCTCAAAAACTGTTGAATGACCTAATGGAGGGCTATTCTAATGCTTTACGGCCTGTGGAGGACACAGACAAAGCCCTTAATGTCACTCTACAGATCACGCTTTCACAGATTAAAGATATG
Seq A exon
GTAAGTCCTTAACTTATACACACAAATACAAGTCAATTTCGCAAATATTTACTTTAAAATTTAGAGTTAGTCTGTACTTTTTAGAGCAGCTTAACTTATAGCCACATACATCAGACCTTGAAACCTGCAGAAACAAGAACTGTCTGAAATCACATCCGCTGGGTCTGAGATCAAGGCTGTATAATACACTAACGAAACCCAAACACTGTCCAACTGACCTTGATGTGGCATGGCGCGTGTCTTCTGAGCATACTTTGACGATTTAATTCTCAAACCACATAGACCACAATGGTCAAAGGCATTTAACCTTCGGATTTACACGCTTAGTTCAAATTCATATGTTCACGTCATACTTAAATGATCACAGTTAAATATTTGTGATTCTGGGCCACAAAACAAGTCATAAAGGTCATTTTTGGAAATTGAGACATTTTTTTTTATATTTGAGAGTTAAAAAAAATCTAAAATCTAAACAAATTGCCTTTAACCCTTTAATGGGCATGGTCCATAGGTTATCATTAAAACTAAAATCTCAGAATTGGCTTAGTGGGGTGTCAGTAACACTATTTGGTAAAAATGAGAGACTTTGGCAAAAAATTAAAAGGCTAAAGTTGTCCAATTTAAGTTATTGGTGATGTATATTACTAATAAAAAATGTAAAGGCTTTAATAAATGTACAGTATACAATTTATAAATGATTCTTGGCATAAAGAAATCAAAATCAAAATTGTGTTTCATAGCCTACAACTATTGTTAGCTCATTTTGGCTGTTATTAAAAATATACCAACTTAAGGTTGGTATTTTGGTACAGGCCAGGGTCACATTTGTATGCTTTTACAATAATTGTAAAATAATTGGCAATAATATCCAATCAACCAAACGGTCTGCTTACTGATTTCAATTTACTGCACACTTTACTGCAGTTACAGTACATAACTCTAGGTGTCAGCACTTGTTTATGAGGACAGATTTATGTGGATACTTGTATCGTTATCTATCTGTATCCTGTGACACTGTAAACATAATATGTGTATAGGGTGAGCTGCATGACTAATGTACTAGCATGTGACCAGTGTATAACAGTTTCTAGCAACATGTGCCACTGTGAATCATGCTTTGTTCTCACATAAAGTATTAATTTAGCTCAATAATATGTTTGTGTATAGAGAAATATTAATAAGAAACAAATGTGTTTTTTGATATTTCTAATGTGTTATGTATTTATTGGCTGTTGGCTGTAAAACCGGGAGCGCAAGAGCAACTCCTTGATTTGCTATCCCAGCATGATTTCAGAATGTTTGACAGATAAACTAGTGTTTCGATGCAATTGCTTGTGACTTTTTGCAGAGACTTTTTTTCATTTAATGACATAAGTATTACAGGATATTTTTTATTATTTTAACCTCATATTACATATTTGTTTAACATTTTTAAAAATCTTAAAATATTTGGTTTATTTCCATCTTTAAACTGAGTTTTCAGTGCGGTTTTTGAAGTTGAACTTAGCATAGAGTCTCAATAACTGTAGCCCCGATTCATTACAGGAGATATGATACTGTACTGTACATACATTATGCTATTGTGTAATTTTTAAAGAAGCCTTATTCACTTTTCCCCTTTCAAACATAATTTGAGTATTAGAATAAACTACATAAAACTTTTTTAAAAATTAGTATTTGTGTTCTTGCAGTCCTAGCCTGGTGCTCTGGTTTACCCATGCCCAAAGACATTCAAAATACAGTAGGTGAAATGAATAAACTGACTCAGTGTTTAGCACTGTTGCCTCACAGCAAGAAGGTTGCTGGTTTGAGTCCCGGCTGGGCCAGTTGGTGTTTCTGTGTGAAATTTGCTTGTTCTCCCCATGGGTTTCCTCTGGGTGCTCTGGTTTCCCCCACAGTGCAATGACATGCACTACAGGTGAATTGGATGAAATAAATTGGCCATAGTGCATGTGTGTGTATGTGGGAATGTACGGGTGTTTCTCAGTACTAGGTTGTGGTGGAGTAAAGAATTCAATTTAAAATTTTCATGGTCAATATTTGTGTGCATTGTCTTTAGATAGTATTTATATAAGGCTCTGGTACACATTGTTTATGCGTTTCAGAAGACAATGAATTTCTCGTTCAAGAGGCACTGAATTTCCGCCCTGATCAAATTCAATCAAATATTAATTTACTGAACCTGAGGAGTACTTTTAACCAATGAGATGTGATATGTAGAAGGCATTAAGTGCAACCTAAGGGTTCAGACTTTCTTCCCTTTCATTCTTCATTGTTGTGAGAAAGTGTTCCATGTAGAACATTGGGGTTTTATCTTGCAGAGCAAGGCCCTTTGCGACTGAATACTCAAACTAGCATACCATATAACCCAGGTGTGTCCAATCCTGCTTGTGGAAGGCTGATGTCCAGCAGTGTTTAGCTGCAAGGGTGTTCTTAATTAAGGTTGGCGCTGAACTCTGCAGGACAGTGGCAGTCAATGAGCTTGTCTGGGGACTCCCGATCTAGCCCCATACTAGGTACTTTTACATGATGCATTGTAATTTGTTTAAAAGCAACATTTAATTAAAAATGCTCCATAAAAACAAGTGAGTCAAAAGAAAAAAAAAGACTGAATTGTAATCGGTTTCAGATAAGTGGAATAAAACACTGTAGAAACAAACAAAGCAAAATTTCTGCCATGTAAACATGTTAAAATGATTAGCAGACTTTGCATCGGTGTCACAGTTTGCCACAAAATGGTTTTCCACTCAGCTTCTGAGTTTGTATAAAACAATTTTGACGCATAATTAGGCTATTTTTAATAGTTCGGTAAAGTGCAAACTCAACTGCCCTCAGGTAAAAGACTTTCATGCTCCCTTCTACAATTAAACATGATCATATTGATGCCAGTATTTTAGTAGGTAAGTGCGTTGACATATAGTACTGTGCTGCTCACGGCAACTAGAGTTCGATTTCCTGCTTGAGGTCCTTTGGCAGACCTTCCCCTCTCTCCCTATATTTGTCATCCTCTTGACTAGCCTTTCAAATAAAGGTTAAAAAAACATGATTATTAAGTTGCATGTGAAAGACGGGACATTCATCCAACTCCTAGTATTTCTTAAAGGTTTTTCTTGTGTTCTGTCCCCTTTTCAAATTACTTATGTCGTTTTCAAAATTAGTAGATATAGTTTTTTTTTATTGCGCCACCTCATCTTCTTTTACAAATTTTACTTGCTTTTTACCCAAAGATTAAAGCATGAGGTTCATTCACAGCCCCGGATAAACAAGACAGCAAACCCAACAGACTAATGCGCACAATACAAGTCATTTCGACTTATCGTGCTGGGACATATAAATATGTTTTTTTATAAATCAAATCGTTAATCAAGTCATATACAGAGCTCACATCGAAAATTGTTTGTGTACCAAATCATTGATCAAGTCATATACAGAGCTCACATCGAAAATTGTTTGTGTACTAATTAGTTTTTTTTGTGCTTGACTCTGTGCTAG
Seq C2 exon
GATGAAAGAAACCAGGTGCTGACTACATATCTGTGGGTTCGTCAGATCTGGCATGATGCTTACTTGAGCTGGGATAAAGAAGAATATGATGGACTTGAGGTCATCCGCATTCCCAGCAATCTTGTTTGGAGACCAGACATAGTTTTATATAACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000054680:ENSDART00000140706:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.062 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PU(15.5=96.9)
A:
NA
C2:
PF0293118=Neur_chan_LBD=FE(25.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]