DreINT0069103 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000004372 | fmnl3
Description
formin-like 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-1571]
Coordinates
chr23:25516105-25522331:+
Coord C1 exon
chr23:25516105-25516238
Coord A exon
chr23:25516239-25520100
Coord C2 exon
chr23:25520101-25522331
Length
3862 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTTGTC
5' ss Score
-1.28
3' ss Seq
CTGCGTTCCCCTGCTCATAGATC
3' ss Score
8.61
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCTGAAGAGTGTGCCCTTCACAGCCCGCACGGCCAAACGGGGCTCGCGCTTCTTCTGCGATGCCAACCTCTTCGACGAGTCCATCTGCTAGCCCTCCCCCCCAAACCCCCCAAAACTGACCCTAATGCCGCAG
Seq A exon
GTTGTCCCGTTCTTATACCAATCGCAAACTGCATGCATACAACCACTCGCATGAGCCTCTCCGGTTACCCACAACTCTCTACTAACCTGAGCACAACACTAGGGTAGAAGGAAACCCAAACCTCTGGCTGTTCAGGGATCTGAAACATGGACTGGCCAAATCTTTCATGGGGGAATTATGACAAATAGACTTAAACAAAACTAACATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAATAATGAAATGAAATGAAACAAAATGAAATGAAATTACTAAAATAACATTAAATACAATTAAATAAAAGTAAAAAATTGTATTAATTGCCCCAGTGTTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCACTGCGTAAAACAAATGCTGGATAAGTTGGCAGTTCATTCTGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAAGGGACCAAACCAAAAAGAAAATGAATGAATGAATGAAATTAAATCAAATTAATTTCTATTTGTCTTTTTGTCCAGAAAGATTTGGCCTGTAAAACAGTCCTTGTAATGTTTCACTTGGTTTGTCATCTGCTAACTCTCATCTTTTCTCCCATAACTTTCTGTTTTACCTTTCTAGCACAAAAGGGGATCCGTCTGAGTAAATTTGAGCACAAAATTATTGGAGGGTAAGAAAGGCATCATGGAGCTTCATTTCGCTTCGCTCCTGTCTGCCTTTTTACCGTCGGCTCGATGGCTTTAGCAGTGTTATGTTTTGCAAAATGCTACATTGCTAAAGCTTATGCGGCCAAATAGTCTTGAACTGAATATTGCTGTTTTTTTTTTGTTTTGTTCTTTTGCACAGTTTATGATATAACCCTAATTCTGAATAAGGTAGACTTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGTAAAATCTAGAATCTGTGATTTTTTTAATTATCTTCAAACTGAAATGAACTACACTGTAAAAAAATAACAGTTAATTGACAGGTTCCACATTTTGTGACACACAGGTGTTTTCCGTTTATTTCCGTTTATAAATTATGGGACCTTGATCTCGGCTCTGTCGGCTTTTCATGTTTACTCCTTACTTCTGTGCATAAGGAAACGGTGGAAACTCACTCTACTAAAGACATACATTAGCCTCGTATTTATTTATTTGTTTGTTAAGAGCAAAGATTTGTTTTAAAACTCGCTCTAAATTCAGGCGGTGCTCAGGCCTTATTGCGCTTCATACACTTATTGAGTATATGATTGGGCCCCAAAAGTAGTTGGAAGAAAGGTTAAGGCCTCACAATCATATTATAAGCATGAATAATAATAATTATTATAATAACAATAAAACATTTTTAATTTGCGGATATTTGTTGTGTAAAAAAAGTTCAAAGAAAAGAGTTCTAAGGTAATTGTATTCTGTAAAAATAAACAAACATCAATTTCTTCACATTTCGATGGCTGCAGAAAAAAATGGGTCAGTGGAATGTTTAACACAATGTTCCTTTCTATAGCAATTTTTAATAGTTTGGGAACTGGGGATGCAGAAATGAAAAATAATTAACCAACCATATTCTTGATTTTACTGTATTACAAAAAATGTCAACTTTTTTGGAATTAGGGTTGTATTTTATGACATGTAGTTTACGGTGTTGAATAAATATAATATAATTTATCCTTAAACCTTTTTGATTGCACCTAATTGTAGAGATAGTATTGCAAAATACAAAATATTTTTGCAATGAAAACATTGGTTGTTACACAACTTTAGTCACTATTTGAAGTCGATCAAAACCATTTATCAAAGTCGTCCTTAAACTATTGAACAACACCCATTCTTGTCTTGGGACATTTTAGAAAAAAACTTGTTGATCCACTACAAATGTTAATTACAGTATTATTTAGCTAGCATCTATTCCTAGGTCTTAGGAGAGTATCCTTGAATGAAGACTGTTTTATTTCTTGTCATGTTTGTTGCATGTAAAGCTGTGTTTGTCTGCTGTTTGTCTGGCTAACATGTTCATGTCGGTTGTCACATGCATGCAAATCTGTGTTTTCTTCAGCAAGATCTACATGGAAAGCTCATATAGTGTTTCATCATGCACTCAAAGCCTTACTGAACACTCAGTCTAGCAGTTCATGTGTGTTTGTGGTGTGTTAAATGGTCTTTCTGCAGTCAGTGCATTTTGTCGTGTGTCTGTTCATGTTTTACTGTGTATTCTTTATAGGATCAGGCCATCAGATGTCTATACTTGAACAGTGGTTGCTAACCATGACGTATTTTGGAAAAAAGCAAATGATAAAATTGGCTAAACAACTAGAAAATATATTCAGTATTATTGGCATTATCTTGAAACAAAGTTAGAAAGTCAAATTCATTATTTGTAAAGTTGCCAAGGTCAATTTAAGATTCATTCTGAAATGATTACATTTTTAATAATATTTATTTATTTATAAATAGTATAATTATTTTAAATTGTTGACACTCCTAGTTTCTAAAAAAAGGTTGATAACCAGTGTATTAGGAACTGCATATTTTTAAACATGAATGGTTCACCCAAACATATCTTTTGAAATGCGAATGATTTTATTTCTGTCATGTAACATGAATGGACATGTTTTGTAGAATGACCAAGCTGCTGTTTAACATGTTCGCATTTGGTTCGTCCCAATTTCTGTTTAACGGAGAGCAGATTGTTTCAACACATTTCTAAACATAATAGTTTAAATAACTCATTTCTAATAACTGATTTATTTTATTTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTAACTAGATATTTTTCAAGACACTTCTATACTGCCTAAAGTAATATTTAAGGCTTAAGTAGGTTGTATAGGGAACTAGGCAGGTTAGGGAACTAGGCAGGTTAGGGAAATTAGGCAAGTTATTAAGAGGTTAATAATTTTGACCTTAAAATGGTTTTTAAAAAATTAAAACCTGCTTTTATTCTAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTCTGTAGAAGAAAAAAATATTATCAGACATACTGTGAAAATGTCCTTGCTCTGTTAAACATCATTTGGCAAATATTCAAAAAAGAAAGAAAATTTAAAGGGGAGCTAATAGTTCTGACCAACTGTGTGTAGTGAATATGAATTTAAGAAATTCGTTATAATTATTTTGTAATGCATTTTTTACAACTATAATGCTTAAAATATATTATATGTTATTATGTAATTTTATTTTTATATCATTAATTTAAACTATTATATATTTACATTTAATTACAATTAAATTCAATTTAATTAAAGGGACAGTGCACCTAATAAAAAAGAAAATTTGCTAGTAAATTACTCACCCAAGACATACACTAGGTGACATTTTACTGTCACTAGGTGACAGTAGATCATTAAAGAATTTCCTTAAAAATTTATTATATATTAAAAAACAAAAAAACACTGACTGTTTGGCCAGAGGGTGAGTAAATCAACAGCATTTTTTTTTCATTTTTGTAACCATACCTTCATGTGCACTATGTCTGTATCTTATTCACTTGTTTTCTTTGTTAAAAATTGGATTTAACTTTTTTTTTTGCTGTCAGCATTGTGCTGAAAACCATGACATAAGGCCAGTTAAATGACATTCATTTTGGGTGAACTGTTCTTTTTTTAAGTTCTGAGAACGTACAAAGTAAAGCAACCTTTGTTTTCTTTAAGAAATGATTGTTATTTGCAGTCAAGTGAAGTGCTGAGTGACCCCTGCGGCCCTGAGTGTCTCCTGATCTAACTCTTAACTCTCTGCGTTCCCCTGCTCATAG
Seq C2 exon
