DreINT0060130 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000098057 | dscaml1
Description
Down syndrome cell adhesion molecule like 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110601-1]
Coordinates
chr15:12174242-12179176:-
Coord C1 exon
chr15:12179000-12179176
Coord A exon
chr15:12174356-12178999
Coord C2 exon
chr15:12174242-12174355
Length
4644 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTATGT
5' ss Score
6.93
3' ss Seq
TGTACTATATTTTCATGCAGTTC
3' ss Score
6.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATAGGAAACCCCCAGCAGTACCATCCGGTTCCACTGACAGGTCGTATTCAAATCCTATCCAATGGTTCTCTGCTGATCCGCCATGTTCTAGAAGAAGATCGGGGATACTACTTGTGTCAGGCCAGCAATGGAGTGGGATCAGACATCAGCAAAAGCATGATGCTTACTGTTAAAA
Seq A exon
GTATGTATGACCTCTCATGTCTGTCTTTACACACTATCTACTATTTTTTAATGCAAAGCTCAAAACACACAATGATTATGTTTATGATAACACAATGATTATGTTTGTCATGGTGTCAGATGTGTCTGTGTCTGTATCTGTGTGTCAAAGACAGGAAGTGTCATACACGTTGCATCCCAATGAATCATTGCTTGTCATCTTTATCTATGTGCTTATTATTATGACGAGGCAGAACTGGCATCCTTCTTTCAGAAATTAGAGTGTAATCAATGAATCAATGGCTACAAACACAATACACTTTGTGCAAGCTATCTTTTCTACACAAAGTCCCTAACAAGAAGGTATACCTTAAACGAAATTGTAATCTAAACTGAAATTATTCAATTTCAAACAACATTCACCCAAAACAAAGTTCACTTTAAGTTTATGGAGTTCAAAACAGCTCACCGAAGTAACCTTGTGGGAGAGTTAATTTTAGCCTTTAAACACCTTTGAGCTATCATTGGTCTGTGGCGATTATGCAATCGGTGGGTGTTTTTTTCCTAATATTTTTTCATTCAACATGAGTCCAACATACAAACCAACAACACTAGCCATATGAATACACTGGAGATTAGCGAAGCTGGTAAAGATGTATCCGCACCTGTATGATCAAGCCTGCTTTGTTGCGGCACATCTTTTCTTTGAGTGCATTCGCAGTGCTATCCGCTGTCTGTCCATGACAAATAGAAAACAATCTAAAGATGTGGTGTGCCACATTGGCGCTTCTCGTGATGTAGCTTGTCTGTCAGTTGTTTATTAAATGGTTCTTCTCAAACAGCCTTTATTGTTGTGTTTTGGGGAAAACGCAGGCAGCTTAAAACATTTACAACACTGCCTCCTGCAGTGCAGGTTTGTTAAGAGTGTTCGAAAACAGTTTACTGTCACTCAGTCTTTTCAAAATTATTTTTGCCCACAAACGAAGAACAAAAAAAAAAGAACTTTGAAGCATACCAGGACTTTTAAGACATGAGTACTGATGTCACAGCTTCACAAACCTGTATAAATCCACTGTATAAATCCATCTGGTGCTGACCAGTACCATTTTCTTGTTTAACCATGTTTGATAGCTCTATAATGAGGAGCTCCAGTGCTCCAATTGGTTGACATCATTAATGGGATAAAAACCAGATCAATTTTGGTCCCCTGTGACATGCTATTCAAAATAAAACAATTCTTATGTCCACTTACATTTACAGATCACCAGCACACCCTCCATCAAACAGATCATGCCAAAAGCATGCTGATAATGTGTTGAATGAACCCCACTTAATGATGCATCTTAGCCATCAGGGAAACCCAATTTATGGTTGTGCAACACTCTTCATGGACAGATGCTAATGGTCATGCAAACAGTAATGTCCATATGAGACAAGCAACATGTCCAACTCAAGTATATTCTACTGTGGCCACTCACATTTTCAGTTGCCTTAGTTGGTGATTTTCACCAATGTAAAAGTAATAATAGACAAAAAAGATGTGCACTTTTAAGTATATTAGGAAACTAACTGATCATAGCATTGTGAAAATGTAAATTAACCCAGCAATGCACTAATTAAAACATTTTGGCTGATGCTGATAACTTTATAACTATATAACTTTATATTTGGAAACCGATAACCAGGTTGATAAATATAATTAACAGGTTGATAAATAAAATAAAAAAATTCTGCCTAAGTGCAAAAACAAAAGGCTGGTTGATCACAGTGAATAAACTGGCAATTAAAGTAGCCTACTTTAATTTTATGGTAAAAAATAAAAATGTAAAAATTTCCCACACTTTTGTCATTTTCTTTCCTCTAGCAGTCTGCTGAGAGTGACATGTCAAATCATGCAAATGGCACCAATCAAAACCCCCATCACCAACAACACATACCTAAAGAAGTTAAACTGATATAACAACAACTTACTGACAGGATGAGGATTTTTTTAAGAATCTTTTAAGATAAAATAGGTATTTACTGGCTGATATCCTATCCCAAAATCAAACCAAAATCTATTGTGCAATAAAAACTATCGAGTCATTGTCAATAATCGTAAGCAAAATATCAATTCTGGTTAAGCTTATAGCACTCAGATTTTTATTACAGGAACTCTGTCACTTTCTATGCTAATCTCTATAGTAATGCTTTAGAACCCTGCAACTCCAAGGTCATATAAAGAGTTAATATGCAAAAGACATAACTTTGTTTTTATTAATTTTCATATTTTTACAGTAAATTCTTCAATGCATGATAACAAAACATTTTTATGCATAAATACTTAGTGCGAATAAGCTTTTCATATTTTCAAGGTCTTGGTAATAATTATTGTTTAGCTTTAAATTAGCAGTATTTTTCACTACTGCGTAATATATATGTATTTTTTAAATAATTGTATTCATTCCGTCCACCATCTTGAATAAAAATTTAAAGACTGTCTTATTCTTAAAGGATACATATTGCTTTATCGTGTGTTTGAGGTCTTTGTTTAAGACTGTCCCTCAGATGGGCTTTCACGTCTCATGAGTGATGCCTGCGGGAAAGGTTCGAGATGCTTGAGTGGACACACAACACACCACCTCTAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGCGCACACACACACACACGTACATCTGCACCTGTCACACTATGTCACTCAAACTAATGACCCAGCTTATGATATATCAGTCACACTGAGGCAAGAAATAAAAACGCTTTGATTTTTTTATATAGTAGATAGAATTGCCAGGAGTTACTCTGTGGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGGATGTCTTTCAGTAGAACAACTGTAAAAATACCAGATTCAGAAATGTGGCCAGCTCATTTAGATTAATAGAACATTAGAACGGAATCCGTAAGGCCATCTCATGACTGATGGTTCGATTGGACACACAATCTGTTTGTCCACATCCATACTATTGATCTCTCACATAATGTAGAGTGCAGAAAACTCCTGTCCACGCAACACTGCCCTAGGCTTGAGTTACAGTCCAGACCACATTTAAACAAACCTCATCCACCGGTGTATTCATTAACTCTCAGCCAGAACGTACCCAAGTGAATCTTATAATCTTACCAAGATGTGTGCGGCTCGTATTTCACATTCATATTAAATAAATAAGAGCATATCATTTATATAAAGAGCACAGAGAGGTTTTAATAGCTGTAAACAAATGAATGCCACTTAATGTACCACAAGCATTATTGCTAATAGAATGATATCCAAATAATAGATTTATTGAAATTTAATTTAAATTGAACTAAATACTTCCAATATGCATGCTTAGAACTGTACTTTACAAATGCAAAAATGTAACAATTTTAATTTGAGTTTTTGTTATAATTAAAGTCTAGGCTGTCTATTCACATATTACATTATTATTATTATTATTAGTAGTAGTAGTAGTACTAGTAGTAGTAGTAGTATTAATAATATATTAATAAAAAATATGTATTTACTTATTTATTATTATTATTATTATTATTACTATTATTATTACAACTAATAATATTATATATATATATATATATATATATATAATTATAATTTTAATTGTATTATATTTTTATAATTTTATTATAATAATATTATAATTAATAATAATAATACTACTACTAATAATAATAATAATAATAATAATAACAATAATAATAGTAATATTAATAATAATAATATTCTTAACAATAATAGCAATTGTTAATAATATTATTATTACTATTATAATAATATTATTATTATTATTATTATTATTAATGTGTTAAAATGTGTTGCTATTATTAAATATAAATATTATTATCAATAATTTTTGTTTTTGTTAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTAGGATTGAATAATAAAGGATTGACAATCCTTTAAATAAATGCAAAAATACATTTAGTTAATGTGAATGTATTCATTAATTTTGTGTGTTATTATTCAAAGAGATAACAAAATTATTGTTTTTAAGTTTTAAGTATTCATATAATGCTGGTAGATACCAAACTGTAATTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGATTCAGTGTTGGTGTTATTGATTGAATCGTTCCTCTGTTCTGCCTCCCCCAATTCTATCCGTTTCACTCGTTGGAATGAATAAGTGATGAAAACAAAACAGCGGAACCCTCCTCAGATCGATATTTTGTATGTGTGTGTGTTTGAGTAACTCAGGGGGGATGAGCGAGAGACTGTGAAAAAGTGATTGAGGAGTTGGAGGGAGATAATCTCCAACGATAACTGCCCCGTGTCACAAGAAAGCCAAGCATCGGGTTAAAGTCAGAATGACCCCTTCAAAAAATGAAATTCCTCTCACATGTATTTACCTCTTGTACTATATTTTCATGCAG
Seq C2 exon
TTCCAGCTATGATCACATCGCATCCTAACACCACCATGGCCATAAAGGGACAGAACAAGGAGTTAAACTGCACTGCCCGGGGTGAATACCCTATCATCATCCGCTGGGAGCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000098057:ENSDART00000165159:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.231
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0767911=I-set=PD(59.4=95.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]