DreINT0057249 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062154 | dip2ca
Description
DIP2 disco-interacting protein 2 homolog Ca (Drosophila) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-031118-39]
Coordinates
chr24:27128023-27137884:+
Coord C1 exon
chr24:27128023-27128193
Coord A exon
chr24:27128194-27137822
Coord C2 exon
chr24:27137823-27137884
Length
9629 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTAGT
5' ss Score
8.02
3' ss Seq
TTGATAATGTATGTTTATAGGGG
3' ss Score
5.97
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCCGTGGTCTTGACCTGTCCCGTGTTAGGACGTGTGTGGTTGTGGCTGAAGAGCGGCCACGGATCGCCCTCACCCAGTCCTTCTCCAAACTCTTCAAAGATCTTGGCCTTCACCCGCGAGCTGTCAGCACTTCCTTCGGCTGCAGAGTCAACCTGGCCATCTGCCTGCAG
Seq A exon
GTTAGTTACGTTTACCAGCAGATAATCTGCCGCTGACCACAAAACACCACGCAGAGCTTGATAATCTCAATCCCATCGTTGTTTTGGCAAGCATAGATTAGCACTCAGAGTTCACTGAGAGGATTTCGCTGTGCCTTTCATTTGAGTTGTAGAGGTCAAATCAGGTCAGCGCTAAATATAGTGAATAAGTAAACATAGATGGAGCACGTAATGTCTAAGATAGTATCAGTCAGGTGATATCCGGCTTTCCAAAGCTGCTGTTGATTATTGTTTAAGACATAACACTGGTATAAGCAGCTCTCTAGAATACTTGATTCTGATTGGTTAGTTTACATCACTGTGATCCAAAAAAGACTGTAAGAATAATGAATGAATAATGATTTAAAAATATTCCTGATAAATATTTACTGCTGTTCAAAAATGTTTGGTCTGTAGGATTAATAATTAATAAGAAATTTATAATGAATACTTTTTTAAAAGATTTTTATTCTAGATAAATATTTGAAAATGTATCGTCATTAAATATCTTTAAATAAAAATATGTCACAGTTCCCAGAGACATATAAAGCAACACAACTGTTTTCAGCACTGCTAATAAAAATATTAGGTAAATTGTTATAGTAATAGAATTTTTGGTGGATTGTCTGACACTTATGCCTTGAGTAATCATGCTAAAATCCAGCTTTTAATAAATATATGTATTCAAAAAAACATTTTTAGTAATATCAATGCTGTTTTTATTGATGCGTCTTTCTAGAATACTTGATTCTGATTGGTTGGTTTAGAATTCTGTGATGCGAAAAAGACTGCAAACGTGAATATTGAATGAATGATTCAGAAATATTCCTGATTAATTTTTACTACTCTATTAAATATTTACTTTACTAAAATATATAAATAAAAATATTTCACAGTTCCCAGAGAAATATAAAGCAACACAACTGTTTTTAGCAATTATTAAAAAAATATTAGGCAAACTGTTATATTAATAGACATTTTGGTGGATCATCTGACCCTTAAGACTAGAGTAATGATGCTAAAAATCCAGATTTTAATAAATATATAATTAAAATATATATTTTTCATAATATCAATGCTGTTTTTTTGAATAACTAAATGTATCCTTGGGGAGAAACTGAATGATAATCTATAAAATATAATCAAATAAATTACAGTCAGCTTTTCAAGTCTATATATTTATTTATTGATCTGGTAAGTACCTGGCTGTGCATTTAAATGAGATAATATACAGGGTCAGTGTCACATATCAAATCTTGTTATGAGACAAAAGAATGTTTTTACATTCAGAGTGGTAATGATTTCCACCCACCTGCTTTTCTGAAAGATTTTGGAGATTTTTTGTTACCAAGCAAAATCATCTCAACAGCACTTGATTAAACAGCAGGTGTTTCTATGGTTACAAACTAGAGATATTTTACATTAGGAGCCTAATGACCATTAAATCATAAGATTCTCTGAACAGCATCACGGTTTCTTTTTCATCTGGATTGTGGGATGTGCAGAAATGAGTCTTTGAGAAGCTTGGTGTTATCAGAGTAGTATAATCATTATAAAATATTGTTTATATCAATAGAAAAATTAAGAGACTACTTACTGCTTAGAAATTGTCTTTTTCTCTGGATTTACAGGATTTCTTAAGTGTGGATTAAAGTAAAATGTTATTTTTTTATTATTTTATAAAGGTCTGATAATTATATATTTAAACAATCATTTATTACAAAATGATCTTAATTAAAATATTCAATATTATTACAAAAATATCTTCCCTTTTTTGTCACTCTGCATGTTGTTTGTTTTATGGCCCCTTATGCATCTCATTTCCTCCTTTAGTTTTGTTTTATATTTCTTCCTTTTCTTGGTCACCTTCACTGTATTCCTCTCTCCTCGCTCTCTCCTTCACTCATCCGTCACCTGGCTGTTGTAGCCGCACAGGCTCGGGAAGCTTGCTGATCAGGTATGGAAGTCCAGAGGTTTGATTGGGATTCAGCTTTAGCTTCTTGACCCCTCGGCTGCTGCTGCTGGGCTCTTGATTCTTGCGGTGTGTGGCTTTTGCTAATGTAGTGGAAGGGACCGGCCGGATTCATCTAAATCAGTGTGACTAATTTATCAGACTAATGGCTGACCTGAAGGGCCGGTGGAAAGGCACCCTCGGGTTGATCTCACCTCAGAGCTGGTGTTGGCAAAGGTTATTTTGACCAAGGTGGATCTCTATGGAGTCTGTTCAGGGCTTTATATACTTGCAATATAAAATACTATTTTCATTCATAATTTTTTTTTTCTTCAGCTTAGTCCCTTATTTATCAGGGGTCGCCGCTGCGGAATGAATCGCCAACTATTCCAGCATTTTTTTACACAGCGGATGCCCTTCCTGCTGCAACCCAATATTGGGAAACACCCATGCACTCTTGCAGTCTTGGAACTGAACACACACAGAAATGCTGACCCAGTTGGGACTCAAACCAGTGACCCTGCTGTGAGGCGACAGTGCTAACCACTGAGCCATCGTGCCACCCAAAGTACCATTTTGCTAACAAAACATAAAGTACTGAGCAAAAAATGATAGTATTTCATAGTATTTTTTTCATGTGGGCTATGTGACATGATTTTGGTGCAGTTAATGCTCGTAGCTGTTACACGCGTTAATCAGAACATTATGCAGCGAACCTTTTCTCGAAAATGAGAACGTCCTTCCCACGTGATTCCGGGTGATAACGTCACTTAATTGGAGGCAGGCCCAGACCTGTCGAACACGCCCCAGTTCCTTTGACTCTGCCCCCTCATAAAATCAGGGCCAGAAAGTGAAACGTGCAGAAATTAGTGATGAGACGTTCGAATAATTTTACTGACTCAGACCTTTGAGTCTCGTTTATCAAGATGAACAAATCTTTTTTTGAGTCATTTAGTTCAATTTGCCAAAATAACAATAAAACGTTACGAGATGCTTCCAAAAACATCTACAACTACACCAAACGTTAATCACACAAGATACAAGTCATAACTAGAATGCTACTATGCTATGCTACTAAGAAAGATAAATTAATTCTTCATTGTTTACCTGTTGTTTTATTTGTGATTGCTCTGCTCACCTTTTCTGGGATGTCTTCAAATTTGAGTCGTTCGTTCAGGTGACACTGACAGTCCCTTATAACCTTAACCAATGCGTACAGTCTGAGCTGGAAACACTCATAATTAGTTTACCTTTTGAGTCTTCTGGTATTTGAGTCATTCGTTCATCACATGACAGCATGTAAAGAGATGACTCAAACCCGAGGACTCGAGAAATGAATGGATCAAATCTTTTTTCAGCTTCTACTGTATATGATTGGCTTCTGTCTTTCGTCTGATGAATGAACGACTCAAACCTGATAGAAGACTCATAAAAATTAACTAATCTTCACCTGTACAACGTGCACATGTGCGAATGAACGAATCATTCTCTGAGAGGACTCGCTGTTCTTGAGTCATATAAAAGATTCGTTCAGAAAGAATGACCTATCACTAGCAGAAATGTGCGAAGTGAAAACAGTATCGCAAACTCACTGTTGCCTGAAAAGCTTGAGAAGTTTTGTAAAGGCAGTGGTGGAAAAAAATATTTTCCATATATATTTTGCACTACCTGATTTTTATTTGCAGTTCTTTTTATCTCTCAAAACATTTGCGATTTTTTTTTTTTGACAGTTTTTTGCTCAATACTTTATTTTTCATTTGCAAAGCTTTATTTTATGTAGCAAGTAAATAAGGCTCTGGATTGACTCCATTGTTCTCAGGTTTTATAAACAAAATGGCACCAGCAAGAGAAAAAAGGAAACCATTTTCAAATGCTCAGACGTGCCCAAGGTTCCTGTTTATGATATTTTGTAGTGTGAAACATTAAAATTCTGACTTCAACTGTATGTTGCATTTATTTATTTAATATAATTGCAGACATTACAGTAGGCTATTTCGCATTGTCATTGATCTGCAGTTATAATCAAATCATGTCCATAGAAAAGTTAGTAATGAACATTTACAGTATACGCAAGTACTAATGTGCATCTGTTTTGTGAGAAGTGCTTCTTCTGCAATATATGAACGACCAGTACAGCTTTACTTTGAAATTTCCTTGAGCGGGAATAACATCGACTAAAACTTTCTGTTGTAAGGCTACCCTTGGTACCCTTTTGGCAGTGGAAACGCAAGCCTGATAAGGGTGACCCATACCGACCTATACTGTACCAGTCTGTTGAAACTAGCCTTATGTAACTTGTGTTACTTGTAATGCGTTCCCCCAGCACTGGTTATAATATTGGCGTATGCTGTTAAAATTTACATTAAAAAACATAATTTACCTACAGTTTCTTGCTACTGGCAACAGTTATTCTGATTGATTCAAATTATTTGATATAATAGTCAACACATATGAAGTTCAAAAGGTAAATTACTTTCACTTCTCTTATTATGGTAAAAAAACAACAACAGACAATCAATTTCAGGGATCACATATTACCTCTAAACGAAAAGTACATTTTGAGCCTGGTACCACCTAATGCGCTGACAACAGTACTCAGATAGGTGAGATCAACCGTCCCGAACTTCCACTGGGTCAAGAAGAGCTGTGTGTTTGTGTGCAGCTGCAGTCATTAGTAGTGTTCCTGTAGTGTAGAGCACTAGAATCACAGCCATTAGCAGGAATGGTGCTTCCCCTCCCTCAAACGCCACATTGTTTTACAGTGACATCACAAACACAAGAGCCTTTGTTTGGAACATGAAATATCTCAGACTCCAGCGCGTGAGTCAGTGATCTGAAATGCGTCGCCTGTTCTTCAGACGTAGAGAGACCTCTGCTGGCCTGGTTATGTCATGGGCTAAATCATGCACTTGCTGATATTTATTTCCCCGGTCAGATGGAGTTGGGGCGTCTGAGCGCATCATAATGAACAGTCATGGAAAATAATTGCATTCGTTTTATCGGAATGATGAGTGTTCGTTTGTTGCTCGCG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Seq C2 exon
GGGACGTCAGGACCTGACCCGACTACTGTATATGTGGACATGAGAGCCCTCAGACATGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062154:ENSDART00000137212:31
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.079
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=FE(11.5=100)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(4.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]