DreINT0052652 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000001559 | csmd2
Description
CUB and Sushi multiple domains 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030616-39]
Coordinates
chr19:36821871-36828820:-
Coord C1 exon
chr19:36828733-36828820
Coord A exon
chr19:36821996-36828732
Coord C2 exon
chr19:36821871-36821995
Length
6737 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
TTTTTTTACTATTCTTGCAGACG
3' ss Score
9.16
Exon sequences
Seq C1 exon
TGTCGCAGATGGGGGTGGCGCAAGGACACAACATGTGCCCAGATCCAGGAATCCCGGAGAGGGGCAAAAGAAAAGGCTCTGATTTCAG
Seq A exon
GTGAGAAATGAGTTTATGGATTACTTATTAAAATAGTCCACTGAGAGGACACAGAGGAGAGAGCAAAGAGGAGTGCAGTTAATTTAGTGTTTGTAATGCCAGGATGATGAATAGCAAGAGATGCAGGAGGTGGGCACCTGTTTAATTTCTCATTGGCCTTTTAATTCTCAGGGCTCATGGAGGATATTTGATCAGCATAAACATGGGCTGTGGGCTCCCAAAGGTCAAAGCGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGAGAATGTGAGAGAGAGATTATTAATGTTGTATTGTATTTATACAAAATGGATGATTATGTAAATTAAAACAGCAGGCCAATGGGGTAAATTTAAGGGGAAAAAACACCAGGAGAAATTTGAAAATGACAATTAAAATAATAAAATATGACAAAAGTCCTAACAAAATTCATAAAACTAACCACATTATCTGCTTAATTCTGAATTTATTATAGTGAACAATAAATCCATATAGTGTAATTTAGTTTCTGAAATAAATTAACATCTGTTCATCTGTCCCACTTCTTTTTTATTTAAACAATCAGGTGATAAAGTTTTATCATTATGGGAAGAGTTTCATTCTTGCCCCTGCGACAAACTGATGTACTTGATGCGAGTATGAAGTAAGGACTGGTGATAGAGAGTTGCTTTAATCAAGTCTAATACTGCACGCTAAATGGAAAGAAAACTTCTGTGTTTCCCAGACAACATTTGTAAATGTGTCCCCAGTGTGTTGAGTTCACTGTGTATGCACTTTGCACAATGGAGGTGCGGGTGTATGTGGTCGTCTACTGACTTGGTAGGTGTAGAGAATAGTGTTAAACAGCCGTGTCTGTATGTCCTATCCCAGGGGTGCTCAACCTTGTTTCCGGCGATCTACTTTCCTGCAGAGTGTTAGCGCGAACCCTGATCAAACACAACTAAACCGACTAAGTAGGATCTGATGGAGCACTTGGTAAATAAAGCCAGGCCAGTTGTGTTTGAGCAGTGTTCCAGCTGAAGTCTGCAGGAAGGTAGGTCTCCAGAAACATGTTTGTCTACTATGCCTTCACAAAATGCAGTTCCAGTTTCATTTCATTCATTTTTAAAATCATATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTATTTATTTTATTTTATTCATATTATTTTATTTTATTTTTTATTTGCAAAAACACAAATTTTTATTTTATTTTATTTTATTAGCTCAAACACAAATATATATTTTTAATTTTATTAGCACAAACAAACATTTATTTTATATTTTATTTTATTAGAAAATAAAAACACAAATATTTATTTTTATTTAATTTATTAGCACAAACACAAATATTTTATTTTATTTTATTAGTACAAACACATATATTTATTTTATTTAATTTTATTAGCACAAACACAACTATTTATTAAATTTATATTTTTATTATTATTATTATTTTTTATTATTTTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTGTTGTTGTTGTTTTATTTTTTTCCAACTCAAATATAAGGGAAGCTTTTTCTCTTTGCTTTTAAAAAGTTTGTGTCCAACTCTAAGCAATAGTAAAGTGACCAGCGAGTCTATATGAACGTCACTGGAGAATGACCCACGAGACAAACCAGGTGAAATGTGAGCCATCATTTATGATCGAGAAAGAGAACAGAGCTCAAAGGAGATTGAAAATGAGACAGAGGTCTGGACCTATCTAATTGAGTGGGGCCAGAGCTATAGTCGTGTCATTTCCAGGCGAAGCGCTGCTACAGAGGGGCCCGCCGTGCAAGTTAGGCTGTCAACGTCCCCCCGCAGGGTGAATGGCAGGGCCCTAGAGGATTCTAACACAGACAAATGGGGACAATCCGTTTTACACTCACTAGCTCTCAGGGCAATCACAGCGGGGAAGTGAAAGACAATCGAAACTTTTTTGCCGGAATGTTCTTAGCCCCAGCTACCTGAGCACCCTTTCATCAGCGGGCCAGGTAATGGAAGAAGCACAGCGATGCATCTGGAAGTGCACATCACAGCTTCCCAAAGGCTGTCCATTACGAGGAGCAGACAGGAGCATGGCTGCCGGCGACAGTGAATGGCTATTTATGCTGACATGCTATTTGTTTTATACGTGAACATTCCAGCTAACGTGTTCGGAGTTGGGAGATGCTGTGGAGAGCTTGAGTAGTTTGCATCTTTGCACATTTGGAAAACAGATCCAGAGACATGTTATAAGATGGCATTGTTCATCTGCATGTCTTTTCTATAGGAGAAGTGATGGAACGTTGATGGCACAGACATTGTGAAGCAATATTGGGTAACACTTTAAAATAATGGTCCTTTAGTTAATGTATTTACTAACATGAACAAACTTTTAGTGATACATTTAATATGATATTTATTAATGTTTGTTAATGTTATTTAAGTTAAATCACATTGGTTCATATTAGTTCACAGTGCATTAACTAAGGTTAACAAGCACAACTTTGGTTTTAAATAATGAATTTGTTAAGATTAAGCTATGAATAATAGATACTTGACAAGATTATTTATAGTTACATTCTTATTATATTTATATACACTAACATTAGCTAATGGACCATTATTGTAAAGTGTTGCTCAATATTGTTTATTTCGCTTTATTAAAAAAGTAGTTCCTGAGTAGCCTCCTGAAGGATCGGTCACTATTGACTTTTACTACGATTTCATGGTTTATTGACTTCTATAGAATTCTACTATATTGATATCCATTGATATTGCCATTTTTGCTACTGATATAAACGTTAATATTCATCAATTGTTATTTTGAAATGATTTGTATTTGTGTTCAACAAAAGAAAGAAATGCATACAGGTTTGGAAAAGATGAATGGTGAGCAAATGATTTCATTAGGTGAAGTTCTTCTGTTAAACACGAACGAGAAAATAAATTTGGAAAAACTTTTGGAAACATAATGATTGACTTCCATAGTATTGCTTTTCCTATAATGGATGTGAATGGTTAACGGTTTCCAACATTCTTTAAAATATATACATTTTTTGTCAGCCAGAAAAAAGACACTCAGAAAGATTTGAAACCACTAGAGAATGAGTAAACAGTATTTATTTATTTTTTTTATTTTTTTTGTGTTCAACAAATGAAAGAAACACATACAGGTTTGGAACACGTGGATGGTGAACAAAATATTTAATTTTGTGAAGTTTGACGACTGTATTTAGAAAAAAAAGTTTTCCAACATTCTTCAAAATATCTTCTTTTTTGTCAACCTGAAAAAAAAAACAAAAAAACATAAGGGTTTAGAATCACTATAGAGTGAGTAAGCAATGTTATTTTTTTTTAAAATTTAATTAATTTGTTTATTTATTTATTATTTACTTAAAAAAATTGATGATCCGTCCCTTTAAGTCATGGCCCGCGAGTTTGATAAGAAAAAAAAAAAAGTAAGGAACTCAATGCAGCCTGATGTAGTCATCTGCAGTCACATATCGACACCTGTCCATCAGCTATAAGAGTCCCCGGTAACCCGAACCAATTATAGAGTGGCACCATTGTTTATGGGTCATTTGCATCACGCTACTTGGATTGTCTTTGCATTGCCTCACACAATGAACATTACATATATTTCTATATGATGTAAAAGTAGCCAAAAGAAATTACTGCACTGCTGCTTTTTTTCCTGTAACAACAGCGCAGCGGATAACAGTAAATCTAATTATTATTATTATTAGAAGTAGTAGTAGTAGTACTACTAATATCATTATTATTACTACTACTACTACTACTAACCACTACTATTTACTACTGACTGATGCAGTGGCGCCCCCAGAAAATTTTCTCAGGGGTGGCCAGAAGAGGCCGCACCAAATCTTGGGGTGGCACACAAAAAAATAATGAATTAAGTGTAATGTTATAATTTTGTTTCTGGTAAATGAAATAATGTAGTTTTTATTCATTTAATTACTTTTTCTTGAAATAATGCAATTTATTCCTTGAAATAATTCAGGAATTACATGTGCAAACCAAACAAAAATCCATGTTTAGTTTAAAAACACTTTTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACTGTATAAATAACTTTTTTTATGCGCTTTTATTGTACATCATACGGTATATGCCATGTCTAAAATTAATGAAGATTAATGAGTTTATTATTCCCAGAGATAGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCACTGTGTAAAAATGTGCTAGATAAGTTGCCGGTTCATTCCACTGTGGCGACCCTGGATTAATAAAGGGACTGCCGAAATATAAAGCCAAAAATAAAATAAATGAAAGAATAATGAGTTTATTAATAACCCAAACTAAATGAACAAACTAAATGAAAGGCATTACTATATACACACGCACTATACCTAATAATATAATTTATCCATATTGCTTTTTGAGCCATTTCATTATGCAGCTTTATCTATTGATAAACTGTACCTTAAGGTAAATATTAAATTGCCATTGCTGTCTATTGAAGGTGTGTGCTTGCTGTCAACAATGATCGGAGAGGGTAGTGGCAGTTCTAGTTTAAATGACACCCTATAAACCCCACCTCCTTTGAATTGTTAGATTTGTTATTCAATAAATATAACAATTTATTTATATTTATTCTAAATAAATACAATTAGTATTAAGTAAAGTAAAGAACCTTTATTGTCATTGTAGTTATACAACGAAATTTGTTTGGTAACTCACAGAATTGTATTAAAATACAATTAATATTAGTATTATTATACAATTATTATTTTACATAAATAACAGAAATCAATACTAAATATTACTGGAAAACAACAACTGGAGTGATATGCCAAGATCACTTTAGAAACCTTTTGCATGAAAATTAATTATGACAATTCTAAATAGTACA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Seq C2 exon
ACGGGGTGCTACTGTGCACTTTTCTTGTGATGAAGGATATGAGCTTCAGGGGTCTAAAAGCATCACCTGTTTGCGAGTTACAGACAGTTATGTTGGATGGAGTGATGACCGGCCGATCTGCAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000001559:ENSDART00000132471:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.600 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0008415=Sushi=PU(29.3=56.7)
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=PD(69.0=93.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]