DreINT0083906 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000033707 | jade1
Description
jade family PHD finger 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-5648]
Coordinates
chr17:26814728-26822519:+
Coord C1 exon
chr17:26814728-26814939
Coord A exon
chr17:26814940-26822351
Coord C2 exon
chr17:26822352-26822519
Length
7412 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGT
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
AACCATGTATCTCTCCACAGGCG
3' ss Score
10.48
Exon sequences
Seq C1 exon
GCATGCAACCCCTGGATGAGCTTACAATGGAGCGGGTCATGGAGGAGTTTGAGCGCCGTTGCTATGACAACATGAGCCACGCCATGGAAACAGAGGAGGGGCTTGGTATCGAGTATGATGAGGATGTGGTCTGCGATGTCTGTCAGTCTCCTGACGGCGAGGACGGCAACGAGATGGTGTTCTGTGACAAGTGCAACATCTGCGTGCATCAG
Seq A exon
GTGTGTGTGTGTTGCTAATGTTGTCAAAAAGAACAATATTTCAATACTGAAATACTTAAAGTGAAACATAACTTTTTTTTACAATGCCTGCTGTATTCTTCCTCTCAAGTTCAAGTCTCTTTATTTGCATGATTTTTGCACAGTATTGCCAAAGCATTTTATATATGTATAAAATATGTAATATTATTATTTTAATCAAATTAACAAAATATACATTACATGAAAAAAAAAAGAAAATGATAAGAATAAAACTGATAAAATAGCTCTAATAATTATGATGATTACAAGAAAAAAAAGCGTAGATTATTTTACTAAGGCTCATGAGTTTAGTTGATTAACCATTTCTTATGTTGTGGATGGTGTACACATATTTTGCACCCAGTGTCATTCAGAATAAATTATTTAATGTTATAAAATGGGGGGAAAATATTTTTCTTGTTGTGTATTTGGGGCAGAAAACAAAATAAGTACGTCTCATCTTTTATTTAATGAGTGTCACTGTTTTTACATATTGATGCTCTTTAGGAGCCCAGGATTTATCTCTCCCTCTTTCTATTTTAAGTCATGATTACTGAAGTGATGTTTAGAAAGAATAAGAGCTGCACGATTAATCGTAAAAATATTGTAATCTCGATTCAACCCCCTAGATAATCTTCAGCACTAATCCAGCATTTCTATAATTCTGTCAATCATATTTTTCAGGAGAGAAGCAATGGTGGCTGCACAAGTCTTCACATTGTTTTACATACGTTGTTCAGCAACGTGGACACCTCCAAATGGTGTTAAAAGAGTCACATGCTGTATTTATAAGATATAATTTACCTCAAAAATGTCATTTTTGTCTTTATGTAATATATTTGCGACCACAAAATCAAAAGTGACGTGAGCTGACCGTCAGCTGTTAACACCGCTCGCTCCTCTGAATGAAGTCGACTTTAGTGAACAGAACCTGCATAAGCTGTGAATAACATAGTAATAAAGTTGTAAATAGGATTCAGTTTGTGGCACTGAGTGATTGTTTGGGAGCTGCGTGGGTAGTGAACCGTTCTTAGCAATGAAAATGAAACCGAAAGCGCGCACAGTGTTGCCAGATGTAGCTGACTGATTCCAGCCCAAAAAGTATCTAAAACCTGCCGAAATGAAAATACCCACCCAGTCTTCTGTATTCACGAAAATCAAGTCAGTGACAGATTTTAAGCAGAAAATTACAGATTGTAAGCATATGTCTCAAACACTATAGTTCAGCATCAGAATTATCATCAGCATTGATGATAAATTGATGATTAATGACCAGGACGAATCTAAAGTCTGTTCAAGTCCACCAAAATTCAAGTCTACAAAATGTAGCATTGTAACAGTACAGCTACACAAAGCCTATTGCTGTTTTACCACATTTGAGAATAACAATAATAATAGTCCACTCATATTAACCTTTATTTTACATCTACAGAATCGTGAGAAAAATTTGCGATTTAGCCAGAATCGTGCAGCTCTAGAAAGAATTTGTTTTTCTTTTACTGATAAATGATTGGGCCAAATAACATTAAAGTTTAGTTTAGAGGTAATATTACATTTTTTTTTGTTTTTCATTGGAATTATATTTTCCTTTTTTTGTCAGTGTGTTTGTGAAGGTTTTGTTGGGGATAATCTCTATTTACTTTCTCTGCCTCTCACTAAGTCACACTCTCATTCAGACTGACTGAAATTTTATTTTGTTGGCTCATTTTACATTTCAAGAACAAGACATATTAGACACCTTGATACTCAAACTGTTTGTGCTTGAATGTGAGGAAGAAAGTGATAGCAGTCATTAAAACAGTATTCCCATTGGTTCTTGAAATCTTTTTTTTATAACTTTAATTTTTATTGATTTTTTAGTAGGTCATAATTGATTACAATCAAATGCAATTTTACAAATAGTAGAAAAGGCTAATTTGAGTCAGATATGACAAGCCATTTCAATAACAAGCAAATAACTAGAACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAACAACAACAAAACAATAATAGATAAATAAATAAAATAAGATAGAAACAGAGCCTGTGTTGAGAATACTGTAGAAAAATAAATAAGTAAATAAAAAAAAAAAAAACATGGTTTATACAAAAAGGAAGGCAATTGGGTACATAAGAATAGGCACAGTTGACTTATATGTCTGAAACTTAAGCGAGTACAGTCTGAGAGCCAGTCCCTAATGATTTGTCAATGTAAATTATCCATTTTTGCCATCTTTTGGCATACAAGTCCACCTTCAAACGTAACACACCAGTCATATGTTCCAATGTCCTTATTTCCTGAATTACATCAAGCCATTGTTGTTGTTTAGGTGAGTCAGGCTTATACCAGCTTCTGGTTATGGTTTTCCTGGCTGCTGTAAGGAGTATTTTTACCAGGTATCGATCCTCCTGAAGTGTAACCAGTGAAATATGACCCAAGTACAGGACAATGCATGTAAATGGAATCTCATACCCAAGCACCTTTGTTAAGGTTAAGTGCACATCATTCCAAAATGGCTTCAGTTTTTCGCATCCCCAAAAAATGTGTGTATGGTGTGCTTCTAAGCAGCCACATTCTCTCCAACATTGCTGGGGTGTAGAAGAAGCTTTACTGCTGATTTTAGGTGTTATAAAGAATCGTACCAAATTCTTCCAATTGAATACCCTCAGTTGTTGTGAGCTTGTGGAGGAATGTTGAATTTCGCACATATCTAACCATACCTCTGGTAGAATTTCTACATTCAATTCTTTTTCCCACCTTGATTTAAGGTATAATGTTGAGTTGGTCTTACTTTCCATAATACTTACGTAAAAACTAGAGATTATTTTTGCACATTTACTATCTGATTTGTAAGCATTCATCATAATCTTTACAACTGGACTAATTTCGTGTGACGTTTCCATTTTTATTTCTCTGTAAAATTAATCTCTGAATTGTATAAACCTAAATAAGTCCCGATTAGTAAGAGAAAGTTTTTCTTTGAGTGTTTGGAAAGTCTGTAATTCCTTGTTTTCCAATACTGTACATATTGCACTAATGCCTTTTGTTGCCCATTGCTTAAATGTGGCGTCGCTTTCACCTGGTTTAAATTGAGTGTCAAAGGCTATCCATCGAAGAACTTTTTGGTCTTTGCTTAATTTAAATTGTCTAGCAAACTCAAACCAAAACTCCACTGCTCCAGAGGTTATTGAATCCAATTGACTTTTGACTACCGAAGGGATTTCTTTTTCTCCAAGAATTGACTGAATCTGATAACCCACCGTATATGTCTCAATTTCTTTCCATCTGGCAAAATAATTGTTGTTACACCAAAGAAAAAGTGGACGGAACTGAGCTGCATAAAAATAATCTTTGAGATTCGGCAGGGCCATTCCTCCTTTTTGCTTGGACAACTGGAGTGTTGTGTATCTTATTCTAGGCTTCTTTCCATCCCAAATAAACCTGGAAATAAGTTTGTTCCAGATTGTAAACTGATGTTTAGGTATCTCTATTGGCAGGGCTTGAAATAGGTATAGTAATCTAGGTAATATGTTTGTTTTGATGACGTTTATCTTACTAGCAAAATCCAATGGGTAGGTAGACCACCGTTCCATATCGCTTTTAATACTCTGGTTAATCACATTATAGTTTGCACCGTACAGACTACTCAGGTTTTTTGTAATAATCACCCCTAAATATTTTATTTCTTTCATGTCCCATTTTAAATTATATCTATGTCTGATTTCCTCAGAAGGTTTGTAATTAAATGACAAAAGTTGTGTCTTCGCAATATTTAGTTTGTACCCAGCGAAGAAGTTAAATTCATCGAGGAACTCCATCAGTACCGGGAGGGAGGCCTCAGGATCTGTTAAATGGATCAAGACATCGTCTGCAAATAAACTAATTAAATGATCTTTATGTCCTATTGTAATGCCTTGTATTTGTTCATGTTGACGGATTGCCTGGGCCAGGGGTTCAATATAAACAGCAAATAATGTGGGACTAAGGCAACAGCCCTGTCTAGTTCCTCTTTGTAAACTAAACGATGGAGATAATGACCCATTAATTTTTATTTTGGCTGTAGGTTGTTGGTAAAGAGATCTAATTATATTTACAAAATGTTTATTGAAGCCGAATCTAACCAAAGTTTGGTAAAGAAATTCCCAGTTGACCCGATCAAAGGCCTTTTCGGCATCCAGACTTAGTAATACTGCTGTCTTATTTTCCCTTTCTATTTTATCTATAAGATGCAGCGTCCTCCTAATATTATCATGTGTTTGACGGCTTTTTATGAATCCTGTCTGATCCTCGTCAATTAATTCAGGAAGGATAGTCTCTAATCTTTTGGCTATAATTGATGTATATATCTTATAATCTATATTAAGAATTGAAATGGGCCTATAATTGCAGCTAAGTTCCCTGTCCTCACCCTCCTTTGGGAGTACTGAGATGATAGCCTCGTTCCATGAAGGTGGAAGTTTACATTCTGTTTTAATCCAGTTAAATGTTTTTAACAGAAGTGGGGCTAGTATTTCTTTAAAAGTTTTATACCACTCGGCTGGAAAGCCGTCGCTACCTGGTGTTTTAGATGTTTTTAGTCTCCCAATCGCATTATTTATCTCTTCTAGTGTGAAATCTGCTGTAATGAAATCATTTTGTATTTTGCCTATACTTGGTAAATCTAGTTCATTAAGAAAATTTCTTGTCGCTTCCATTTTAGAGTTAGAAGCATCCGTATACAGTTGTTTATAATAATTTAGAAAAATGTCCTCTATTTTCTGTGGATGATAAACCAAATTATTTGTTTGTGGGTCTCGTATTCTATGAATAGTGCTATCAACTTCTTGTTTACGTAAGCGTCGGGCAAGCAATTTTGCTGCTTTAGGGCCGGATTCGTAGTATGTCTGCTTATAGAATCGAGCTTTCTTCTCAACATCTTGTTCCAACAGGCTGTTAATCTGTTTCCTTATTTGCTGCATACGTGATAGTAGGTTTGGATCCCTGTTT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Seq C2 exon
GCGTGTTATGGTATACTGAAGGTCCCTGAGGGCAGCTGGCTTTGCCGTACCTGTGCGCTGGGTATTTTTCCCAAATGCCACCTGTGCCCTAAAAAAGGCGGAGCCATGAAACCCACCCGCAGTGGCACCAAGTGGGTCCACGTCAGCTGTGCCCTCTGGATACCTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000033707:ENSDART00000042060:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF105134=EPL1=PD(12.9=26.8),PF0013017=C1_1=PU(72.0=50.7),PF138311=PHD_2=PU(42.9=21.1)
A:
NA
C2:
PF0013017=C1_1=PD(24.0=21.4),PF138311=PHD_2=PD(51.4=32.1),PF138321=zf-HC5HC2H_2=PU(28.3=57.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]