DreINT0047540 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000022995 | clic4
Description
chloride intracellular channel 4 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030326-3]
Coordinates
chr17:25457164-25461984:+
Coord C1 exon
chr17:25457164-25457345
Coord A exon
chr17:25457346-25459904
Coord C2 exon
chr17:25459905-25461984
Length
2559 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGATT
5' ss Score
5.88
3' ss Seq
TTCTCTCTTTCATTGTATAGGTG
3' ss Score
10.14
Exon sequences
Seq C1 exon
CATTGGAGAGGGGACTACTGAAGACTTTGCAGAAGCTGGACGAGTACCTGTGCTCTCCTCTTCCAGATGAGATCGATCACAACAGCATGGAGGAGGTGAAGGCCTCCACACGTATGTTCCTGGATGGAGAAGAGATGACACTCGCGGACTGCAACCTGCTGCCCAAACTCCACATCGTCAAG
Seq A exon
GTGATTTATGTTTTCTGCATGTATATATGCTGGTTTTAGTTAGTTTAGTAACTTTTAGTAACTTTGTTTGTCTCCGTAGGGAAATTTCATTTGCAGCATGGTACATGGTACACCTACTCTAAATAAATATTAAGTCTACTGCTTGAGAAATAAATGAGTTTTATCCTATTTCTTACACATCCGGGAACACCAAATTGATGACCTGATGGTAACAGTTGGAAGGTGTATGATAAAGGAAGTCTCTCATCATTGACAATCATGATAGCCTTATTTAGTACTTTTTATTGCATATACTATCAGAGCTCTTTAGTTTTATTCCCAACAACTTACTGGCTGTTTTTACCACCTTCCCCCGTGACCTCTTCTGGGCCTCAAAAGCATTTCCATTCCAACATATTACACAAAATGTTGCATAACTTTTGATAAAAGCACTTTAAAACATGATCAGCAATGTGTTGTCAACATTTAAAAGACAATAGTTTCTTTAAGAAGTATGTTCTCTGTTAAAGCTTTTTACACCCCACATCCCACTGATATTGTCCAACATCACACCCAATAAAAATATGTTAATTAATATAATATCATGTATGTTTTAAATAATATAATATGATAAAAACAGTATGTGTTTTGAGAGAATCCATAGAATAAAATAGTAGGTGAGAAGTCTTTGGATGATCTGTAGTTTCTGGTGAGATTCTACAGTGCACATTCAGTGCAAAAAGAAATGGACACACTAAATTCACCATATTGTCATGTAACCTCGTTTAATTATTAATACGCAATTTCATTAGATATTGTGTTTTTACAAGTTGAAAGCCAAGTATCATTTATTTATTTATTTATTTAATATTGTTTTACATTTATTTATTTAGCAGAGGCTTGTATCCAAAGTGACTTACAGGTGAGCATAAAATCATCAGAGAAGCAGCAGTGTATATAAATGCTACGACAAGTCTCCAAGTCTTAACCTTTTCAAGGTGCACTACATGGGGAAAAAATGTTTTGGCCCACATCTTGGATTGAATAATATACTGACACAACTCTGATAAATATTATGATAACCTATGATAATCTATGGAAAAAAAGTCAACCAGGTGACATTTGTTTCGGAACCTGTCTTGTTTGCCCAGTTAAGAGTGGTTTGTTTGACATGTGAAACCTGCAACCACGCTCTGATCCATGCCAAATCAATTGGTCTGAGATCGCCTGAACGAGGTGGTCTCGGCTCGATTGAAACAAACTCTGGAGCTGATTGATTGTAGTGTGAAAACAAAACAATCCATGAGAATCCAGAGAATTATGAGTATGACAGGATGTCATTCCTACCAGTAAATATGTGTTTGATGTTGAACACGGAAGTGAATGCATGCTGAAATATTACAGAGTGTTGTTTATCCATTAGAAAAATTGACAAATTACCATCTGATCATTTTTTCCATATTTTAATCTTGTATTAGGCCTATTGTCTTTCATTTCTACATTGACATCTCAAAAGAAAGATCAACATTGATCTGCTTCATTATCTGACTTTAGTCTCTTTAATTTAAGCCTATAATGCATAATTCTAGCCAACGTATTTTTTTAATCAACTGATTGTTTCAATAGACAATAGATTAACCAAACTTGTCTGAAATTAGGGTATGTATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACACACAGTTGAAATCAGAATTATTAGCCCCCTTTTGATTTTTTTTTTATTCTTTCTTAAATATTTCCCAAATTATGTTTAACAGAGCAAGACAAAATCCTGCCTAGTTCACCTTATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTAAGCTGTATAAAAGTGTCTTAAAAAATATCTAGTAAAGTATTATTTACTGTCATCATGGTAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAATGAGTTATTAAAACTATTGTTTAGAAATGTGCTGTAACAATCTTCCCTCTATTAAACAGAAATTGGGGAAAAAAAATAAACAGTGGGGCTAATAATAATAATAATAATAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAGAAAGTCTTACCTCTCTAATTTATGACTTCTCTCTCACCATGTCTGCGGGTGTCAAAATAAAAGTGCACCTTTTCACTTATAATGGCTTATTGCTCATCATAAATTAAAATAATGATGTGACTGACAGCTGAGCGGTATTAGTGGAACTCTGAATAATAAACCCTGAAACTCGGACCAATGTGAGGACAGTTTACTCGAATGTAAACTTTACCATATGAAAGCGAAGCACACCAAGAACAAAAATAAATATAGTAACAATTGTAATTCCTGTTTTGGAACAAAACGTTCGATCTACAGGAGCACTCTTAAAATTGCACAATATTTTTCAAGAAGCATGGAGTGTTTATAAAAAACACACTCACACAAAATTGGTTGAAAGATTTACCACATAACATTCTCTCTTTCATTGTATAG
