DreINT0078048 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000037154 | hivep3b
Description
human immunodeficiency virus type I enhancer binding protein 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-100922-42]
Coordinates
chr16:34377305-34384005:-
Coord C1 exon
chr16:34383860-34384005
Coord A exon
chr16:34377481-34383859
Coord C2 exon
chr16:34377305-34377480
Length
6379 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGT
5' ss Score
9.89
3' ss Seq
TGTCTGTCTTACCTGAACAGGTA
3' ss Score
10.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACATGCCTCACCACCCAGCACCCCCGTCAAAGTAAAAGAGGAACCAACAAGTGAAAGTAGGGACAAAGATAAGGAGAGTGCTGATGACATGCCAGCTACCTCGACTCAAAATGAGGCAGTACGTGTTTGCATTTTTGAGGGCGG
Seq A exon
GTGAGTAAATTCAAATACAAGTTATTTTAAATCTGTAGCTTCGCGAGCTAAAAAGTTATCTGCACAATAAAAGTCCAATTATAACTGCACATTTTTGCACTGAACTCTGCTACTCATTGGAAGAAGTAGCTTGTGATTTGGAAATTCACTATTTAAAAATAGTTGGACTAGTATTATGCTACTGAAAGTTATTAGCATTGCTACATTCACGTTATCATATTGCTCATGTTATCTAAAATTGGCCTAAAGTATTTCATTTCATGGCATCTACAGTGTATAGCATTATATACACATAACTAGGACTGGAGAGCAGCTTATTCATGATCTTCCTCACAAAGAAAGGGATTACCACTGAACCTGGTGTTTTCTGTTTGTTTTTTACTATCTGAGTGACAAAGAGATTGTAGTACAGGTGAAACTATGAGCCATTAGAGACTTCAATTATCCTGCCTTGTTCAGTCGTCTATAGAATTCACACCTTGCTCAAAGGTATGAATTTGGATGGAGCATAGAGAGAGGGAGACTGCTGATAGCTTAGTAGCCCTGCAGATTTATTTTTGAAGTCTGCTGCTCATTAGTGTTTTACCAGCTATATCTACATAGCACAGTTAAAGAGTAAAAACAAAACTTTCACCTTGAGTGACTAGAAGAACTACTGAAATTTCATCATGGAAATTCACAGTGAGAAAATTATTTATTGTTTTTTTTTTTAGGAACACTAATTGTTAGCAACAATGGCCTATATGCACTGCTAGTGTTTTTGAGCCAACAACAAACTTCGGGTAAAAGCTTTTTGTGACTATTTTCAATTTTATAAGGTTCTTTTTACAGCATCAGTGTTGTAATGTACAGTAGTTACAATACATTCTGTTAAATAAATGTAAGCATCCATAAGGTTGTTAAAGCATAAAAAGAGACAAAAGATTTTAGCGCAGGTGCAATCATTAGCGGCTGGCTAGCGCAGAAATTAAATTGAAAATACTGGGGTAATATTAATTTCCATATTTTAAAGACATGGCATGGGAAAATTTAGTTTAATGCAGCTGAGGCTCGAACCAGTGACCTACTGCATCGCCTGCATGCTTATTAATGGAAGTCTATTTTGCGAAAAGTCCAGTGTGATCGTGGCTTTACTGGTGGAATGTGCAATCAATGAAGATTGGCCACCAGGCTGGTCAAATTTAGCCATAAAACCTCCAACACTAAATAGGCCAGTGTTTAAATGAGCATTATCACACTCGTAGCAGTGCGATATGGTTGTATATCAGCACTGGTGGTAGGTGTGCGTTCGCTGGAGGCCTCAGACCGATTGCCTTAGTGCCCCCCACCAGTGCCGATATATAGCCATGTCGCACTGAGTGTGATTTTGCATTTATACAACAGTTCGATGGTAAAATCGTGTATATAAAAAATTTAATCAAACACAGAGAGTCTCAAAAGCTTTTTGTACAAGGAACTACTTTCTTCCACCATTCATTCACATCTGCGAGCTGACGGTCAGTTCACAAATGTCACTTTAGAGCTACTATTTAAATGATTCTCTTGCTTAATGTCTAAAGTGATGACAAAACAGGTCATTTTACTCACATTTTAAGATTATAAGGCAAAACGGCAAGATATGCCATTAATCTACAAAGGTCTCATAGTATTTCTCTGCTGCAATCAAAATATCACAATAATTAACTCCGAAAACAAAACACTACCAGTTTCTGTGGTATAAATACAGCAATACAAGATACAAAAGAGAGATTGACTTAGAATGCCACTTACCTGATTTATATAGATTTTTTTCAGCTGTACATTGAGAAAACACTGAGTAGGAACTTATAGGCTATAAGGACTTATAATGCTGTCTCTGTCGTCATCTTGTGGCCTCAACCATCACTCTTTTTGTTCTGCTCAGACTGATGGTGGTTGATGCATTAAATCTCTGAAATGATAAATATTTTAAAATAGGCACTGTCCTTATAAATAAAGTACATAGTTGCAATCTAAACAACTACATTCTCGACTAAAATGCCTCATAACCAGGGGCGGACTGGGACAGCATTTGCAACTGCCCCTGCTCATAACTACATTATGTTGTCCAACAGCAGCAATATTTGTCAAACTGTAGAGTGTCCTCTGCTTGTTACTGTTTGTGGGCGGAGTATTACACAAGGGTGAAGGGTTAAGAGGCTGTGCTGTTATTTGCAGAATATTGTATGGCTATCAGCCAATCAGATTCAAAAACCAGACAGATCTATTATATAAATTTCATTGTCCAACCATTGAATATATATATTAAAGCAATAACAAAAGGGAGTGAGATATTAGGAAATAATAATATTTTCAAATTTCTGATGGATAAAAATACAAATAACTTTACCAAAAAACTTCTAAACACTTATGAGTGTGTGATCAATGGTGATAATCAAAAATTAAGATTTTTGTAATAATCATGCGACCATACGTTGTAAAAGATGATTAGAAAACCTTTTTTTTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAATTATAAGGCCTGCAGATTGATGGAGGAATGGATAATAAAAAGGAGAGATAGTCAAGCTGACCTGTAAACATCAAAAGCTTGGGCTTCATTAGCAGGGTCTCTTGCATTCATCTGCTTATGCAGGGCTCTCAATGTGCTCGAGTGCTTAAACTGCAGCAACAGCTCACCATAGCCTGCATTTTTATTCCTGCTTCCTTTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCCTTTATTTTGCTCGTACTCTTCTTCCGCCTTGCACACCCACGCGCTCCCTAATCACATCAGACTGTCTCGCACACACACTCCATTTTGTCTCCAAAACTTCTCACATCCATCAGCACCCTTTTGTCTTTGTGCCTTCATAACAATATTTGCCGTCATCATTAGTAGAACACAGTGTTACTGCAGGACAATCAAAGATAGACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGTCGATGTCCCCTTTTTAAAGACACCTTTCTAAAAATAGTCGACAGGTGTTTTGTGTGTAATAAAAGACTTTAATGTTGTTCCTCTGATTGCATTTGCAGTATCATGAATGAAGGCTGGCTCCTACAAAATGGAGTGTAGTAGATTTGTTTTTTTTTTCCTTGTGGAAACAGATGTGTAGAGAATCTGTTTTTTCTCCTCCACTCCATCAATTTTACTCTTGTAATGAAAGCATGCAAACAGCTTTCAGAATGCATATGCTATCTTTCCAAAAGCACCCCATCATCCATATGAAGTAAATCAAATAATGCAACTATGCATTATTTATGCAATACATTAATATTCTCTCCAACTACTGCAGAATTACCTTATAAGCTTGTTGATTGCGACATCGAGATTTGGAACAGCAAACATTAAAATATACTGTATACACTCACCGGCCACTTTATTAGGTACATCTTACTAGTACTGGGTTGGACCCCCTTTTGCCTTAAGAACTGCCTTAGTCCTTTAGGGCATAGATTTAATAAGTACCAAGGTACTGGAACTTCTCAGAGATTTTGGTCCATATTGACATTATACGTAGCTTAATGCAGTTGCTGCAGATTTGTTGGCTGCACATCCATGATGTGAATCTCCTGTTCCACAACATCCCAAATATGCTCTGCTGGATTGAGATCTGGTGACTATGGAGGCCATTTGAGTACAGTGATTTCACTGTCATGTTCAAGAAACCAGTCGGAGATGACTTGTGCTTTATGACATGGCACGTTATCCTGCTGGAAGTAGCCATCAGAAGATGAGTACACTGTGGTCATAAAGGGATGCACATGGTCAGCAACAATACTCAATTGGTGTGTCATTGAGACAATGCTCAGTTGGCACTAATGAGCCCAAAGCGTGCCAAGAAAGTATCCCCCACACCATTACACCACCACCAGCAGCCTGAACCGTTGATAGAAGGCAGGATGGATCCATGCTTTTATGATGTTGATGCCAAATTCTGACCCTACCATCCGAATGTCTCAGCAGTAATTGAGACTCTTCAGACCAGGCACCATTTTTCCAATCTTCTATTGTTTATTTTGGTGAGCCTGTGCAAATTGTAGCCTCAGTTTCCTGTTCTTATCTGACAGGCATGGCACCTGGTGTGGTCTTCTGCTGCTGTAGCCCATTCACCTCAAAGTTTGTTGTGTTATGCTTTCAGAGATGCTTTTTTGCAGTCCTCGATTGTGACAAGTGGTTATATGAGTTACTGTTGCCTTTCTTTCAGCTCGAACCAGTCTGATCATTCTCCTCTGGCATCAACAAGGAATTTGCACCCACAGAACTGCCACTCACTGGATATTTTCTCTTTTTTGGATCATTCTCTGTAAACCCTAGAAATGGTTGTGCATGAAAATTCCAGTAAATCAGCAGTTTCTGTAATACTCAGACCAGCCCGTCTTGCACCATCAACCATGCCACATTCAAAGTCACTTAAATCTCCTTTCTTCCCCATGAGGGACCTATGATGATCGGTTTGACCAGCAGCAGATTGTCTTCGCCATGTCTACATGCCTCAATGCATTAAGTTGCTGCCATGTGATTGACTGATTAGAAATTTGCGTTAACCAGCAGTTTGACAGGTGTACCTAATAAAGTAGCCAGTGAGTGTATATGGTAATACTTTACTGTATATTAGATTTCTTTAACTACTAAGTACTTAAATACGGTTTTATATACAGTGTTTTTTGTGTGATTAATTTATTGCAAACCCACTTCCTTTGTTATTAAAGGGTGATAAGGCTCAGAGAAGGTTTTAGTGGTATAGGTTGTGTTGGTAAAGTGGTAAAGGATGGGTACATGGTCTGATCTAGTGTACATGTTTTACAGATGTATTTGTTATTTAAAATATTGTAATAAATATTTATTACATATATTTAATTACATTGTAAATA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Seq C2 exon
GTATAAGTCAAACGAGGATTATGTGTATGTTCGTGGAAGGGGAAGAGGCAAGTACGTGTGTGGTGAATGTGGGATTCGCTGTAAGAAGCCCAGCATGTTAAAAAAGCACATTCGCACTCATACAGATCTGCGTCCGTATGTCTGCAAGTACTGCAACTTCGCCTTTAAAACCAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000037154:ENSDART00000142223:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.776 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=43.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]