DreINT0059473 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000063032 | dok6
Description
docking protein 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070410-50]
Coordinates
chr24:14925204-14962911:+
Coord C1 exon
chr24:14925204-14925312
Coord A exon
chr24:14925313-14962605
Coord C2 exon
chr24:14962606-14962911
Length
37293 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
ATCTTTCTGGCTCTTTCAAGGTA
3' ss Score
9.4
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTACGAGTTTGACTATGACGCTCATCCCACGAGCGCAGACGTTTCAGAGCTTCCTCTCCGAGCGGACGGAGGACGAGCAGCAGAATCGGGATCAGGCGACAGCGGCCTCTGGCGGACACGGTCGGGACTGCAGCTCCTCGCCGCTCCGCTGACGTAACTACTCCTTGACAAACAAAACGAACGAAAAAAAGCCACGATTCCCGGACATTCCAAAGCTTTAGGAAGCTCTTAGACACATGTACAGTTATGAACTCTCTCTATAAATGTATGTATATGTATGACCTAATAAATATTTGTAGAACAGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000063032:ENSDART00000148102:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.230 A=NA C2=0.690
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]