RnoINT0036772 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002376 | Clasp1
Description
cytoplasmic linker associated protein 1 [Source:RGD Symbol;Acc:1310970]
Coordinates
chr13:34542960-34554501:+
Coord C1 exon
chr13:34542960-34543066
Coord A exon
chr13:34543067-34554350
Coord C2 exon
chr13:34554351-34554501
Length
11284 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
AAATACATTTTTAATTATAGCAT
3' ss Score
4.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GGATCTCCAAGCAATACCATTGGCCGGACACCTTCCCGACACCCCAGTAGCAGGACCAGCCCCTTGACCTCACCCACCAACTGTTCCCATGGGGGACTATCTCCAAG
Seq A exon
GTAAGCTCATTCCACAGGAGTGAAAAATGAAAGTGCCCCAGTTTTTGCAGCCTGCTTAGACATAAGCGGAATAGCAGAGTCTAGGACAGGGGTGTGGGCTTGCTCCTTCTCCACTTGTAACTGTGGAACAGTTCATGCTCCATGTTCTCTGTAGTTCTGCTAGCTCTAAACACTGAACCAAGTACCTCATAGATTTAAACACCGAAGGTCACTTGAATCCCTGAAAAAGCCCTTCAGCTCTCCTCTAAAACAGAGAACCAAAATGGTATTACTGAGTTAGCAATAGACCCTTTAGAGTCTGCACCAAACCTGGGACAGTTTTCCAGTCAGCTTTGCACTGCAGACCTGCCCATGTCCTATTTAAAGCAGATGTTGCTCTGCAAACGCAGTGGCTGGGAGCCTGAGCACCACCGAGTTCAGCATGTACAGACTCCTGCTAGTCTGAGGGCCTAGTTCAGCATGTACAGACTCCTGCTAGTCTGAGGGCCTAGTTCAACATGTGCAGACTCCTGCTGGTCTGAGGGCCTAACTTCTTACTTGTTCATTTTTATTTCTGTTTTTGAGCTGAGGTCTGCTAAGTAGTCCTGGTCAGCTTGGAACTTTCCATACATATCTTGCCTCAGTCTCTAGGCTCCAGACATGGCAGTCATATACCATCATGCCCAGTAGTTGGGTGACTTCACAGGAGAGGTGATTTGAGGCTTCTTAGTCCTCAGAGTGGTGGCTCTATGGAGCCACAATATATCCTGGACCAGCAAGGGTCTCAAGTGCTATATTTTATCTATGAAAAGTCACAGTCTTTAGGCTATGGAAATATGTCAAATATACCCTTTCCTGGTAAAGGCCTTCATCTGCTAAAAAGATGTCCACAATTTACTTTTATTTTTGCCTTTGGTTTTGGTTTTCATTTTGAGACAGGGTCTCATTTAACCCAGGCTGACTCAAACTTTGTAGCAGAAGATAACCTTAAATTCAAGACCCTATGCCTTCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGTGCTGGAATTGCAGGCATATAAGACTAAGCCTGGCCCACTGGTGCCTTTAAATATAACTTTTGTGGGTTCCTTTCTTACCACCAGTGTCCTCTAGACCCCAACTATACTATCAATATCATGGAGCAAAGGAAATCTGTACTTGGGGAAAGAATGTGTTTCATAAGCTTTTATAGCACCTCGCTGTCTTCGCATTGCTTTGTGTGAGCTGTATTATCAAGTAATCTCTGTAATATCAGGTGCATACTTGATCTGTCGCATCAAGTCTGATATTACATCGCTAGGTTCTATCTGCTTTGTCAGTGTTGCAGCATATTAGGATTAGACAGACACTGGTGAGAGTCACTGCCCTTCCCTGGCAACTGAATGCTAAGATCACTGAGGTGCATGGTTTAGCCTGAGTGACCAGGGTACAGTACAGACAGTGAAGATTTTATAGAAAATGCATGTTTTCTATAAGTTGATGCTTTGTCTCAGCATGATGCTGTGTATGCTTAATTGGGAAGTCTGTTCTTCCGAAATGCACAGTTCATATATCTTTTACCTATGGCATTAATAGGTAATGAGAAAAGATAAACCTCAAATTAAGTATTTGACTACTTTGATACTAGGTTAAAAACTGGCTAGAAATTAATCTTTGCATGTCTCCAAATCATTAAAAATGTCCATTAATTCTTAACCAAGCTTTTTTTTAAACTCTTAGGTGAAAGAAAGAGATTTATTTTCAATATGGAAAGTTCTGGCTGTGACTAGAACATATTTTCTCCTGGCCAGATCTTCTTTAGTGAATTACTCAGTTAGTATAGTTTTAGGTTAAACACGAGAGTTGAGTAGCTTGCACATCTCTCAAGGGTGATAAACGTTACAGTGAAGCCTCCACCATGTTTCTAAGCCTTGAAGCATGATCTTGACTGCTACCTTTTATTTTGAAGGGGAAAATAGAAGACCAGCTGTTTGTTTTTTTGGGGTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTAGTTCTGTACATAAAGATGAACTAGGATTTTTTTGTTTTAAATCAAAAGTTCTGTAATTTGATTATGGGATAATTAGGGACTGTGATAACAGCTCTAATTTGATGATAGCTTTGGATTTCCCTCGTGAGAAAGTTCTTTTCATTAACCCAGTAGTGTCAGAGATGTCTCCAGGCTAATGCTTTGTAGATTGTCATTACTGGTTAGTGTGTGAGGGGATGGCTACCAGTTCTTCCCAACCAATGAACAAGTATGACACAATATCTGAGTGGAGGTTATCATTTAACCCATACTTACAGTTTAGCTCATTTTACCCATTGTGATGTTGTGGTGGAGAAAGAGCTGCAGTTACAGGTGCCCGAGGTCTTGCTGCAGTCTAGTGTATGTTCCTCATGAGTGTAGCCCCGAACAGAATGGACCTGCATGGTCACCTCTGGGTCCCCTGACAAGCTGCCCTTCAGACAGCTCTTGCGTTTCTCCTGGCTAGGTGACATAGCATCTGTAGGCCATGGCAAAGGTTCTTAGCAAACTCAGCCCACATATGGAACCACACTTGGGTACCACCCCTGTTTTCTCTCTGCTTACCCCAGCCTGGAATGTGGCTTGAAAGGGTCCTGTGCCACAGTGACCTCTCATCTCCAGGCTGTTTTTCCCTACAAGATGGGTTCTGTGCCCCTCCTCAGGGGTGCTGACACCTAGGGACACCTGCTGTGAGAACTGTTGGTGCCACTGAAGGTGGTGATGACTCAATTGATAAACCACTTGCCTTCCAAGCATGAGGACTTGAGTTCATCCTCAGAACCCATTTTAAAAAAATTTAAAAGGATAGGCCCTTGTTTTCCCAGCAGTAATGAGATAAGAGGTGAAGACTAATCCCCAGACCATGCACGCAGTAACCTACCTAGCCTCTGGTGAAGTTCCTCTCTACTCCCAGGCTTTGTCTCATATAAAAAATAGAAGATGCCTGAATGGCAGTACCCGGAGCTTGTCGTCTGACCACCATACAAACTCATGTACAAACTGTGCTGCAGCTGGCAGGATGCTGTGGACTCTGCCCTGTATGCTCAAAACTTGTGGTAGGAGTTAGAACTTCCCTGGGGGCCTCTGCAAGCCCAGGTCAGTTACTGACACTGTGACAAGCAATTAGATACCTATGTTCCCAAGTGCATGTTAGTTTCCTATGAGTGACACAGAAGCAGAGGAGTGCCATTTCATGTCTGTAATTTAGATTCTTTCTCCTCTGAGCTGGCCAGCTAAGACTTACTGGCTTCACCTACCCACTCTCCAGTGGCACTCTGTCTTCTGAACTCTGACTAGATGCCCAGCTCAGAGACACTGTCTGCTGCCCTGGAGTCCTCACACTATGGTGTGGTCTCAGAGCACCTCAACCACACCACTTGAATGAAGTCTTGAGAGTGCCACCTCTGGTCCTTTCTGAAATGACTCGGGCACCACCTTAGCATCCTTAGTTTCCAGTGCTTCTAATGCATGTCCAGCCCAGGCACACAGGCTCGCCCTCTCATACGTATGCACACGGCTACACTTGGTCTCAGTTGACTTTGGTTTTGGGGTTTTTTGTTTGTTTTTTTCGATAGAGTATTTTTCCATATAGCCTTGGCTATCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAAGCTAGCCTCTAGCCTGCCTCCTGAGTACTCGCCAAATTTATTTGGTTTTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGACTTTGGTTTTGGGGTTTTTTGTTTGTTTTTTTCGATAGAGTATTTTTCCATATAGCCTTGGCTATCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAAGCTAGCCTCTAGCCTGCCTCCTGAGTACTCGCCAAATTTATTTGGTTTTGGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTTTGGGGTTTTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTTTTGTTTTAAATGTACAACTCTGCATGTACACCTATATGCCAGAAGAGGGCATCAGATCCCTTTATAAATGTTCATAAACCACCATATAGTTGCTGGGAATTGAACTCAGAACCTCTGGAAGAGCAACCAGTGTTCTTAACTGCTGAGCCATCTCACTAGCCAACCTCAGTTGATTAAAGCAGTCAGCTTAGCCCATGGTTGGGGAAAAAAGGAATAAAAACAGTCCTAACTGAGGAGCAAAGTATTCTTTTTTCCTCCTTGTATGAAGTACTAAATTTTGCTCCAGCTGATTTTATGAGACTCTGTCAGGAAAGAGGAGTCCTAAAGATACTCTGATGGGGTATCTTCTTCCTCCCCTTCTCCTTGCATCTCTGTTTTTCTCTCTCTGATTGTCCTCTTCTGATCACTGCAGTCGGTTGTGGGGTTGGAGTGCCGACGGGCTATCGAAGCCCCCACCTCCCTTTTCTCAGCCTAACTCCATTCCCACCGCTCCCTCCCACAAGACTCTCAGGCGCTCTTACTCTCCCAGGTAACATGCTACCTGTTAAGTTTGTTCAAGATGTCACAATATTATTATGTCCCCAACATTGCCCTGGGTCTTTCAGAAAGCCTCCGAGCTCCTCTGGTGAGATTCCTGCCTCCACTTAGACTTGCAGGCATGGAGCCTGGGTGAAACATGTGAGCAGGAACAGACTTGGGAGCCAGGCTGCTGCTCGCTCTAAGAGGCAGTGACACTTTTACCACCCAACCAGATTGGTCACCATTTACTCTGATGGGCTGTTTGTCCTAGTGTAGCATTTAGGTCCCATCATGATGTCCAGATAGACAGTGGTGGGTGCACTTTCCTTAATATGAGTCCCAGGTGTAGCAGAGCTCTGCTAAGGATCGGGTGAGACTGCTCTCCACAAGTCACTGTCCCTACTGTGAATGCACAAATACTGTTTCACAGCCACCACACAGAGAGCCCTGAGAGGTGAAATCACCATGACAAAACAGCTTGAGA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Seq C2 exon
CATGCTGGACTATGACACGGAGAACCTGAACTCTGAGGAAATCTACAGCTCTTTGCGTGGAGTTACAGAAGCCATCGAGAAGTTCAGCTTCCGAAGCCAGGAGGATCTAAATGAGCCAATCAAGCGAGATGGCAAGAAGGATTGTGATATC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002376:ENSRNOT00000061513:35
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]