DreINT0078079 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000101482 | hk2
Description
hexokinase 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-2017]
Coordinates
chr5:13398379-13406732:+
Coord C1 exon
chr5:13398379-13398527
Coord A exon
chr5:13398528-13406612
Coord C2 exon
chr5:13406613-13406732
Length
8085 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGA
5' ss Score
7.66
3' ss Seq
CCTCCCATTTTCTTTTCCAGCTC
3' ss Score
11.42
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTGGTGACTTCCTTGCCCTGGACCTGGGAGGAACCAATTTTCGGGTTCTGCTTGTCAAGGTGTCCAGTAATGGAATGCAGAAAGTGGAGATGGAGAACCAGATCTATGCCATTCCAGAGAACATCATGAGGGGCTGTGGGTCTGAG
Seq A exon
GTGAGAAGTGACAAATTATTTATTAATCATGCTATGCACAATAAGAGTAGTAATAGATTTATTTGTAAAGTAGGACTGCACAATATGTTCTTTCTGCATTAATATCGGAATATGTGCATCTTCAATAAGCGCATCACAGAATCTGCAGTGTTGAACCGGTATTACAGATGATTAGGAACCACAGTTGAAAACACGCTTGATTTGATTTGTGGAGTCATTGAAATGTTTAACCATAAACTTACCAAAACTTTTATAGTTTGAGTGTTTTTAGCTCCTGTTTGAGCATTTCAAGTTAGTTTAAAACAGGGGTGCCCAAACCTTTACTTATAATTTACTTATATATAGACACCAAACTTGATTGAGGGCTGTGGGCTGAAGTTAAATATACCAAACTGTGTTACATCAAATTTGCCATGGATTATTTCAATTTTTTTTTGCTAATGTTTGAAAATAACCATAAATGTTGCTTTAAAACATATTAATTTATTATGCAGTATCATTTTTACCATTTGAAAATGAACTTATTATAGTTCAGTGCTAAATACACTAGTCAAGCTGCTTCTGCTTTTGCCTTGATATGCTCACCAATGTCTTGTGCATTATCCTTTATCTGCCAAGCGAGAGTATTTATGTCCTAAAAGTCTGATTTATGTACAACATTTAAATGAAAAATGTAATTTTGGTTGGCTTTTTTGTAGCTCCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCTACGTTAAATTCGAAATACCAATCTCTGTCAAAGGCATTTGCCACAACCAACTCCCCATCATTCTCCCTCTCTTTTTAGATGGGATAATGAGCCAAGCCAAAGGTTGCCATTGGCCAACTTTGCCCCGTGGCCCTACTTTGGGCACTTCTGATTTAAAGCATCAGGAATACAAAAACATATCTTTGTAACTTTTTAATAAAGCTTAATTATTTATGTACTGTGTACAGATACAGTGTGATTTTTTTTAAATTTGACTCCAAAAATCATAAATCACTTTGTTTTATTAAATTCATTGCTCTATTGTATTTATTAATAGTTGTGATTTGTTTATTATATTTTATGCTGATACACACCCCTACAAAATAATCCCAATGTATTTATCTGGTGAACAATATCAAAATATTTATCATAGTACAATGAAACTATATTGTGCAGCCCCTTTGTTTAGCGTATTTATACATCATATGTGTCACGCTTTACAATAAGGTTTCATTAGTTAATGTATTTATTAATCCAAATTCAACTTTTACTAATGCATTACTTAAACCCAAATTCATAATTCCTATGAACTAACAATGAACGACTGTATTGTCATTTAACTAACGTTATGCAACAGGAATAAATACAGTTATAAATATATTGTTCATTGTTTGTTCATGTTTGTAAATACATTAATTAACCTTAACTATTACAACCTGCGTGTTGCCAAGTGTGACAATAAAATGCTACTCAAAAGTGCTTCACAAGCATGAAAAAATATTGAAAACCATATCAATATAGGGTAATCTAATCCTTGAATGGTTAAACAAATCCAAACTAACCTGATCTTGACCCAACTTGCTTTCGCTGTACAACCAAACCAGCCACACTGGTACATACTTTCTGGTCGTGTTTGAGACTGTCTGATTTTTGGGGGAAAATCTTCAGGTGTTTTTCTGCTGTTTTTTCATTGTCAATAGACCCAAACCCATTAACAGCACTGTTTGGAATCCTACCAGAATATGCTAAATTAAATTCATTACAGGCTGAAAGCGTAGCCTTTGCAACCTTACTGGCTAGACGACTTATGAATTTGAAGTCAGCAGCTCCCCCTTTTTATCGGCTATGGGTTTGTGATTTCCTGCATGCTCTTCGGATGGAAAAGATTTGGTATGCAGTAAAACAAAAGCCAGAACAGTTCCAGAAAGTCTGGAGCTCTTTTCTAAAAAAATTTTAAGGGGAAACATATATCTTCATTGCCTTTCTATCTTTCTTTTCTATGTATCATTTATTTTTATTTGTTTTTATTTGTTTATTATTTTATTTTTGTATCTTATGTTTTTATATCTTTGTGTATAAATGTGGTATTTTATGTTTATTTATATACTTAAGTGTATAATTATGTTTTCCTGAAAATTTCTTGTTTGGTGAATTGTATCAATGCGTATATCTATATGTATCAATATTATGTATATTTTAATGTCTGACCTAAGATGAACCTAAAAAAACAAAAAACAAATCCAAGCTAATTTAAGCAAATATAGAAATCAAACCCAGACACAAGACAAATATACGCAGATAAAAGGAAACAGAAAAAAGCTTAAACCACACTCAACTGTTTGTTTAAAAAAACCCTGTATGCATTACCTTCTAGCAAATCACCAAGTTAACTGCATAACGTCTTTTTATAATCAATCTGATTGAGAAAATCTAAACCTATTAACATTTCTATCATATTTCACCTTAATCACAGTGGGGAAGATCTATTCAACATTTTTGTCAGGTGTTTACCTGCATGAAATTAAAAGCTTTAGATGAAAATAAAACGAATGAACAGATTTTTTAAATTGCATTCCATACGTCATCTTTAAATTCCTCCATGTTCAAAGTTTTAGAAGTGTGCTAACAAGAACAATAATTAAATGCATGTGCTAGATGCCTAAAGAGGTCATGTTAATTGTTTGTCATTTTACCATATGCTGTGAATATCCTGTTTAAGTTATTTCATATACAAAATAACACAAATTTTTCAATATAATAGTTAGAGTATTAAATATCATAATATTAAAGTATATAATTAACTAAACTGCTTAAAAAGATATGAGATATTGAGCTGAATACTGTCTGGTGGAAAAAAAAAAGAAATGTTGTTCTGGTGCTAGAGGTCTTCTTTATCCTTAGTGATGATGACTGTCTGGACTCCAATCATTGCAATTCAACCACAAGAGTCCTTTTATAAGAGTGCATGACCAAGAGGTGGAAGGTACAGTTGGAACCCAGCTGGCAGAAGATGATGAGTTGCACCTGGTTTCTCACAGCCCATGGCATTATGACTTTATAATTTCAATATGAAATGCTTGACCTGAGGAGACTTCGCCACGGTATTGATTGTCAGTCCCCTCTGGATTTTCGCAGGAGCACTTTTCACTTTCGAGAGCTTCTCAGAGTCTTGCTTCCACTTTAGTTTAATGTGAAGAGCTATTCATTTCAAAGCCCCCAATTATGCCTGCTATGATCTGTGCTTAAGATCCTTTAGCCTCCCCAAAACCTCACCCTCTAGACGGGAAAATAACGACAACCTTTGGACCAACTTTTTGAACGTTTTTGAATGTAAAAACTCTTGTCTCTATGCTCTTAATCTACCTAATTAAGGATTCAGGAATGTTTTTCACATATCCGGGTTTCTCCGTAGTGGGAGACGTACATAGTTGGGTGAACTTAGAGCATAGAGAATGGGAGAGTACAACACGTATTTTATTTTACAAAGCTATTTGCTGAAATAATAATGGAAAAATTCTATGATGGGGTTATTGTAGTGCTCTTTTTCTATGGCAAGGAAAGGGCCATAGATTCTTATAAATTGGATCGCACTAATTTGTATTTTAACCCCAAAAAGAAACCCATAACCTGAATTAATATAAACAATCAACAACCAATCTGGTACAAAATTACCTTTCAAAATAAATACAATAAAACGAATAAAGATACACAAACAAAAGAAGTAAAGGTTTGTTTACAAATAAAGCTTTTCGTTTTCCTTTTTTCAAACTCAAACAAAACAACAGAATCAACAGTTCATTTAGAAAAGCTCAAAAATAGTCCATTTAAAATGAATCGGAAAAATAAACAAACCCTGTTGAAGGCCTGTGTCGGTGCTTTTTTTTTGCCCCTTCGCCCTAAGGGTAAATTAGTAACAGTTTATTCTAACCAGATCCCAGGGAGCACGTCAGAACCGGAACTACAGTTCATGAAGAAATAGAGAGGAGTCGGCTGTGTGATGTGTCCAACGCTGCCAGAGGAGCCACTGAGATATCCTGTTTTCTCAGGGCGCTATCTGCAATGTCCGGGATTGTTGTTGTATGGACGATAATTATTGGCGGAGATCTCTGCCTTAGCGGCTAACACTATTTAGTGAACACTGTGTCACAAATAGAACGATGAGATCCAAACGAGAAAATCACTATGCTCACAATCATAGACTTTAAGATTGACAAAAAGGTCTTTCACACGAACAATTACACTGACGAATTGTACCCCACAATACTCCTCTGCTACCCTTATATACCTTCCGGAATATTAATTTTAGGTCTCCTTACAACTAGGCATGGGAGTCAAGGTTTTAAAACCGCCCAAATTTTCTGTAGGTATGTGTAAGATTTTTTTTTATTCACTTTTCTTTTATGACATCAGCATCTTCAGCAGAAAAGAAATCCAAAGATGCCGTTTTAAATTGTAAAGAATTCAGTGTTTTTGAGATTAACGAAGACAGCAGAAGTCAATGATTCATTTTCATTGTTTAGCCTGACATGTTTACTGCTCCAAAATATTATAAATCTTTCTAAAAATAAAATCTATTGTTTTCAAAGGGGAAAAATGTGTTGTTTTTTACCCAGACATTCAAAAAGAATATATTTATATATTTTAGAGCTGTGAGCACAATACCCTGATAACATGATATTTCCAAGGTTATCAAACCATCAGAATCTTATGCCAGCCTGCTTACAACCACTTTCGTTACGACACAACAGGTAAAACTTCTTAATTTAATGTAAATACATAAATTCTGAAACAAAACATTCAATATACAATAAACAAATAATGAAAGAAATTAAAATATAACTAAGTTAATTGATAACTGGGCAGAAAAAGGAAAAAAATATTGTGTAAGACTGATATTGGATGCCAGAAGAGAGAACAACATCAAATTTACTCTCCTTCCCCATAGACGCTACATTAGAAACACCTCTTTTTTTTGTAGCTTGATTCAAAGAGGGGTAATACATACATAA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Seq C2 exon
CTCTTCGATCACATAGCCGAATGTTTGGCCAATTTCCTTGAAAAACTGGGCATCAAAGAGAAGAAGCTGCCTCTTGGCTTCACCTTTTCATTTCCTTGCCAGCAGACCAAACTAGATGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000101482:ENSDART00000160690:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0034916=Hexokinase_1=FE(23.8=100)
A:
NA
C2:
PF0034916=Hexokinase_1=FE(18.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]