DreINT0050596 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000073974 | colgalt1
Description
collagen beta(1-O)galactosyltransferase 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070720-6]
Coordinates
chr3:52448037-52454948:+
Coord C1 exon
chr3:52448037-52448477
Coord A exon
chr3:52448478-52454837
Coord C2 exon
chr3:52454838-52454948
Length
6360 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
TACTGTTTCTGTTTTGGCAGGGT
3' ss Score
6.39
Exon sequences
Seq C1 exon
GCAGCATCAGTTTGCAGGGTCCCACCCCTTTAAACGTCACCGAGTAACATCCCCTTTAACACTCTTACATCTGCAGTGTTGTCAATGCAGGCACTTTTTAGTCGGCGGAAATATTTGGAAAAAAGTTGCCCGTTTTTAACTTTCTACCTCCTCATTAGTCCTTGGTAACTGTGGGCTGTAATAGCTCGCATGTATGCTTGTAACTAGTTTGTGCTTCGCAATGCGGTGTTTCGTGCTGTTTGTGTCGGTTTTGTGCTCCTGTTTGATAAACAGCGGACCAGCTCAAGGATACTTCCATGAGGAGCGCTGGAGCCCGGAGTCTGCAATACTCGCCCCGCGGGTAATGATTGCACTCATCTGCCGGAACAACCAGCACTCGCTGCCGCATTTCCTCGGGACCATCGAGCGCCTCAATTACCCGAAAGACCGCATCGCGCTGTG
Seq A exon
GTGAGTCTGTGTGTTTACTCGCGTCTTAATGTTACACGTCATAATGTCTGCAGTATGTGCGCGTTAATTGTAACTTACGTGGTAATTTCTTGTAATTTATCAAAAGTGAGCAATGTTTATTCATTGCATTCCTGTAGCTATTTTTTCTATTGTTCGCTTCCCAATTGTTTCCAGAAACAAACTTCACACACCCCAGGGGTATGGCAAGCGGCTTTAATATTTAAAGGGACTGTTCACCCAATAAAGAATGGGAATGTGTTGTTACCGCGCAGTGCATTATGGGAGTGTGTGTGCATGTAACGGAAACGTGCTATTATTCGCATCTTAATGTTACATTCTGAAAAAAAATGTTTTAGTAATCTTAAATCAAAGGCTGTGTCTGAAACTGCCTACTACTCAGCATTTGAATTTAACAAACTACTCAGCCGTTAGAAAAGTACATTCTATACAGTATGAATGTGAGAAGTATGCATGGAATTCGGACCTACATCTGCCATCATGTTCACGTGACCTACCTGTGTCAGTTGCGTCGCATCACTCCTATTCATAAATTCTGTCACAGGGCATCTTGGGATAGCACAGAGAGCATGGGATGTGCACTTTAGAATCTTGCCCGCATAAAATGGCCCAAAATATTAGACTAATATATATATATTTTTTTTTTTAATTGATGTAGTTTAAAAGTAACCTAGTTACTTTAACTGTCATCATTTTTAACCATATAACTCGAGCAGTCACAGAGCCACATCAAAACCAGATTACATCGAAACACTTCCCCCACAAACTGCACTAACCTCCCATTGACCGGGGCATCAGCGTCAAAGCTTCCCATTCAATTCAAATGGGTGACATCAGGCATTGCTGAACTGCATTGTAGATCCGTCGGCACCACTTTAGCAACGTTGCCCGCTGCAGAGGTGGAAAATAGGGTATATGCCAAAGCATTCTAATAGAACTTTTATTTGCCAGTAACCTGGGTTAAGTGCTTCCCGTAAACTGTGTGCCAATGCAAAATTGGCACGTTTAAGGTCTGTTATGCGATATAAAGCGGGTCTCAGATTGTATAAGAAGCACTGCATTGAATTACAGTTTCCCCGTCTTTATAATATGAGCATTTATTTTACCCCAGTATATTCAATGGAGCTTCTGCGCTAGCATGCCAAGCTTTTTGTCTCGTTTTACGCTTGAGCAACTAAATGAATACCAAAGTCTGCATAACTGATTGTATTTTAATGACATCACAACATCGATGCTGTAAAAGAAACCATATAAGATGGAAAAAAAAAAAAACTGACAATAACAGGTCACCGGAAGTTTATCAGTATAGTAACAACACTAGCTTAGCATATACTTTATTCTCAACTTTTTAAGCACCAGCTTCAGCCAATCAGATCGATTTATGCAAATACCCCAGCTCAGACAGTAGCCGATCGCAGGCTTTACTTTATTGGCTGACGCTGCTATGACGATCGCATCAGCCCCAACTTCAGACACGCCCTTTGTCAAGCATTTATGCCGAAGCATATAAAATGTACTTTTCAAAACCGGCCAAATCTTGTCAACCAACCAATGCCATTTTAACCTGGAAAATCTAATTAAAATCCGCCCAATCTGGCAATCCTTTTGTTGACGCCAACCTAAGGGCTTCCATAGCAACTGTATAACAGTAGCTTTAACCACACCCTTCTTAACAATTAAACCTCTAAAAAAATTAAAACCCACATAAAACAGAAACTTTTTGATGTTCTGATAGCAATTCTTAGGTAGAAGAATCACTTCCTGCCCTCCATCGGAATTTCACGTCATCAATGACGTCATGTGAAAACCTATATGTCTATATTTCTTCATTTCCTCCTGGGGATACTCTTCCCGAGGCCCTCAGACCATGCAGTCACTGATTCGATCCAAGACCAGCGACAAGATGATCTCAAGGTTTCCATATCCTGGAGCAGGCCGTATCCTGAGCAGCTGCTGCGGTGGTCATAGAGGAGTCGAGAGCGCGAGACTGATTCCAGTGACGCTCCAGGGACAGACGATTCTTCGCTGAGGCCAGCGTCCAGCCTCCGCAGATAAGACTGCAGCTTTGCACAAGACGTTTGGCCATCGCAGAAATTAAAATGGTCATGCCCAACTGAGTCTGGTTTCTCTCAAGGTTTTTTTTCTTCACTTTCGCCAATTGGTGAAGTTTTTTTTTCCCTCACCACTGTCGCCTCTAGCTTGCATGGTTTGGGATAGGTAGAGCTACGCATCAATGGATTTGCTCTTCAGTGTTTGGACTCTCAGTAGTGATTTTAAACCACACTGAACTGAGCTAAACTGAACTGAACTTAACTAAAAACTGAACTAAACTGTTCCAATTTACCATGACCATTTATGTAAAGCTGCTTTGACACAATCTACTTTGTAAAAGCGCTCTACAAATAAAGCTGATTATATGCACAGCTAGTGTTTATCAGCCAATGATAAACTTCCGGTGAAAGCTTAATGTGACTATTGTCAATTTCATACTGTTTCTTTTACAGCATCAATGTTGTAATAGAATTCCAATACATTCTGTTAAATAGACTAAAGCATCCATTGTAGTTGTTCAAGCGTAAATTGAGGTAAAATACCATGTTACCACTAGTGCCATCAAGATCAGCAGGTGAGTGCAGAAACTTCATTGAAAATACTGGGGTAAAACAAACTGTCATATTTTATTGCAATTTATTGCAGTGCTTCTTGTCCGGTCTAAGACCCACTTTATAGTGTAAGTGTAGTGTATAGTGCAGTAAGGAGTGCAGTAAGGAGCATTGATTTGTAAAGAAATCACACCTCAAATGTGGCGATTTTGTAAATAAAAAGAGTTTACTAGAAGCGCTGAGGCTGGCTGGCTGAAATTAAAAGTCTGTGTGCATACTGGATACCCCGCAGGAAGTACTTCAACATACTGAAATAAGTGTCATCAACTTCCAGTTCATGTGGACTTTAAAGCGATAATTCACCTTAAAGTGAAAATTAAAGGTGCAGTAGGTGATCTTCCACAATGCTAACAGCTTAGCATAAATCTCTGAATAACAGTCCCTCCCCTGCTGTCTAGAGCCACGCCTCCTTAAACATGAACACAGCAAAAGAACCCTCTTTTTGTGGTAAAAGCGACTAGCGCTTGTCCGGCAGCATGCAAGCCAAACTGACATGCAATTTCAGAGTGAATATTTTGAGTTGCATGGTAAACAATATAGGCAGAGACTAGGTGGAATAGCGGTATTTACTAATAAAACTAATTAAAATCCACATTAAAGATGCTTTAAAATGGTACCTTATAAAACTGAAAATAGTCTATCATCTTTCACCGGAAGATTTTAGTGGCTAAACAACACTTTTGTGAAGATGTAACCCATTTGTAACAACAGCATCTAACGTTACATCAGCTTTGCGCTAAGCTAAAACAGTTTAAAAACAACATTACCTGTCTAAGAGAAATCCTTCAGCCATTGTGACATCCTTTCTCCAGCGTGCAAAGGTAACTACAATATTGATTCAGAAAATTACCGATCGTGCACGTGCTCTCTAGTGAATGCACAGCACAAACGGCAATCGACGGAGCTGCATACAAAAGGCTACGCAGTTGTTCAAATCTGCATTTGCTGACAGACAGTTTGGCCTACTTATTGGAATAATGATAGATGTCGGCCCGACTTTGTTTAATTGGATGAACATTTTTTTGTTTTATGCATAACCCATAATATAAAAATACAAATAAATACATTTAAATCATTTACTTTAATCATTACTATTAGACTGTGAATAGACTTTCAACCAGCACAACAAAAAATGCTTCTGAAGACAATCACCTACTGCAAGTATTAGTATCTAATGATTAGGTTCTGATGTCTAATGAATAATCACTACCTATTATAATGTTACAATTGGTACTAGTAGTTAAATTGTAAGTACTAGTTTAAAATAGATAGTAGTATATTAGGTATAGTGTATTTTACATTTAAATCCTTATCAGACTCTACTAAATTCTGTAATTATTAACTAGATTTAATGATAACTAGTTTAGCTGTATTTGTACTTAAATGTTAAATGCGCATTCTGCCATTTTATTAGTAATTTTATATAACAATTTTTTAATCATAGATTTTTCTGTTCGTTCTGTGGGCGTGGGTTGAATTTTTTTGGTCATGGTGAACATCTGTCTGCCAGCAACTTGATAGGAATTGCTTTTCCACAATCATCACCAGCTAATGTTTCCATACAACATGTTCAGAAGAGTTACAAATAAGCCTGGAAAGGTCTTTCCCTTAAACTTTTGATTTGACCCCCCGCCCCCCAAAAAAAACGAAAAAAAAAAACTAAATGTGTGAAAGTTCCTGCTAATCTTTGCATTGTCCTGTAAAGTTGTCATTGTCTAACCAGTGAATGAAGAGTCGTGTTTTTTAATGGTGTCAGTTACACAAAACACTTTGAAGCTTAGTCTTGCCCTAGAACATTGAATGGAAGTGTGAACTACACTGAAATAAAGTGCATGTAATACAGTCAGTTTAGCAGCTTGTGGTGCTCTGCGGAAGCAGATGGAGCAAACACTACTATAAATCATCACGCAGAATTCTTGATTCTGATTGGTCAAACTCTGAAGTAAATTGAAAATAAATATAATTTGCTAAATATAATTAGTAATATATTTAGTTATGCTTTTATAAATTCTGTATTCGTGAGGCAGCTGTGGTCTATAGGTTAGTGCACATGCTCTGAAATGCAAATGTTAGCAATACTGGATTAAATACTTCCTGTCATTTGGTGATCCCCCTTTTTTGTGTGTGTGGTTGGAAGAAGGTCGGTGGTTTGAGTCCCAGCTGGGCCAGGAGGCATTTCTATGCTGTTGGCATGTTCTCTGCATGTTTCCCACAGTCCAAAGACATGCGATACAAGTAAATTAGATAAACTAAATTGGCCATGTTCATATCCTAATGGAAATATTCACTCACTGCCCACTTTATTAGGTACACCTCTCTAGCAGCTCGTTAACACAAAATTCTAATCAGCCAATCACAACTCAATGCATTTAGGCATGTAGGCATGGTCAAGACGATTTGCTGCAGTTCAAACTGAGCATCAGAATGCAGAAAAAATGTGATTTAAATGACATTGAACATGGCTTGGTTGGTGCCAAAGGGGCTGGTCTGAGTATTCAGAAACTGTTGATCTACTGGGATTTCCATGCTCAACCAACTCTAGGATTCACAGATAATGGTCAGAAAAAGGAAAATGTCCAGTGAGCGGCAATTCTATGGACGCAAATGCCTTGTTGATGCGGTGTGGGCAGGGGCAAACTGGCCATAGGGAGCACTGGGACATTTCCCGGTGGCCTGGCGGTATATCTTGCCTGCCATCATGTTTCTGGCCTGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCATAACCCCCCCCCCCCCCCCTTTTCATAAACATCACTCTCCTCCCTCTTTTCATAAACATCGCATTCTCCCCCTCTTTTTATAACCCCCCCCCCCCCCATTTTTTCATAAACATCGCGCTTACTACCTCTGAGGAATATTTCCAGTGGCTTGTTGACTCTTTGCCACGAAGGATTAAGGCAGTTCTGAAAGCAAAACGGGTCCAACCCGGTACTAGTAAGCTGTACCTAATAAAGTGGCCTGTGAGTGTAAATTCTATAAACAGAAAAATAGATAGTAATAAATGTAATGCTAGAAAAAATTTTCTATTCCAACAACAGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAAAGAAAGGAAAATGACCCAAACCCTCCAACACAAAAACTCAAACTACAGCTGTTAATCACATAAAAAAAAATCACATTTATCTTAATTTTCTATGCAATACTGATTTAGTTACCATCTGTCCCGAACCGGCCTGTACTGTAGCTGCAGTTGAGTTGTTGGCCAGAGCTGTTGTGTTCTGCATCTGACAGCTGCTCGTGCTCTTCTGCAGGAGAATCCTCTGGACCGATGATGTCATGTTGCACTCAGAGTCTCTGTTCATGCTGAGACAGAGCCAGCCAGAAGTAGGACGCGTGGTCTAATTCATACCTACAGCAAAACATGAACTCTGTTTACTTTATCTCTGCTCCTGTATCTTAGCGATTACCAGATAACTCTGCAGTTTCGCTTCCCATGTTCTGCTTTTAGTGTCGTTCAGCTGTAAGGAAATCAAGTTTACTTTAGGGCTTTGTTCTGTTTCTCTTTTTCTGGTCTAAATATACCTTGTACACTAACAGAACTCTTTTATTATGGTTGTACTCAGTGTTCTTTCATTTTTCTCAGTAAAGTGAACCTAATAATTACTTTTACTGTTTCTGTTTTGGCAG
Seq C2 exon
GGTAGCGACTGACCACAATGTAGACAACACCACATACCTGCTGCGAGACTGGCTCATCAACGTACAGAAACTCTACCATTATGTGGAGTGGAGGCCGAAGGAGCAACCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000073974:ENSDART00000154410:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.053
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF137041=Glyco_tranf_2_4=PU(21.5=31.3)
A:
NA
C2:
PF137041=Glyco_tranf_2_4=FE(30.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]