DreINT0056533 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000014439 | dgkza
Description
diacylglycerol kinase, zeta a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-111104-3]
Coordinates
chr7:38740129-38810436:+
Coord C1 exon
chr7:38740129-38740778
Coord A exon
chr7:38740779-38810327
Coord C2 exon
chr7:38810328-38810436
Length
69549 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
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3' ss Score
10.29
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAGGCTATTGCCAAGTCCGGTCTCCAGCACCTCTCATGCCAGCCCAGTGCTGCAGTGTTAGCCAAAGGGGAAACGGACAGAGAAATACGCAACACAGTAGACTGGAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000014439:ENSDART00000093009:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.742 A=NA C2=0.027
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]