DreINT0058240 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000000606 | dnah7l
Description
dynein, axonemal, heavy polypeptide 7 like [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030616-623]
Coordinates
chr1:21412553-21422783:+
Coord C1 exon
chr1:21412553-21412788
Coord A exon
chr1:21412789-21422521
Coord C2 exon
chr1:21422522-21422783
Length
9733 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTGAGT
5' ss Score
9.1
3' ss Seq
CTTTGTATTTCTCAAACTAGGAC
3' ss Score
9.34
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCGTAGGGTTGTGAAAGAGGATGAAGCTTTGGCTAAGGTAAAGGCAGAAGAGACTCAAGCCATTGCAGATGATGCACAGCGTGACTTGGATGAGGCTCTGCCTGCACTCGACAGCGCCAATAAGGCCCTCAATGCCCTTGACAAAGCTGACATTTCAGAAATGCGCGTCTTTACCAAACCACCAGACCTCGTGATGACTGTGATGGAAGCTGTGTGCATCCTGCTCAGCAACAA
Seq A exon
GTGAGTATTATCTTTGTTATATTATAATTGCAGTGCCACCCAGAAATGACTCCAGAATCCTATTTTTCATTATATGACTGAAAGAATGTTTTATTCCGCAGAATTAAAACATCAATAATGCCCCTCTCAAAATGTTATTAAAGATCCTATAAAGGACTTTGAAATGTGGATGTTTTACGTAATCTCAAATGAACAATTTAGAGAGGGTAGGACAAAGTGTAGCTCCTCCCTTTAAAAAAAAAAAAGACAATAGCATTTTGTTTTTTATCACAGTTCTGCCAGTGAAAGTGGTTGAGATAAAGCGCATCAAATGAAGAGCAAATGAGAAGTGTCTTGAAGATACTAGAGAGCATTTGATTAGTCAAGAGGTGACGGCGGAAATTTACATTCTACAAACATTATATGTTTATATCAGTTTTTATTTTGTAAACGTGAATTTTTTCACTGTTTTGTAGCACACTAGCTTATAGATATCCTTAAAACTAACAGACTGAAACTAACCTTAAAACTAACAGACTTTTAAAGGGATAGCTCACACAAAATTTTATATTGAGTCATGTGGTAAATGTTTTTGATGTGTTTATCTCAACAGCAAATTATTGCATTGAAACAATGCCTATAAACAATTAACAAACTTGTAATTGTATGGTTGAAAATTTCCAGAACAGTCACAGTTAACAGATGAACTGTCATTATGAGATAAATATTTAACTCTGTAACATGAAATTAGCTCATTTTATGAATATTAATAATCAACAATAACGGTTTGTTCTTAATTATTAATATTCCGGCTTAAGCTTCAGTCAGTTTGGTCAAACAAACATATGATTGTAGCTATATGATCATGCTCGCGCGACCGAGCGGATTACCAGATTATGAATATTAATTATCAACAATAACGAATTATTATTAACCATAAATATTCCGGGTCAATTTATTGTTAATTTGACCAAACGAACACAAGCAGAGCCGCTGCTCTTCCGAGCGGACATGGTAATCTTTTCATTTAGAAATAGGGAATTTAATTGCTACTTCTTGTGAAGTAGATTAATCATTCAAAAGTTTTAAACAACTTATAATAGCTAGGCAGGGGAATCTGTATTTCAGTGACATTTTCTCGTGAGGCAAACAATACAATTCATTTTATTATAATGGAATTTATTGACTAGTCAGACGTAACAAACAAACGCACAAACATACATTAAACACAAAACAAAGGTAAACCACGTGGAGATATCGGGTCTATAGAACGTGTAACAGCAAAGAGAAATAGTAAAGCTAGGAAAGATAGATTTCAGATAAAAGAGTGACAAAACTTTCAGTTCTACACGCACCATTAAGGACCACCAAGGTTATAAAACACACCTTTTTGATAAAAGGGGCACAGCTTAATCGCATGACTAAAATCACCTGGTCTTTCATGTCTGGAGGTCTCTCTTATGCGTCTCTCTTCCGTCGTGATTAAAACTACTCTTGATGTCCTTTGATGCGTGGAGTTTGTAATGCAGTTCGGACAAACACGATCGCAAACTTTAGACTGAATTTACTTTGCCGGAAAATAAAGAAAGCGTGGCGGGAAAAAGTCCATGCGGCTTAGAAAGCAACGTGTGGCCCGAGGGCCACCGTCAATGATGTTCCTTTTTAGGACGTTCTCTTTCTGACCAGATGTTTGGGGGGAAGTGTGCTTATACCTGCGGGTCACGTGACAACCCGTATAGCATTCTGACCAATGATTTCAGGGGAAAGTTTGCGCGCGAACCCTTTCTTTGTCTCGAGGCTCCTCGTATGCAAATTTGAGTGTCCGCCCAAAGCATGCGGACAGGCATTTAATACAGGGGATTAAAGAATAAAGCAATGCTAGTTATGATCTTGCTCTATGCATCATGTGCTGTAAAATGTCAGCAGAAACCCATCGGTACCAAACATGGGGGTTTTAAAAGTACATCGACATAATTTTTCACATCCTCATAATATTTATGCTACAAAAAGGCCTAAAAGGCACAGGCATACAGGTTATAAGAGAGGTTACACAGGTAAGAAAACTCAGAAATGAGGTACAAAGTTTACAAAACATAACACTTTAGTTTTGTGCTGTTTCAGGATTTCTGAGTGCATTTTCTTTCTGTCAGAACAGCCTCGTGGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTGGGCAGGAATGTCTTTGAAGTTTTCCTGCTTATCTCTCCAGTCCCCCTAAACAACTTAAGCTGTCACGAAAATCCAGACTTCTTGGAGCCAGGAGTCGTAAAACCTTCTGTCGACCAAAACCAGACCGTGATAAAATCCATAAGAAATTTTATCTGTGGACTGTACACTACAACTCCATACTATAGCTATTATTTGATTTGCAGTTTTAAGGGCATTATCTTTTATATTTTATTAATCTCTATTCACCAAAAGCTGCATGTTTTTTTTTTTCCTGTGCAAAGTGAATTATTTGTTATTAGAGTTTTCTGAATGTACAGTCCTCCTCAGGAATGTTCTTAAGTAATACCTTGATTTTCAGTTTGTTTTTTACCAAAACTTACCATAAATGCTCAAAACACTTGCACTATAGGCATTATTATTTGATAATTGTTCATCATTGTACGTCAAAAAAATACATTATACTTGTTACACAAGCATTATATATAAATAGACACATATTATTCCTGCTCCCAAAATATCATTATCACTAGTCCATGTTGACAACCTCACTGTGTTTTTGTGAAATGTATGATATTGGTCATTGATGAATGATCAGTTGAGCCATGTTCAAATGCATTGTAAATATCTATAAATGTCACGGTTTGTGTAGGGAAAAGGAGCGAGGACTCAGGTGCAGCAAATAATGGGTATTTATTAATAAAAATAAAAGGCAAATAAAAGGGGGAAAACATTAACAAAACACACAAACAAACTTCACTGGGCAGACTGGTAGGGATCAGGGCTGGACAGACAGACAGGGCTACAAACGACTGGCACAGGACAGCAGACATGAGGAGAATATAAGCAGAAATAAGTTAACAAGCAAACAGATGAACGTAATGAACTAATAATGGGTTAAGAAGGAGGGTGGGACTAGATAATAGACCGGGGATCACATGACACAAAGAGACAACACAAGCCATGCGCTCACATAAAACGAGACTAGAACACGCAGAGAACTCATTAACCGCGTGTTCATGACAACACAAGCACGCAGTATATGTAAACATGTAAACATGCACCACTTGTTAAACACAACACAAACAGAAGACTGAACGTGAGACACGAGTACACGATGAATGAAAACACTCACAGACAGACGAACGTGAACACCCAGATGAGAGCGCGCAATTGCAAACACGCACAGATCTCACACGCCCACATCAAGAGGGAACGTGCACGGTCTAAGCGTGTTCACAAATGGCGCTCAGAGACACACACAATGACAGAAACAGGACAAGACAGAGCTAGTGTCTGGACCCTGTTACCAAAACAAGAATTTACAAGACCAGGATGGCAGAACCCTAACAATAGAGACATATACCTGTGATTACATTAATATTATAATAATTATAATACCTACTGCGCCACTGCTTCGGCCTTTGTCATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATATTCCTCTTTGTTTGTTAATTTTTTCATACATTGAATATTTTCTTTTTGGTATAGACAAGATCTTCTTTAAACAAGTGAGTGTACAGGATTTTAAACATATTTATCTGTAAAATTAGCAGTTCTGCAGGGCCAAAACATTTTAATGATGCTTTAATTACTTACATGCAGATTAAACCCCTGTTGCTCCAGGGAAACTGTGCAGAATCACAGCTAATCCAAGAGGATGTGGCTGTGATCAGACACCTGTCCTGTGTTTGCCTGCAAGGGTTGCAGAGAGAAAACAAAAAACCCTTCACGGCCACCACATTAAGCCTGCAATAGATTATTTGACATGTACAACAGTCCAGTGTGTCTGGTATTTTGGCTAAAGTGTAATGTTCCCAGAGGGATGTGAGAATTCTATAATCTATAGACTACATTATGCATTTGTTTATTTGTTTATGAGGAGCAGATTAATTTTTTAAACAATGCTTGATTGTGTTTTTTTAAGCGTCAGGTAGAAACACTAAGAAGGACCTAATACCACTGACTCTTCATTCCACTCATAGTTGTTGTGTGGTGAGTGGATAAAATAGGTAGAGTATGGTAAGGATACCCCCTCATATGATTGTAAAGTGCTTTAGACATTTAGGAATGCAATGCACATTAAAGAGTTAGTTCATCCAAAAAATATTTTATTAATTACTCACCCTTATGTCATTTCAGTCCCCTGAAATGCAATTCATTCATCAATGGAGCACAAATTAAGATAATTTATATGACATTTGAGAGCTCCCTCATCCTCCATAGACATGAATGGTGCCAATACATTCAAAGTATAGAAAAGGAACCTAAAAACATTGCCAAAACATTCCATGTCACTTAAGTGGCTCTATGGATAATGTTGTGTTCCAAAACTTAAATAACTTTTCAACTAGTCCTTTTTGTGTGCAAATTATGCAGTAATTATTGTGGGGGTCTACTTTTTTGTAGATTGTATAATACAGTACATGCCTTCATTAAGCCAAATGTATATATTGATTTCAACTATCTCATTTATCAATCAATCTTATTATGGATATTAATTGGATTTTGACATACAGGAACCTGTGATGGGCTATTTCAACAAACAGTGAGCAAAGCCGATCTGTCTTTGATATAATACGGTAAATTTAGCAGAACAGGGACAAGCTCGCATAGCTGCACCAATAAACTTACTGTTTACTCTAACTTTTATGCGCAAGCATGTCTAATAAAATATACAGTATAGTTTAATTTGACTTTAGACTGTCAATACAAAAACCTAATTTACAAAGAAAAAAGCCTTTTTTTAACCCTTATACTGTAGCAGGGGTCAC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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000000606:ENSDART00000141317:53
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.051 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127772=MT=FE(23.3=100)
A:
NA
C2:
PF127772=MT=FE(26.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]