Seq C2 exon
GTGGTGGCAAAAAAGTACCGAGGCTTTGAGATCCCTAAAGACCTGACGGGCATCTGGAGGTACCTGAACAATGCCTACAAGCGCGAAGAGTTCACCAACACATGTCCCAGTGACAAGGAGATCGAGATCGCCTACGCTGACGTAGCAAAACGGCTCGTCAAATAATGGCTAAATCTCCTCCACTCAACCCCCTGCGCTGGGACTGTTTATTTTCCTTCACATGAGAAGAGAAAAAACAAGCTACAGACTCCTTTTTTCCTTCTCTTTTATTTAGATTAAATACCCAATGCATGATTTCTCCCTCCCCATTACAGCTCTTAGGACAACTCTTTAAATTTCAGTGCGGCGGAAAGATTTTCACATTTGGTTTTTTAAGTGTTAATGCAGGAAGTGCCAGATACTGTCGGTGTATCGATGGCTAATAGCGTGAGCATGTGGCTCATGCATATCTATTCCTCTCACCCACACTATGTAGCAATAACAGAGTGGGTTCACCAGCTTTTTTGTTTTATTATGAATTTAAAATATGAACGAGATGCTTTTTCTAAGCTTGCCAAGTGAACAGTTATGAAGCGTTTTTCTGTTTTGTTTCTATGTAAACTCATTTGAACAGTGTTGAAAGCTCCAGTGTTTATTTAGAGAGCAGTGTAGCACACACGCCGAAGTCTCCAAAAGACCCTTTATTGAAATTTGAAATGAAGTGCTTAGAACTGACTTTTGTTGATACTTTCATATGAAGTTCATATCATATACATTAGTCATCAGTTGTTTGCAGAAATGGCACCTTGCATATTATGTAGTACATTTGCAGCGACTGTGGCCTTTTGATGAAGGAAAGGCCTCTTTTATTGTGATAATAGATACATGAAGAGACTCTATAGATCTGCCTTATTCACTCTAGATTTATTATCTAATATTTAGAACGCTGGATTGTCATGACCTCACCCCATTGCTCAAAACACATGAAGGGAAATGCCTGTGTAGCTATAGAGGTAGGACTACATCACTTGCACTTCACATGAAGTGTCCTTGCCTATTTAAATAGTAGCAAAAATGTTTGTTTGTTGTTGTTTTTTTTAAAGAAAATTGGCTTAATTTGATAAAGGGCATCTCACTTAAAGCAGGTTGGTTTGGTTTTTTAATATAAGCAATGGTTTCAGAGAAAGATGACCATATACATGAAGTAGCTTTAAAGCCTTTGCAGGTTAATAACACATTTAAAGGCTCAGCGGGAAACTTGATTTTATGTTACAATGTTAAATGTAAGATTAGTTTCTTATTTGGAGAAGGATCTTAATTGTTGTAAATGAGAATTTGGTTGCCACAAGTTCAAATTCTTTTGATAATTGAGAAATAATTGTTGTTTTTCAGCAGTTTTATACATTCATACATTGAATGTAGTGGAATGACACTGACCTGTGGCATCTCTGGCCTTTTACCTCAAGGTAGCAAAAAAACCCATTCATCATTAAATGACAACACAAATACAACATTTAGGAAGGCGCAGTTTGAGATGTTTCTGTCTGCTGTTGGAAGTGAGGGAATTGCTGCCGTGTGGGAACAATAACGGGAAGATTGTGTTACGTGGGGGTTGTTTCCTTTTTCCACTCTTTTACTCGTGCTGATCCTTTAATGGATTTAGGGGTTGAGTGAAAATGGAGTGTTTTTTTTTTTTTAAGGCAGCCGACCAGTTCACTTTGAGTTCAGTTAAAGAGATCGTTGACACATTATTAGAAAGTTGGACACGTGCCACTAATTTTAATTGTTTTTCAGCTTTGTGCCTTTAAACTAAAGCACGCATGAATGCGTCACGTGGATGATGTGGTTTTGTTTTTTTTAGTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTGTGGACAGATGCTCCCTCCAAACTGTATAGCCCATATCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCAGAGAAGCCGAATGTTAAAACATTGCTCTTTGTAGATTTCTGATTGGACCTGTATGTGTGTGTACAAGGAACAGGTTTGACATTAACTATAAAAACACTGCATGTTTGCCATTTGCCATCGCATTCTCATTAAATAAACTGCTGGCAGCTATGACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000022995:ENSDART00000030691:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.033 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134101=GST_C_2=FE(55.6=100)
A:
NA
C2:
PF134101=GST_C_2=PD(21.3=41.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]