DreINT0049897 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000052061 | col4a6
Description
collagen, type IV, alpha 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-101001-2]
Coordinates
chr7:50645637-50650644:-
Coord C1 exon
chr7:50650358-50650644
Coord A exon
chr7:50648682-50650357
Coord C2 exon
chr7:50645637-50648681
Length
1676 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAAA
5' ss Score
4.79
3' ss Seq
GTGTTTTGTGTGTGGTTCAGCAC
3' ss Score
7.46
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTGCCCGGCTCCTGCCTGCCTCATTTCAGCACAATCCCCTTCCTCTACTGCACCGCCAATGAAATTTGCTACTATGCAAGCCGCAATGACAAGTCCTATTGGCTGTCCACCACAGCGGCTATTCCCATGATGCCTGTGGCAAATCAGGAGATTTCCCCATACATTAGCCGCTGCTCAGTGTGTGAAGTTCCATCTCAACCAATCGCTGTCCATAGCCAAGATCTGACCATACCAACATGCCCTCAGGGCTGGAGAAGTCTGTGGATCGGTTACTCCTTCCTCATG
Seq A exon
GTAAAATTCATTTACTGTATACCTGAACAAACATGCAAAGCCAGACATCACTGCGGATTAACTTTTGATTGTATGACTTTTGTGTACTTTATCAATTAACACAATAGGCATGAAGTAATATCCTTTATTAATTTAATAGTTTAATTTAATATTCATATTTTGATGTTCCTAAATTTAAAATATTGTGATAAACAACATGGACATCAGTAGTCAAATTATTTTGCCTTAATCTAATTAAGACAATATGATCAAGGTGTTTACATGAGTTGCTTTTGAATGTTCCTTTCATGCTGCCGTTTTACATGTTAAAGTGCATAGATTGATTAACGTCATTGCGTCACCATGCTACAAACGTTTCCTCTGGAGTTTCATGTAATTTCAGGTGTTTCAATTTTTGTCAACTTTAACTGCAGTTTGGCACTTTCACTTTCATTCAGGAACATTTCCTGCATTATTGGTTATGAGATTGTTGGTGTTCATGTAAACGTACTCAATGACATAAAGACATTTATTGTAAATGTGGGTATTACACTTGACTAAAACAACAGCTCACTCACTCATGTTCTTCTTGCTTAGTCACTGTTTTTTCAGGGGTTGCCACAGTTGAATGAACCACAAAATACTCTGGTAAATGTTTAATGCGACAGATGCCCGTCCAGCTGCAGATTAAATCCATCAAATTAAAAAAAATGTGTTACCTGTAACTAAAGTTTTAAAACATTAAAAGCATAGTTCACCCAAAAATTAAAATAATGTCATCATTTACTCACCCAACACTTGTTGGGGGAAAACAGCCATTGACTAGTATTTTGTGTCTATTTCAACCATTAACCCTGCCTGTAATCTGGAGGATTTTAAACATAGGTGAACACAGCAGCACGGATATATCTGAATGGTAACGAACTTCAGTGATAAAAGACAAAGTCCACCGATCTCCAATTCTCGTACAGCTCTCTCAACAAAAATGCTTGCTGCAAGCCAACAGCTTTGCTGTATCGGCCCTAGAGCATCACAGGGAAAAACATGCAACAAACCTTGTGAATCATGGAAACAAATACATACAACTCGTGCCATGCGTGGACATGGTCTCACCAAGTCATTGGGTCTCAGAGCACAGCAGGTCTGCCTTGCCTTCGGAAAGCACATGCTCTCATGAGTAATTTAGAAGCAGGGTCTTCTCATAAAATAAGAAAACTCTGCTATGAATAATAATGAGAAACCGACATGTTCAGCAGTACATCACAGATTTTAATCCTGCCCAATAATGATTTTAAACCCAGAAAATGAAATTAGCTGACAAAAGCTCAAAATTATCCAGTTTTCTCCACAATTAAAGTTGAAAGGTGTTAACATCGTCTTTACTGATGCTCAACACACACAAATCTGTTCAAATCTCAAAAAAAGTACTTGAGGGTGTCTTGAACTTTTTACTGACGTTTTACCGAGATGCTAATGGTCTAATCCAATTTAATGATCAATGCTAAGCTAAGCTAAAAGTGCACCTGCCAGACCCAGACATCGGCTGAATGGATTTAAAAATGGTTAAAAGTGCTTAACTGTAGTGAAGCTGTAAAACAAGTTTAAAAAAGTGGAGTGTTTCTTAATTATTTTACTTCCTGGTATCTTAAAAATATCAAACTGTGTGAGTAAAACTTTGTGTTTTGTGTGTGGTTCAG
Seq C2 exon
CACACAGGTGCAGGTGGAGAAGGAGGCGGTCAGTCACTCATGTCTCCCGGCTCTTGTCTGGAGGATTTTCGCGCGACTCCCTTCATTGAGTGCAACGGCGCCCGCGGCACCTGCCACTATTTTGCCAATAAGTACAGTTTCTGGCTGACCACAGTGGATGTGAATGAACAGTTCGTCCAGGGTCCCACACAAGAGACGCTCAAAGGAGATCAGTTCCGCTCGCGTCTCAGTCGCTGTCAAGTCTGCATGAAGATCTTGTAGCTTGTGTAGATGCACTGCAGGAGAATTAAACTATTAGAAGAAGAGAAAGAGGGGAGGAGAAAGTAAGAAAGAAACATCAACTGATTGGAGTTCATGCCCTTAATGCACATCAGTGGGGATTATGAGGGCTAAGGTGAACACATGGAAAATATCGAGGATGGGACGAAAAGAAGTGGAGATAATCGACAACAGTGGTGCTATGTTGAAAAATATGATGTCGCGTTTGTACGTTCAAGCTTTTTCTTTAAGTTGTTGGTCATATTCACGGCTACCTCAGAGAAAGAATCCCAGAATTCCAGTGGATGGCACACAATAATACATCTACGCCACTTTTACTGTGTAGAGATGAAATGCTGTCTTTATTAACCCGTTCTTCTGCATTTCCTTTATAATCTTTTGGCTTCAGTAGTCTGTATTGGTGCTTCCTTCACATTAATGTTACGCAGATCTTCTTGTTTATGGTGTACTTCTTGATTTCTTGATCATTTACTCATCCTCCTCTTGTTTCAAACCTTTCTTCTGTTGAATACAAAGCAAGAGATACAAAACATTTTTGCGAAAAAACAGCTATTGACTTTCATATTATATATTTTTTTGTTTTCACTATGGATGTCAATGGCTGCTTCACTCTAAACTGATCTTATAAGGAAACGTAACTATTCTACGTTTTGTCAATTTAGTATGATTTTTCAAAGCAGGCGTGGCACCAAACACCACCGCTAAACTTAACCAGCTTATTGAGGGATGAACAAACAGTACTAAACTGTACGAATGAGATTGAAGTTTTTAAAAAGGAGGCGTGGCACCCAACAAATTCTACTAAATTGTACGAATAAGATGGTAAAAATTCATACAAATTAGCCACTAAATCAAAAAGTTCTGACAAACGCGTTGGAATATCCAGCCTCATCTCACAAGTAATTCAATTCATTTCACCTTTATTTGTATAGCGCATTTACAATGTAGATTGTGTCAAAGAAGCTTCACATAAAAGAATTTAGTAAATTGAACAGTGTAGTTCAGTTTTTAAAGTTTAAGTTCAGTTCAGTTTAGCTCAGTTCAGTGTGGTTTAATAACCACTACTGAGAGTCCAAACACTGAAGAGCAAATCCATCGATTCGCAGCTCTACAGATCCCGAATCATGCAAGCCAGTGGCGACAGTGGCGAGGAAAAAATATATATATAATTGGCGAAAGTGAAGAAAAAAAACCTCGAGAGAACCAAGATCAGATGGGTTCCATTTCTCCATTGGCCAAACGTCTTGTGCAGAGCTGCAGTCTAAGTACTGGAGGCTGGAAGCTGGGCCTCAGCGAGGACTTGTCTGTCCCTGGAGCGTCACACAAGTCTCATGCTCTCCACATGACCAACACAGAAAAATAAACGTAACTATTTTCTATTTCGTCAGTCTAGAGACTAATTCGTACAAATAAATACAAGTTCAGTTGTTTGAAAATGAACAATTTTGAAAAAAGGAGACATGGCACCCAACAAATCCTATTAAATTGTACGAATGCGATCCTACGAATTTATACGAGTTAGCCACTAAATCAAAAAGTCACGACATGCTTTTAAAATATCCAGCCTCATCTCACAAGTGAAATTATTTTACGTTTTGTCAGTTTAGAGACTAATTCGTACAAATTCACACGAGTTCAGTCATTTAAAAATGTACGATTTTAAAAAGGACACGTGGCACCCGACAAATTTTTTTAAATCAAAAAGTTATGAGATACGCATTTGAATATCCAGCCTCATCTCATGAGGAAACGTAACTATTTAACTTTTTGTCAGTTTAGTGGCTAATTTATACAAATTCATATGAGTTCAGTCGTGCGAAAATGTACAATTTTAAAAAGAAGGTGTGGCACCCAACAAATTCTTCTAAATTATATGAATGAGACCATACAAATTGATACGAAATAGCCACCAAATCAAAAAGTTACGATTTGCCATGAGATTGTGTTGGAGTATCATGTTTTGTGTTCAGCAGAAGAAACAAATCACTTGAGAGTGAGTAAATAATGAGTACATTTTCATTTTGAGCTAACTATTCCTTGAATGAGCGAGATTGTGCCTCATGGCTGTCACTTGAATTAGTAAAACCCCATAAATATCTTACATATACATATCCTATATATATATATATAGGATATTCATAAATATAGGATATATATTTATGTATATGAATTGCACTGAAGTTAAAGTAAAAAAGTTACACTTCTATCACATGATCATATGCCACTGATCTAAATCCATCTAGTTCACAGGTAGTTTGTTCACTGAGATAAGTTGATATCATTTTCAGGTTTGAGAAACTCTCAAACATCCACCAAGCATAAATAGTGAGAATATTAATACCTTACAGATCATCCTTTCCTCATTTTAAGGTACGTATTTCATACCACAATTCATTGCATGACCAAAAAAGTGTATATTGTTATAGTCAAGTGTCATTTCCTTTTTATTTTAAATGTCTAATTTACTTTGTGCATTGAAAGTGTTAAAGATTTGAATTAGCCAGTCTCTTAGAGAGACGGGTTTACGCTTAACCACTATGATCACTACGCTTTCAGTCTCTCAATGGTAGCCCTGAGTATACATGTACAATTTTTCTGTTTCTGTTGCATTGGTTAGATTATTGTTTATTAATTTCACCCCTTTGATAGAAAGATGTACAGTACAATTAAGTACATGTAATATAGGGAAAGGTTTAACAGTGTTTCTCCACTTAACATATGTTGCTTTTAGTTCTTTTCTAAAATAAAAATATATACAGTATATGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000052061:ENSDART00000121574:46
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0141314=C4=PD(59.3=66.7),PF0141314=C4=PU(25.9=31.2)
A:
NA
C2:
PF0141314=C4=PD(72.4=96.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ATCCCCTTCCTCTACTGCACC
R:
CCGTTGCACTCAATGAAGGGA
Band lengths:
350-2026
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]