DreINT0048978 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000012422 | col11a2
Description
collagen, type XI, alpha 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000208-23]
Coordinates
chr19:7297632-7305908:-
Coord C1 exon
chr19:7305795-7305908
Coord A exon
chr19:7297794-7305794
Coord C2 exon
chr19:7297632-7297793
Length
8001 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
AATCTCTTGCACTCCTACAGATC
3' ss Score
8.4
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAAACCAAACCCGTCAAAAAACTTGGGAACTATGGATATTCGGAAGAAGCGGAGGCCGTGGTGCATGGAGACCTCGTTTGTGCTCCTCCTGTGCCTTTCTATGGCACAAGCAG
Seq A exon
GTGAGCATTTTGCTTTTTGGGTGTTTGACATTATTTATGCTCGCTATACCCCAATGAAAGTGTCAGTTTTGATGCGTTTTCGTGCAGTCCATGTAGAAGAGCAGATAAGAGTATGTGTCATTGCACTAAATAACATGTAGAAGAGTCTGTCCAAGAAGATGCTTGAGTGTTTTCCACACGTTCCTCGTCATTTTGGACGCGTTTATTAGCGGGTTAACTTTTGTTAAGCTCACAATTGTGTTATCTTCAGTATCTTAATTGTGTCTCTTCAGTCGTCATCGTTAATTTGCCTTGTCAGGGTTTTTAATTGATGAGGCGTGAATAGGCCCGTGCGCTTGAGGCCGCGTTGGCACGCATAATGTGGCATCCCCGGCGGGGGCATAGGACAAGACGGTGCTTTCACTGACAGGATTTCAGGTGTTGGTTCCAACTTTAATTCAGCATGCAGCAGTAAGGGATTGTTGTATGTTGTTATTACCTCATAAATCATATAATCGGTTTATTATCTACACGTTTAAACGATTTTTAATTTTGTTTTTATCTATTTCAAAAAAAGTATTATTAGTAGCAATTTTATTTATCACACAGCTTTCTAAAATTATTGATTCTTATTGGTCAGATATTGGCATTCCAGTATCGAATATCCTGGGCTATTTCTGAATAGTTGTCTTATAACACTTTATAAATGACGGCTCATCTAATGATATATAATATATGCTCGTAGGCTATTATTTTCGTTATCCCTTTAAATAAATAATCATTGGTAATTTGATATGTGACAACAACTAAATAACTTACCTTCAGGGTGATCTAAAATTTTTGAGGATCTCCTGATGCGTCTTTCCTGTTTGTTTTCCATAATTATTGTCTGATGTTAGGCTATTCATTTTAATGTAGCCTGAAAACCATCTGCACTGTGATTTATTTTAGAATTAAATATAAAATTGTCACTGCATTTGATTTAATGGTTTAAATATATATTTTGTATTGTTTATATTGTCATATGACGGAGCCTATATGATTCTTTAAATGTTTTTTTTTTTTCGCGTAGAAATGTGGTCCGCGCTCCTGCACTTCCTATGTTCACCACTATTATTCAGTGGCGCTCGAGATTCAGCTGCTTTACAAAGTCATTCATCTGCAATAAATAGAGAATGTATTATTAAATAATTTAAATTCAGATTTATTGCCCTTCCAAATGAATAGTTCAGTCAGTAACCATGCATTTTTTTTTTATGTGCACCTAAAGTCCCTAAGGCATGGATGTAATTCCAGATTACTGATTTGATCGCTCTCCTTTTTTTCTCCCCATTCCCTCCCTTGTGTATTTAGAGGAAGTCTGAATATTTGTACCTCGTATGAGTAGGTTATTATTCTGCCCTGTGGTTCAGAGAGATGTAGTGAATGAGTTAGTGTCTCCGTGTACGTGTGAGCTCAGTGATATTTGTGTAAACGTCTATTACACTTAGTGGATTTTCCACAGTATGCAGGCTCAGTGAATGTTGCACTGTGAGCATTTCTCTATCTATTTTGTATGGTGTATATTAGTAAGAAGCTAGTTTAAATGGTTCAAAATAGAAACCAAGCCACTGTCTGTTTACCCTTTATTATCTATGTTGATTCATTCCAGCTAGCTGCTTTAAAACCAGTCATTGTTGCTCCACATTGTTGAATCTGACTTATGAAAGTGCAGTGATTTTAGGTGGGGAATATTTATTTAACATGGATGTTCCTTCGAGCTCATTTCAAAGGCAGCGAGCTCTCAAAGAACAGTCTGTCTGACTTCTGCTAACCAAAACACCCTCAACCAAACGCAGTGCTGAGGAGTGAATGGAGCCACTGTGTGTGAAGGAAATGCCCGGAATATTCACATGTATATTCGCAGCATATGAGAAAAGACTGTCCTCACGGGTGTGTCCATCATTGCTGACAGTTTCATTAAAGCAGCATGTCATTGTGTGTTACTTTCATTCATAATCTTTTTAGCTCTTACTAACTCAACATTGTCAACTAGCAACATGTAAAGGGATAGTTCACCCAAAAATGTAGTTCACCCTTCATGTCTCTGTTGAACTCAATTGAAGATATTTTGAAAAATGCTGGTTCACATTGACAACCATTGTAATTTGTTTTTACCTGCTGTGGAGGTACTGCTGGTAGAAGCTCAACCAGCTTCTTCACCACAGTCTTTATGTCACATGAGGGAGAAAAAAAAAAGTAGTAATACATTTTATTTTATGAGTGAACTTAATATGACGAAAAAAGTTGAATGGGTGCTCTTCAGATGTTAAAGTTGTGCATGAATCGTGTACATATATATATATATATATATATATATATATAAACGATTCATGCATTACTTTAACATCTGAAGAGCACCCATTCAACTTTTTTCGTCATATTAAGTTCACTATTCACTATATATATATATATATATATATATATAGACTAATATTGCTCTTACTGCTTTGCATATTTAATATTAAACAAGTAAATAGTGCTATTGTAGCTAGTTGTATCCTGTATGGCTGGGGTGTCCAAACTAGGCATGGGATGATAACCGTGTTCAAGGTATAGCGCAGGTTTGGAAAAGTCAAGGTTTTTAAACAGTCAAAATTTTCTATTAAATCGTTCCTTAGGTAAGATTTTTTATTTACTTTTTGTGTTGTTTTTTAGGACAACAGTAGAAAAGATATCCAAAGATATTTTAAATTTCTAAAGAAATCTGTGTTTTTAAAATTAATGAAGACAGCAGAAGTCCATCATTTATTATAATTATTCAGCCTGACATGTTTACTGCTCCAAAATATTTTAAATGTTTCTCAAAATTAAAATATTTTGTGTTCAAAATGGAAAAAAAGTTAAGATTTTAATCCAGACATTTAAAAAGTAGATATTTTAGAGCAGTGATCACAATACTGTGAAACCGTGATATTTTTATCCAGGTTATCATACCGTCAGAATCTTATGCCGGCCCATGCCTATAGTCCAAACCTGGAGAGTTTAACTCCAACCCTAATCAAACACACCTGAACTAGCTAATCAAGCTTTTATTAGATATACTAGCAAGGTGGAGCTAAATTCAGCAGGACACCGGCCCTCCAGGACAGAGTTTGGACACCCTTGCTGTATAGCTTTGTAGTTAGCATGAATGCTGCTTAATTGAATTGTTGTGGTGAGCTGTGCTATTAGTTTGCATCCAGTCCCAGTGTTCCCAGCTGTAGGAACTTTTCCACACTTACACCACAACAGGGCCTCCAGAAGCCTTAAATGACTCTGTTGACAACAATACAGTTCCTCTTGGTGGAGAAGCGCTGCTTTGCGGTATGTTTGGGAGAGATAGATATTCATCATGTCCTCAAGGTTCAGTCCACACAATCTTTTCCCTCTTTTCTTTTTTAGCTTAGCTTGTAGAATATACTTGATCACTCTTCCTGACATGTTTCTTATATTATGGATTATGGAAACATCTTTAAAAATACAAACGTGCAATAAAATTGTTTCAGCAGTTTTTATATCTCACAAAAGATCTGTTTTTCAGTGCAGGTTTAAAATAGGCTTTGTGGGATTCAAGCAACTGGCCACAAGAGGGCCCAAAACACTGCTCAAACTGAAGAGCACCACATCTGAAAGATTCACTCAGAGCATAATAAGCACCTTCATCCTTTAGTCTGACTTTTTTATTATTATTAAAGGGAATGTTGTGTGTCAGATGATTTAATAGCTGCATCTTCTTTAGTTGATGAAAGTCGAGGTTAAAGTTTTAACAATTTTGTGCTTTATTTTCACTGTTCAAATTTCAGAATATTTGCAAAACATGAGCCTTAATTTTAGATTGCTTTTCATTTGTCTTTGTATTAAGGTATTTCCACAAAATATAAACTTTACCCTGAGTGCTGCATGCTTTGGTTTGCAGTGGAGGGTGTATACAGTAGCTGTGGGGAGTCTGTATAAACGCTCAATCTTTTTTAGCGTACATGATGTTTAATATAGTGGGCGTGTGGTCAGTTTGTCCATCCTGGCAGTGCCAAGCAGAGGCACTCTCTGCACCCACACTGACTCATACTGAACCACACAGACTCACAACACAATGCCACTGGAGACATATATATTTATATATAAGATATGATATTATAGTATCATAATGTATATTCAGTTTGTGATATTTTTTAAGCAATGTGTGTTTTTAATGCTGTTCACATCAATCTTTGAAGGATTTCATCTCTAGGGTAGGAGAATATTTAAAATTAGTCAAGATTAGAAACTTTTCTGCTTCAGAATTGATTATAAGTTATTACAACAATATAAATTAGCCTTTTGCTTATAGATGCATTCATGTTGTGTTTTGTCTTAAAGGGATAGTTCACACAAAATGTTGGAAATCTTTAACCCTTGATCTCCATAGTAAAATAAAAGCAAATAATATTGAAGAACATTCTTCAAAGTATCTTCTTTTGGGTTCAACAGAACAAAAAAAGCTCAAAATGGTTTAAAACAAGTCAAAATTGGGTAAATGCTGGCCAATATTTTGAATGAACTAACCCTTTAAAGCTAACCCTTTAGTTTGAGTAAACTAACCCCATATGTCACAACGTTATTTATTTGAAAGTTTCATTAAAGTTCGTTCAAAATAGTCTTAATTTCACATCCTTAAAAGAAATCATCAGTAGTCAGACTTATACACTTGTGTAAACCTTAAGATTTGTCTAACCTTTCATCAAGACCAAGACACAATCAACCACACTAACACACTTGGCAATCTGTGAACATTAAACACTCGTTTGTTATGCACGTCTCCGCAACCCCACATTATGCCACGAGTTGGTATGATGGCATAGCTGTCTGCATATTATAAATAAATCATAAATATAGGGAGCTATGATCTAAATTATATCCTCCAGGCAGGCCTGTACATGCACGCCTAACTGTTGCGGTTGGCGGGAAGACCAGACAGATCCAGACGGCTTGATGGATTTATCTTCATGTCTTTAGCATCTTTTTGAAGCTGAATCTGCGGTTATGTCGTAGCAGTTGTTTGATACATCCACAAGTGTTTACGTCTTACTCAAAACAAGGGAGTCATTGTGAGACAGTAAAGGTGAGAGTTGAAAGGTCAAGGTGTCAGATGGTACGTCTTGCTGGTATTTAGCACAGAAAACAGAAAACAGTGGAGCAGCAAGGGTCAAAGAGAGAACATCACATTGTTGGATCTTCTGGAATGTTCTCTCATTTACTCTGCACGGTCATGACGGAGCTGTGGTGGAAGTTGGTTTGAGATGTTGGGGTCACCTTGATTGTCATTGACCTGGATGGTATTGGAATGTTTGCTGCTTCGTTCTTTGAGGGTCTTTGTGTGCTGCTGTGTTTGCAGTTTGTGTGAACACACAGTGTTTGTTTGTGTGAACGCATTGTAAAAAGCATCTATCTTGGTTTCAAACATTTAAAGATGTGTTTACGATGTACAAAACATGCTTTTAGATTTTCTGTCCTCAATAGCTACGTTTCCATTCACCTATTTTTATGCGCATTTTGGTTATGCACATAAAAAAACGATTGATGGAAACACCAAGATGTGCATTAAAAAAACGTATGCACATAAATGAGTAGGAAAAACTTTTTATTCGATAAGAAAAGATGCGCGTAAACTATGATGGAAACACTAAAAACACCTTTAAAAAGGTCATGTGATTTTGTTATAAGAGATCGTGTGATGGTAAAATGTGTGTGAATGGAAAAAAACAGCAGGCTGAGCACATTGTAAAACATCTAAATTGTTGTTTTTATCATTCTAAAATGCCTTCACCATTTCAGTATAAAATTAATTACCTCCAGAACTGTCAAGAGCATCTGTGCTTCTCATCTCATGCCTTGAAACGCCACCACGCATTCATTGTGTCAACATTTGTCTTCTAAGGCGCAAGTCAATTATTAAATGAGGAAAAGATTCACACAGCTTCTCCTAACGCAGCAAATTTCGTGTTTAATTTTGATATTTGGCACCAGTTAATCAGGAAGTGACGATTTTGCTCTCTTTGACTCGTTGAATGGAAGCGCCACTGTATTTGCACGTCTTTTATGCGATATTTCAGTTTTACAAATAAAGTTTGCATTTTAGGATGGAAACATATCTGATGTGTGTCTTGAACTTTGGTTGGTTTAATTGAAGTAATAATGTTGTTAGTAATAAATATAGTTTAGTACAACTTTTTACAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTATGAATTCATTTATTTATTCATTCATTTTCTTTTGGCTTAGTCCCTTTATTTATCTGGGGACTCGCCACAGCGGAAAGAACCGGCAGTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGCTGCAACCCATCACTGGGAAACATCCATACACACTCATTCACACATACACACACTATGGACAATTTAGATAACCCAATTCACCTATAGCACATGTCTTTGGAATTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAGCCCACGCGAACACGGTGAGAACATGCAACCTCCACACAGAAATGCCAACTGACCCAGCCGGGGCTTGAACCAGCAGCATTCTTGCTGTGAGGCGATCATGCTACCCACTGCACCACCGAGTCACCTACATTTATTCATTTTTTGCATCCTCAGATTCCAGATGTTCATAAAGTTTTTTAAGTAAAATAATTTCCTCTATTATCTATTGTCTACTACTGTTTTCCTTTGCTAACAAACTAAAACTATAAAACTAAACGATATTAAAATTTCATGTAATGTATTAATCTCAATTTCAAAAGAACAACATTTCCTCTAAGGGGTTTTGTGGTCGAGTGTCATTTGCAGTTTTAATATCCACTCAATAGATAATGTACAATAGTGAATCTTTTGTAAGCTTGTTTAAGATAAGTGATCATTCAGTTATTTTTTTTTTACAATATGTAATTGTATTCATATAAATCTGAATGGTTGAATGTTTCTTAATTGCTCCCAGCCTAGTTTTTACCTGTACATGTTACTTTTTGGGACTTTTTAGGCTTCTCCCTCTTAGTTTCATTCATTTAACCAGAAATGTACATATAGTGGACTCAAACAGTCTATACATTGTGCATGTTGTCTCTTCTGGAAACCGATCCAGTGTCCAGAGACTTTCTCTTTATTGTTCATCTCTTTCTCCCAGCATTTGAATAGCTTCACCTTAAGAGAATCAAGGAAGCATTGCTTTTTAGCTAGAAGCTCCATTTTAAGGTTTTCCTGCCCTCTTGAACCACTTCCAGGCTCCTCACAGTATGTAGTACACTACTTCTTTATATGCTGTTGCCCTGTCTTTATATTTCTTCACTCGACTAACCGTGTGCATGCATTCTAATTAGTTTACTTTTGAAGAATCCTCTATTTCTGCTCTGCAATATGAATCTTCTAGTTGCTAAATACAAAATGACCTAACTGCTGATTGTGGTAAGTACATAGACCATATTTGGGTCAGTGTGGTTATAGGAGCCAAAAACACTGGCAGAGCTTCAGAGAAAACTAGCAGCACTAAAATAAAGGAAATAAAAGATTTGTCAGGCGCTAGAAAAAATGCAAGAGCCAAACATGCTCAACCTCAAATGTGTACTGCCAATACATTAAGGCTCGTTAGAGAGTTTAGCATAGTTTTAGACAGTTAATAATGTAGTACACATTGTGGGTTGAGCAGATGGCTTCGGGATTCGCAGAAATCCCATAAAGAGCATCAGAGCTGCCAAAAGCAATAGGAAGATGGAAACAAGACATGAAATGTTCAAACCTGGCTGTGTGTGGGGCCTGTTGCTGGAGGATTCAGCATCTATTTTGAACTCCATTTTCCAAATCATTATGGCTAATATTATTTTGTGTTCACTGAAATTGATTTAGTCTAAAAATCACGCATTATTTTGCAAATCATGTAATAAAAATGTAGGCCATGTTAATGATATGAAAAATGTGACCAATCTCTTGCACTCCTACAG
Seq C2 exon
ATCCAGTAGATGTTTTGCGGGTGCTGCAGTTGCCTTCCCTTCCTGAAGGTGTGCAGAAGGTTCCGGGTTTCTGTACCTCCCGATTGTCTGGGACTCCTGATCATGCCTACCGCATCACTAAAAAAGCCCAGATCTCTGCCCCCACCAAACAGCTATTCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000012422:ENSDART00000104799:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]