DreINT0046778 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000017790 | chrnb2b
Description
cholinergic receptor, nicotinic, beta 2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070821-3]
Coordinates
chr16:22734465-22739703:+
Coord C1 exon
chr16:22734465-22734609
Coord A exon
chr16:22734610-22739541
Coord C2 exon
chr16:22739542-22739703
Length
4932 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGTGTGGTC
5' ss Score
-15.85
3' ss Seq
CATCATTTGTTGACATTAAGATG
3' ss Score
1.9
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGCGGTTATGGGGCAGATACAGAAGAGAGACTGGTGGAGCATCTTCTCAATCCAGCTCACTACAACAAACTGATCCGACCAGCTACTAATGGATCAGAAGTGGTGACAGTGCAGCTGATGGTCTCGCTGGCGCAGCTCATCAGT
Seq A exon
GTGGTCAGTGGACACCTACACTTTGATTCTCATATTTAAATGCAGAATGAATAATAAAGATCCTCCTTTATGCTCTTTCACCTATTAATTTGCCTGTAGTGTGGAAAATACAATAGCCAGATGTGAATGACAAAGGTCTGCAAGGGTAGAAAGTGGAATTATTGTCTCCCAAATAAAAAAAAATTCTGAACAGTCTTAAATGAGTTGTCCCTCATCCCTCATTAGCCCCTTTCACACATACAGAACCTTTCCGGAAAATTCCATATCCAAAAACATATCCAATGCTTTTAGCATTCGTTGTTTAAACTGACAGACCCTCATTCTCTGAAACTGGATTTATGGTTAAACGAATAAGAAGCCAACTTTCACCCTATTGTTTTGATACAGTATGTCTTGTTCTGACATGTGAAGTAACAAACATGAAATGCTTACTTGATTTAAAAACAAAAGTTAAATACAATTTCAAATAATTTTTAAAGAGTTTTAACCTTTTAGCCACCACCACAACATGGACTAAATTTTTACTCAAAACAATTATGAACAATGCCCATCGCTATGTAAATAATGAAGTATGCCTAATAAGTAATGTTATCATAACTTTAACTAGGACTGGGCAGTGACTTGTAGAAATTTTGATTAGAAAATTGGTGTTTTTTCTTTGTGTTTTTACCTTTAGTGGATGTTAAGCTATTGCCTTCAAAACAATTAGAAACCCTTGAAATTGCACAGTAGAGTCACTTCATTTAAAGTTTCTCTAAACTGTTTCTGGTCTAGCTTTAGAAAATGAAATGTATGGCTGTTATATTGATCTTATTCTTCACGTTAGAGTGGATGCAGCCATTGGAACATTAATGGCTTGAGACTTCGAAACTCATTCACTTCCATTGATTTATAGCCATAAAACCAGCTTGTTTTGTTGCTAACTGGTGTTTTATGATTACATTTTTAATGTATAGTCATAAACACAATTGTTCCTAGGTCAAGCAATTTGACTGTTTCTGCCATTTGCGAGTCAATTCTCTTATAGGAAACTGAAAGAAAAGAGCTTACTCCAGCCCTAGAGAACAACATCAATAACCCTTACCAACTGTAACTCACTTAGCATTGACACTTTGTTAAAGCATTGTATTTTCAGTGACTTTTAAAGTAAACTCGTTTATTCAACGTCTATTCTATTTTCAAATATGGTCATCTTAGCTCCATTTTAAGCCTAAGTAGGCTTAGTGATCTGTGGAATAATGCAGTTAGGCTCTGAGGCTTCAGCATTAGCCTGATTTTTTCGAGTGAATGTTGTCGGTGTGCTGTAGGAAGCAAGTGTGGACAACAGGAAATGGCCATTTCAGTTCCCACAGGTGCAGCAATTACCAATGCTTACTGACCACTCATCATTCTATGCGAACCGCTCAGCTGTCAGCCAATTACATGCCTCCTTCATACCTGTAATGCATTGTAAATCAACAACAGCTCACTTACCTGGGCTGATAGCTGGAGGAAAGCAGTGTCATTCCTGTGTGATTCATTTTTGGAGGGCCGGCAGGGGCTTCTTAACGTCCTTGATACATAAAAGAACCATTCCGCCCAAGAATGTGTAGCCTTTGATCAATAAAAAGAGATTTGAAAGCATCAAATGGTGAACTTTGAAGAATACTTTTCCTTTTATCATTTTTTGGTAAAAAATGAACAGTTTTATTTAATATGTACATCATGAGCCATCATTTAAAGCCTGTTTTTTTCTTATGCTGAATCACTTCCATGCACCTGTGCTGTTAGTAGTGTTTAATAGGACTATATACTGTATATATATATATATATATATATATATAAACTATTTGAATATGTGACTTATTCTAATATGAGATACAAACACACACTTATGGAGTGTTAAAAAACTTGTTTCATTGCATCCGGTGCATCTTCTAATTTTGACTAAGAAATATATATCTCAGCTATTGATGGTTATGGGTACACTTTACAATACATCTAAAATTTTCTTAGTTTAGGCATTGTGATTTAGCTGGGACTCAATCCATTGACTGCCATAATCTACTGCTTGAGAACAAACTTTTACAATTTTTAAAAAGGGTACAATATCTTTATAATATTCATATTTTAAAGCTATGAATTAAAAATAACAAGTTGACAAGTTACAAATAAGTTGTTTAGTTATATCATTAAGTTGTATTTGTTATTAAGATTTTTTCCTTCCCTCTCTGTCTTTTTATTTTTTCCTACACAGCACGAGAGAGAACAGATCATGACCACCAATGTCTGGCTTACACAGGTCAGTCACATTAATCTAACCCATTTTACTTTCCTGACATAAAATGTTTAACACACAACAAAAAGTGCTTTACTTGATTGTTCTGTTGGTTTCTATCCAAGGTAATAACTGTAATTTAAATTAATGCTTTTAAAGAATAATATTAATTAAACACAACAATAAAAACAATAAAATGTCAGCAAATTAGGTTAAAAATAATAAAAGTTCCCATGTTAATTTAAAAAAAGCATGCATCTTAATATATATGCATTAGGCTTGAAATGCATCATCATCAGTTTATACGCTACCTACGGTGGCCGAGAGAGCTTAACATGCTGCAGTTTAAGAAAACACATGCAATTACAAAAAATGCCAGCAAATTAAGAAAAGATCTTCATCCGTTTGACAGCACATACGCTGCAAGTCCTCACAATGCAAACACGTTTAAAAAAAACCGCTGCATATGTGCTCACAACACTTTCAAATATACAAAAATGCGAAATGTTTCAAGAGGACCTAAAAACATGGCAGACCGGGCTACTTAGCTTATGGGTATTTATTTACTTGATATTAAGCTGCACCATGTTTGTGTTTCGTAACATCTAAATTTTACGAGGTGAGTTGTTAGCCCAACACTCAACCCCCAACCTGCAAAGAGGACCAGGACATACAGACATACACTATGAACAATTTAGCATACCCAGTTTAGCTATAGCGGATGTCTTTGGAGTTGTGGGGGAAACTGGAGTACCTGGAGGAAACCTTCATGTAAAAATACGAAATCTGAAAGACAAGGGAATCAGGGTGTTAAAAGAAACAAACAACAAACTCTACTTTTAAAGATTATCTGCTGTTTCACTGGGCAAAATAGTCACGGCACGTTTTTGGGTCCCCTTGAAACATTTCCATTGAGTTCCAATGTTTTTCAAAGTGTTGTGAGAATTTAGCGTGTTTTCGTAAAATTGTTTGAGTTGTGAGAAAATTCAGCGTATTTTCGTAAATTGTTTGAGTTGTGAGAAAATTCAGCGTGTTTTCGTAAATTGTTTGCGTTGTGAGAAAATTAAGTGTGTTTTCATAAATTGTTTGCATTGTGAGAAAATGCAGTGCGTTTTCGTAAATTTTTTGCGTTGTGAGAAAATGCCATGTGTTTTCGTAAATTGATTGCGCTGTGAGAAAAATGCAGCATGTTTTCGTAAACTGTTTGTGCTGTGAGAAAATGCAGCACGTTTTCATAAATTGTTTTCGTTGTGTGAAAATGCAGCACATTTTTTAAAGTGTATGCATTGAAGATCTGTTAATTTAGATCTGTTAAGTTTTCTAAATTTCCGCACGTTAAGTTCTCTCGGCCACCCTAGCTACCACACAAAATATTTTAGACTGTATATACAGTAATAAATTATTGGTGTAGACGTATTATTGGTGTAGACAATTTATTGTTATAAACACTTTATTTTACTTTATTTATGTGTCATTTCCATTTCGCTCTAATTAATTTTATATTACTTTTTAATTACTTTTTTATACTAAAATTTATAGTTTAAAATAAAACCTAGGTCAAATGTTTTTCCTTTGTGTATTCAAACATCTCATCCGAATTGGTTTGTACAGATACAGTTCTCTGTTACACATCTCTCTCTTTTTCTCGCTCGTTCTCCATCTTTCTGTCACTCCCTCTCTGAATCATCTGCTCATGGTCACTATGACCATAGATGTCATTTGGCAGGAGGTATTGCTGCTGTCAGTACAGGTTACCCATACAACTTCACAACTGTATGTGCCTTTCCTAGCCAGTGTATGTGTATAAGATCTGTGCGTCAGAGTAAAGAACATAATATAATCACATTAATGGTCACTATCTTTAAACTGACCGTAAGTGTGTTAAATTACCACCACTTGACATTTATCACTCTTTTTGTGTGTATCAAGACAACTACCATTAATTAGGCTGTGCTTTATGACCGTTCTCAGTCGCAGTCTGTTTAATCTGTCAGCATTTATCGCCTCAAGTGATTAGTTCTCACTTTCTAATCTAGTTTATTCAGACATTCCTATTAGTAATGAAATGTGACAGTTTATTAATACATACGCTAAATATGCTGCTAATTGACTGAAAGCAGTGCCGTGTGTGACTGATGAACATGATCTTAACAGCATGCTTGGTTACACCATCTGCACAAGTCAATGAGAAATTATAGTTTCATAACATGAAATGTGTGAAAGAAGGCTGTGGATTTGGAGTATATTTCACTTTCATCGTAACCCAGCAACAATTTTTTTGTTTTTAAAAATATGTCTAATAGTTGTCTAAACGTAGTCATCTTGGCTAAAACAATACTGAATATGGGCCGTCAGTGAAAATCTAATAGACATCTAAGAATAGGCTAAAACTAGATCGAATTAACAGAAATGAATGACTGCAAATATAAAGTCTGTTTAATCTGTCTATTTGACGACTAGTTGAGTTTAGTCTTGTTTTAGCAAAGCTGTTTACTTTTAGATGTCTATTAGATGTCTATTAAACACAAAATTGTTTGCTGGGTAGTGTCAAGGATTGACAAAAGGTGTTTTGTCATTAGCATGTGCTGCGAGGTGTTATAACTTCATTACCTGGTAGTAAAACGCATCTTTCTCCACACACAACCCTTCAGAAGTCATCATTTGTTGACATTAAG
Seq C2 exon
ATGAATGAAAATGCTAATTAAGTCTACCGTGGTTGTTTATTTTCATCTTCAGGAATGGCAGGACTACAGACTAACATGGAGCCCAGAAGAGTTTGATGGCATGAAGAAGGTCCGTCTTCCCTCCAAGCATATTTGGCTGCCTGATGTTGTTCTTTATAACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000017790:ENSDART00000143043:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PU(29.8=90.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]