DreINT0073858 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000036295 | golga7ba
Description
golgin A7 family, member Ba [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050417-14]
Coordinates
chr1:54233807-54246438:+
Coord C1 exon
chr1:54233807-54233977
Coord A exon
chr1:54233978-54246312
Coord C2 exon
chr1:54246313-54246438
Length
12335 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTAAGC
5' ss Score
4.33
3' ss Seq
TTTCTCTCCCTCCTCTGCAGTTC
3' ss Score
10.65
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
TTCCACAACCTTCAGGAACTGAGACACAGCGCATCTCTGGCCAACAAGGTCTTCATTCAGAGAGACTACACCGATGGCACGGTCTGCAAGTTCCAGACCAAGTTCCCCTCCGAGTTAGACAGCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000036295:ENSDART00000089603:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF054786=Prominin=PU(46.1=97.6),PF102564=Erf4=PU(22.6=61.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]