DreINT0053122 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078233 | ctnnd1
Description
catenin (cadherin-associated protein), delta 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110208-9]
Coordinates
chr1:43471942-43495084:+
Coord C1 exon
chr1:43471942-43472005
Coord A exon
chr1:43472006-43494932
Coord C2 exon
chr1:43494933-43495084
Length
22927 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGGGT
5' ss Score
4.3
3' ss Seq
CCCTGTCCTCTTTCTCTCAGTGT
3' ss Score
10.49
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCAGACGCTTCACGGTGGGACGACGAGCAAAGAGGAGTGAACAAGGGGAGCGAGATAGATTG
Seq A exon
GTGGGTTTTTAAAAAGACTGCTTAAATTTGTTAATATCAGGTTTCTTCTTTGTTTTGTTTCGTCGGGAGAAACGCGTTACAAGCCTAACGTTAGACAGCGAACTCATAATAAATAGGGCAGATGCGTCTGGCGTAGCGTGGGGCTGAAACGCCCAAATATAGAGCAGCAAACGTTTGGAATTACAATCACTTCCTACCGCTTGGAAAATCTGAAACTGGCCATAGAGAAGCCCGTTTCGATAGGCCACGACCTCACATCGGGACTTTAACCAAACCAAAAACAAAGGTAGACTCTATGCAAACTCTTCTGTTTGTTCTGATCTTTCTGATGGTTTTCTTTGTTGTCCTCTGGTTTTCCCTGTTTGGCCTCGTAATTGAGGAGTAGAACAAAGTTAGCCAGCTCTCCATGTTAGCAGGCTAGTGGAGTTAGCTGCCGTGCTAATCGCAATGGCACGAGCGTGAGGATCACCGGGACAGAGAAGCTTCTTTCCCCGAATTTCCTCAAAGTTGGTTTTGAAATCGTGTGCAGAGTCTGTTGTTCATGTCGTGAAGCTTGTTTCGTAAAAAAAAGAACTCGTAGCGGAGCGTTTCGGTGTTTTTCCAGCCTTAAAGCAGATCCAGGATAAACAGGGCAGTTAAAAGTTATTGGGTTGAGAATTTTCTTTTCTTTTATGTGCGTTTGTAAAATTGTAAGCTGTAAAAAAAATCTGCTCCTGATTAATTTAAAATATTTTGCAAGTGAGTATATACACTGATTTAGATTAGCTTCACTGATTTATATTGGACAGTTTAAACCCCTCAGTGGGACTTGGCTGATTTGCACGTTCAATACTGAAATGTATTTAGATATAATTGTAGGTTGACATGATAATGTCTTTGTGTATTTGATGTGGTTTATTAATGCATGTGTGTGTGTGTGTGAGTTTATAGCAATGGGGGTTAATTGTTCACTGCGGTGAAGCAAAGCAGGTCAGGGCCCACGAACACACCTGAGTTTGCGGAAGTCAATAGATCTCTATTAAATCATTGTTTCTGGAAAATAACAACCGTTGGTAGACATAATATTTAGTGTTAGCATTATTATTTTATCTAATAAATCCATTTACTCAAAACGAACTTGGCTTATATGGAAATCTAAGTATTGTTATTGTTATTTATAAGCGAGCCTTAATAATTGTGGTATTTGTTTTTGCGTGAGGTGCTTCCGTTTTTCCCCCAAAAATGTAGTTTTGCATTCACCTCTGCTGATTTACCTGTACTTACTCACAGGTGCCACATGACCGCATTTCTCCGGTTTGCTTTACTTCAAGCGTTTTTTCCCAGAAGAGGGCGAAATTCGGTCAGATAACTCACTGAATGTATGCAATAACCATTACGAAAAAAGTTGGGAACCTGTTGAGTTAGTATTTTGGTTAAGGGTGTGTAGGTGGGGGAAGGGAAAGGCGCGGTTCCGTGTGTGTGTTAACAGTGACTCTCATTTACACACAACCCGCGTGAAGCAGCAGGTTACACTTTACACTGTGTGAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACCTCACGACCCGAGTCCAACGAGACTCAGCGTGAGTCAGACCCGCTCCTGATGCTTATCAGATTCCTAGCAGAAACAAAAAGCCTTAATGTTTGGGATTTTTTTACGCTTGTCTACCTGCAAAAGCCGGTACATGTGTACACTTGCCCAATATGTGATGCCCCCCACCCATTGAGGAAGCTTGGTCCTCCCAAACGATACTAAACCGAATTAGGGAGGAATTACTGAAAACTGTGAGGGGAGGAGGTGTGTCTTTGAACACTACGACTCAGGGTAACCAAATAGTTTGACCACGGTAATGACCAGCTCTAATGTTAACACCAGGGTGTGTCTTTCATACGCGGAAGGACACAGCACTGTTATTGGAAACTTTGTTTAATCATTCCTGAAGTACTGTGTATAAAGTAGCATACAAGTGCATAATATTATATGAGTTGTAGTGTACAAGTTTATCAGTGTGTGTAATTTTTATTTTATGTTTTAAAGATTTAAGTTCTATTACTAAAGTTTAAAGTGAAATCTGTATCTTGGATCATACACTCAGGGTGTTTGTGTAAAAATTACAGATTAATAAGTTAAGTTATAGTAAGCTTACAGGATTAAAGTTTGTTTATTGCTTAGATACTTCTTCATTTTATGTGATTTACTAGTATATGATGGAGCATTCTGTTATACTGTACATCAGTGCCTAAATAAACTATCGTGCCTTAAAATTATTCTCATTTTAAATTGTAGAATGATTTTCTAATAGAATATTTCAGGACATTGTACGTTTGGTATGCTTATGATAGACAAAAGGAACAAGTACTACTAACCATGATAATTTAAAAGCAAAATGTATATGCTTTTTGTTGGGACAGTGTCTATGGGTTCACCCAAAAATAATTATTATTTACCCACCCTCATGTCATTTCAAACCTGCATGACATTCTTCTGTAAAACACAAAATATGTGCTTAAGAATGTTGGTAACCAAACACTTTTGGTTGCCACTGGAAAAATACATTTCCCAAAATATTTTCTATCCCGAAGAAGGCTTTAAAGCTTTGAAATGACATGAGCGGAGTAAATAATGAGATTTTTTGTTGGGTGAACTGTCCCATTAAATATGCATGTCGATGTTTTGGAGTTAAAAGAGGTCCACGGTGTGGTTTTGCACTCCATCTGTCTTATCAGTTCAGTAAGTTTACTTGGTGATTAAAGAACAGTCAGAATAAATAATGTGTAAAATTGAATCATGGACCTCTTCTTATCTTCTAATAAAATATTTCAAGTGAGTCTACCAGCCACTGTTCTACTGGCGATGGCAGACTCTGAAAGGTTATTTTGTTTTTGAGAAATGGATTTTGTCACTAAATTTGGGGTCATGTCACTAGGGCTGGGTGATACAGCAGAAATGTAATCTCAATAATTATTTTTATATTGAATGATAATGATGTATATTTGGATATAAGTTGGTAAATCTTTCAGATTTATAAGATTACCCCAACAATGACTGAAGCCACAGAAATCAGAGGGTCCATTAAATAGCATAACATCTTTGGCCAAGAAATTTTCGGTGGTTGAAAATTTGATACATCTCGAATTTGATACATCTCGAATCTCTAAATCTCGGTGGCTGAAAATTTGGCATTTCTGCTGTGTGATTGGCTCTTGTATCAATATAAAGCAAAAATCATTGCTATTGGCATAAATGTTATCGCGATATATCAATATAATATCATTTATCGGCCCAGCCCTACATCTCAACCAGTTTGTTAGTAATAACTGCTAAGTTCTAGCTTTAATATGGTTTAAATAGGAGGATAGGGGCTTGCTTTAATAAGTGTTCGGTTCCCAAAAATGTACAGGGAACTCCTTCGTACTCATAATTGTTTATAGGATATAAATTTCCCCAGTTGTATGCAGTCAAGTTCAATACTTGAATTACATCTGTTAAACCAATTTTGCGAAGAAAAAAATAGGACCACTTTTTCTGTCACAGTCCTTCCAAAGGAAAGAACTATGTGGAGAGACACGGTGCTTGCAATATTCTTCCAAGCATTGCTTCCACAGTTTAAAATTAGCACATCCTCCTCCTTTCCTCAGTGGTTACCGCACTATACTTTGGGTTTTCAAATCCCAGTCAACGTCATTACAGGAAGAGACCGGGCTCCCTGTCCTTCCTAGTTACCTTTTACCTGCAGTAACGTACTCGGGTTGATGTTTGAAAAGTGTTACGTCATTGCTGGCACTCCCATTTCCGGGGTCTCTGCTTTGTGAGTGACTGCAGGCTGACTAAATGAGAAGCATAGCCTGCAATGTGTTCTGACTGACGAATCTATTCAGAAAAGGTCAGTAGCTTTCCTAATGCTTAAAACGCATCAAGTGTGATTTGGAGCATACAACTGATTGTGGATCAGTTGGCTGTGTGTGTACCAAAGTTCACCGAGCATTAGTTTGGAAGCAGGCCAGTGCTGATAGTGTTGCTCTTTACATTTCAGCGTTGTCCGAGTCAGCAAGACCCGTTGTGTGTGTGCTGAAATACTACTACAAATGCTATTATCAGGACTCTCACGTTGGTATGCGTATTAGGAAGGTGCTTTCCTACTCGAGACACCTGTATTGACTTTGTCTCAATGTCTCTCCTTATAAAGGCACATTATAGTCCGCTTATTGTTTTTCTTCCCATAATCCACATATTTGGAGCACAAGTCAGCAGCTGTTGTCTGAATTGCCTCCCACAAGCATTTGATGATCATATTTGACTGCCTGCCGCAGCTGCAGTCTGTTATACAGCATGATCTATTTACTTCTCTTTAATGTATTTGAACTGTGTCCTGTTATCTCGCTATAAGTGTTATCTCAGCCCAAGGTGTTTAGGGTTTGGATGCTTAGTGGCTTAGCTGTCTAATACCTCTGCCATCCTATTAAAAGGCTCAAATGATTAGGCACCTGGCAAATTCAATTACTCTGGCTCTTGTCTAACACTGACGTCCTACCTTTGTCAGTAATGAGAGTTGCAGAATCAAAAGACTGAATGATGCGTTGATGATGTCACAGCGGACACATTCTCTTTAGTCCCGCCAGAGCTTTTTTGGTGCAAGATGAATCACACTTTTTTTTATTTTTAAGTGTGAACTGGCATTTGACCAGATGAGATTTTTTCAATGGTACTAGGTTTTTGACGCATGCTGAGCTCTGCAGATATAGTGTACCTGTAGTCTTAAATCATGGTTTATGCAATTTGTGCCCAAGTTTCAGGGTGTTCTAGGTCAGGCCTATTTAGAGCGTTGTCCCACGACAGTTTTTCTCCTTAGAAGATGAGATCTCTCGCAGCTGGTAGCGTCCTGTGGAGGCCTATTTGTAACGCATGCAGGTTGTGTCCGAAACTCTGATATGTACATCATATGTAGGTTGCCGCACATCAAGGCCATGTTCAAATGCAGTGTTTATAGTGGATCCTATTGTCCTG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.735
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]