DreINT0078836 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000056023 | hoxb9a
Description
homeobox B9a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-109]
Coordinates
chr3:23546803-23551888:+
Coord C1 exon
chr3:23546803-23547466
Coord A exon
chr3:23547467-23549975
Coord C2 exon
chr3:23549976-23551888
Length
2509 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTAAGT
5' ss Score
9.72
3' ss Seq
TTTTTTATTGCCATTTACAGACG
3' ss Score
8.65
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCACTTCGCTCGAAGCGCACACCATAGAAGCCCGGCTCTACTTCGTAGGCGAGCGAGTAGAGAGGACTACCGTAAAGAGGGGAGTAAAGCACATTACTATTGTACATGCTTTCCCTTTAATGAGCAGTACGTTATATAATGTCCGAGAATGTCCATTTCTGGAACTCTAAGCAACTACTATGTCGATTCTATTATAAGTCATGAGGGAGAAGATCCGAATGCGTCCCGCTTCTCCAATGTACAGTACTCCAGCGCTAGACAACCGGGACCCGGCGAGCATCCCGAGTTTCCCTCTTGTAGCTTCCAGCCCAAGCCTCCAGTGTTCAGCTCTTCGTGGAGTCCATTCAGTTCCCACGCGTCTAATGGCTTACCCGCGGTCTACCATCCCTACATACCGACACAGCCAGTGCCTTCAACGGATACTCGATACCTCCGGACATGGCTCGACTGTGCCCCGAGAGCAGAGCCGCTGCCCGGGCAGGGACAGGTCAAGATGGAGCCGCTCCTGGGACATCTCGGGGAACCGCCAAAACTCGTTGGGCAGCACGAGTATATCTTGGAGTCCTCCACAGCACGGGAGATAAATTCTGGTCACAGCGCAGGATTTGAAGACAATAAGGACATATGCGAAGGCAGCGAAGACAAAGAGGGACCGGATCAAA
Seq A exon
GTAAGTTATAAACCTAGGAAGTGAACACTCTGTAAAGCGTTTAATGCTGTCATAAAACTAGAACAAAGCAACGGAGAGCAACAGACACATCACGCAGCCAAGTATGATCATGTAGCATTCTCTAGTTTTCCCCGGCATGTAGGGTTTCATCTCATCTTTATTTTACACAAATGTGTACTATAGCATATATAGCTCTGATTTAGCTTGGCTATATGCATGGCTAAGGGATGTTTCCTTAGACCAGCTGGGGCCATATACAAATTTCACGCTTTTATAGCGTTCCTTAATCATGTTCTGCGTTAATTTCAGTTTTGGGTAATGCATTTGTCTATTCCTGCTTTTTAGGCTTATTTGCACGTTTGCGTACTTTAGTGCACCAGCCAGTTTTTGGTCGACTTTAAATAGTTTATTTTTGCGCAAAAGTGTCTCTCACTTATACTTAATAGTGCAAATGTTGACCTTATGTTTAGTAGTTCATGGTCAGGATTATTTTAAGGTTTATTTGGTTTACATATGAATGTTTTCAGTATTATGAATAATGTTAATTATATTTATTTACTAAATTTTTATCTACTATATCAATGTATATCAACTACACGTAAGTCCAGGTATATTTTAAAAATACTCTAATGTTAATGCTGCATGAATGATTGTTTTTAAACATGTAGTCTCTCTGGCTGCTGGGGGGTTATGTTTTCCTGACCTGGTTGCCTGTTCTTTAGCTCCCTCAAGAGTGGGTTTAAGCCGATGCAGAGAATAATCCATATAATAATTCTAGCTCATAGCCATGTAAGTAGCTTTATTGCTGAATTATTATTCAAATAAATTCAGAAACGCAACTAAATTCTAAAGGATTTTTTTTAAACGATCGTTTTCGATTTTTGGCGCAATGCATTTGAAAGGGGACATTGATTTTAATCCGTGAAATAGGCTGGAGCACTGTGAACTAATGGAATTGTGCGCAATAGAAATCCCCAATGTGCAACCCCGGGCGGCTTTCCAGAATAAACTGTAGGCAAAGGCAATGATGTTGGGAGTTACACGTCCCGCTTTGTGCTCATGGCCGCCCATGAGAAGGAAAAAGTTACAGCCCTCAAGTTTATTAAGTTATCAGAGGAGCCAGCATCCCCATTAATCCTACGAGGTCTTTGGGGTATGTTGCGTTAGAAAACTTTCAAGGTAAAAATGAGATTGAATCATAACATTGGCAAATGCAATACTAAGCTTCCTAAGGTCAGGGGTCTACTGTCAATGAAAACGTTTTCGGTCAAATTACATAGAACCAATTAGTCATATTCTACAACTTTGCACAATGTGTGGATTTTAATATCTTTCCCTTCACTTTCCCTATCATATAGCCTGATACACTTAGTATTAAATCGTCAGGGATTATGCCTTGGACCTGTCTTGTAAGTCGCGAAGGTAGAGACGAGTCCGTGAGGCCTGCAGTTGACATGACACGCGCATTAATCATTTTTAGCAGCGTATATCGCATTCCATCATTATAAATTACAATTGCGTCATAAGATGTAAGATATCCTAGAAATTTGATGTATTTGAAGTGCATGCCTTTAGGCAAAGCGATTGGGTTTCCTAACATAAAATGGGAAAACAAATATTACCCATCTACAAAAGAGGATGCGCGTTTATTTTTTATTTTTTATTTAATTTTAGCAAAAATATAGCCCTTTCGAAAAAATTAAGGTAGGCCTATGTGCCAAAAGCTGAAGTTTTTTTCATGCAGTGACATTAGTAAATGCTTTAGGTGGATACGAAGTGTATATGCACGGTAGCAATCTTCACATTACGTCACTGAACACACACAGGTACGGCTGACATCATCAAACAGTGAATCTCATCTCGAGTCGTTCTAACATTGAGATTTCAGTGTGCATGTCAACAAAAGTCAGCACAACGGAATTTCTTTAGCCTCCCATCTGCATTCCCGACAAAACCACCGAGGGAGAAGACGCCTCGTTAGAGATGCTCTTCCTCCATAATTCATCCCACATTTCTCCCTAAAAAGGAGATAATCTCATGTCACTTGTGACCACATTTTATAGAGCATTCCAGAATGCTTGAACTCCCTGTAGAGCTCAAAATTAAACCTTTTCCCCCTCCGTTGATTTAATATTTCTATAAACTTTGCTTAAAAATGAACTCAATGTATTGTTCAGTGCTTCCACGTTATTAATAACTGGAAAATGAATGATGTGCATCATCACAGGTGAACATAAATGGCATTTTGGTACAAAAGTTGCTTGCTAGTAGTTTAAGCGTAGAGCTGTATGACTGCCTCGTGCTATACAGCTTGGATTGCAATACATTTGCATTTATTTCCTTATTATTTTTTATTAATCACAGGTTGGTTATTTTACATGCATTTAAAGGTGATAAGGCCCATGCGCTGTATTATGGTAATTTACATTGTGAATTGTGTTTTTGTTGTTGTTTGTTTCAAAACTGTACTGACGGTATATGCGCATTTGTTTTTTATTGCCATTTACAG
Seq C2 exon
ACGACCCATCTGCCAACTGGTTACACGCTCGATCATCCCGGAAGAAACGCTGTCCATACACGAAATATCAGACCTTGGAACTAGAGAAGGAATTTCTGTTCAATATGTACCTCACCCGAGACCGAAGACACGAGGTTGCTCGTCTACTGAACTTGACGGAGCGACAAGTAAAAATATGGTTCCAAAACAGAAGGATGAAAATGAAGAAAATGAATAAGGACCAGCCCAAAGAATAACGCAGACTGGTACTAGGCGTTCGAGCCATTTACAAGGAGTCTTTTAATCTGGAAGCTGATACACCGTTGTTTCAATGCATTCAAGAGAAAACTCAAACGCGCACTCACACGCCATTTTCCGTATGACTGGACATTGTTAAGTCTAGAGTAAAAGGAAGAGGTGAGATGATGAAAACCTCATGTCATCTCTCCCTATACTATTATTGCATTTTATGACTTGTGTTAAAGAAACGAACATTGCATCAGGAAATAAACAGGTGATTAAGAACTGCTTTCAACAAGCTAACTAAATCTGGAATATTCTTCTTTTATAAAGTTGTTCTATGTAATTCTGCTTTCCGATCATTCCTTTTTGTCATTGACGTGTGCTAATAGAAAAAGAAAATGTATGTAACACAAGCCTTATTCTATATACAAGGAACGTTTTGCTTCTGTTAAGCATGTTCAAGAGGTTTGCTAAACGACAAGTGAGTTACAACACAGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATAAGCAGTGCTGATGCCATCTGTGAAGTTATTGTTAAAAAGTGCGTATGCTAACAGGCTTTCAAAACCTGAAGTGTACTATAAGTAAATTTGATAATTATTAGCACAATTATAAAACATCACACATCTTTGGTGACTCGATTATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAAACAACAACAACAATAATAATAATAATAATAATAATAATAGTAATACTGTCCCAGTTTTTCTTAAGATGTTTCTTGATAGCTTCAGTTGTGTTTGTTTTGTTTGGGGTTAAATTCAAGAATCAAGCTGATTAAATTAAACAAAAATGAATCGTTTACCTATTCATTTCTGTTAAAATACTTTCTAAAATACTTATATAAAATTAGAGTTCAAGTTCCGAGTGTATGTTTGTAGCGTGCCAGTAACCATAGAATTAATTCGTGCTTAAATTTAACAAATTTAATCACAGATTTGGTCGCAGTTGTTTACATAAATTTGCGCATGCCTTGTATTGTGTAGTTTTCTTATGTACGTGTTATTGAGAAAAAAAGTATTAATTTGCATCTGTTTTATGTACCGTAACTTTAATTTATTGTAAATACGTTAATATTTTTTTCCGTTTGAATTGAATGTTTTATATGTTGTAAGAACAATTTCAATACTTCATACTTGAATGAGCTGATACAAGTAACCTTTGATTTTGCTATTTGTTTACAAGTTTCATGTATATGTCCAGAATCATGTCCGTTCTTTGTATTGTCAGTAATGTACTTTTATGTATTTACATATAGCTTTTTTATTTGTATGTTTTGTTTCTGTGATATGACTTTACTAAAATATAGAGCGCGCCTATCTTCTGATGTCAATCGCTCTTTATATTGTTAGTGGCAAATAACAATTTCTTCAGGAAGAAACAACAGTTAGTGCTGTTTTCTGACACTATCTAACACAAACAAACAATAACATCGTCAATATGTTTAAACATAATGCAAAGACCCAATTTAACTCCCAACACAGCGTCTAAATTATAGGCTATTTGTACACAACTGCTCCGTCTCTTTTCATGTTATAGTTTTATTTTTTGTGCCATTGCACTGTTGATGCTGGACTCATTAAAAGTTTACATATAGACCACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000056023:ENSDART00000023674:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.581 A=NA C2=0.285
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF046178=Hox9_act=WD(100=99.4)
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=WD(100=72.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]