DreINT0050598 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000073974 | colgalt1
Description
collagen beta(1-O)galactosyltransferase 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070720-6]
Coordinates
chr3:52472986-52477371:+
Coord C1 exon
chr3:52472986-52473192
Coord A exon
chr3:52473193-52476731
Coord C2 exon
chr3:52476732-52477371
Length
3539 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGTGTAAGT
5' ss Score
7.65
3' ss Seq
TTCATCATCCTCCTCTTCAGATC
3' ss Score
9.49
Exon sequences
Seq C1 exon
TTATATTGGGAGGAAGAGGATGCAAGTGGACCGGCCTGAAAAAGCAGTACCAAATATTCGCAACCTAGTAGAGGCAGACTATTCCTACTGGACCTTAGGTTACATGATGTCCTTACAAGGAGCCAGAAAGCTTCTCAAAGCCCAACCACTTAGTAAAATGTTGCCTGTCGATGAATTCCTTCCTGTTATGTTCAATAAGCATCCTGT
Seq A exon
GTAAGTATTACAAATGGAGGAAATCCTCTACACATCTCATATATGCCAGCAACAATTTTAGAATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATAATATTAATATATATATAAAAGTATGCTACATGGAAATAAGTATTTTGTCATCTTGAATGTTGTTACATTGTCACAAACACTTAATAACCAAAACATACAGTATATTTTTACACCAAATAAGCTAGCTCTAACATTGTTAACTGGTTAACCCAAAAATATAAATTTTACACACCATTTACTTGCTCTTAGCTATCCCAAATCGGTTTGATTAATGTTTTAAAGTTGTATATTTGTCACATCAGAAAATACATGCAGTATACTACTAGAAGTCAATGGCTACAACAGCCTTCCCAACAGCCTTAAGAAATTTGGTGTTCAAAAAATTGAAAGAGCAGAAAATACAGAAAAATGATGGGGTTCTTGGGTGTAAAGGAAATTTAAATTTGCTGTTAATATTCTTATCGATCCAAGATTTAAGTACTTCAGTTGAATGATAAAGATATTTAGATGATTCTACAGCTAGCAGCACTTTTAGAGTCAAAACATGCAGATCAAATCAAATCACTTTTATTGTCACATCATCAGCAGCACGTGTGCTATGATTAGCGAAAAGCTTTGGTGCTGGCTCCAGACAGTACAAAATACAGATAGTTCAAATACAACAACAGTGCAAAATACAGACAATGCAAATAAAATGACAGTGCAAATACAACGAAAGTGCAAAATACAGACAGTGCAAAATACAGACAGTGCAAAATAGTTATGCATACAGGCAAAACTAAATTATTACAAGTATGACGCAAAAGCGCATTGGAGAATTAATGTTTTCATTACACAGTTTTTATAATTGGCCAGCTCTGGGTCTTTTGGGGATTTTATCATTCAAATTTTATAATTCCCAAATTTTTGGGAATTTATACTTATAAGTTGAAAGGAAATTAAAAGGCCACATCTTTGACTACTAAATGTAACCATAGCTCTTTGAGATAATGCCGTTCATACCAGGTTATGCTCCAGGCCAGGGGTCATCAACCTTTTTGAAACTGAGAGCTACTTCTTGGGTACCGGGTAATGTGGAGGGCAACCAGTTTGATTCACACTGCTCAAATAGCAAATTTGCTCAATGTACTTTTAATAATATATTATTAATAGTAATTGATGATATTCATCCATGTGAAGACATTGATCATGTTAATGATTTCTCACAATAGTTGTTAACAGTGATTTAACAAGGTAGGAAACAGAGAAATATCTATATGCAACACTTTATTTCTATAAATCTCTGCAAGTATTTACATTATCAAATGATTATTTCTACAATATTTTCACTAGCCACTGACTCTTTTTAACAAATCATGCACTACGATGTACCATGTGTAACCTAAATCAACTTTCAGATTTTACTGAAATTATCACCAAATCTACAGCATTTTAACATAGCCGACACTCTTCTAACTATTGAGTTGGACATCGGAAAGATTAGAGATTACATCGGTTCAAGTCTTTAAGCATAGTTTTGTTTTCCTGTCTGAAAATGGCTTGTATTTCTAATCAAAAATGTGTAGTGTTAAATGAGGTGTCTGTTTCTTTTTGGGGTGGTTTCACCAGTCTTGTAAAAAAAGACTGCAGTTTTCACAAACTTTCCAGGCTTTTTCCACTTGTAGTGCGCTGCCCGGTGAGTAGTTAACATGGTATCGTTAGCTTGCTTGACACGTTTTGAAATGTTTCTCAACATTGTGCTGCTTTGCTGCCACCAAATGAAGTATAAAAGAACTCTTCCTTCTGTTCACTGTGAAAACGATGTTTTTTTATTTTTTCTGCCATATTTTAAATTCATTTCCTACCCTTTACTCCACCCACAACCGTTGCTATGGAGACCAGCTAGCTAATATGACTTTTTTTTTATTTTTTTATATATATATAAATAATTATCATTTTCAAATTTATACCAATGCAAGTGTAATTTAAAAGGAATAGCTACAAAAAATATTAGATTCAGCTTAATGGTAAGTGGTGCTATGGTGAGCTGTTTTTAGAACAGGGCCGTGAGCAACTCATGTGATCCTCGCGGGCTATCATGTTGGTGAGTCCAGCTCTAGGCTTTTAATAAATATGCACTGTACAGTTTTTTAGTGCAATGCTGTTTTTTCAATATTCTTGATGTGTCTTAAATGTGTTTCTCAGCGAACATTACATTTAGTAACCCAGAGATTTTTATTGGATGTTTAGTTTTATGTTAATTGCAACTAAATAAAATGTCTTACATTTGTATTACATGTCATTAGCTAAACTTGGTCAAATTTTATTTTAGGGTACAATTCCTGTCTAATAAGCCATTAATTATGACTTTTGCCTCAGTCATTTTCTAATCAATTAATAGTTATTAGTAGTAGTTGGGTTTACATATTAGGTACACTGTAAAACCCAGAAAGTTAAGGTAACTCAAACCATTTAAGGAAACCAATTGCAACAAACCATTAAGGTTTAAAAACTATTCTTAATGAGCACTGTGAACTTAATCCATTTGAGTAAACGAAGCAGTTTGAGCACAGTTAAACTCAATAAATTAAGAGAACTCAAACCAACTGAGTACTGTAAAACCCAATGAGTTAAGGCAACTCAAAACGTTTGAGGAAGCTGATTGCTACAATCCATTTGAGTTAACAAAATGAATCTATATGAATAATGTGAACTTACTCCATTTAAGTTGATGTAATGAGGTTTTTCATTAACTCAATACCTTCAACACTGACTTCAAAACTCTTTTCAAATGAGTAGAATTACCTTTCAGTCGATTTTGAGTTAACTACACTCATTTTATTTGATAAAGTTACCTGTTGGGTTTTACAGTGTAGGATTAGGGATGCAAAATATGTACTTACAGCCAATATCTTAAAAAAAAGGCAGGTAATAATCCACAAGATAATAGTAAAACTATTACAATCTTTGACCTACATAATTCCAACAAATGGAATGGAATTTTATAATTACTAAATTGTGCTGCCAAATGTATTTGTTAATGTATATTCTATATTTTTAAATATATACAGTCAAGCCCTGGCAAATTCTGACATAATTCAAACAGCAGTTTTTGGAGGGTTTTGACTGAAAATGACCCCAAAATATAATAAGATGATGTAAAAGAGGCATGATTGTTGAAAAACATATATAATTCCAGATTTTATTTACATTTGAACATAATTAGCTAGGGAAATGAATTATTTCAAGCTTGACTGTATTCGTGATTGTGTATGTTTAGTTCCTTTACAATATCATTAAGAACTATAAAATGTCGTAGTTATAATGGACAATACAGTTAATAATAACAAAAATTTAATCATCAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTTTACACCTAATTTCATCATCCTCCTCTTCAG
Seq C2 exon
ATCGGATTACATGGAGCAGTTTGAGACGAGGGACCTGAAAGCGTTTTCAGCAGAGCCCTTGCTGGTGTTCCCCACACACTACACGGGTGAGGCTGGCTACATCAGTGACACAGAAACCTCTACGGTATGGGACAATGAGAAAGTACACACGGACTGGGACAGGGAGCGTCGGGGTAAGACCCAGGAACAGGGTGAGATCAGCACAGAGGCCCAGAACTCAGATGTGCTTCAGTCTCCCCTGGACAGGACAGCCCGAGATGAACTATGAGACTTTTTTTTGGACTCTGGACAGCTAGACTTGCTTCTGGAGGACATTCAGCCTAATAAGCACAATATGAGGGAACAGAAGAGGCCTTTTTAGAGATTTTTTAATGTTAAACATTTTGTCCCTTCTTTTCTAGATGCATTGATGTGCACAGCAAGTGTTCATCTAACGATTAAGATGATTAATTGGTAACTGTTCGTAATTAGGTTCCATTTGTTAGGTTATGGATACAGTGCATCCAGCAGGTTGTCAGGTTAACCAGCATACAGACACAATGAGACCGAAGGGCTTTATTGTGCAAAAACAACAATCCTGTGGTGCATTTCCGAAAAGCATTATTAGCAAACTAAATTCGCTAACTCCATCGATACGATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000073974:ENSDART00000154410:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.494
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0175512=Glyco_transf_25=PD(32.3=85.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]