DreINT0052607 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001559 | csmd2
Description
CUB and Sushi multiple domains 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030616-39]
Coordinates
chr19:36690639-36700810:-
Coord C1 exon
chr19:36700623-36700810
Coord A exon
chr19:36690834-36700622
Coord C2 exon
chr19:36690639-36690833
Length
9789 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTACAT
5' ss Score
4.22
3' ss Seq
TGTGTTTCATTCCTCAACAGAAA
3' ss Score
9.39
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001559:ENSDART00000132471:29
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043115=CUB=PD(57.5=95.3)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=WD(100=95.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]