DreINT0047190 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000010280 | clasp1a
Description
cytoplasmic linker associated protein 1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081104-520]
Coordinates
chr9:38463879-38467733:+
Coord C1 exon
chr9:38463879-38463985
Coord A exon
chr9:38463986-38467585
Coord C2 exon
chr9:38467586-38467733
Length
3600 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACAC
5' ss Score
7.29
3' ss Seq
TGTTTACTCTCTCTTTTCAGTAT
3' ss Score
10.9
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTTCACCAAGCAATACAATGGGCCGCACACCAGCCCGGCACCCCACCAGCAGGACTAGTCCACTCACCTCACCCACAAACTGCTCTCATGGAGGTCTTTCGCCCAG
Seq A exon
GTACACGCACATTATCATCCGTTCCTCCACACTTATGCATGGTCTCCGTCTGGACACGAAAATTTTTCTTTAAGAGCCTGTTGCCCTGTTTTATGATTCTAACATGTACTAAAATCAGAATGTGACTTGCTCTATTGTATCCCTTTACAACCTGAAACCCTTAAAATTAATTTGTGCATTTCTGGGGCCACATCACCCTCTCATCCAGGGTCTAAAACTGTCTACAAATCCGGGGTGGGCAGTACTATTTGGTGTTGGTCTGATACCAAGTAAATATAGGGCCAGTATCACTGATACGGATACTTTTAAAAGTATGAACTTGATCATGCCTGTTTAATTCTGTAGGCGAGGATAATTTATGAGGGAAATGTACTATCAATTTGCCAAATCAGAATATAATTTTATGAACACTAAAGGGTTTTGTCATATGTGCTCTCAATGCACCTGTAATTAGTCATGTTAAAAGCTTCAGGCAAATTTAAATCTTAAACATTTTAAATGGTTATTTCTGAACTGAATTTGTAAACATGAAATTTAGACAATTATTACTGGAGAACAATGAACGTTTCAAAAATGTACTCTCAATTCTTTCTATTAGCTCTTTATTACTAGCACTTCTCAATATTATTTGTCTCTTTATTATGAATCACTTGTGTTTCTCATTTGTAAGTTGCCTGGATAAATCTGTTGGCTAAATTAATTAAATGTAAGTGTTTTAAAAAATTCTGTCAGTTTTTGATCAGAATAGAGCAACATAATAACAAAACATAATAATTTCTCTCATAAAGGACAATTTCACCAAAAATTTTATCTATCAATAGCTATGTTTCTATCCTATTTTTATGTGCATTTTGGATATGTGCATAAAAAATGGTCGATGGAAATGCCAAGATGCGCGTACATTTTGAAAACTTTTTATTCAACAAGAAAAAATAACTACACATTAAATACGATGGAAAAACTTTTACTGAACAAATTCCAGTATGCACATTTAAAAAGTCACGTGATTTTGTTATAAGAGATCATGTGATAGACAAACCAGCAGGGTGAAATGCATCTGAAATGTTGTTTTGCTCAGTCTAAAACATCTTAACCATTTCAATTTTGTTATTATATTATTAATTACTGTCTGACACCTTCGAACGCCACTATGTGTTCATTTCGTGTTGTCATTGTCTTCTGAGGCACAAGTAATTTATTAAAAAAAAAAAAAAGATTAATGCAGCCTACCGCAGCAAATTTAGTTTTTACTGTTGATATTTGGCACCAGTTAATCAGGATGTGTTAACTCTTTGGCTAATTGGATGGAAACGCTGCTTTATTCGCATGTTTTTTTATGCGATAATAGAGTTTTGCACATAAAGTTAATTCGCATTTTTAGATGGAAACATTCCTATTGACCTCAGACCTTAAGTTTTGTTTTCTGTTGAACATAAAAGATATTTTGATGAATGTTAGAAACTAGAAGTCATTAGCCACGTTTCAATCCACCTATTTTTATGCACATTTTGAATATAAATAAAATAATTATACACATGACTACACAACTGAGTAGGATAAACTTCTTATATAAGATGTCCATAAACTACGATTGCAACACTTTCACCGAACAAATTCCAGTATGCGTATAAAAAAAAGTCATGTGATTTTGTTATAAGAGATCATGTGATGAAAAAGTGTGTGCGAATGGGTAAACCAGCAGGCTGAGCACACTGTAAAACATGAGAAATGTTGTTTTGCTCATTCTAAAGCGTCTTAACTATTTCAGTATCCAGAATCAAGAGCGTCTGTGCTCCACGTATCATGCCTTCAAACACCACCACATGTTCACTGCGTTTCAGGATTGCCTTCTGAGGCGCAAGTCATTGATTAAATAAAGAAAAGATTCACACAGCCTCTCCTACTGCAGCAAATTCAGTTTTTACTGTTGAAATTTGGCGCCAGTCAATCTGGAAGTGACGGTTATGTTCTTCTTGACTTGTTGGATGGAAACATGGCTATAATCTTTCATGTGATAATCCAATTTGCATTTTTGGATGAAAACATGGCTATTGACTTCCCTTGACTCTTGTCTCTAAATGCACATAAATTTTAAACCATTTAAAGCAAGTAATGTACAGCATTTATTTTATAAAACAACCATTTTGAAACCAATTCTTCTTACACGCAACTCAGCTGGCAAAATGTTAATATACAGCCATATAAAACACACACACACACACACACACACAGAATGCGTGTCTTTCTTATGGTCAACTTTTACTCATAGCAGCCAAAAGCACCATAGTTACTTTATGAAATGACAAATTAACTATAGACAAAAGAGCAGTGTTGTAGGCGTTTCTGTTCGTTTATGAAAGGGAAGCAATGGTCTTAATTCTAAGACTCTCAATCTAAAGTATCAGTCTTTTCATGCTAGTATCTGCCTGATCCTAATTTCATCACTGGTATCGATACTAATGATATTAGCATTGATCCGCCCACCCCTACTGAACACTATGGTTGATGGTTTTAGGGGTTTCCGGTCCTTTTAAACATATTAACCCATGCTGCTAACCACTACACTCCGACTGGACCACTCTTGTTTTTCTCTCTTTCCCTCTTCTGTCCTGTTCTCTCCCTCTCTTCGGCCGTTCTGTGGGCAACAGTCGGTTGTGGGGTTGGGGTGTCGATGGGCTCTTAAAGCACCCCTCTCCCTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCGTCTCACTCCTCTATTCCTGCCGGTCCCTCCTTAAGGGCTTTACGCTGCGCTCTCTCTCCAAGGTAATTCAGCTGAGGAGGAGCGGGATGGGGGCTTAAATTCCCACCCACTTCCAGCCTAACATGGGATTGTATGCTCTAATATTAGCAGCCAATGTTTGACCTCGTTTCAAATACAGCCTATCTGTGGAGGGAGGTTAAATAAACTGTAGGTGGAGGAATTTTTTTATGCATACAGAATTGATTGAGAATTAGCTGGCTGGCCATGTTTGCAGCATTCATTTGTTCACTCATAGGTGCTTGTTGGAATTTAAGAAGTGTATATGTTAGGTATAATTGACGACAGGCCATTAAATGATTTAAACGCACACTACCCGACAAACGTCTTGTCGTCAATCCCAGATCTTCTGCAACCTAATTTAATAATAAAGTATCCATTTGATGCACATTTTAATATCTCACTAGAAGTAGGTCATCCAGGTATTTCTTGTCTACTTCATTTCGAATGCTATGAATTCGGACATGTTACTTGTTGTTGTACACATACTATGCGATTTCTGACACACTGAAGATCTGCCTGGAACCACTAGCTGTCTGATTATCTGAAAATAAATGCACAACCAAGAATGAACAGGCAGTCAGATTCAAGCATTCAGTAGCTCAATAAAATACAATTTATTTTTGTTTGAGGACTTTTTAATACATGTAAAATTGGTTTTGCAAAGATCTTAACTGACTGGCCATGTTTACAGCATCCATTTGTTCATCCTTAGGTGCTAGTTGGAGTTTTAAAAGGATAAGCGTTTTTGTTTTTATTTAAAAATGTTTAAGGTATGCAGTTCATATAGCATCAGTGTTTACTCTCTCTTTTCAG
Seq C2 exon
TATGCTGGAATATGACACTGAGAACATGAATTCAGATGAGATCTTTAGTTCATTGCGTGGCGTCACAGAAGCCATCCAGAGTTTCAGCTACCGCAGCCAAGAAGACCTGAATGAGCCAATCAGACGCGATGGAAAAAAGGATGATGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000010280:ENSDART00000137955:30
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.969 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]