ATCTCCGAAACCAGCCCTTCCTGCGAGCTGACGCGGTCATCCGGAACGGGTGGAAGCGACCCTAAAGACCCCTCACTCACTCACCCTCTGCTCCTCTCCCCCTGCTTTCTCCTCAAATGGTGTCTTCCTGCGATTCACAGTGGCCGAGGGAAGCACAGGACCAAACCACTGCCGCTGGTTTAAAGGGGAGGGCGGGAGTGGTAGTTGTTATTTATTTGTGGAAACTCTGCACTGGAGGCTCTTTTTACTAAAGCCATAAAAAGCACAGACATTAATGGCCGTCCTCATGAGCAAAAATCCAGAGGAGCGTCACTAAAAGCTTGCGTTGGCACTTGGAAAAAAAATGGCTGTGGTTGATACGCAGGCAGCGCTAACACTAACGTTAGCCTGCTGACCCTGAAGAGCCTTCCATTGACGTCCATTCATGTGGATTTCCTCTTATTGTGCAATGCAAGCATGACTTTCTGTCAAGTGGGAGCGTTGAGGTCACAGACTTCCTGACCAGAGCCTGTTTGGACAGTTTTGTTTTATTAACTATGAACTTAATCTAGTTCAGTTAGTATTTTAACCCAGAACCAGGGCTACGATTACAAAGAAGTGCCTTTCTGTCGAGTCAGTATTATTTCTAATAGTCAACATTTATGTATCGAAGTGTTAATCGTTATGCTCTGTGTAAATATAATATGCAATTACCCCCAAAAATGCATTGCAGCTTTAACAGAAGAGAATAAGAGCTCTGTTTGACTGACCGTGTGCCTTGTTATTGTTATTAATGGTGCCTGTATGTTTAGCTAATGTGCATGTATCACAACAAAGTGTACATAATGTTATATTATGCCATGAAAATGTTCAGAATATCCGTTCTTTTTAACCTACAGATTTATAATGTATATAAATGCGGTTTACTCTTCTTTTTTTTTAAAATGGGAATTAGCCAGGACTGTAAACAGAATCTTTTGGGTGTGCAATTTAAAGTCATAAACTCTAAATCAGTAGCCCACATCGAAGAATAGGTGGTTTTAGCCTACGTTTTACAGTTGTTTCTCATGCCCTCATGTAATTATTATACTCTTTGCACTATCAATCATTGAATAAGAGCTGATTGTACAGCTAGTTACTAGCTCTAAAAAAATGAGCTGCAAGTAATGAACTTAAGGCTGTGCTTTATTGTAAATATTAGCTTTGCTTTGCATCTGATTTTCTTTACAATATAGCACAGCTTCATTTGTGTTGCTTTTGCAGTTCATGTTGAAAAATATCAAGGAAAAAATATTTTTCAAATATAAAGCAAATAAGTTTTGTGGTAGAAAAGTGTTATGAAAGCTAGTTTCTGCCTTAAACGAAGATGAAGGTATACAACATTTTACATGGAAATTCTCAGAATTTTGAGATTGCCTCAGATTTCAGGCTTCTGTAGTCACAATTGTTAGAAATGACTGCTGAAAAAAAAAGTTCAGGACATTTTTGAGTCGACTCAACTTTCATCCCAATTACTTCACTTGACTCGATTTGAGTTGAGTAAACACAAAAATGTCCTGAAGTTTGTTGCCTTAAAATTTAAACTTGTCAACTTTTTTTTACCATTACAGTTTTGAAGTTGCAATTCTGAGTAAGAAAAGTTTCTAAAGAAAAAAAAAATTATATTGAGAGAAACTCAAAGTTCTGAGGAAAAAGTCAAAAGCAAACTCAGAATTCTTCGGGGGAAAAAAATTGTAGCTGTAAAAATTCTGAATTGTCAAATGTGAAAATGAGCAAATTGTGAGAAATGATAATAATAACATATCATGTTTGTGTAATTAAATTTGTTTTTCATCCCAAAGGCAGAAACTGGTTTCCATACATGACAGGATGTTGCTGTGCAACAAAAAGCAACCTTTGGCTCTGCAGTGTTATGAAAAGGTATTTTACATTATAGCTACTGGAATGATGTTCTGACCAATTAGAAACCATGATCAATCCATTTATTAAAAAAGGGACGTTACTGTATGACACTGCAAACTTGTGAGAAATGAACAAATATGAATTCAACACTAATTTTTATACATTTCTTATACTGAACTTTTTTATACTTAGGACCATAGCATAAACTAAATAAAGCCATTTGGGAGGAAAAGCAAAGCACAAGTTGAATGTACCAAAGTTTTCAATTTATTTGGTTGATATGGACCAATGAATGCAAACGTTAACTGGATATTCTGTTAAAGTGGCAAATAAAATTATTTCAGAATCAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000004372:ENSDART00000144554:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]