DreINT0046753 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000054680 | chrna9
Description
cholinergic receptor, nicotinic, alpha 9 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-63]
Coordinates
chr1:22722610-22727172:+
Coord C1 exon
chr1:22722610-22722961
Coord A exon
chr1:22722962-22725962
Coord C2 exon
chr1:22725963-22727172
Length
3001 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTGTTTTGTGTTTCTTACAGGAA
3' ss Score
12.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGACATTGCTATGGGCATGGAGAGTGGTGATCTTTCAGATTTTGTGGATAACGTGGAATGGGAGTGTCATGGCATGCCAGCTGTCAAGAATGTCATAATGTACGGTTGCTGCTCAGACCCGTACCCTGACATAACGTACACAGTCCTGCTCAAGCGGCGTTCTTCTTTCTACATCTTCAACCTGCTTCTGCCGTGTTTCCTCATCTCTTTCTTGGCTCCACTGGGCTTCTACCTGCCGGCTGATTCTGGGGAGAAGGTCTCGTTGGGGGTGACGGTCCTGCTGGCTCTGACTGTATTTCAGCTGATGGTAGCTGAAAGTATGCCACCTTCAGAAAGTGTTCCATTAATTG
Seq A exon
GTAAGTTTCCAGCAGAGGAAAAAGTTTTTAAAAAGTATTTGGATGAGCTTTTTTCTTTATTTCTCTGGTTTCCTCTCACAATTTAAAAATATGTACATAAACGAATTGTAATAACAGTCACAAGCATTTAACACATACTCAATCAATTAGAATCACCATATTAGCCAAAGTATAAACGGGGGGCTCTTGAGAAATACCTAATCTCATATCCCTCCTATGCTGACTGACCAATCGGGAACCTTGGGCTCATCTACTGTATCTCCAAGCTCAGGGTTCTCTCCTGGGATAGCATGCCTAACTTGCTATTAAACACTCAAAAATATATTTTTTTTGCTCGTTCAAACTTCTTATTTAAAAATGAGCTGAAACTACACAATTCTTGAGACTTCATTGGGACGTTTTTTATGTTTAATCCACATAAATTTGTTAAAAGTGTTAACTTAATCTATTTGTGTTGGGACAACATGAATGAGTTGTGTGGAACCCTGCATTTTTTACAGTGCGAGCATTATCTAAGGCCCCGTTTACACTAGTGCGTTTTAGTTTGAAAACGCATAAGTTTTGCTACGGTTACGCCATCCGTCCACACTACGCCGGAGTTCTCGAGCGCCGAAAACGGAGCCTTTTGAAAACGCTGGAGAGGCCGTTTTCATTCTAAAACGCTGCTGCTCCGTCTCAGTGTGGATGGGGAAAGACGGAGACATCTGAAAACGGAGGCGGGGCTGCAAACGTTCGCCTATCTGATTGGGGCTTTTCCCTCAATATTAAGTAGCCCACACACAGTTCAGTCTCGCATCCTCTTCTTGTAAGTTAAGACTTCGCAAGTTTGATCAAGGCTGCAGTCTCCCCCTTCTCAGTTTGATATGGAAAACATACAGAGGACACGGGTAAATCTTCAAAGGGAACAGTGTACTTTATAACTTCATTCACATCACCTTGGCTACGTTGTTTCACTTTCTCAACAATAAAATGTAAACATGATTTAAGGAACTGCCTATTTTCATTTTAATATTAGCAACTTAACAGACAGCAGAAATGTTGAGGCGTCGTGCTGCATATATGAGCGTCATCTTCACTGTGTGGATATTTATAAAAAAACGGAGCCGATAACAACTGCCTCCTTTCAATTTCAGTGAAAACACGAAACGCACCCTCTCTTTTGCTGAAAATCAGTTTTAATAATCGATAATTATAAAAGTATAACATACAATAAGTTTATACATTGTAGGAAATAAAGGCAAGCGATCAGTCAATGTACCTGGATTAATCATTAACTTATCTTTGCGCTTAACCAAAACATGTTACCCGTGAACAAGTAACTTAATAGATTCCAATGACCAAAGTCAAGGAATTGGCCTATGTCGTCAGATAAAGACAACAACATGAATGAAATATCACGTTTAGCAAATATAGTGAGATTAGATCCAGCGGGAGATGCGTGATGTGCAGCCCGACAAGCAGAGCTCTCATCTGGGTAGAAATGCTGGAGCGCTTGCCCGAGAGTGTGTGTGTGTGGTCACGTGATGTGCGTTTTCAGCGTTTTGGTGTGGACGGAGAGCTGTTCAGAAACGCTGGGTAAAACGCAAGTGTGGACGCGGATCGTTTTCATTCTACAACGCCGTTTTAAAACTAAAACGCACTAGTGTAAACGGGGCCTAAGTGTAAACTCTTGAAATTAAAGTGAGAATCAGTGCAGTTCAATTAGTTTCCAATAAAGTGATCTAAACAAAAATAAAAAGAACAAAAAATATTTTTATTGCAAAGAGGAATGGGCAAAAACTCCCAAAGACAGGTGTGCCAAGCTTGTGGCATCGTATTCAAAAAGACTTGAGACTGTAATTGCTGCCAAAGGTGCATCAACAAAGTATTGAACAAAGCCTGTGAATACTGATGTACATGCGATTTTTCAGATTTTTTATTTATTTATTTTTTTTATAAATTTGCAACAATTTCAAGATATCTTTTTCACATTGTAATCATAGGGTATTGTGTGTAGAATTTTGTGTAGACAATGAAGCGCTTCAAGGTGTTACAGACTAACAAGACTCAACCCAGAAGTGTGTGTGTGATCTGTGTGCATAGTCTTAGTAATCAGCAAGAATGATCTTCACCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTTTGTGTGTGTCAGGCCAGATAAAGTGCAGCTGTAGCAGATATTGATTGGTGCTAAGTATCATGGTATTTGTAGTTCGATTCAGTGGTGGAATTGCGTATACTAGATCACTGGGGATCGTAACACATTCAAATCTCATTCAAATTGGTAAATTAATGTTTATTACAGAGTTATTGTACGTGTTCATTAATAAAGTTTATTATTAATAACATGTAATTAACATTTTTTCAATTACCATGATTTTATATTCTACATTGTTTAGTGTCTCTTCTTACTTTTAATCTATTCTACCAGTAATTCCAGCCTTCAAGACTTAAAAAAAAACCTATTGTTTTCCTCATAGGGACCAAAGAAATAATCCTACAAAGTAAAAAATAAAATAAAATACTGGTATTGATGTTTGAACATCATTGTTAAAAATTAAACTAAATGAAAATAAAATATTTAATTAAAGGTTGAGAAATACAGTGTGGAGCATCAACTTTTGAATACCTAGAATTAACCACAAATAAGTTATGAATTTTATAAATCTCGAATCAAGATGACCCAGCATTTAAATGATCTGAATTTAGAATGATTATGAGGTTATTTAAACTCAACAAACAATTGGTACTAACATTACTTTAAAATACCACCTTACATCTGACTCATTATATTGATAGGGTTGTATTACACATAATACAGAATAAAGCACACTGTAAAATAAAAGTATTTGTTTTGTCAGTCCCAGCAACTGATTGTGTTAACATAGCTTCTTTGTTATTTGTTTCTTGTTTTGTGTTTCTTACAG
Seq C2 exon
GAAAATATTACATTGCAACAATGACCATGATAACAGCCTCTACATCTTTGACTATATTCATTATGAATATACACTTCTGTGGAGCAGAAGCTAAACCGGTGCCCCACTGGGCCAAAGTTCTGATAATAGACTACATGTCAAAGATCTTCTTTGTGTATGAGGTAGGAGAGAACTGCACAACACCTGAAAGTGATCGAGGCCCATTTTTCTCTGAAGATCCACTGGCTAGCCTGGAGAGAGATGGGTATTTTGACAAAGGGTTTTATGAAGACTGTCACCTTGATGAGAGAATCCGCAGTCAGTTTAATGGGTACAGTCACAGAGACCACCGACATGGGAATGGGTACCATCACAAAAACAGCAGCTATCGGCAACATAGGAATGAGCAGCAAAGAAGAACCCGATCGTCATCAAATTCCCCTGTTCGACAGAGTTCCCATCATCCAAAATATACACACTTCATCGGTCGAGATGGAAGCGAAAAGCTCCCACTAACAAGTCAGGAAAAACTCAAAGACAGTGAAATCTCCATTCCAGAAAAAATTAACGGATACACATATGATCAGGGCAATGGGTATCTCAATGGAGTCGGCTACCTTCACGATAATGGCTACAGCAAAACCTTTGGAGCAGATAGCTACAATAAGACAACTACTGGCACAGGGTGTGTCTGTGGAAAACATCAGAAATTGGTGCGAAACATTGAGTACATAGCTAACTGTTTCAGAGAGCAGAGGGGACACCAGGCCAAAGGGGCCGAGTGGAAGAAGGTTGCCAAGGTGATGGACAGGTTCTTCATGTGGGTGTTTTTCATCATGGTCTTCCTCATGAGTATTCTTGTCTTGGCCAAGGCAACCTAGGAAAGTTTACAACTTGATGCAATTGGTAAATTACATAATAAGTAAATCTATGTGTCAAAAGACTGTAATTCTGTTCTGCAATCCTGTATTTGTTGGCAAATGCATTCAGATTAAAATGTGAATTACAGTTACAGCATGTGTTTTAGTTGTTTGAATGTCTCCCTTTCTTCATTGCTGTCTTTGTTTTTTCCGCTCCTTTTTTTGTAGTTGGTAAAAGTTAAAGAAATGGCATTAATATTTCAGGTGTAGAAGTGTTCCCACAAGTGTACATAGAGTAACACAATCTTTGTCCAGCATGGACACACATTAATAATGCACAATTAACCCCGCACATGCGTATGGGCAGACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000054680:ENSDART00000140706:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.269
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PD(27.0=45.8),PF0293211=Neur_chan_memb=PU(16.6=47.5)
A:
NA
C2:
PF0293211=Neur_chan_memb=PD(83.1=97.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]