DreINT0052191 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000102517 | crtac1b
Description
cartilage acidic protein 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-28]
Coordinates
chr13:39938591-39968630:-
Coord C1 exon
chr13:39968487-39968630
Coord A exon
chr13:39939388-39968486
Coord C2 exon
chr13:39938591-39939387
Length
29099 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
AATTCATGTACAATTTACAGAAG
3' ss Score
3.71
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCAAGACGAGTGCACACAGTTCCCATCCGTCTGTCCCTCAGAGCGACCCGTCTGCACCAACACCTATGGGAGCTTCAAGTGTCGTGCAAACAAGAGGTGTAACCAGGGATATGAGCCTAATGACGAAGGGACTGCATGTGTAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAGTCCACGGTCCTGATGGATCAGCGCCAGGGTGGGTGTTTCCACAGCAGTGAAACATGAAGGCAGCAGGCACAGGAGATCTATGAGCACTACCATATACACAGCAGAACTGAGAACTGAGCTGAGGACAAACTGGAGAAGCTCAAAGGTGAGAAAAGTAATGGCATTAAATGATGAGTAGACAGCTAATAGGGTCATAAGTCGAATTTACCTTCATTTTTTGAGAGAAAAGAACTCAAAACATTCCTGTAGTCCAAAATGAATTATTATGAAACGTTTTGACAACAGAAAACATATTTTTTGCCTACATTGAAAGAATAGTAAAATCAGTGTTTCGATAATCAGCAGTCCGGTCACTTCTAAAAGGCAGTTACTCGGCTGGTCCACAATAATTTAGTTCATTCTTGTATTGATTGATTAATGCAGTTTGTGAATAGGTGGTTAATGAAGGATTGGGCAGTTGAACACTTACAAGACAGTCAATCCACAGCTTTTAGAAAAGTGCTGTTGCTGATTGACATGCAAACTTAAAGAGACAGCAGTACAGCCCATCAGAAATGTTAGGGTTTCCATTAATGTGTGGTTGGTTAAGCTTGGACAATATTTGGCCGAGATGAAACTATTTGAACATCTGGAGTTTGAGGGTTCAAAAATACTAAGAAATTTGTCTTTAAAATTTGCAAGTTTCAATTCTTATCCATGCAAATCACTAACCAATTTTAAATTTTATATATTTTATATATTTTTATATAAGGAAATACTGTAAATAAAATGCCTTTATGGAACATGAACTTCAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000102517:ENSDART00000157852:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.051 A=NA C2=0.647
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0764510=EGF_CA=WD(100=95.9)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]