DreINT0052648 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001559 | csmd2
Description
CUB and Sushi multiple domains 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030616-39]
Coordinates
chr19:36535304-36539497:-
Coord C1 exon
chr19:36539410-36539497
Coord A exon
chr19:36535437-36539409
Coord C2 exon
chr19:36535304-36535436
Length
3973 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTATGT
5' ss Score
7.43
3' ss Seq
TTTTTTATGTTTTTATACAGAAG
3' ss Score
8.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTCATACATGCCTTCATCTGATTCATTCGTATACCAGGGCTTTGTTCGAGGAAAGGGTTTTGGCCAGTTTGGACTTCAGAGGCTGG
Seq A exon
GTATGTGTGCTTGTTTTGTAGGACTTGTAGGACTTAATTGAAATGTTATTTGGTAAAGGGTTGGTGCAGTCAAAAAATCACTGTTGGTAGTTATGTCATTCAAAACCTGAAACACAAAATTTCACTTTTGAAACAGAAATTTTTCAAAAACAAAAAATAGCTACACATTGATCCATATAGAGGACAAAAATGTCTTTCAAAAACAGGGTGTCTGTGGGGTCTTAAAAAGTATTAAAAGTTGATAAAGCATTTAAGACCCTTAAAAGATATTAAAATGTCTTAATCATGTTTTATGAGGTCTTAAAGTTTGTTTAAGTGTTTGACTCCAAAAAAGCATGAATATATTTATTTTCTTTCTAATATTAACCACGGGGTGTTCGATCCACACAATTGGTTCGGAACGGGGTGCGTCTGGCCAAGCTCCTCTTTCCGGGTGATGTCACGTAATTTGCATAAAATGCGGGAAGGTGATGTGAAGCTCTCCACAAAATAGCAAAACAAAATAGAGCGAAAGATGGCAAAATGGAAAAATTGGTTGGAGAAAGACGAGTTTAAACAGGGGCTGAAGCCTGTCGCCGAAAACAACCACGTAATTTATTCCTTCAAGCTTAGTTTCTCCCAAACTTATCTGAGTTCTGTTGCTTGCTTGTGCTCTATTGATTTATTTAACTACTGTTTATTTCTGTTGTTACTGTTTATTAACAAATGTTTATTAAGTTGATGGTTTGATACTGATTAGAACTTGAAGTGGTGATGAGGTCTTAAAATATTCTGAGAAGGTCTTTAAAAATCCTTTTAAAGGTATTGAAATTACCTTTAGGATCCCTGCATATACCTTGAAAAAGATCATCATAATACTTTTCATATTTTTTGTCAATTTTAACTGACTTTTTTAACTTACCAGCACCAATATAATTATCAATAATGCATTATCACACTAAAATATGATGACAAAACAATAATGAAAAACATCTCCATAAGGATGCACAAGGGTTAGGCTTTTTCTTGCTCTGAAAATAAACAAAAGTGTTAATTATAATCATTAAACAACAATACTGTAATTTTAATTGGTGTAAAATACACTTACCAGGGGCAAAAATACGTAATGAATTTTATTTATTTATTTGTTTGTTTGTTTGTTTATATATTTCTTTACTTAACTAATTATTTATTTATGTATTTTACATCTGAAATCCTAATTTTAGACCTATTAAAATTACAGTATTGTTGTTTAATCAAATTGAAAGAATATATATTAGACTGAAAGTCATTACTGAATCAACAGTGTTAGCAAAAAGAGCAAACAGAGTGCAACAGTTTTTTTTGTTTTTTTTTCAGAAATTAACGCCCAATTTATTTTATCCATCGGGGAATTGATTTTTAACAAAGGATAAACCTGTTGTGAGCTCAGATTGTTAGTAATTGTAAATGCTAAGACTTACTGAAACTAAGCAAGGCTAAGCCTGGTCAGTACCTGGATGAGAGACCACGTGAAAACTGTTTCACTGGTTATGTTAGTGAGACCAGTAGGAAGAGTCTGTGTGATTTCTAATGCCCCAATATAGTGAAGGGGACACTATACTCAGTGAGTGCCATCTTTCGGATAAGACGTTAAAACAAGGTCCTGATTTCTGTGGTCATTAAACATTCCATGGCACTTCTTGTAGAGAGTAGGGGTAAAACCCTGGTGTCTTGGCCAAATTCTCTCCATTAGCCCTTACGCTTCATGGCCTCCCAGTCAACCCCATTCACAGAATTTTCTCTTTGACTATATCTCCATTCCACCTGTAGCTAGTGTGTGGTGAGCGCACTGGCGTCGTTGTCTTGTGACTGCTGTCGCATCATCCAAGTAGATGCTGCACACTGGTGGTGGTGTGGAGAGACCCCCCTCATAATTGTGAAGGCATTGGGTATATGGCTATACACGATAAATGTGCTATGTAAATACACATTACATAACATTAATAATTACATTACACACTAATCAGTGATAGTCCCTAAAGTGATTTTTTTTTATAACTGGTTAATGTATTAGCTTAGCATAGCATTAGCATCGCATGCTAGTTTACTTTATATCCTGTATACAAGTGGCCTAATGTAATCTACATAACATTTGTATCATGTTCTGTACATATAAACACTGCAATGATTTCATATTCATTCATTCATTCATTCATTTTCTTTTCGACTTAGTCCCTTTATTAATCAGGGGTCACCACAGCGGAATGAACCACTACCGAACCCCTTCCAGTTGCAACCCATTACTGGGAAATACTCATACATTCTCAATCACACACATACACTATGGACAATTTAGCTTACACAATTCACCCGTAGGATACCAACGTGAATACGGGGAGAACATGCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGACCCAGCCGGGCTCAAACCTTGCTGTGAGGCAAGAGCACTTTCCACTACGCCACCGTGACACCCCTGATTTTATATGTATACATGTAAATAATTCATTGTATTGCTCTTACGACATACTTATTCTGACATGTAAATATATTTAAAAATAAGCGATCATACTAAATGTAATTATTTTTTACTTTATTAAAGATTTCTTTCTGACAAATGTGGCAACGTATAAAGTTTAAACATTTAAATTAGTTAGTATTTTGGGGTCGCAGTGTGACCCCGTAATGGGCAGTTCACCCAAAGTTCACAAATTAAATCTGTCATTATTTAATCGCACTTCATTTGTTCAAAACCTGTTTGAGTTTCTTTTTTCTGTTGAACACAAATGATGATATTTTGAAGAAAGCTGGTTGATTTTACCCATTTTCTGTCAGTGGGTGCCATCATTCAGCATTCTTCAAAATATCTCATTTTGTGTTCAGCAGATGAAAGATACTCATATATACACTCATGACAGTAAATGTTGAGGGAAGTTTCATTTTTGGGTGAACTATTCCTTTAAATATGTCATCAAATGATTCTTGTTCAAAATAAACAGCATCAGGGGAAGTAAATTATGTAAAAGCTGTGCAACACTTTCAATGTTTTGATTCACAAAAACTCCCATCCATTTGAAAACTGAATTATCAAGTAATAAACCCGTTCAGTGGTCTATCTTTGTCAGGCTGGATTGGATGCTCAAACAAATCATTCAAGGAATTATAATTTGCACAGTTATTTCAGCATTTTAAGCCGGAAAAGTGTTTTAACATTGAATAAAATACACATTTTATTTCTTAAGCTGATAATATCAATTCAAATTGTTACTTTGAATATGTTTATTACCACCCACAATAGCTATCATCCCTTATTATAATACAATTTTGTGCGACAGAAAGCAAAAGGAAGTGTTTGGTGTGCAGCTTGTGAAGGCCAAACCGTGAGCGGTCTGTCAAATCCTGCTGTAATGAAACAGGCGCGCGTTCATCTATAAACGACAGCTGTATAGACTCCTATCCCAACATCGTCAGACAGATTGAGCAAACAGAAGATTTATTAATAAGAGGAGCCGCATGTGCGTGTGTGTGCGCGCACATATTTCATCATTTTCTGTTGGTCTGATGAGCTGGCTGTATTGAGTTAGTTAATTGAATCTCCCACTTGCAGCCTTGATGTTATTGGGAAGCTTTTTTGGCATTGTCTGATGAACAGGTGCACTGACACTCTCTTGTTGTTTAGGAAAACTCGCTGGTCCAAATTGATAAGTGCATCTTAGCAGTGGATTGATATCTGAAAAAAAAAATTGCATTGTCAAGATAATAGGCTTTGACTTATGAAAACAACAATTTATTCATCTGAACAAATTAACATATTTCTTATTTGCTGCATTTGAAATCAGTTTGAACACATTATTTTGTACAAAGCTTTTTAATTGAGGTTTGCTAGTGTACACAATGACTCCCTGTTGAATAAAAAGGATGTTTTGTTATTCTTATTTGAACAGGTAAAAGCAATCATTTGTAAATGTTGTATTTTTTTATGTTTTTATACAG
Seq C2 exon
AAGGCCTTGATCCGAATGGGGAGAATCCAGGCTATAACTTTGCCTCCAATAGCAGTTCAGTGGCAGCCGCCATTTTAGTGCCTTTCATTGCCATGATCATAGCAGGCTTTGCTCTCTATCTCTACAAACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001559:ENSDART00000132471:68
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]