DreINT0083737 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061741 | itpr3
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070605-1]
Coordinates
chr8:21288176-21290191:+
Coord C1 exon
chr8:21288176-21288301
Coord A exon
chr8:21288302-21290070
Coord C2 exon
chr8:21290071-21290191
Length
1769 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAAG
5' ss Score
4.41
3' ss Seq
TATTCTTTTGTCTCGTTCAGGCT
3' ss Score
9.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTGCTCCAACCGTGAGAAACGCATGTCAGACCCTGTGCTGGAGAAGTATGTAATTCAGGTCGTTTTAGACACTGTAACTGCCTTCTTCAGCTCTCCTTTCTCTGAGAACAGCACCAGCACGGAG
Seq A exon
GTGAAGTTCTGCTTTTATTTCATTGTAAAGCATTCTATAGATTGATTAGGGCCCAAGCACTGAAAATTAAATTAAAATTAAATAATTAAATTAATTATAATTAATTAAATTAAATTTTAAAACTTTTAAACATTAAACATGCTTTTAGTAAAAAAAATATATATTTGAAATATATCCAACGTTATTTACATTTGTTTTGGGTGAATTCCGAGAAAATCCTCTTATATTTAAAGTTTGTGGTTGTAAAGATTTTTAAGCTGCATTATTTGATTTAAAAATTAAATAAAACTTGTAATATCATTTTTAAAAATGATTTTAAAATTATTGAAAAATATTTTTTACAATTTAACGGCTGCTTTCCATCTTTATTTATTTTGCAGTATTTTAATATGGTGCCAAATTGTCATTAGTGATTACACTAGTTTTCAGTGTCTCAGAATATTTTAGTTGTAAAGTTGTACTGCTTAATGCTTTTGTGGAAACTGTGATGCTTTAAATTAGTAGCATTTATTTTAAATGTAAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAATTTAAAAAAGAACACTTATTTTATTTTATTTTTTTGGTGTTTAAAAAGACCTTACATAGTAGTATACTCTACAGGGTCACACTTTATTTTGATTGTCCATTCGTTGAAAATAAGTTACATTGCATCTACATGACCACTAATTCTCATTAGATTATAAGTAGACTGTTAGCTTAGGGTTGGGGTTAGTGTAAGTTGACATGTAATTGCTAAGCTTCTTATAGTCAGATAAATGTCTGTTGAAGGAGTATATCAACAGATATTAATCAGACAGTCTACTAATACTCAAATGGAGCATCAAAATAAAGTGTTACCCCAAACAACATAGGAAAAGTTAGTTAGTTTTCTTATTTTCCCACTATCCTCTAAAAATAAAATAAATAAGATTTATGAATCAAAAACAAACCTATCCTCTGAGAGAACAAATAAATAAACAATTCATTGATTAATTAAAAATTAAATATAAATTAAAAATGAAAAAAAAATTATAATAATTGAGCAAGTTTACAAGAAAAGACTAAAAAAGGAAAAATGTAAAGAGAGAGAAGTTTCCAGTTATGTAATGTGCATTAAAATTGATATCGACTAAACAAGGTAAGTCTTTGATAATGTTTAAAGCAGGGTTCCAGGTTTTTAAAAATATTTGAAAGGTCCTGCAGGTAAACATCTCAACGTCTCAAGTTTTATCAAGCTAAACATCTCTCAGATCCACATCTCATGTGATGGAGGAAATATTTGTTTCTATTTGATAAGAATGGCTTGTTTAGCTAAAAGAGTAGAAAAAGCAACAACCTGGCGAGATGCAACAAGTCAACAAGTCAATCTCTCTGAAATGCCAAAAAGGGCTGTCAGGGGTTAGGGTCCAGATTTATTTAATATGTTCATTTAGTGTATCAAAAACAGTGGACCAGAAATTTGTCAATTTAGGGCAACTCCTGAACATATGGATATGGTTAGCAGCATTTTCTGCCACCTTTGATAAGTTGCATCATTGATGAATTTAAGTAAGTGTTTAAAAAAAAACGAACCCCAATCTTTTCAAAGGTTGAGTTAGCTTTAAATAAATTCTGTGTCTTTACTAGAAGAATAATAAAATAAATATGATTGCTGTTTGATATTTACAGTACCATGTCTCATATATCACATAAATGTTTTTTTTTATTTATTATTTGATCAGTTCTCATTTAATTCTCCTAATTTTCTCCTCATTATTCTTTTGTCTCGTTCAG
Seq C2 exon
GCTCATCACACCACTGTAAAGCAGCTGCTGCAGTCCACCATGCGTCTGTTAGACTGTCCATGGCTACAGCCACAGCAAAAAGTCCAAGTGGAGTCCTGCATCCGAACACTAGCAGTGACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061741:ENSDART00000142836:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.048 A=NA C2=0.073
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TGTGCTCCAACCGTGAGAAAC
R:
GCTAGTGTTCGGATGCAGGAC
Band lengths:
238-2007
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]